Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001352903.2
Sequence Length
4651 nt
GC Content
0.5029
GUCGCUGUCCCCGGCUGCGCCCAGGCCGGCGGGCCCAGCAGCUGCGAACCGCCGGCGCACCACCUGUUUCCGCGCCCGGGGACUUCCCCGGCGGGGCUCAGAAGUGUGGGAUCGGUCGCUUGGCUUCCCCUGGCGUCAGCGACCCAGGGUAACCUCCUCCACUGCUGCGUGCCGUGCAGGCCUGCCUGUGUGAGAGCCACGUGUGCCGCGCUCUGGGCACAGCCUUGGAAAGUCAGGACCGCGACGGCAGCAGAGCAGAAACCUUACAGAAACAUGAAGCCCUCAACCAUCUGCUACUCAGUUAUUCGGGGCUGACGGCGGCUUCUAGAACAUCCAGGUGUUCUGCAGAUGCGAGAACUCAUCCUGUAGUCACCAGAUGGAGUCCCAAACAGCCAAGCAGAUGUAAGGCCUGUGCUGUGGCUCUGAGGCCCUGAAUACAGAAGGGUCACUUUCUUAGUGGCCAAAGAGCAGUUGUUGACAUUGAUGUCUAAUUAUUGAACACGACCAGUCAUUUUACUGAGCUGCGGUGAGGAAACACUGACCAUAGAAGAUCAAGCCAAAUGAGGGAUUGCAAAUUUCCUGAUUCUUUUGAAUUAGGAUUCCAGAUGGGGGCCUCAUUUCUACAGCCCCCAACAUUCCUAUAGCCGUUAUCACUGCCAUCACCACUGCCACCAGCAUCUUCUUGCAGAUUCCACCCCUGCUCCCCAGAGACUUCCUGCUUUGAAAGUGAGCAGAAAGGAAGCUCUCAGAAAAAUCUCUAGUGGUGGCUGCCGUCGCUCCAGACAAUCGGAAUCCUGCCUUCACCACCAUGGGCUGGCUUUUUCUAAAGGUUUUGUUGGCGGGAGUGAGUUUCUCAGGAUUUCUUUAUCCUCUUGUGGAUUUUUGCAUCAGUGGGAAAACAAGAGGACAGAAGCCAAACUUUGUGAUUAUUUUGGCCGAUGACAUGGGGUGGGGUGACCUGGGAGCAAACUGGGCAGAAACAAAGGACACUGCCAACCUUGAUAAGAUGGCUUCGGAGGGAAUGAGGUUUGUGGAUUUCCAUGCAGCUGCCUCCACCUGCUCACCCUCCCGGGCUUCCUUGCUCACCGGCCGGCUUGGCCUUCGCAAUGGAGUCACACGCAACUUUGCAGUCACUUCUGUGGGAGGCCUUCCGCUCAACGAGACCACCUUGGCAGAGGUGCUGCAGCAGGCGGGUUACGUCACUGGGAUAAUAGGCAAAUGGCAUCUUGGACACCACGGCUCUUAUCACCCCAACUUCCGUGGUUUUGAUUACUACUUUGGAAUCCCAUAUAGCCAUGAUAUGGGCUGUACUGAUACUCCAGGCUACAACCACCCUCCUUGUCCAGCGUGUCCACAGGGUGAUGGACCAUCAAGGAACCUUCAAAGAGACUGUUACACUGACGUGGCCCUCCCUCUUUAUGAAAACCUCAACAUUGUGGAGCAGCCGGUGAACUUGAGCAGCCUUGCCCAGAAGUAUGCUGAGAAAGCAACCCAGUUCAUCCAGCGUGCAAGCAGCGGGAGGCCCUUCCUGCUCUAUGUGGCUCUGGCCCACAUGCACGUGCCCUUACCUGUGACUCAGCUACCAGCAGCGCCACGGGGCAGAAGCCUGUAUGGUGCAGGGCUCUGGGAGAUGGACAGUCUGGUGGGCCAGAUCAAGGACAAAGUUGACCACACAGUGAAGGAAAACACAUUCCUCUGGUUUACAGGAGACAAUGGCCCGUGGGCUCAGAAGUGUGAGCUAGCGGGCAGUGUGGGUCCCUUCACUGGAUUUUGGCAAACUCGUCAAGGGGGAAGUCCAGCCAAGCAGACGACCUGGGAAGGAGGGCACCGGGUCCCAGCACUGGCUUACUGGCCUGGCAGAGUUCCAGUUAAUGUCACCAGCACUGCCUUGUUAAGCGUGCUGGACAUUUUUCCAACUGUGGUAGCCCUGGCCCAGGCCAGCUUACCUCAAGGACGGCGCUUUGAUGGUGUGGACGUCUCCGAGGUGCUCUUUGGCCGGUCACAGCCUGGGCACAGGGUGCUGUUCCACCCCAACAGCGGGGCAGCUGGAGAGUUUGGAGCCCUGCAGACUGUCCGCCUGGAGCGUUACAAGGCCUUCUACAUUACCGGUGGAGCCAGGGCGUGUGAUGGGAGCACGGGGCCUGAGCUGCAGCAUAAGUUUCCUCUGAUUUUCAACCUGGAAGACGAUACCGCAGAAGCUGUGCCCCUAGAAAGAGGUGGUGCGGAGUACCAGGCUGUGCUGCCCGAGGUCAGAAAGGUUCUUGCAGACGUCCUCCAAGACAUUGCCAACGACAACAUCUCCAGCGCAGAUUACACUCAGGACCCUUCAGUAACUCCCUGCUGUAAUCCCUACCAAAUUGCCUGCCGCUGUCAAGCCGCAUAACAGACCAAUUUUUAUUCCACGAGGAGGAGUACCUGGAAAUUAGGCAAGUUUGCUUCCAAAUUUCAUUUUUACCCUCUUUACAAACACACGCUUUAGUUUAGUCUUGGAGUUUAGUUUUGGAGUUAGCCUUGCAUAUCCCUUCUGUAUCCUGUCCCUCCUCCACGCCGACCCGAGAGCAGCUGAGCUGCGCUGGCUCUGGGCAGGGAGUGUGCCUUAAUGGGAAGCACACGGGCUUUGGAGUCAGGCACAGGUGCCAGCUCCAGCUUUUGAACUUGGGCAAUUGUUUAACCUAACCUGCAAGUUGAUUUUGAGGGUUAAAUAAAGGCAUACAUGAAAAUGCCUGGCAAAUUACCUGACACAGAGCAGACAUUCAAUACAUUUUAGUUUCCUUGUUUCUCUGGUUCCCAGUUUCUCUGGUCAUUUUGGUGUAAAUCCAUUCUAAUUAGUAUUUAGGGCAGAGCUUCUCUCUCUUUUCUCUUUUUUUCCUUCCACAAACCAGUGUACUCACUGGUCUCCAUCUUUAAUAUGCAAACAAAUCACCUGGGAUCUUGUGAGAAUCCGGAUUCCGUCUCAGUAGGGCUCGAGUAGAUCCUGAAAUCCUACAUUUCUAUCAAACAAUGCCUUGAGGAGCACAGAUUUAGACCAAAGUUAGGUCGUUUUCCAGAUCUCAGAGCAGACGAGUCCAUGGAUAAGUCUGUGGCCCAAUCCCCUUCCUCUCCUUUUAAGGGUGAAAUGACUGCAUUUAAAAGAAGUUAAAGAGUUCCUCCUGUCCCCUAUAACCACAAGGAAACAAAAAAAUAUAUAAAAACCUCAAAAAUGCAUUGCCAUGAUUUUAUUAUUAGUGUCCAAAAUGGGACUCCCAAGUAAUAAAUGAUUUAUUCCAGCCACAGCCAAAAAAGACUUUGCCUGGCUAAAAGAGUCUCUCUCUAAGUAUGUAAUAUACAAGAAAUACAAUUCAAAGAGAUGUUCCUAUAAGUACAUUUUUUACACGGCAUAUAUUUAAAAAGGAGGCCCCUUUUAAUAUAAAAUUCCGGUUAUAUACCAAUAUGGUUAAUUAGCAUUUACACUAUAGUUUGAACGUAUUUUAAAUAGCAUGAUGUGUAUACAAUGUCUCCCGCGCCCAUUGGCAACCAGGGUCGUGGGAAGCUUGGUGAGGAGUUAACCAGGUCCUGUGGUUUAAGCAGUGGAGCACCCGGGAUUCCUGCCCCCCUUUCUGCUCACACAAUUGCACUCCAUUCUUCCGCCUUCCUUGUUUUCUCCAAAACCACCUGAUAGGGGGGAUGUCCUGAUUUCUGAGGUGUGCUUCUCAUCAUGACUGCUUCGUUUUGCCCUUCUGAUUUCCACGGCACAAGAUUAUCUACCAAAAUCAAAACAGAAUGGCCUUACUCUUCUCAGGAAGAGGCUGGUAGGCAGGUGCAUUAUCAACAGGUCUGUGCCCAUGCAGAGUGAGCAGGGAGAGGCUGGGCACUGUGGAAUUUUUCUGUCUGAACUCGCUCAUGGCCACAGAAUGGUCACCCAGCUUAUUUAGGUGUAGACAAGUAUGACACAGUUCUAGAAAAUACUGACUAUAAAAAUGUCUCUGUGUGUGUGUGUAUGUAUUUAUAUGUAUAUGUAUAUAUUUUUAAAAGGCUCAUCUUACUUGUAAACAUGGACUGCUCAAUCACUAUUAAAAAGUCAGUUUAGGCUGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGAACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGUGGAUCACUAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCGCUACUAAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCGCUCACCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAGAAUCGCUUGAACCGGGGAGGUGGAGGCUGCAGUGAGCCGAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGAUGGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAGUCAGUUUAGGCUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUAGGAGGCUGAGGGGGGUGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAAUCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUUAGCUGGGCAUGGUAGCAUGCCUGAAACCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCACUAGAAUCACUUGAACCUAGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGUGGAGAUCACGCCAACACAUUCUAGCCUGAGGGACAGAGUGAGACUCUAUCAUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1616.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1698.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1449.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((((((.((((((((((((((..((((...))).)..)))))))((((((((((.((((...(((.((((....)))))))(((((.(((...(((((..((((((((((((((..((((((.(((...))))))))).......((((((((((((.((((((((.((((((.((.(.((((.((....((((((........)))))))))))).).)).)))).)))).))))))))))..........((((((....((((.(..(((...(((((((.............(((((((....))))))).(((((((....)))))))))))))).)))..))))).))))))....))).)))))........)))))))).))).....((.(((((((((((((..((((((((..........(((((((.....)))))))..(((((((..((((...((((((......))))))...))))((((......))))(((((((((.((......)).))).........((((((......((((.........(((((((((....)))))))))))))...(((((((............))))))).(((((((..(((((((((((((.((((((((.(((((.((((((((.....((((...(((((.(((.......((((((((((((((.......))))....)))))).))))(((....))).))).))))))))).(((......)))....(((((((((..(((((..((.(.(((.(((((((...)))))))..))).).))..))))).....)))))))))(((.(((((((((...(((((((....))))))).))))))))).))).((((((............)))))).)))).).)))))))))))))..))).)).......(((((............))))).....))))..))))))).....))))))).))))))(((....))).))))))((((((..(((((.........((((....(((((((...(((((((..((.(((((((((((((........))))(((((.(((((((((..((((...((((.....)).))...)))).))))))))))))))...((.((((((((((((((((.....(((....(((...((((((.(((((((..................)))))))...(((..(......)..))).(((((((((........))))))).))....))))))......)))....)))..))))).((((..((((..(((.((.((.....))..)).)))......)))).))))))))))))))).)).......(((.....))).)))))))))))))))))).....)))))))....))))....((((((((.((.(((......)))..)))))))))).)))))..)))))).....)))))))(((((((....).))))))((((((((((....((((((((..((((......((((((..((((....))))...))))))((((((((.(((((((..((((((((....)))))).........((((..(((..(((((((((.(..((((((.((((........))))......((((((.((((((......)))))).))))))))))))..).))))))))).....)))..))))((((((((.(...(((((((((.((....(((((((...........)))))))...))..)))))..((((((((((((.((((((((((((((..(((((((.((........)))))))))))))).....))))).))..)).)))..)))))))))..........))))..).))))))))...))..))))))).))).))))).)))).))))))))...))))))...))))((((((.((((......))))(((.((((.((((((........)))))).)))).)))...(((((((.(.((((((((.......)))))...))).).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))((((..(((...)))....))))..)))..)))))....))).)))))..)))).)))))))))).(((((......)))))((((((((.(((((.((....(((((..((.(((((((((....((((.(((.....((..((((..(((((((..((((...............)))).)))))))..............(((.(((....))).))).......................(((((((.(((....((((((.((.(((....))))).)))))).....)))))))))).........))))..))....)))))))......)))))))))...)).)))))...)).)))))...))).(((((.(.(((.(((......((.(((((...))))).)))))..)))).)))))((((.(((....)))..)))).))))).(((((((..((((....)))).)))))))........)))))))..((((((((((....((.((((.....))))))))))))))))((((((........))))))((.......)).(((.(((((.(((((......((......)).....))))))))))))).((((.....)))).....(((((((...(((((((.((..((.....((((.((((...)))))))).....))..))............(((((((....)))))))((((((((...................((((((.((..((((...((.((.....((((((((....(((((((((.....(((((.....))))).((((..((((((.((((((..((((((((((((((.......))))....((((...(((.........)))....))))))))))))))......(((((((...........))))).))..(((((............)))))..(((...))).(((..(((.........)))..)))................))))))....))))))...))))(((((((((.(.((((......)))).)...))))))))).(((((.((((.(((.(((((...........(((((((((((..((((((......((((((((((((((((..(((((((......((((((((..........))))))))((((((.(((((((...((((((.....)))))).((((((........))))))((((...))))......((((((....(((((((.....(((((((...(((.....(((((((((..((((((((((((((..(((...)))))).))))))(((((.(((((........(((....((((((((..((((((..((((...(((((((((((((((((((((((((((...........(((((((.....((((((((((................))))))))))....(((........)))((((((....((((.((..((........))..)).))))......)))))).((((.........)))).....)))))))((...((((((....))))))...))...(((((.((((.(((....)))..)))))).)))...)))))))))))).))..)))))....))))))))..)).))..))).)))...))))))))..)))))))).)))))..........))))).)))).)))))...))).))))))).))))))).))))))....))))))))))))))))))))...))))))).))))))))).....))))))..................(((((((...............)).)))))((((((((((......))))).)))))...((((((....))))))(((...((((((.(..(((((((((((((.(((...)))...)))))))....))))))..)))))))))).................))))))))))).((((.....)))).....((((........))))))))).))).)))).))))).........((((.((((((((((((((((((((...........(((((.(.((((((((((((((((((.....)))))))..................)))))))))))).))))))))))))...))))..((((((.(((...))))))).))(((((..(((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..)).))))).))))))))))))))...................(((((((....)))))))....))))..)))))))))..)))))))).)).)).))))..)).))))))))))))))........)))))))....))))))).......))))).).)))))))...((((........))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((({(((((.((((((((((((((..((((...))).)..)))))))|(({((((((,{{{({.{({((((((....)))))))||||{.{||..,(((((.,{((((((({(((((..((((((.(((...))))))))).......(((({(,((,((.((({,,||,{||,{|},,}|},|||,||,}.,||{|||}..,,}}}))),)))))||},|.}|,|}||,,,||{||||||||,,.||||........,{......,|,{({(((.....,,(((,....}}}......}})))|({.{({((((,.,{{..{{({..((((..(((((((((.{....).))),}))))).)))).)}))}||{{{{..,{|||||,||,|,,....,||.||{|||||,(((({.,(((((((.....{(((((....))))))})).))))..|||||,(((((.,.((.((((.....)))).))...)))))((((......}))){,(((,(((.((......)).))).,,}....,|{,,,,...,,,})}}}}.,.....(((((((((....))))))))).......(((((((............))))))).|,{{{||,.|||||||,||,||,||,,(((({((((,.,,{{{{{,.,,,,({((,..{{,,.,{|||,....{((({(((((({{((,,.....))))),..,))))),)))}{({....,,},}}}}}|}||}}})}}}}}}|||.}}}..,,|||,{{{{(,{{{{{{,,{{.{,||{.|{{{{{|...}}))))}..}}||)|))|.)))|}..|},))))}||||(...(((((((((...{((((((....))))))).))))))))).)))}((({{{,{,,,.,.,,},}))})).)))),).)))))))))))}},,))),}),......(((((...,........)))))....,}},,,.},))))),.,{.}||||||.,|||.|((({{{{||||}|}||}(((((({{(({(({{,{{{{{.{(((,,{,(((({{{..,(((({{,.}|||{{{|||{((({({.,,.,{{..,,{(((((.(((((((((,{(,((.,,({{{.....}),)},,.)))}.))))))))))))))}..{|,|{||{||{|||{((({{(,(((((....,{({(({((((,,{({{((({,,,,..,,,,,,...,,|||||||........,,,,,,{(({,{{,{{(((((((........))))))).||,..,|||||{,......,,,,{{,,{{||||||.|||{{{{{{{{{({{,({.{|.,,..}}..,}|||,.,|||.,}|||||,,}}}})))))}}.}}}}},,..|||....,)},.)})))))))}}}||||||.....}||||}|,,,,||||,,..((((((((.((.(((......)))..)))))))))).||}||{,||||}}..,,}))))))},{{{{(|{{{{{(((|{||{{(({(((((,..,((((({(.,.(((...,}}.((((({,,{{{(....)))),,.})))))|||{{{((|((,{,((|,({{((({|,|||||||}|,...{,{..,,|||.||{..(((((((((.{..((((((.{((((.....))))})......((((((.((((((......)))))).))))))})))))..).)))))))))....,||||.},}}.))}},|{{{,..{|||(((((.((.,..(((((((,..........)))))))...))..)))))..{{|||||{((((.((((((({{(((((,.(((((((.((........)))))))))))))).....}}}||,}}.}}|,|||{|||||||}}}..,((((({{((,,.,,,||}}}}.)))}}}..)})))})})))}))))},)))},))),}},)}}}))))})}})))||{{{{{{.{{{{....,.))))|||,|||{,|{{{||,,,}.,,.))))))}))))}))))})|||||||.{{(,,(((((.......)))))}}}})))},}))))))))}))}))))}}}}}}}||||}||}},.||{{{(,,{{{..,,,...,,||||||||||.|||}|{,,,|||,|||||..},||.}))|||}|||,{(({{,.,,,,}}}}|{((({(((,(((((,((....(((((.,,,.(((((((((,,,.((((.(((.....((..((((..(((((((..((((...............)))).)))))))........,,{{..(((.(((....))).))).........,,,,..........(((((((.(((....((((((,((,({{..,,)))}}.)))))).....)))))))))).........))))..))....))))))).,,...)))))))))...),,)))))...}),)))))...)}}.{{({{.{{{{,.{{{,,.,{.{(.(((((...))))).))))},}}))),)))))(((((({(,...,,},.))))})}})),|{{{{{{,.{{||..,.)))).))})))}}},,,...})})))),.((((((((({,..,{{.((({.....})))})))))))))))((((((........)))))){{.......)).(({.(((((.(((((......({......)).....))))))))))}}).{|||,,,,,}))),.,,,(((((,(,,,(({{,{{.,,..,{.....((((.((((...)))))))).....,,................(((((((....))))))),,,,,,,,......,,....,......{{{((({((,.{{({,,.,,,||,,,)}{{((({{({((({{,..,,.{||.,,(((({.....})))).|||,..,,,,||,||||{|,|{{{{||||||{|||,,,,,..})))}}}}|||||,.{||,},}.,}}}}}|,{,.|})}}}})))))))},,,..,{{{({,,,,,,,,,,..|||||{||..{{{,{||||||...,|,}}||}..,,|{|{|{|,{{{,,{,,.....,,..)))},,,.................,,}},,..,,}|}}}},,,|||,,{{{{{{{{.|.{(((......)))},|,,,})))}}}},,(((((.((((.(((.(((((...........(((((((((({..((((((......((((((((((((((((..(((((((.....{((((((((.,......}.))))))))|(({({({((((((,..((((((.....)))))),|||||.....,,}||||,,,((({...})))......{{{{,{,,,,{(((({{.....(((((((...{((.,...(((((((((..((((((((((((((..(((...)))))).))))))|{(((,((({,.......||||,,,.((((((((..((((((..(({(...(((((((((((((((((((((((((((.....{{{{,.{(((((({{(.{(({{,,.((({,....,}})}.....)}.)))})))},{{,.({{{{{.,{|{|((((((....{(((.{{..((........))..,},)))}......)))))}.,,...}}}.,..,}}}},..,,})))))|((...((((((....)))))),,,}},,}||,{{,||{{.{{{....})},,)))))}.}))}}.)))))))))))).))..)))))....)))))))}..})}))..))).)))...))))))))..}}})))}}.)))},.....,,,,.})))).)))),}))))}}.})}.))))))).|||}}}}..,,,))}.,})))))))})))),)))))))...))))))).))))))))).....)))))).......,{{,,..,..,(((({,,...............))})}))}|(((((((((......))))).))))}...((((({....}))))){{{.,.((((((.(..(((((((((((((.{{{...,}},..)))))))....))))))..)))))))}),.................))))))))))).(((({...,)))).....((((........))))))))).))).)))).)))))},,,},,,.||}|}||||||||||||||||||||},,,,.}}.{((((((.(.((((((((((((((((((.....)))))))..................)))))))))))).))))))),,},,.})))).,}|||||{.{{,.,}))))))}.))|||||,,(((((((.(((((((.{{{...,}}...)))))))..)).))))).,,}}||||||,,||..,.........,,}||.{(((((((....))))))),...||||||,}},})))),)),)))))),{{{{..{{....))..)))),))))))))}}.}).,}),)))))}}}},))),))}.}}}}})}})).}.))))))).|,((,{.....,,.)}},
Back