Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353841.1
Sequence Length
1829 nt
GC Content
0.4522
GAUAAACAAGCUCCUGUGGAAUUGUGGGUAGACACUGGACUUGUAAACGAAAAGCUUCAUAAGUCCCUCUUUGCUUAGUACUUUUCUCGUCCUUUCCCCAGGGUGCACGUAACCCUCAAGCACUAGGACCGUGCGGAAUCCAGGCUGCGAUGGCACCUUCAUUUACCGCCCGCAUUCAGUUGUUCCUCUUGCGGGCGCUAGGCUUUCUCAUAGGCUUAGUAGGCCGAGCAGCUUUAGUCUUAGGGGGUCCAAAGUUUGCCUCAAAGACCCCUCGGCCGGUGACUGAACCAUUGCUUCUGCUUUCGGGGAUGCAGCUGGCCAAGCUGAUCCGACAGAGAAAGGUGAAAUGUAUAGAUGUUGUUCAGGCUUAUAUCAACAGAAUCAAGGACGUGAACCCAAUGAUCAAUGGAAUUGUCAAGUACAGGUUUGAGGAAGCGAUGAAGGAGGCUCAUGCUGUAGAUCAAAAGCUUGCAGAGAAGCAGGAAGAUGAAGCCACCCUGGAAAAUAAAUGGCCCUUCCUUGGGGUUCCUUUGACAGUCAAGGAAGCUUUCCAGCUACAAGGUGGUGAGGGCUGCACACUGGCAGCUGCCUGCUCAGUUAUUGGUGUGGGCUCUGAUAUUGGUGGUAGCAUUCGAAUGCCUGCUUUCUUCAAUGGUAUAUUUGGACACAAGCCUUCUCCAGGUGUGGUUCCCAACAAAGGUCAGUUUCCCUUGGCUGUGGGAGCCCAGGAGUUGUUUCUGUGCACUGGUCCUAUGUGCCGUUAUGCUGAAGACCUGGCCCCCAUGUUGAAGGUCAUGGCAGGACCUGGGAUCAAAAGGUUAAAACUAGACACAAAGGUACAUUUAAAAGACUUAAAAUUUUACUGGAUGGAACAUGAUGGAGGCUCAUUUUUAAUGUCCAAAGUGGACCAAGAUCUCAUUAUGACUCAGAAAAAGGUUGUGGUUCACCUUGAAACUAUUCUAGGAGCCUCAGUUCAACAUGUUAAACUGAAGAAAAUGAAGUACUCUUUUCAGUUGUGGAUCGCAAUGAUGUCAGCAAAGGGACAUGAUGGGAAGGAACCUGUGAAAUUUGUAGAUUUGCUUGGUGACCAUGGGAAACAUGUCAGUCCUCUGUGGGAGUUGAUCAAAUGGUGCCUGGGUCUGUCAGUGUACACCAUCCCUUCCAUUGGACUGGCUUUGUUGGAAGAAAAGCUCAGAUAUAGCAAUGAGAAAUACCAAAAGUUUAAGGCAGUGGAAGAAAGCCUGCGUAAAGAGCUGGUGGAUAUGCUAGGUGAUGAUGGUGUGUUCUUAUAUCCCUCACAUCCCACAGUGGCACCUAAGCAUCAUGUCCCUCUAACACGGCCUUUCAACUUUGCUUACACAGGUGUCUUCAGUGCCCUGGGUUUGCCUGUGACCCAAUGCCCACUGGGACUGAAUGCCAAAGGACUCCCUUUAGGCAUCCAGGUUGUGGCUGGACCCUUUAAUGAUCAUCUGACCCUGGCUGUGGCCCAGUACUUGGAGAAAACUUUUGGGGGCUGGGUCUGUCCAGGAAAGUUUUAGGAGGACCUUCUGCAAGGUUAAUGUGUGUGUGUGUUUGUGUUCGUGUGGUGGUGUUUCUAUUAAUUGGGUGAAAUCAAGCACCAGCAGACAAGCAGAGAAACAACUGGGGAAUUUAUUGACUCAUUUAGUUAUUCUUUCUACUUUUAUUUCCUUCUCUAACUGUUGGUCUUACUAAAAUGGUAAUAUUUGCUUCUUGCUUUUAUGUUACUGGAAAAUUAGGACAUGUAAAUGGAUAAGUGCAAUAAAGUUUCCUAAAUGCUGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-576.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -610.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((..(((..(((.....(((((...(((.((((((((....(((....))))))))))).(((.(((....(((((((((((((...((((((((((.......)))))...((((.......)))).(((..((((..(((((((....((((.((((((((((((...............)))))))(((((((((......))))))))).(((((((........(((((.((((............)))).)))))..)))))))))))).))))))))))).))))..))))))))..(((((.....)))))....))).))))))))))....))).)))(((((.............)))))...........))).)))))....)))..))).))))......(((.....(((((((...((((((((((((.(((..........))).)).))(((((.(((((((..((........((..(((((((..(((..(((..((((((((...(((((((((((((((..((.(((((......((.((((((.((((((((.(((((......))))).)))))))))))))).)).......)))))......(((((.............)))))....(((..((.((((.....)))).))..))).......))..))))).)))))))))))))))))))))((((((((((.(((..((((((((.((.(.((((((((...(((.(((...))).)))...)).)))))).).)).))))))))...(((....))).((((((((.((((((........((((((((((..((((((((((((((.(((((((((............(((.((((((((.(((((.....((...)).....))))).)))))))).)))............)))))))....)).)))))).(((((((((.............)))))))))....(((.....)))..((((..((((.((.((((((((((.(((....(((((....)))))....)))...((((.....))))((((((((..(((((.((((.....(((((((((((.....)))).)..))))))...((((((((..((((((((.........))))).)))......))))).)))......((((((.(((((.(((..(((..(((.((.......)).)))((((((((((((((.(.((((((((.............)))))).....)).)))))).)))))...)))).)))..))).)))))..)))))).....(((((((...(((((....)))))...)))))))...)))).))))).))))))))((((((((((....))))).)))))((((.......))))..))))).....))))))).)))).))))..(((((((.(((.((((....)))).))))))))))))))))))..))))))))))..((((((....)))))).......)))))).)))))))).((.((.(((((((((((.....))))........))))))).)).))..))).)))))))))))))..)))))))..)).......))..))))))).))))).))))))))((((.......((((((......(((((((((..((.....))....)))))))))......)))))).......)))).............))))))).....)))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((..(((..(({..,,,(((((..,({{.((((((((.,,,,....,.)).)))))))).(((.(((....(((((((((((((...{(((((((((.......)))))...((((.......)))).(((..((((..(((((((....((((.((((((((((((...,{..........)))))))(((((((((......))))))))).(((((((........(((((.{((({,.........})))).)))))..)))))))))))).))))))))))).))))..)))))))}..(((((.....)))))....))).))))))))))....))).))),{{{({{,,.,,,,...,|,,},,.....,,,.,})}.))))}....})}..))).))))......(((,{{{.{((((((..,{,((((((((..{({({({,,{,,...,|{||,||(((((((((.,((((..(((((({((({{(.,.....,((((,,{{,||||{((({..|{|..||))))|||{|}}||}|(({{...,|||{.((((((.((((((((.(((((......))))}.}))))))))))))).}}...))))))..)}}}}...,.))))))}}}}.}}}.)}}..,}}))}}}},,)))))))},|},.|{,((((((({.{...|{,,||,,..,,))))))))))))))))),,((((((((((.(((..((((((((.((.(,((((((((...(((.(((...))).)))...)).)))))).),)).))))))))...{,,....|}}.((((((((.((((((........((((((((((..((((((((((((((.(((((((((.........,{.(((.((((((((.(((((..,,.((...))..,..))))).)))))))).)))..,,........)))))))....)).)))))).{((((((((.............))))))))),{{.{{{|,...}}}.,{{{{..((((,(({(((({{{(((.(((.{{,(((({....}))))}}..))),..((((.....))))|((((((,,.(((((,{{((,....{{(((((((((.....)))).},,}}}})}..{((((((((..{{{(((({.,{,{....,,,,|{||,......,,,))}),....,},|{{{{{.{{{((,{{(..|{{..(((,((.......)).}}}(((((((((({({{.,,,|{{|{{{,...........,))}}}}}}},,},}}))))),,)))},,))))),)}}..|||,|||}}..}}}}}}.....{{((((({,,{((((,.,,}||||,.,}}}}}})...))),,))))}.)))))))){(((((((((....))))).))))|((((.......))))}.))}}}....,})))})).)))),)))),|(((((((.(((,((({....)))),))})))))))))))))))..))))))))))..((((((....))))))..,.}}.}))))).)))))))).((.((.((((((((,,,.....,}},.......}))))))).)).))..))).))))))))))|||{{|||||||({{{.....}})}},,,}))}}.,,|{{{{{,{(||.{{{{.......((((((......{((((((((..((.....))....)))))))))......))))))..,,,..)))).})).},))))}}))))))),,}..)))..............................
Back