Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001360.3
Sequence Length
2627 nt
GC Content
0.5805
GCGGGUGACUCCGACCCCUGGCUAGAGGGUAGGCGGCGUGGAGCAGCGCGCGCAAGCGAGGCCAGGGGAAGGUGGGCGCAGGUGAGGGGCCGAGGUGUGCGCAGGACUUUAGCCGGUUGAGAAGGAUCAAGCAGGCAUUUGGAGCACAGGUGUCUAGAAACUUUUAAGGGGCCGGUUCAAGAAGGAAAAGUUCCCUUCUGCUGUGAAACUAUUUGGCAAGAGGCUGGAGGGCCCAAUGGCUGCAAAAUCGCAACCCAACAUUCCCAAAGCCAAGAGUCUAGAUGGCGUCACCAAUGACAGAACCGCAUCUCAAGGGCAGUGGGGCCGUGCCUGGGAGGUGGACUGGUUUUCACUGGCGAGCGUCAUCUUCCUACUGCUGUUCGCCCCCUUCAUCGUCUACUACUUCAUCAUGGCUUGUGACCAGUACAGCUGCGCCCUGACUGGCCCUGUGGUGGACAUCGUCACCGGACAUGCUCGGCUCUCGGACAUCUGGGCCAAGACUCCACCUAUAACGAGGAAAGCCGCCCAGCUCUAUACCUUGUGGGUCACCUUCCAGGUGCUUCUGUACACGUCUCUCCCUGACUUCUGCCAUAAGUUUCUACCCGGCUACGUAGGAGGCAUCCAGGAGGGGGCCGUGACUCCUGCAGGGGUUGUGAACAAGUAUCAGAUCAAUGGCCUGCAAGCCUGGCUCCUCACGCACCUGCUCUGGUUUGCAAACGCUCAUCUCCUGUCCUGGUUCUCGCCCACCAUCAUCUUCGACAACUGGAUCCCACUGCUGUGGUGCGCCAACAUCCUUGGCUAUGCCGUCUCCACCUUCGCCAUGGUCAAGGGCUACUUCUUCCCCACCAGCGCCAGAGACUGCAAAUUCACAGGCAAUUUCUUUUACAACUACAUGAUGGGCAUCGAGUUUAACCCUCGGAUCGGGAAGUGGUUUGACUUCAAGCUGUUCUUCAAUGGGCGCCCCGGGAUCGUCGCCUGGACCCUCAUCAACCUGUCCUUCGCAGCGAAGCAGCGGGAGCUCCACAGCCAUGUGACCAAUGCCAUGGUCCUGGUCAACGUCCUGCAGGCCAUCUACGUGAUUGACUUCUUCUGGAACGAAACCUGGUACCUGAAGACCAUUGACAUCUGCCAUGACCACUUCGGGUGGUACCUGGGCUGGGGCGACUGUGUCUGGCUGCCUUAUCUUUACACGCUGCAGGGUCUGUACUUGGUGUACCACCCCGUGCAGCUGUCCACCCCGCACGCCGUGGGCGUCCUGCUGCUGGGCCUGGUGGGCUACUACAUCUUCCGGGUGGCCAACCACCAGAAGGACCUGUUCCGCCGCACGGAUGGGCGCUGCCUCAUCUGGGGCAGGAAGCCCAAGGUCAUCGAGUGCUCCUACACAUCCGCCGAUGGGCAGAGGCACCACAGCAAGCUGCUGGUGUCGGGCUUCUGGGGCGUGGCCCGCCACUUCAACUACGUCGGCGACCUGAUGGGCAGCCUGGCCUACUGCCUGGCCUGUGGCGGCGGCCACCUGCUGCCCUACUUCUACAUCAUCUACAUGGCCAUCCUGCUGACCCACCGCUGCCUCCGGGACGAGCACCGCUGCGCCAGCAAGUACGGCCGGGACUGGGAGCGCUACACCGCCGCAGUGCCUUACCGCCUGCUGCCUGGAAUCUUCUAAGGGCACGCCCUAGGGAGAAGCCCUGUGGGGCUGUCAAGAGCGUGUUCUGCCAGGUCCAUGGGGGCUGGCAUCCCAGCUCCAACUCGAGGAGCCUCAGUUUCCUCAUCUGUAAACUGGAGAGAGCCCAGCACUUGGCAGGUGUCCAGUACCUAAUCACGCUCUGUUCCUUGCUUUUGCCUUCAAGGGAAUUCCGAGUGUCCAGCACUGCCGUAUUGCCAGCACAGACGGAUUUUCUCUAAUCAGUGUCCCUGGGGCAGGAGGAUGACCCAGUCACCUUUACUAGUCCUUUGGAGACAAUUUACCUGUAUUAGGAGCCCAGGCCACGCUACACUCUGCCCACACUGGUGAGCAGGAGGUCUUCCCACGCCCUGUCAUUAGGCUGCAUUUACUCUUGCUAAAUAAAAGUGGGAGUGGGGCGUGCGCGUUAUCCAUGUAUUGCCUUUCAGCUCUAGAUCCCCCUCCCCUGCCUGCUCUGCAGUCGUGGGUGGGGCCCGUGCGCCGUUUCUCCUUGGUAGCGUGCACGGUGUUGAACUGGGACACUGGGGAGAAAGGGGCUUUCAUGUCGUUUCCUUCCUGCUCCUGCUGCACAGCUGCCAGGAGUGCUCUGCCUGGAGUCUGCAGACCUCAGAGAGGUCCCAGCACCGGCUGUGGCCUUUCAGGUGUAGGCAGGUGGGCUCUGCUUCCCGAUUCCCUGUGAGCGCCCACCCUCUCGAAAGAAUUUUCUGCUUGCCCUAUGACUGUGCAGACUCUGGCUCGAGCAACCCGGGGAACUUCACCCUCAGGGGCCUCCCACACCUUCUCCAGCGAGGAGGUCUCAGUCCCAGCCUCGGGAGGGCACCUCCUUUUCUGUGCUUUCUUCCCUGAGGCAUUCUUCCUCAUCCCUAGGGUGUUGUGUAGAACUCUUUUUAAACUCUAUGCUCCGAGUAGAGUUCAUCUUUAUAUUAAACUUCCCCUGUUCAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1033.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1076.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 774.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((...((((((((((((((((...((((((((((((..(((((((((..((((((((((((((.((((((((...((((((((((.((((.(((((.(((((((((((((((..((((..((....(((((((((.....))))))))).))..)))).....))))))))..((((((........))))))..(((.(((...))).)))...((((...(((.....(((.(((......)))..))).....)))..)))).)))))))((((((((((.(((.(((..((((((((((((..(((((.((....)))))))..))))))...))))))))).))).)).))))))))..((..(((((((((((((((.((...............(((((((..(.(((..((((((..(((((..((.((((((...(((((((((.(((....))))))((.(((((..........))))).))..))))))....((((((..(((......))).....))))))))))))...))..)))))..))))))..))).).((((..((..((((......((((((........))))))))))...))..)))))))))))....)).)))))..)))))).))))..)).......))..))).))))))))))))))(((((......)))..))...)))))))))))...))))).))))))...(((((((..........(((..(((((....)))).)..)))....(((((((((((.((..........)).)))))))))))(((..............)))...(((((.(((..........))).)))))...........)))))))....((((.......))))(((.(((..((((...((((((...((((((.(((.((((((.....(...(((.((((((...(((.......((((((..((((((...((((((((........((((((((((((......)))))..(((((.(((((((.(((((......((.(.((...(((((.((.((........)).)).))))).)).).)).((((((....(((.(((((((...))))))).)))((((..(((((..((..(((((..........(((((((((...((((.....))))...))).)))))).(((((((.(.((.((.(((((...))))).)))).)...)))))))........((((..(((((....))))).))))(((((..((((.....))))(((((.(((((((....)))))))...))))))))))...))).)).)).)))))..))))....))))))((((((((((....))).))))))).))))).))))))))))))((((((.........)).)))).......(((((((.(((((..(((((........))))).)))))...)))))))................)))))))..))))))))......))))))....))))))....((((((.((..((((.((((((.((..((((.(((.(((((..((.((((.((......)))))).))..((..((((((.((((....)))).))))))..)).))))).)))((((((.((..((((((((((.(((...))).)))))......(((((.......)))))((((((((.(......).))))).))))))))...)).))))))(((((.....)))))....((((((.(((((((((....)).....)))))))...))))))))))..))))))))))))..)).))).))).......((((((((((((((.(((((((((((.((((...))))))))..)).)))))..)).))))......))).)))))))).)))))).)))...)....))))))...))).))))))))))))...)))).))).)))........((.((((((((((((.......))))))))))))))))))))))).)))))))..))))).....))))))...((((.(((.((.((((...)))).)).))).)))).((((((((.(((((.....)).)))))))))))........((((((...((((((.(((.(((......))).))).))))))(((((((..(((....))))))))))((((.(((.((((((((((.(..(((((((((((.((((....)))).))))))))(((.((((((((((((((...((((.(.(.....).).))))))))))).....((((....)))))))))))))).))).).)))))))))))))..)))).....(((........)))...(((....)))..((((((((....))))))))....))))))(((((((((((((((..........))))...)))))).)))))..............)))))).))))....(((((((......((((........)))))))))))................)).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{(((.((,..{((((((((((,{(((({.((((((((((((..{((((((((..((((((((((((({{((((((((...((((((((((.((((.,,,(({((,({{,{(((((((.{((((..((....(((((((((.....))))))))).))..))))}....}))))))}..((((((........)))))),,(({.{{,...,}),))}...((((...(((.....{((.(((......))).,)}}.....)))..)))).,}}|},,((((((((((.(((.(((..((((((((((((..(((((.,{....},)))))..))))))...))))))))).))).)).))))))))..,,.,(((((((((((((((.({..({,..,.,,....{((((((..,.(((..((((((..(((((..((.((((((,{{(((((({{(.(((....)))}}}{(.((({{.,||....}}))))).})..)))))).}},((((((..(((......)))...,.))))))))))))...))..)))))..))))))..))).|.{{{{|,,,..{(((......{{{{{{..,.....)))))))))}...})}}))))))})})),...}).)))))..))))))},))}.,|,.....,}}))))),.))))))))))))))(((((......)),.,))...)))))))))})...)))))}}))))),,,,..,,......,,....|}|,,{(({{{{{{|||{|||,|{,...,(((((((((((.((..........)).)))))))))))|..........||||||||,{{{(((((.(((..........))).)))))............,||||||,,||{|||,..,,{||}|{{,.{(({{(((({{,(||{{|,,}||{{{{.,{,.{{{{|{,,{{(({..{{{.,|||||,,.|||.......,{({{{..((((({..((((((((({{..{{{,{{{{|{|({(({......}})}||||||{{{{({{(({,(((({{..,,,(({,.{(,,.(((((.((.((........)).)).))))).,,.,,||.,.{(((..,{((({(,,,|||}}},}|}|}|||||||||.{,|}||,.{|{||||,,,.....,((.(((((((((,..((((.....))))...})|.}))))),||,,,,,,{|{|,||||||||,,}|||}}|}}},})}||||||||{,,,.....((({..(((((....))))).)))){{{{{..{(((,....)))}(((((.(((((((....)))))))...)))))})))),,,|||||,.....},}.||,{{{,.,,))),}}(((((({|{(,...}}),))))))}||||},,||,||||||{{{((((((.........)).))))....|||(((((((.(((((..{{(((........))))).)))))...)))))))..........,,,...,,,}||}|.||||}}}}.,....}}||||,,,.|||||{{{..((((((.((..((({{((((({,((..((((..(((((....,((.((((.((......)))))).)).{(({.((((((.((((,,.,|}||.}||}}}{{{|{...,))))).,|.(((((({(,{{(((((({(.,...((((((((....))))))}}.....{{({|||,,,,||||}|}}....,.,,,||||,},,,,}})}),}))))))|||{{.....}}}},...}}|||||}{((((((({....}}....,))))))),,,))))))))))..))))))))))))..)).))).)))....,},|,,,,|,{||||||.|||||||{(((.((((...))))))))..|,.||||,..|).}})}.....,}}).},))))}),)}})))})))},.},,,.,))))),.,)))}}}))|||}}},}...}||}{{||{|,,..}}))}.|{..,{{{{{{|||{.......))))))))))))))))))))))}.}})))))..})))).,|,||,},,,...((((.(((.((.((((...)))).)).))).)))).((((((({{(((,(,....)).))))))))))).)}}},,,|{{|||...((((((.(((.(((......))).))).))))))|({{{{||,||...))}))})))))|((((.(((.((((((((((.{..(({((((((((.((((....)))).))))))))(((.((((((((((((((...((({.,,{.......).))))))))))).....{{{|,,..,,}))))))))))).))).}.)))))))))))))..)))),.,|,((({.....,.|))|..((({...||,..((((((((....))))))))....)))))}(((((((((((((((..........)))),..)))))).)))))......,,,,..,,)))))),)}}).,..(((((((......((((........)))))))))))................})}))})}........
Back