Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364020.1
Sequence Length
2273 nt
GC Content
0.3819
AUUCCUCGUUAGGGCAGGCGCGGCCCCUUCGGCUCCGAGCUGACCCUGAUCAGGGCCGAGUUGUCUCGGCGGCGCUGCCGAGGCCUCCACCCAGGACAGUCCCCCUCCCCGGGCCUCUCUCCUCUUGCCUACGAGUCCCCUCUCCUCGUAGGCCUCUCGGAUCUGAUAUCGUGGGGUGAGGUGAGCAGGCCCGGGGAGGGUGGUUACCGCUGAGGAGCUGCAGUCUCUGUCAAGAUGAUAGAGGUACUGACAACAACUGACUCUCAGAAACUGCUACACCAGCUGAAUGCCCUGUUGGAACAGGAGUCUAGAUGUCAGCCAAAGGUCUGUGGUUUGAGACUAAUUGAGUCUGCACACGAUAAUGGCCUCAGAAUGACUGCAAGACUAAGGGACUUUGAAGUAAAAGAUCUUCUUAGUCUAACUCAGUUCUUUGGCUUUGACACAGAGACAUUUUCUCUAGCUGUGAAUUUACUGGACAGAUUCCUGUCUAAAAUGAAGGUACAGCCCAAGCACCUUGGGUGUGUUGGACUGAGCUGCUUUUAUUUGGCUGUAAAAUCAAUAGAAGAGGAAAGGAAUGUCCCAUUGGCAACUGACUUGAUCCGAAUAAGUCAAUAUAGGUUUACGGUUUCAGACUUGAUGAGAAUGGAAAAGAUUGUAUUGGAGAAGGUGUGUUGGAAAGUCAAAGCUACUACUGCCUUUCAAUUUCUGCAACUGUAUUAUUCACUCCUUCAAGAGAACUUGCCACUUGAAAGGAGAAAUAGCAUUAAUUUUGAAAGACUAGAAGCUCAACUGAAGGCAUGUCAUUGCAGGAUCAUAUUUUCUAAAGCAAAGCCUUCUGUGUUGGCAUUGUCUAUCAUUGCAUUAGAGAUCCAAGCACAGAAGUGUGUAGAGUUAACAGAAGGAAUAGAAUGUCUUCAGAAACAUUCCAAGGAUUAUUACAGCACCAAAAAACUUCUCUGAAGCCUUUCUCCACAACCUUGUUCUAUGGAUUCCAUAAUGUUACAAUGGAUUUAAGCUAUGAAGCCUCAAAACAUCACGAGAUAAGCAUGAUGGUCUCAGACUUGGGAAAACUGCCUAAUAUUAUGCUGUAGUGGAAUUAUGUUUAGAUUUGAAUUCAUCUGUGAAGCAUUCAAAUCAAAGCUAAAAGCCUAAAUGUGAAAUGCUAAUGACAAGCCUGAGAAGGUAAACUGUGAAUCUUCAUUUCUAUCAUUGAUCUAACUUUAGAUAUUGGAUCAAUAUAUUUAGGUGGUAUUGAAAAUGCUAUUGGAGGAGUCACACUAAUACUAUCAACUAUCAGUCUUCCCACAGCUUCAAUCACUGUCAUUAUUCUAAUCCUACUCCUACUUAAAUUUUAAGUUAUGAGGUUUAUGUCAAAAGCAACAUUUCACAAAUGUACUUUUAAGGCAUAAUAAGGGUUAACAUUCUAGGCAGUAUAAACACACCCCAUAAUGCAAGUAAUAGGUAAUCUAGAGAUGUGGACUUUAUUGCUAUAUGGGAAUUACAUUUAAAUUUGAGGGCAUUUUAUAUAAAGAAAAAUACAGACCUAUAAAGUUUGGCAUAUUCAUUAAGUUAUCUUUUAAUAUUUUUUUCUAGAAAACAGGUGACAUUUGUAUCUACGAUAAAAAUUUUUAUACAGAACCUACUGCCUCAAACUGAAUCCCAUCAAGAAAACUAGUUUCUAUUGUAUUAGUAACUCAAAAUAAAUUAUCACUUCGAAAACUUGCUUUCCCACACUAAGGUAAGUUCAGACUAGAUUGAACACUCCAGAAUUUUUUACUACAGACUGUUUUUAAGUUAGAAGUGAUGGCAAUUUUAUAAAUAGAGAAUAUACUUCCACUGAUGCCCUUACUGUGCCAAAACAAAAAUCUUAAGAAAAGCAAGUAGACACCUUCAUAACUAUGAAUGAAGCUGCUGAAGUAGUGUUUAGGAUCCUCCAUGGCAGUUAGUGAAUGUAAGAAGUACAGUGUUAAAGUGUUGUAAACAGUUACUCAGUGCAAUGUAUAGCCUGAGUCUAUCCAUGAUGGCUAUAUCCAAUUUGACAUCACGUUAUGGAUCAGUACACAAUGAAAAACCAAAGAACCACAGUAUAUCUUAUUCUUAACUUUUGUAAACCAUGUUUUAUGGGUAACUUUUUAGUUUUCCCAAAAGGCUGAUAAAUUUCAAUAUUUUGAAUACAUCAUUGUUAAUUUUGAGUUGGCAGAGGUAAACUAACCAACUACCAUUAUGUUUUAGUACUAAGGGAUAUACCUUUCAAUAAAGUUAAUGAAAUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -654.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 512.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((((((((.((.((((.....)))).))..))).))))))).))))..((((((((((((((....)))))))))((((...(((......(((((((((((((((((((.((((..(((((((((.........)))))))))((((..(((.....)))..)))).)))).))).)))))))))))))).))......))).)))).((((((((((((((...))))))))..)))).))......)))))(((..(((((((.....))).......(((((....))))).((((...((((((((((((.((((.(((((((((((.....))))).)).........)))).))))..(((((..(((((((((((((((......)))).)).)))))))))....))))))))))))..)))))...)))).....((((..((((((.((((((((((((....)))))))((((((((((((((.(((((((((...))))).)))).)))...)))))))))))....))))).)).)))).))))((((((.(((((((.((((....(((((((((..(((((.((((((((((((((..(((((((..(((((.....(((((((((.((((...((((((((.((((((...((((..((((.(((..(.(((((((..(.(((........((((..((((((((((.(.......).)))).)))))).)))))))...)..))))))).)))).))))...((((((((((.((.((((.(((........)))...))))..((((((((.((((.(((.((((.........)))))))))))(((((....))))).......))))))))....))))))))))))............))))....)))))).......((((...)))).)))))))))))).))).))))))....(((((.........))))).)))))...))))))).......(((....)))......((((.(((((((.(((((.......)))))..(((((((((..((((((...((((.((((((((((((....)))...))))))))).)))).....((((((((((((((((....(.(((.((((....))))....))).).....))))))....((((((((((.........))))))))))))))))))))(((((((((...(((...((((((..........................))))))...))))))))).)))..........(((((((.(((..((((((...))))))...)))..((((((((((((..((((((...)))))).)))))..)))))))..)))))))..)))))).)))))))))......((((((.....(((((((((...((((......)))).))))))))).)))))).............))))))).))))..................)))))))))....))))).))))))))))))))(((..(((.((((((.((((((..((((((...)))))).)))).)).))))))..)))...)))((((.(((((......(((......))).....((((((.........))))))((((((((((...((((((((((...((((((((((........))))))))))..((((.....(((((.((.((((....)).))...)).)))))...)))).))))))))))....((((((((..((((((((((...((((((((((.....(((......)))...((((((((....((.(((((....((((((........)))))))))))...))....)))))))).......)))).))))))...)))(((.((((.(((...((.((((...)))).))((((((.((........))))))))...(((((((((.....................)))))))))(((........))).............))).)))).))))))))))....))))))))....(((((.((((.((((....))))..)))).)))))((((....(((((....)))))...))))......)))))))))))))))))))..(((((..(((.........)))))))).))))))))))).)))))).....))))..))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((,((((((({{({(,{(({(,....))},,)).}))}.))))))).}||{..(((..(((((((({....}))))))))}}|..,,|,{,.{{{{(((((((((((((((((((.((((..(((((((((.........)))))))))((({{{({{.....})),.)))).)))).))).)))))))))))))).||{{{..(((((((((((({(((((((((({...}))))))),..|||,,,....(((((({(,({...((,{{...{((((.{.....,|,}}})}..,)),))))}}},,))))).,..((((((((.((.(((((((.....))))).)).)).))}..))))),{|...,,}}}..(((((((((((((((......)))).))}})))))))).,,,))))))))))))..}))),,(((((.....))))).{(((((..((((.(((((((....))))))),,,||||,,|||||}((({(((((...))))).,})),)))..,))|||||||||{|.,},..,.})}}))),})}}|(((((.(((((((.((((..,,(((((((.......))))))).....,((({..(((((((..(((((.....((((({(((.((({..{((((((((,((((((,,,{(({..((((.(((..{.(((((((,,..(((........{{{{..((((((((((.{.......,.))))}}})))).}))))))..})..))))))).}))).))))...((((((((((.{{,(({(.{{{.......,|||...|||,..{((((((((((((.{{(.((((.........)))),)})))}|))))))))})),},,,,...,,,,,,},,,,.}}))))))))))............))}}.,..)))))).......{{{{...))})})))))))))))).))).})))))....(((((.........))))).)))))...)))))))...}}}}{{{....}}}{(((((((((((.((((.{((((((((((((,{,,.{{{,,,.,.}}},}}}..,,,.((((.((((((((({(,....,))...))))))))).)))),.,..((((((((((((((((....{.(((.((((....))))....))).,.....))))))....((((((((((.........)))))))))))))))))))).,|.,,.....,((((,{((((((.{(...{{(((((({...,{{.{{{{........((((((((.(((..({.............,,,,,...{{{{{,...,}}|||{{((((({,,.((({(((((..((((({...}))))).)))))..((((((.((((((,...{(((...((.((((((.......((((((..(({({(({,(({...((((......))))})))))))),.))))))........,,...{(((((({((((({.{(((({((,.....(((((.......))))).....}}}{{{{{(......}}}}}}{(((({.((((((..((((((...}))))).)))).)).}))))),}))))).)))).....))))))))}.|||......}},.,....,,{(({.{{{..,.,,))),.,||..,.{,...{(((((((((...{(((((((((........))))))))))..((((.,,..(((((.((.{{,,....,,.}}...)).))))),,.)))).)))))))))}...,}}},,.....}}}..)))))).))...)))))))))).))))))...,,,.,,,}|}},.........,}},)}}}.},,}))})),.))).))))))))})))))))))))).,})})))))))))))|(((((.((,,{{((((.((((.(((...((.((({...}))).))((((((.((........))))))))..{(((((((((......{{......}}.....)))))))))),|,.......}}..............))).)))).))))))))))))),...||...{({{{...})))),..||....}))))))))))..}),)))).....(((((....))))).,{{....}}|..,,....{(((((...{(.....))..)))))))))))))))))}.,}}.))))))))))).)))))}...........,,,,..,,..
Back