Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364021.1
Sequence Length
2294 nt
GC Content
0.3814
AUUCCUCGUUAGGGCAGGCGCGGCCCCUUCGGCUCCGAGCUGACCCUGAUCAGGGCCGAGUUGUCUCGGCGGCGCUGCCGAGGCCUCCACCCAGGACAGUCCCCCUCCCCGGGCCUCUCUCCUCUUGCCUACGAGUCCCCUCUCCUCGUAGGCCUCUCGGAUCUGAUAUCGUGGGGUGAGGUGAGCAGGCCCGGGGAGGGUGGUUACCGCUGAGGAGCUGCAGUCUCUGUCAAGAUGAUAGAGGUACUGACAACAACUGACUCUCAGAAACUGCUACACCAGCUGAAUGCCCUGUUGGAACAGGAGUCUAGAUGUCAGCCAAAGGUACAGCCCAAGCACCUUGGGUGUGUUGGACUGAGCUGCUUUUAUUUGGCUGUAAAAUCAAUAGAAGAGGAAAGGAAUGUCCCAUUGGCAACUGACUUGAUCCGAAUAAGUCAAUAUAGGUUUACGGUUUCAGACUUGAUGAGAAUGGAAAAGAUUGUAUUGGAGAAGGUGUGUUGGAAAGUCAAAGCUACUACUGCCUUUCAAUUUCUGCAACUGUAUUAUUCACUCCUUCAAGAGAACUUGCCACUUGAAAGGAGAAAUAGCAUUAAUUUUGAAAGACUAGAAGCUCAACUGAAGGCAUGUCAUUGCAGGAUCAUAUUUUCUAAAGCAAAGCCUUCUGUGUUGGCAUUGUCUAUCAUUGCAUUAGAGAUCCAAGCACAGAAGUGUGUAGAGUUAACAGAAGGAAUAGAAUGUCUUCAGAAACAUUCCAAGAUAAAUGGCAGAGAUCUGACCUUCUGGCAAGAGCUUGUAUCCAAAUGUUUAACUGAAUAUUCAUCAAAUAAGUGUUCCAAACCAAAUGUUCAGAAGUUGAAAUGGAUUGUUUCUGGGCGUACUGCACGGCAAUUGAAGCAUAGCUACUACAGAAUAACUCACCUUCCAACAAUUCCUGAAAUGGUCCCUUAACUGGAUUAUUACAGCACCAAAAAACUUCUCUGAAGCCUUUCUCCACAACCUUGUUCUAUGGAUUCCAUAAUGUUACAAUGGAUUUAAGCUAUGAAGCCUCAAAACAUCACGAGAUAAGCAUGAUGGUCUCAGACUUGGGAAAACUGCCUAAUAUUAUGCUGUAGUGGAAUUAUGUUUAGAUUUGAAUUCAUCUGUGAAGCAUUCAAAUCAAAGCUAAAAGCCUAAAUGUGAAAUGCUAAUGACAAGCCUGAGAAGGUAAACUGUGAAUCUUCAUUUCUAUCAUUGAUCUAACUUUAGAUAUUGGAUCAAUAUAUUUAGGUGGUAUUGAAAAUGCUAUUGGAGGAGUCACACUAAUACUAUCAACUAUCAGUCUUCCCACAGCUUCAAUCACUGUCAUUAUUCUAAUCCUACUCCUACUUAAAUUUUAAGUUAUGAGGUUUAUGUCAAAAGCAACAUUUCACAAAUGUACUUUUAAGGCAUAAUAAGGGUUAACAUUCUAGGCAGUAUAAACACACCCCAUAAUGCAAGUAAUAGGUAAUCUAGAGAUGUGGACUUUAUUGCUAUAUGGGAAUUACAUUUAAAUUUGAGGGCAUUUUAUAUAAAGAAAAAUACAGACCUAUAAAGUUUGGCAUAUUCAUUAAGUUAUCUUUUAAUAUUUUUUUCUAGAAAACAGGUGACAUUUGUAUCUACGAUAAAAAUUUUUAUACAGAACCUACUGCCUCAAACUGAAUCCCAUCAAGAAAACUAGUUUCUAUUGUAUUAGUAACUCAAAAUAAAUUAUCACUUCGAAAACUUGCUUUCCCACACUAAGGUAAGUUCAGACUAGAUUGAACACUCCAGAAUUUUUUACUACAGACUGUUUUUAAGUUAGAAGUGAUGGCAAUUUUAUAAAUAGAGAAUAUACUUCCACUGAUGCCCUUACUGUGCCAAAACAAAAAUCUUAAGAAAAGCAAGUAGACACCUUCAUAACUAUGAAUGAAGCUGCUGAAGUAGUGUUUAGGAUCCUCCAUGGCAGUUAGUGAAUGUAAGAAGUACAGUGUUAAAGUGUUGUAAACAGUUACUCAGUGCAAUGUAUAGCCUGAGUCUAUCCAUGAUGGCUAUAUCCAAUUUGACAUCACGUUAUGGAUCAGUACACAAUGAAAAACCAAAGAACCACAGUAUAUCUUAUUCUUAACUUUUGUAAACCAUGUUUUAUGGGUAACUUUUUAGUUUUCCCAAAAGGCUGAUAAAUUUCAAUAUUUUGAAUACAUCAUUGUUAAUUUUGAGUUGGCAGAGGUAAACUAACCAACUACCAUUAUGUUUUAGUACUAAGGGAUAUACCUUUCAAUAAAGUUAAUGAAAUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-599.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -646.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 533.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((((.((.((((.....)))).))..))).)))))))..(((..(((..(((((((((....))))))))))))..))).((.....(((((((((((((((((((.((((..(((((((((.........)))))))))((((..(((.....)))..)))).)))).))).)))))))))))))).))...))((((..((((((((((((((((((...))))))))..)))).))....((((...)))).....))).)..)))).......(((((....)))))..(((((((..(((((((((((.(((.(((((((((...))))).)))).))).))).......))))))))....)))..)))).)))))((((.(((((((.((((....(((((((((..(((((.((((((((((((((..(((((((..(((((.(((((.((....((((((..((((..(((((.((((....((...(((((......((((((((((((((.(((...........((((((((((.(.......).)))).))))))....((((((...(((((..((.((.((((((..((((((((((.((.((((.(((........)))...))))..((((((((.((((.(((.((((.........)))))))))))(((((....))))).......))))))))....)))))))))))).................((.(((((........))))).)).)))))).))))..(((((((....)))))))..)))))..))))))...........))))))))))))))).))..((((((..(.(((.....))).)....)))))))))))...))....)))).))))))))))))))).(((.((((((((.......)))))))).)))..........((((...)))))).))))).....((((((..(((((...))))).....)))).))..)))))...))))))).......(((....)))......((((.(((((((.(((((.......)))))..(((((((((..((((((...((((.((((((((((((....)))...))))))))).)))).....((((((((((((((((....(.(((.((((....))))....))).).....))))))....((((((((((.........))))))))))))))))))))(((((((((...(((...((((((..........................))))))...))))))))).)))..........(((((((.(((..((((((...))))))...)))..((((((((((((..((((((...)))))).)))))..)))))))..)))))))..)))))).)))))))))......((((((.....(((((((((...((((......)))).))))))))).)))))).............))))))).))))..................)))))))))....))))).))))))))))))))(((..(((.((((((.((((((..((((((...)))))).)))).)).))))))..)))...)))((((.(((((......(((......))).....((((((.........))))))((((((((((...((((((((((...((((((((((........))))))))))..((((.....(((((.((.((((....)).))...)).)))))...)))).))))))))))....((((((((..((((((((((...((((((((((.....(((......)))...((((((((....((.(((((....((((((........)))))))))))...))....)))))))).......)))).))))))...)))(((.((((.(((...((.((((...)))).))((((((.((........))))))))...(((((((((.....................)))))))))(((........))).............))).)))).))))))))))....))))))))....(((((.((((.((((....))))..)))).)))))((((....(((((....)))))...))))......)))))))))))))))))))..(((((..(((.........)))))))).))))))))))).)))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((({((((((({{({(,{(({(,....))},,)).}))}.))))))).,||(..(((..(((((((({....}))))))))}}}..))}.({...,.(((((((((((((((((((.((((..(((((((((.........)))))))))((({{{({{.....})),.)))).)))).))).)))))))))))))).))...},{{{|.,|||{{(((((((((((({...})))))))..}))).}}....((((...|))}...{{}||.,.,||||.,....,{{{{|....})))).}|{{{(((..((((((((((({(((.((({(((((...))))).}))).))).,,)}}},...})))))))....)))..}})}.)}}||{(((.(((((((.((((..,,(((((((,,....,}}})))}.....(({{,,.(((((((((.,,{{.,...,{((....((((((..((((..(((((.((((....{{...(((((......((((((((((((((.(((.....,,,,..((((((((((.{.......,.))))}}}))))..,,|(((({...(((({..{{.((.((((((..((((((((({,((.((((.,,(.......{|||...|||..,{((((((((((((.{{(.((((.........)))),)})))}}))))))))})),}.,,,....,},},},,,,.||}||}}}})}}...,,,,,...,.....{{,|||{|,,.,,.,,)))}).},.)))))).))}}..{{(((({....|}})}}}..}}}}},.)))))}...........))))))))))))))).))..((((((..(.(((.....))).)....)))))))))))...}}....)))).))))))))))))))).(((.((((((((.......)))))))).)))..,},.....,.||)))))))))....|||,,..{|||||,,{{{{{..,||||,.....,,,)})),.,,,.{{{.,,,)))|{{.....,,,..}})..,(((((((((((.((({.{((((({{{((({|{,,.{|{|||,|,}},}})}..,,,.((((.((((((((({(,....,))...))))))))).)))),,,..((((((((((((((((....{.(((.((((....))))....))).}.....))))))....((((((((((.........))))))))))))))))))))..,..,.....,((((,{((((((.{(...{{((((((,...,{{.{{{{..,,,...((((((((.(((..{{.............,,,,,...{{{({,...,}}|||{{((((({,,.((({{((((..((((({...)))))).)))))..((((((.((((((,...{({{...((.((((((.......((((((..(({({{({,(({...((((......))))})))))))),.))))))........,,...{(((((({(({(({.{{(({{((,.....(((((.......))))).....}}}{{{{{(,.....}}}}}}{(((({.((((((..((((((...}))))).)))).)).}))))),}))))).)))}.....))))))))}.|||......}},.,...,,,((({.{{,..,.},))),.,||..,,{{...{(((((((((...{(((((((((........))))))))))..((((.,,..(((((.((.{{,,....,,.}}...)).))))),,.)))).)))))))))}...,}}},,.....}}}..)))))).))...)))))))))).))))))...,,,.,,,}||},.........,}}})}},.},}}}}}))..))).))))))))))))))))))))),,))})))))))))))|(((((.((,.{{((((.((((.(((...((.((({...}))).))((((((.((........))))))))..{(((((((((......{{......}}.....)))))))))),|,.......}}..............))).)))).))))))))))))),...||,,,||{{(,,,|}|||,.,||,...,))))}})))).,}),)}}|.....(((((....))))).,,|,,..|||,,,,....{|||||,,.{(,....}}..))}}}}}))))))))))},}}}.))))))))))).)))}||........,..,},,......
Back