Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364105.2
Sequence Length
4351 nt
GC Content
0.4229
AUUAUUGAUCUGAAGGGUAAAUGUGGAGGGAGCCACAGAGAGGGGUCCAGGCUUUUCUGAGAAGAGAGGCAGCCUCUUCCAGGAAGAAAGUGGUGUCUACUGGCUGCCCGGCCUGGAGAACCUUCUUUGAAUGAAAACGGACAAAAUGCAAAGCAGUGUGUUGGCACAGUGAUUUGGAAAGGGGAAACAGAAGAGAAGGGUCUCACCUUCCGCGCAAGGCUGAGCUGUUGGCACCCUGCUGCGGCCGUCGGUGCUGCUGCUCCUGCAGCUGCCUUUUCUGCCAUCAGAGAUGGAGUCUCAGUAUGUUUACCAGACUUGUUUCUAACUUCUGACAUCAAGCGAUUCUUCCCCCUCAGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUUACAGCUUUGUUACCUAACAGCUUGGCUCUUUUGGGAAAUAUAGACAAGCUGGAACCCAGGAGCAGUUGGGAGUUUUAAAGAAUGCCAGCCUUUUUAAAGCUUUGAUGUCCAGUGCUAUAGAAUCAAGUUACUGUGGAGGUCAAAACAAUUUGAGAUACAUAAGCUGGCCUUAGAAAAUAAAUUGCCUCUAACUUACAGUGAGGAGCUCAACAUAACAGGGAAAAGGAGCACAGGAUGCAGCUACUUGGAGGGUGUUGAUUGAAAACUUCGAUCUCCCCACCCCAUUCACGGUUGAUUUGACGGAUUUCUCACCUCGUUCACAGAGAAAAUUUCAAUUAAGGCCCCUUUAGAUGGAAUAUAAUACAGCAGAAGCCUUUUCAUCAAAAGGAUUAAUGCCUGCAUCAUCAUUUCUGCAAUAAAACAAGAAGCUAAGUGGUGGAGGCCACAGACACCUCAAACCUGGAUUCCACAAUUCUACGUUAAGUGUUGGAGUUUUUAUUACUCUGCUGUAGGAAAGCCUUUGCCAAUGCUUACAAGGAACUGUUUAUCCCUGCUUCUCUGGGUUCUGUUUGAUGGAGGUCUCCUAACACCACUACAACCACAGCCACAGCAGACUUUAGCCACAGAGCCAAGAGAAAAUGUUAUCCAUCUGCCAGGACAACGGUCACAUUUCCAACGUGUUAAACGUGGCUGGGUAUGGAAUCAAUUUUUUGUGCUGGAAGAAUACGUGGGCUCCGAGCCUCAGUAUGUGGGAAAGCUCCAUUCCGACUUAGACAAGGGAGAGGGCACUGUGAAAUACACCCUCUCAGGAGAUGGCGCUGGCACCGUUUUUACCAUUGAUGAAACCACAGGGGACAUUCAUGCAAUAAGGAGCCUAGAUAGAGAAGAGAAACCUUUCUACACUCUUCGUGCUCAGGCUGUGGACAUAGAAACCAGAAAGCCCCUGGAGCCUGAAUCAGAAUUCAUCAUCAAAGUGCAGGAUAUUAAUGAUAAUGAGCCAAAGUUUUUGGAUGGACCUUAUGUUGCUACUGUUCCAGAAAUGUCUCCUGUGGGUGCAUAUGUACUCCAGGUCAAGGCCACAGAUGCAGAUGACCCGACCUAUGGAAACAGUGCCAGAGUCGUUUACAGCAUUCUUCAGGGACAACCUUAUUUCUCUAUUGAUCCCAAGACAGGUGUUAUUAGAACAGCUUUGCCAAACAUGGACAGAGAAGUCAAAGAACAAUAUCAAGUACUCAUCCAAGCCAAGGAUAUGGGAGGACAGCUUGGAGGAUUAGCCGGAACAACAAUAGUCAACAUCACUCUCACCGAUGUCAAUGACAAUCCACCUCGAUUCCCCAAAAGCAUCUUCCACUUGAAAGUUCCUGAGUCUUCCCCUAUUGGUUCAGCUAUUGGAAGAAUAAGAGCUGUGGAUCCUGAUUUUGGACAAAAUGCAGAAAUUGAAUACAAUAUUGUUCCAGGAGAUGGGGGAAAUUUGUUUGACAUCGUCACAGAUGAGGAUACACAAGAGGGAGUCAUCAAAUUGAAAAAGCCUUUAGAUUUUGAAACAAAGAAGGCAUACACUUUCAAAGUUGAGGCUUCCAACCUUCACCUUGACCACCGGUUUCACUCGGCGGGCCCUUUCAAAGACACAGCUACGGUGAAGAUCAGCGUGCUGGACGUAGAUGAGCCACCGGUUUUCAGCAAGCCGCUCUACACCAUGGAGGUUUAUGAAGACACUCCGGUAGGGACCAUCAUUGGCGCUGUCACUGCUCAAGACCUGGAUGUAGGCAGCAGUGCUGUUAGGUACUUCAUAGAUUGGAAGAGUGAUGGGGACAGCUACUUUACAAUAGAUGGAAAUGAAGGAACCAUCGCCACUAAUGAAUUACUAGACAGAGAAAGCACUGCGCAGUAUAAUUUCUCCAUAAUUGCGAGUAAAGUUAGUAACCCUUUAUUGACCAGCAAAGUCAAUAUACUGAUUAAUGUCUUAGAUGUAAAUGAAUUUCCUCCAGAAAUAUCUGUGCCAUAUGAGACAGCCGUGUGUGAAAAUGCCAAGCCAGGACAGAUAAUUCAGAUAGUCAGUGCUGCAGACCGAGAUCUUUCACCUGCUGGGCAACAAUUCUCCUUUAGAUUAUCACCUGAGGCUGCUAUCAAACCAAAUUUUACAGUUCGUGACUUCAGAAACAACACAGCGGGGAUUGAAACCCGAAGAAAUGGAUACAGCCGCAGGCAGCAAGAGUUGUAUUUCCUCCCUGUUGUAAUAGAAGACAGCAGCUACCCUGUCCAGAGCAGCACAAACACAAUGACUAUUCGAGUCUGUAGAUGUGACUCUGAUGGCACCAUCCUGUCUUGUAAUGUGGAAGCAAUUUUUCUACCUGUAGGACUUAGCACUGGGGCGUUGAUUGCAAUUCUACUAUGCAUUGUUAUACUCUUAGCCAUAGUUGUACUGUAUGUAGCACUGCGAAGGCAGAAGAAAAAAGACACCCUGAUGACCUCUAAAGAAGACAUCAGAGACAACGUCAUCCAUUACGAUGAUGAAGGAGGUGGGGAGGAAGAUACCCAGGCUUUCGACAUCGGGGCUCUGAGAAACCCAAAAGUGAUUGAGGAGAACAAAAUUCGCAGGGAUAUAAAACCAGACUCUCUCUGUUUACCUCGUCAGAGACCACCCAUGGAAGAUAACACAGACAUAAGGGAUUUCAUUCAUCAAAGGCUACAGGAAAAUGAUGUGGAUCCAACUGCCCCACCAUACGAUUCACUGGCCACAUAUGCCUACGAAGGGAGUGGGUCCGUGGCAGAGUCCCUCAGCUCUAUAGACUCUCUCACCACAGAAGCCGACCAGGACUAUGACUAUCUGACAGACUGGGGACCCCGCUUUAAAGUCUUGGCAGACAUGUUUGGCGAAGAAGAGAGUUAUAACCCUGAUAAAGUCACUUAAGGGAGUCGUGGAGGCUAAAAUACAACCGAGAGGGGAGAUUUUUAAAAAAGAAAAAGAAACACAAAUAUUAAUAGAAAUCUCUCUCACACACACACACACACACAAACACACACACACACACACACACUCUGGGACAAGAUUCCUUUGAUUACCUGGUUUCUAGUAAGUUACUAAAUUAAUCAUAUUGUCAGUUUUGGUUUAUUCUGCCAACAAGAGAUACAUCCUAUAAUGUGUACUUGCUUUGUUUUGUUGUUUUGUUUUUUCACAAUCACACUGAGACAAGCUCAGGCCUAUUCAAUACAAUUUACUGACAUGACAACCUAGAACGAAGAUAGCUAUGUGGCAUCACGGUGGAAGAGUGUUAGAUUUUUCUUAAUUCCACUAAAGUGCCUAUUGAAACUCUUAUCAUUUAAAGUGGUGUACAGUACACUCUGCUGUGAUGGUAUUGCGGGAUUCAGAGAUAAAGACAUAAAACAAAGACACCGUCUUUAUGUCAAGAAGCAAUAGCGACACUCUGACUCUCCUCAUUCCUUUUGAGAACAAAAGAAGAACACUUUCUGAUCUCCACCUUCUUCUAAUUCAAAAGGUUUUCUUUUUCUUUUUUAAACUGUAUGCUAAAACGUAUUUGUUUAUCCUAUCCUUUCAGAAAAUUGAAAUAAAUAUGAAAAUAUCAAGUUCAAUAUGUAAGUCCCAAAUUCUAGAAACAAUGUUUGAUCUUAACAUUAGUUCACAUUAAAGCUGUUCAUUAAAAUGUUACUUUCUUUUCCAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAGAAAAAAUAUUCCUCUUUAUAAAGAGAGGCCUCAGGGCUCAAAUUACACAUUAAAAUAAAUAUUGGUUUUGCUUAAUAUUGUACUGGUGUGUGGAAAAUUGGUUUUAACAGUCACCAGAUUCAGCUUUUAGUCAUAGAUGUAAUUUCAAGUUGUGUUUCUAUGAAAAUUCUUAGAAGAAAAAAGUGCCAUUCAUUUAAGCAUGGAAAGAGAAAUUCAUUAUACAGUUUCUCAGAGUUUCUUACAAUCUAGUGAUUCUUUGAUGAGCAGCAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1184.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1269.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 1084.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((...((.(((((((.(((.(((((((((.(((((((((((((....)))))((((((((((((...))))).(((((...)))))))))))).))))))))...)))))))))........(.((((...(((...)))...)))).)....((((..(((...(((((....((((.....((((.((((((((((((..((((((((............))).)))))....)))).((((((((((..(((.((((((((.(((((...))))).......(((....)))..((((((.(((((....((((((((((..((....))...(((((((((...))).))))))....((((((((((.(((((.(((...)))...))))).)))).....))))))...(((((......)))))(((((((((((.........)))))))))))))))))).))).....))))).))))))(((((((((((........((((((...((.....))..)))))).........)))))).....)))))(((...)))..........))))))))))).))))).))))).....))))))))..)))).....))))....)))))...))).))))..((((((.((....((((((............))))))...)))))))))))))))))).)).........(((((((((..((((((....))))))......((((.((((((..(((((...........)))))....)))))).))))..(((...........)))(((((((..(((........)))..)))))))........))))))))).....((((((((...((((.(((.(((........)))....((((((.((((((((......(((((((.((.......................)).)))))))....)))))))).))))))........((((((.((((.((((.(((..(((.((((((((.....))))...)))).)))..)))......)))).)))).))).....)))((((((((((((((...(((((((((((((((....((..(((((.(((((((((...((((...))))))))))).(..((((((.(((((((.(((((((............((((((((((((((...........((((...((.((((...((((....))))...))))))..)))).((((.(((.........)))...)))).(((((((.(((((....))))).......(((((((.(((....(.((...((((....))))....)).)....))).)))).)))))))))).))))))))))))))((((....))))...(((((..((.(((.......).)).)).))))).))))))).))))))).))))))..).....((((..(((((((.............))).))))))))..((((((((((((((..((((((((....))).)))))..)).............(((((..((.(((...(....).....))).))..)))))(((....((((((..........(((..((((........((((((((..(((((....(((((.((((((((((.((...(((((.....(((((.....((((((.....((((...))))..))))))....))))))))))...)).))))))................(((((......)))))..)))).))))).....))))))))))))).....))))..)))...((((..(((((((......)))..(((((((..((((((((((................))))))))))))))))).....))))..))))....))))))...)))(((.(((..(((((...((((.(((..((((.(((.(.((.(((((((........((((...))))))))))).)).).))).))))..((((((((....)))).))))(((((.(.(((....)))).)))))(((((......((((....))))..(((((((((((.((((.(((((((..(((.((((((.((....))..))))))......(((((...........))))).))))).))))).)))).)))......))))))))))))).......(((((....)).)))...((((((((......(((((((.......)))))))))))))))...((((((.(((.....(((((((.....))))).)).....))).))))))))).)))).)))))..)))..)))...((((((...((.(((((((((((((((.......((....)).....(((((((((((((((..............((((.(((((.((((...............(((..((....))..))).......((((........))))........))))))))).)))).....)))))))).........(((((((........)))))))......))))))).)))))))........)))))))).)))))))).........))))))))))))..))))))).))...)))).)))...))))))))))).))).)))......)))))......((((...(.((((((....((((......)))))))))).)...)))))))))))..))))))))((((((((((.((.(((((((((.(.((....)).).)))))).......((((((......))))))((((((((((((((((......))(((((((.((....)))))).))).......((((((.((.((((((((.........(((((((...............))))))).......((((((((((((...((((.((((...........((((.(((((..(((((....((...))....))))).(((((((.((.(((..........(((...(((.......)))...))))))))))))))).(((((((((.((..((((.....(((.(((((........((((..(((.((((.....((..((((.....((((.....(((((....((((.((...........)).))))..))))).....))))......))))..))....)))).))).))))...........)))))((((((((((((...........................))))))))))))...............................................((((......)))).((((((..((((..((....))..))))...))))))....)))))))..))...))))))))).((((..((((((......)))))).))))(((((((((((((((.((((.......(((....(((((.....)))))....)))..............)))).))))))..)))))))))..........(((((...(((((((.......(((....)))...)))))))...)))))...))))))))))))).))))..))))).(((((((.....)))))))..(.((((((....(((.((.((((((((................)))))))).))..))))))))).)....))))))))))))))).))))))))........(((((.....)))))..))))))))))))))..........))).)).)))))))))).(((((.(((((......)))))..)))))......)))))))))..((((((....((((....))))....))))))...................(((..((((((.......))))))..)))........((((((((((((.......(((((((((........)))))))))...................(((((((....)))))))...((.((((.((((((((((((((((..((((((((......))))))))...((((((..((..(((.....)))..))..)))))).......)))))))....).))))))))..)))).))((((((((......((((((.(((..........))).))))))))))))))((((((((........))))))))((((((.((........)).)))))))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,.((((((((({{.((.(((((((.(((.(((((((((.(((((((((((((....)))))((((((((((((...))))).(((((...)))))))))))).))))))))...)))))))))........(.((((...(((...)))...)))).),|{.((((..(((...(((((....((((.....((((.((((((((((((..(((,(,(({(,.{({,...,)))})))))}}}.)))).((((((((((..(((.((((((((.(((((...))))).{{(({,({{,{{,|||,,((((((.(((((....((((((((((({{{....,,...{,{{({(((,,,|}},}|||||.,..((((({((({.((({{,(((...}||,..}}}}}.,,,,.,|..))))))...}|||}.},,..)))))||{((((((({.........)))))))))))}))))))},)).....))))).)))))},|{{{{{{|||,,|,,,..{|||||,,.,,...,.}},,}}||}}........,}}}}}}.....,,}}}|||,..}}}..........))))))))))).))))).))))).....))))))))..)))).....))))....)))))...))).)))).}|{{{,{{((.,,.((((((............)))))).},))))}}},)))))))))).)).........(((((((((..((((((....))))))......((((.((((((..(((((...........)))))....)))))).))))..{{(...........,}}(((((((,,,,,,,......})))}))))))}........)))))))))..,..((((((((.{.((({{(((.(((,.,,,...|||,,,.((((((.((((((((..,...(((((((.((.......................)).)))))))....)))))))).))))))...{,,.,,{.{{,.{{{|,|{||,(({..{{{.{||{((((.....)))),,,||||,|||,.|||......}}||,||||.|}|((((.,(((((...})))|,,)))}(((((((((((((((....{(..((((,,(((((((((...((({...})))))))))).{.{((((((.(((((((.((((,,.,{,,........((((((((((((((...,.,,,..,((((...((.((((.,,(((,...,))))...))))))..)))|,((((.(((.........}}}...,}}}.|||{|||,|||,,....,||||,.,,,,.(((({{{.{{{,,..},||.,,||,({{{,...})))).,,,...,)}).)))).}}})))}))).))))))))))))))((((....))))..,{((((,.{(,,,,....,,...)),)).))}),.))))))).))))))).))))))}.}.....(((({.(((((({....{{{{{(.{{{{,.,.(({{(((((({(((,{{,({,{..((((((((....))).)))))..})}...,||||...({{{((....((((.......}}}}..|((((((..((((((.((({{{(..(((.........(((((((((.........)))))...)))).,)))..}}.))}))}))}..})).))))))}}}}}}.{||{{.{...((((((...,.{{|{...}}}}..))))))...})))))}},},,)))).})))))....}}}}.})}}}},|,...,,},.))))))}.))))}{((((((((((((((({{(((({((,.,{,{((((........,.(((((((.((({.{(((({,.((((({...,((((...,,,,))))))......)))))),.)))))))))))...)}}},.}}))}{(.((({,.....}))).)}.,,,,,||.,,{{{,((((.(((.(({...})).))))))),,,,,.{{{{,{({,,{((((({{{..|||||}{|{{{|....,||{|||||.,,,)))).}})))))||}|.{||,,..}))}||||,|((((({...{.((((....))))},||||||(((((.((((.((((({{,{(({.{(((((.((....))..)))))}.}},,.({(((...,.......))))).)}})),))))).)))).)))),.....})})}))|||||.......{{{{{...,)),))),,.{(((((((......(((((((.......)))))))))))))))..}))}}}.))))))))))))))))))))}{{..,.||,(({((((.,({(,{{,{,||||||....,,}}|..}},.},((((({..,((.(((((((((((((((,,,..{,{.....}}.....(((((((((((((((......,.......((((.(((((.((((...............(((..((....})..)}}.......((((........))))..,.....))))))))).)))).,,..)))))))).........(((((((........)))))))......))))))).)))))))........)))))))).))))))))...,,)},))),,))))))),..))))))).))...))))|}))...)))))))),,|||}},||,,}},|||}||,|}}||}|{{{||.|..,,,})}),,}}}},}}}}.}))))}}}))}.,}}})}.})))))).})))))))){((((((((({((.(((((((((.,.((....}},).)))))).......((((((......))))))(((((((((((((({{.{{...,,(((((({{((....)))))).))).......((((((.((.((((((((.........(((((((...............))))))).......(((((((,((({...|||.......,,,.,..{{(((((.(((((..,{{,,..,,(,.{,||,,..|}|||((({{{{..,,.,,|,,,.,,....|||.},|(({{{....|||,,.,,,||||))))))|}|{(({(((((,,,..,{{{{{{{.|||||{{|,.,...,,{({,,,,((({({{(,{{{({.,,({{{.,,,{((({..},,{{{{{....((((,{({{{....,))}}).)))),,)}))),,,,.})))}.....))),.,}.})}})))),))),)})}.........,,|,{{{((((((((((((...........................))))))))))))),............................................,||{{,....,}})},{(((,,..((((,.{(,,,.,}.,))))...,)))))....))}}}}}|||||,.,}}}})))}.((((..((((((......)))))).))))(((((((({((((((.((((.......,,.....(((((.....)))))....,,,..............)))).))))))..}))))))))..,,,,,}}}(((({...(((((((.,,....{{{....})),..)))))))...))))),..))))))))))))|.,,....)))}||(({{{{|,,,..))))))).|(.((((((....{{{.((.((((((((................)))))))).))..},,)))))).),...))))))))))))))).)))))))).,......,,,,,....,)))))..))))))))))))))..........)))..)))))))))))}.(((((.(((((......)))))..))))),}}}},)))))))))..((((((....((((....))))....))))))...................({(.,((((((.......)))))).,)))........(((((((((((({....,.(((((((((........)))))))))........{{,......,}}(((((,...,))))}|(((....)))}.....(((((((((..,,.((((((((,...,,}))))))),,..})))))))},.,,,,,{,,,,,..,},,|}}}}|,|,{{{(((,,{{({{{{{{.,,,||,..,}}}})..{{|||||||....,|{||||}|,,.......{,{|,|.,,,,,),)))),,.((((((((........)))))))),((({{.{{.....,,.}),))))}))))))))))))).....
Back