Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001364107.2
Sequence Length
4076 nt
GC Content
0.4154
AUAUCACUCAGGAUCAUUGUGAGAGGACAGUCGUCAGCUUUCUCUCUGGCAAUGAGAAUUUUCUCACCCUCAAGACAUGCAAAUUACUUUUUUCAUCUGUUCUUUUUAUGUUAUUUGCAUAAUUUUAUCCUGCAAAAGUGAGAGCUGUCAAAAAUUAACCAUUUGGGGCUUUGGCAUUCAGUUAUGUGACCUUUUCCAGAGAGUUAGAUCUCUUCAGGGAACUAGGAACUUGAUGAGGAAGUGCUGAGAAGGUGGUCAGUGGCAGAAAGAGCGGAUGACGGAUGGGGACCAGCAGACAGUGAGGAGCUCAACAUAACAGGGAAAAGGAGCACAGGAUGCAGCUACUUGGAGGGUGUUGAUUGAAAACUUCGAUCUCCCCACCCCAUUCACGGUUGAUUUGACGGAUUUCUCACCUCGUUCACAGAGAAAAUUUCAAUUAAGGCCCCUUUAGAUGGAAUAUAAUACAGCAGAAGCCUUUUCAUCAAAAGGAUUAAUGCCUGCAUCAUCAUUUCUGCAAUAAAACAAGAAGCUAAGUGGUGGAGGCCACAGACACCUCAAACCUGGAUUCCACAAUUCUACGUUAAGUGUUGGAGUUUUUAUUACUCUGCUGUAGGAAAGCCUUUGCCAAUGCUUACAAGGAACUGUUUAUCCCUGCUUCUCUGGGUUCUGUUUGAUGGAGGUCUCCUAACACCACUACAACCACAGCCACAGCAGACUUUAGCCACAGAGCCAAGAGAAAAUGUUAUCCAUCUGCCAGGACAACGGUCACAUUUCCAACGUGUUAAACGUGGCUGGGUAUGGAAUCAAUUUUUUGUGCUGGAAGAAUACGUGGGCUCCGAGCCUCAGUAUGUGGGAAAGCUCCAUUCCGACUUAGACAAGGGAGAGGGCACUGUGAAAUACACCCUCUCAGGAGAUGGCGCUGGCACCGUUUUUACCAUUGAUGAAACCACAGGGGACAUUCAUGCAAUAAGGAGCCUAGAUAGAGAAGAGAAACCUUUCUACACUCUUCGUGCUCAGGCUGUGGACAUAGAAACCAGAAAGCCCCUGGAGCCUGAAUCAGAAUUCAUCAUCAAAGUGCAGGAUAUUAAUGAUAAUGAGCCAAAGUUUUUGGAUGGACCUUAUGUUGCUACUGUUCCAGAAAUGUCUCCUGUGGGUGCAUAUGUACUCCAGGUCAAGGCCACAGAUGCAGAUGACCCGACCUAUGGAAACAGUGCCAGAGUCGUUUACAGCAUUCUUCAGGGACAACCUUAUUUCUCUAUUGAUCCCAAGACAGGUGUUAUUAGAACAGCUUUGCCAAACAUGGACAGAGAAGUCAAAGAACAAUAUCAAGUACUCAUCCAAGCCAAGGAUAUGGGAGGACAGCUUGGAGGAUUAGCCGGAACAACAAUAGUCAACAUCACUCUCACCGAUGUCAAUGACAAUCCACCUCGAUUCCCCAAAAGCAUCUUCCACUUGAAAGUUCCUGAGUCUUCCCCUAUUGGUUCAGCUAUUGGAAGAAUAAGAGCUGUGGAUCCUGAUUUUGGACAAAAUGCAGAAAUUGAAUACAAUAUUGUUCCAGGAGAUGGGGGAAAUUUGUUUGACAUCGUCACAGAUGAGGAUACACAAGAGGGAGUCAUCAAAUUGAAAAAGCCUUUAGAUUUUGAAACAAAGAAGGCAUACACUUUCAAAGUUGAGGCUUCCAACCUUCACCUUGACCACCGGUUUCACUCGGCGGGCCCUUUCAAAGACACAGCUACGGUGAAGAUCAGCGUGCUGGACGUAGAUGAGCCACCGGUUUUCAGCAAGCCGCUCUACACCAUGGAGGUUUAUGAAGACACUCCGGUAGGGACCAUCAUUGGCGCUGUCACUGCUCAAGACCUGGAUGUAGGCAGCAGUGCUGUUAGGUACUUCAUAGAUUGGAAGAGUGAUGGGGACAGCUACUUUACAAUAGAUGGAAAUGAAGGAACCAUCGCCACUAAUGAAUUACUAGACAGAGAAAGCACUGCGCAGUAUAAUUUCUCCAUAAUUGCGAGUAAAGUUAGUAACCCUUUAUUGACCAGCAAAGUCAAUAUACUGAUUAAUGUCUUAGAUGUAAAUGAAUUUCCUCCAGAAAUAUCUGUGCCAUAUGAGACAGCCGUGUGUGAAAAUGCCAAGCCAGGACAGAUAAUUCAGAUAGUCAGUGCUGCAGACCGAGAUCUUUCACCUGCUGGGCAACAAUUCUCCUUUAGAUUAUCACCUGAGGCUGCUAUCAAACCAAAUUUUACAGUUCGUGACUUCAGAAACAACACAGCGGGGAUUGAAACCCGAAGAAAUGGAUACAGCCGCAGGCAGCAAGAGUUGUAUUUCCUCCCUGUUGUAAUAGAAGACAGCAGCUACCCUGUCCAGAGCAGCACAAACACAAUGACUAUUCGAGUCUGUAGAUGUGACUCUGAUGGCACCAUCCUGUCUUGUAAUGUGGAAGCAAUUUUUCUACCUGUAGGACUUAGCACUGGGGCGUUGAUUGCAAUUCUACUAUGCAUUGUUAUACUCUUAGCCAUAGUUGUACUGUAUGUAGCACUGCGAAGGCAGAAGAAAAAAGACACCCUGAUGACCUCUAAAGAAGACAUCAGAGACAACGUCAUCCAUUACGAUGAUGAAGGAGGUGGGGAGGAAGAUACCCAGGCUUUCGACAUCGGGGCUCUGAGAAACCCAAAAGUGAUUGAGGAGAACAAAAUUCGCAGGGAUAUAAAACCAGACUCUCUCUGUUUACCUCGUCAGAGACCACCCAUGGAAGAUAACACAGACAUAAGGGAUUUCAUUCAUCAAAGGCUACAGGAAAAUGAUGUGGAUCCAACUGCCCCACCAUACGAUUCACUGGCCACAUAUGCCUACGAAGGGAGUGGGUCCGUGGCAGAGUCCCUCAGCUCUAUAGACUCUCUCACCACAGAAGCCGACCAGGACUAUGACUAUCUGACAGACUGGGGACCCCGCUUUAAAGUCUUGGCAGACAUGUUUGGCGAAGAAGAGAGUUAUAACCCUGAUAAAGUCACUUAAGGGAGUCGUGGAGGCUAAAAUACAACCGAGAGGGGAGAUUUUUAAAAAAGAAAAAGAAACACAAAUAUUAAUAGAAAUCUCUCUCACACACACACACACACACAAACACACACACACACACACACACUCUGGGACAAGAUUCCUUUGAUUACCUGGUUUCUAGUAAGUUACUAAAUUAAUCAUAUUGUCAGUUUUGGUUUAUUCUGCCAACAAGAGAUACAUCCUAUAAUGUGUACUUGCUUUGUUUUGUUGUUUUGUUUUUUCACAAUCACACUGAGACAAGCUCAGGCCUAUUCAAUACAAUUUACUGACAUGACAACCUAGAACGAAGAUAGCUAUGUGGCAUCACGGUGGAAGAGUGUUAGAUUUUUCUUAAUUCCACUAAAGUGCCUAUUGAAACUCUUAUCAUUUAAAGUGGUGUACAGUACACUCUGCUGUGAUGGUAUUGCGGGAUUCAGAGAUAAAGACAUAAAACAAAGACACCGUCUUUAUGUCAAGAAGCAAUAGCGACACUCUGACUCUCCUCAUUCCUUUUGAGAACAAAAGAAGAACACUUUCUGAUCUCCACCUUCUUCUAAUUCAAAAGGUUUUCUUUUUCUUUUUUAAACUGUAUGCUAAAACGUAUUUGUUUAUCCUAUCCUUUCAGAAAAUUGAAAUAAAUAUGAAAAUAUCAAGUUCAAUAUGUAAGUCCCAAAUUCUAGAAACAAUGUUUGAUCUUAACAUUAGUUCACAUUAAAGCUGUUCAUUAAAAUGUUACUUUCUUUUCCAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAAAAGAAAAAAUAUUCCUCUUUAUAAAGAGAGGCCUCAGGGCUCAAAUUACACAUUAAAAUAAAUAUUGGUUUUGCUUAAUAUUGUACUGGUGUGUGGAAAAUUGGUUUUAACAGUCACCAGAUUCAGCUUUUAGUCAUAGAUGUAAUUUCAAGUUGUGUUUCUAUGAAAAUUCUUAGAAGAAAAAAGUGCCAUUCAUUUAAGCAUGGAAAGAGAAAUUCAUUAUACAGUUUCUCAGAGUUUCUUACAAUCUAGUGAUUCUUUGAUGAGCAGCAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1077.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1155.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 1184.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((.(((((.((((((.(((.....))).)).)))).)))))((((....))))...........((((((((.((......................)).))))))))......))))))....)))))(((((..............(((((((((((..((((...(((((.(((((((((((((..(.((...((((.(((((..........))))).)))))).).))).))))).)))))))))).(((((...((((((((((((.(....((((.(((((..((((((((......((((((...((((..(((((((((((....(((((((((..(((((((...)))))))....)))))..)))).((((...((((....((((((............))))))...))))....))))(((((.(((((((...................))))))).)))))......).))))))((((((((..((.............)).))))))))((((.........))))...))))..))))(((.((((..((.(((((((((.((((((..(((......))).)))))).....)))))))))))..)))).)))...)))))).((((((.((((((((......(((((((.((.......................)).)))))))....)))))))).))))))...........(((.((((.((((.(((..(((.((((((((.....))))...)))).)))..)))......)))).)))).))).....))))))))..((((((((..(((((((((((((((....((..(((((.(((((((((...((((...))))))))))).(..((((((.(((((((.(((((((............((((((((((((((...........((((...((.((((...((((....))))...))))))..)))).((((.(((.........)))...)))).(((((((.(((((....))))).......(((((((.(((....(.((...((((....))))....)).)....))).)))).)))))))))).))))))))))))))((((....))))...(((((..((.(((.......).)).)).))))).))))))).))))))).))))))..).....((((..(((((((.............))).))))))))..((((((((((((((..((((((((....))).)))))..)).............(((((..((.(((...(....).....))).))..)))))(((....((((((..........(((..((((........((((((((..(((((....(((((.((((((((((.((...(((((.....(((((.....((((((.....((((...))))..))))))....))))))))))...)).))))))................(((((......)))))..)))).))))).....))))))))))))).....))))..)))...((((..(((((((......)))..(((((((..((((((((((................))))))))))))))))).....))))..))))....))))))...)))(((.(((..(((((...((((.(((..((((.(((.(.((.(((((((........((((...))))))))))).)).).))).))))..((((((((....)))).))))(((((.(.(((....)))).)))))(((((......((((....))))..(((((((((((.((((.(((((((..(((.((((((.((....))..))))))......(((((...........))))).))))).))))).)))).)))......))))))))))))).......(((((....)).)))...((((((((......(((((((.......)))))))))))))))...((((((.(((.....(((((((.....))))).)).....))).))))))))).)))).)))))..)))..)))...((((((...((.(((((((((((((((.......((....)).....(((((((((((((((..............((((.(((((.((((...............(((..((....))..))).......((((........))))........))))))))).)))).....)))))))).........(((((((........)))))))......))))))).)))))))........)))))))).)))))))).........))))))))))))..))))))).))...)))).)))...))))))))..((........))))))))))((((..((((...(.((((((....((((......)))))))))).)...))))..)))).((((....))))((((((((.((.(((((((((.(.((....)).).)))))).......((((((......))))))((((((((((((((((......))(((((((.((....)))))).))).......((((((.((.((((((((.........(((((((...............))))))).......((((((((((((...((((.((((...........((((.(((((..(((((....((...))....))))).(((((((.((.(((..........(((...(((.......)))...))))))))))))))).(((((((((.((..((((.....(((.(((((........((((..(((.((((.....((..((((.....((((.....(((((....((((.((...........)).))))..))))).....))))......))))..))....)))).))).))))...........)))))((((((((((((...........................))))))))))))...............................................((((......)))).((((((..((((..((....))..))))...))))))....)))))))..))...))))))))).((((..((((((......)))))).))))(((((((((((((((.((((.......(((....(((((.....)))))....)))..............)))).))))))..)))))))))..........(((((...(((((((.......(((....)))...)))))))...)))))...))))))))))))).))))..))))).(((((((.....)))))))..(.((((((....(((.((.((((((((................)))))))).))..))))))))).)....))))))))))))))).))))))))........(((((.....)))))..))))))))))))))..........))).)).))))))))......))))).))))....).)))))).))))))....))))).....((((((....((((....))))....))))))))))))))))))))).........((((((.......)))))))))))........((((((((((((.......(((((((((........)))))))))...................(((((((....)))))))...((.((((.((((((((((((((((..((((((((......))))))))...((((((..((..(((.....)))..))..)))))).......)))))))....).))))))))..)))).))((((((((......((((((.(((..........))).))))))))))))))((((((((........))))))))((((((.((........)).)))))))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,,{{,((((({(((((,((((((,{((,,,,.|||,|}.}|||,}||}|(({,,,,,|||||.......{{.,{(({,,,.{{,,,,.{{{{{,{{{{{{,,{{{||..,||)))},,.....,,,}},,,,}||}|{{(((,{({,,........,||||{||||||.||{{,,{{{{,,,||{(({{(((({({{(,.....||||}|{,||}},..,}}}})},))}))))))}},)))})))))},}))),))})})}|)))))|))))}|(((((((,..,((((,({(((,,(((((((({(,,,,({((((...((((..((((,{{((({,...((({(((((..(((((({...}))))))....)))))..,}},.||||,..{(((.,{,((((((............)))))).}})))),,,,})}}(((({.(((((((.........,,.....|.,))))))).)))))......||||}|||(((,{((({{{,.........,},}),.,,)))))),|||}........})))...))))..)))),{{.||||..|||{{{||||{{|||||||.||{{,,,,,,)}},,}}}||{{,,,|}}}|||}}||..||}}.}}}...)))})}.((((((.((((((((..,...(((((((.((.......................)).)))))))....)))))))).))))))...,,....,.{({.((((.((((.(((..(((.{(((((((.....))))...)))}.)))..)))......)))).)))).})},{,,,}|||||}}.,|||{{{||,,((((((({(((((((....{(..((((,,(((((((((...((({...})))))))))).{.{((((((.(((((((.((((,,.,{,,........((((((((((((((...,.,,,..,((((...((.((((.,,(((,...,))))...))))))..)))|,((((.(((.........}}}...,}}}.|||{|||,|||,,....,||||,.,,,,.(((({{{.{{{,,..},||.,,||,({{{,...})))).,,,...,)}).)))).}}})))}))).))))))))))))))((((....))))..,{((((,.{(,,,,....,,...)),)).))}),.))))))).))))))).))))))}.}.....{((({.(((((({....,{{{{{.{{{{,.,,|((((((((((((({{{,({,{..((((((((....))).)))))..}}|...,||||...({{{((..,,((((,.,....}}}}..|((((((..((((((.((({{{(..(({.........(((((((((.........)))))...)))).,)))..}}.}}}))}))}..})).))))))}}}}}}.{{{{{.{...((((((...,.{{|{...}}}}..))))))...})))))}}}}},)))}.})))))....}}}}.}}}}}},|,...,.},.))))))}.))))}{((((((((((((((({{(((({((,.,{,{((((.......,,.(((((((.((({.{(((({,.((((({...,((((...,,,,))))))......)))))),.)))))))))))...}}}},.}}))}{(.((({,.....}))).)},,,,|,||.,,{{{,((((.(((.(({...})).))))))),,,,,.{{{{,{({,,{(((({{{{..|||||}{|{|{|....,||{|||||.,,,)))).}})))))||}|.{||,,..}))}||}|,|((((({...{.((((....))))},||||||(((((.((((.((((({{,{(({.{(((((.((....))..}))))}.}},}.({(((...,.......))))).)}})),})))).)))).)))),....,})})}))|||||.......{{{{{...,)),))),,.{(((((((......(((((((.......)))))))))))))))..}}}}}}.))))))))))))))))))))}{{,.,.||,(({((((.,({{,{{,|,||||||,...,,}||..}},.},(((({{..,((.(((((((((((((((,,,..{,{.....}}.....(((((((((((((((......,.......((((.(((((.((((...............(((..((....})..)}}.......((((........))))..,.....))))))))).)))).,,..)))))))).........(((((((........)))))))......))))))).)))))))........)))))))).))))))))...,,)},))),,))))))),..))))))).)}...))))|}))...}))))))).,|,,,|,,,,,},}}}}})}}{{{{,.{(((.,.{.{{{{{|....{{{{......)))))))))).,.,.)))}.,)))),{{||,,,,))||(((((((({((.(((((((((.,.((....}},).)))))).......((((((......))))))(((((((((((((({{.{{...,,(((((({{((....)))))).))).......((((((.((.((((((((.........(((((((...............))))))).......(((((((,((({...|||.......,,,.,..{{(((((.(((((..,{{,,..,,(,.{,||,,..|}|||((({{{{..,,.,,|,,,.,,....|||.},|(({{{....|||,,.,,,||||))))))|}|{(({(((((,,,..,{{{{{{{.|||||{{|,.,...,,{({,,,,((({({{(,{{{({.,,({{{.,,,{((({..},,{{{{{....((((,{({{{....,))}}).)))),,)}))),,,,.})))}.....))),.,}.})}})))),))),)})}.........,,|,{{{((((((((((((...........................))))))))))))),............................................,||{{,....,}})},{(((,,..((((,.{(,,,.,}.,))))...,)))))....))}}}}}|||||,.,}}}})))}.((((..((((((......)))))).))))(((((((({((((((.((((.......,,.....(((((.....)))))....,,,..............)))).))))))..}))))))))..,,,,,}}}(((({...(((((((.,,....{{{....})),..)))))))...))))),..))))))))))))|.,,....)))}||(({{{{|,,,..))))))).|(.((((((....{{{.((.((((((((................)))))))).))..},,)))))).),...))))))))))))))).)))))))).,......,,,,,....,)))))..))))))))))))))..........)))..))))))))))},.,,,||}||,||}}....||))},}))))}}))}})}),|||.....{{{{||....((((....})))....)))))).}}}},)))),,,,,..,,{{{,,({{(((,,.....}}}}}}.}))}........((((((((((((,...,,.(((((((((........)))))))))........{{,......,}}(((((,...,))))}|(((....)))}.....(((((((((..,,.((((((((,...,,}))))))),,..})))))))},.,.,,{{,,,,,..,},.|}}}}},|,|||{{{|.{{{,{{,||,}}|||,..}})}}},,||||||||}....,{{||||}||,.......{{{|,|.,,,,,),)))),..((((((((........)))))))),{{{{{.||...,....}),)))))))))))))))))).....
Back