Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001365065.1
Sequence Length
2951 nt
GC Content
0.6134
ACUCAGCUCCUGCGCCGGGGGCGACAGAGCCGCAGGCGCCCGAGUCGAGUCCCAGCCAGCUACCAUCCCUCUGGAGCUUACCGGCCGGCCUUGGCUUCCCCAGGAAUCCCUGGAGCUAGCGGCUGCUGAAGGCGUCGAGGUGUGGGGGCACUUGGACAGAACAGUCAGGCAGCCGGGAGCUCUGCCAGCUUUGGUGACCUUGGGUGCUUGCCUCGUGCCCCUUGGUGCCCGUCUGCUGAUGUGCCCAGCCUGUGCCCGCCAUGCCGCCCUCCAUCUCAGCUUUCCAGGCCGCCUACAUCGGCAUCGAGGUGCUCAUCGCCCUGGUCUCUGUGCCCGGGAACGUGCUGGUGAUCUGGGCGGUGAAGGUGAACCAGGCGCUGCGGGAUGCCACCUUCUGCUUCAUCGUGUCGCUGGCGGUGGCUGAUGUGGCCGUGGGUGCCCUGGUCAUCCCCCUCGCCAUCCUCAUCAACAUUGGGCCACAGACCUACUUCCACACCUGCCUCAUGGUUGCCUGUCCGGUCCUCAUCCUCACCCAGAGCUCCAUCCUGGCCCUGCUGGCAAUUGCUGUGGACCGCUACCUCCGGGUCAAGAUCCCUCUCCGGAGAAUAAGCCAAUGCAUGGCAAGCACUAAAUCUUAGAUCCUGAAGACUCAGCCCUCGAGCAAAAGACAUGCACCUCCCCACUCACCGGGCCCUGGAAGAGGAGGGUGCUCCUCUUAGAGGCCCCUGGAGGCCAGGCGUGCCUCAGAGGGGCCUUUCGAGGCAGCUGGGAGGCAGAUCCUCACACUCUGCCCUCCUCUCCCCCAGGUACAAGAUGGUGGUGACCCCCCGGAGGGCGGCGGUGGCCAUAGCCGGCUGCUGGAUCCUCUCCUUCGUGGUGGGACUGACCCCUAUGUUUGGCUGGAACAAUCUGAGUGCGGUGGAGCGGGCCUGGGCAGCCAACGGCAGCAUGGGGGAGCCCGUGAUCAAGUGCGAGUUCGAGAAGGUCAUCAGCAUGGAGUACAUGGUCUACUUCAACUUCUUUGUGUGGGUGCUGCCCCCGCUUCUCCUCAUGGUCCUCAUCUACCUGGAGGUCUUCUACCUAAUCCGCAAGCAGCUCAACAAGAAGGUGUCGGCCUCCUCCGGCGACCCGCAGAAGUACUAUGGGAAGGAGCUGAAGAUCGCCAAGUCGCUGGCCCUCAUCCUCUUCCUCUUUGCCCUCAGCUGGCUGCCUUUGCACAUCCUCAACUGCAUCACCCUCUUCUGCCCGUCCUGCCACAAGCCCAGCAUCCUUACCUACAUUGCCAUCUUCCUCACGCACGGCAACUCGGCCAUGAACCCCAUUGUCUAUGCCUUCCGCAUCCAGAAGUUCCGCGUCACCUUCCUUAAGAUUUGGAAUGACCAUUUCCGCUGCCAGCCUGCACCUCCCAUUGACGAGGAUCUCCCAGAAGAGAGGCCUGAUGACUAGACCCCGCCUUCCGCUCCCACCAGCCCACAUCCAGUGGGGUCUCAGUCCAGUCCUCACAUGCCCGCUGUCCCAGGGGUCUCCCUGAGCCUGCCCCAGCUGGGCUGUUGGCUGGGGGCAUGGGGGAGGCUCUGAAGAGAUACCCACAGAGUGUGGUCCCUCCACUAGGAGUUAACUACCCUACACCUCUGGGCCCUGCAGGAGGCCUGGGAGGGCAAGGGUCCUACGGAGGGACCAGGUGUCUAGAGGCAACAGUGUUCUGAGCCCCCACCUGCCUGACCAUCCCAUGAGCAGUCCAGAGCUUCAGGGCUGGGCAGGUCCUGGGGAGGCUGAGACUGCAGAGGAGCCACCUGGGCUGGGAGAAGGUGCUUGGGCUUCUGCGGUGAGGCAGGGGAGUCUGCUUGUCUUAGAUGUUGGUGGUGCAGCCCCAGGACCAAGCUUAAGGAGAGGAGAGCAUCUGCUCUGAGACGGAUGGAAGGAGAGAGGUUGAGGAUGCACUGGCCUGUUCUGUAGGAGAGACUGGCCAGAGGCAGCUAAGGGGCAGGAAUCAAGGAGCCUCCGUUCCCACCUCUGAGGACUCUGGACCCCAGGCCAUACCAGGUGCUAGGGUGCCUGCUCUCCUUGCCCUGGGCCAGCCCAGGAUUGUACGUGGGAGAGGCAGAAAGGGUAGGUUCAGUAAUCAUUUCUGAUAUUUGCUGGAGUGCUGGCUCCACGCCCUGGGGAGUGAGCUUGGUGCGGUAGGUGCUGGCCUCAAACAGCCACGAGGUGGUAGCUCUGAGCCCUCCUUCUUGCCCUGAGCUUUCCGGGGAGGAGCCUUGGAGUGUAAUUACCUGUCAUCUGGGCCACCAGCUCCACUGGCCUGCCCGUUGCCGGGCCUGGACUGUCCUAGGUGACCCCAUCUCUGCUGCUUCUGGGCCUGAUGGAGAGGAGAACACUAGACAUGCCAACUCGGGAGCAUUCUGCCUGCCUGGGAACGGGGUGGACGAGGGAGUGUCUGUAAGGACUCAGUGUUGACUGUAGGCGCCCCUGGGGUGGGUUUAGCAGGCUGCAGCAGGCAGAGGAGAGUACCCCCCUGAGAGCAUGUGGGGGAAGGCCUUGCUGUCAUGUGAAUCCCUCAAUACCCCUAGUAUCUGGCUGGGUUUUCAGGGGCUUUGGAAGCUCUGUUGCAGGUGUCCGGGGGUCUAGGACUUUAGGGAUCUGGGGAAGGACCAACCCAUGCCCUGCCAAGCCUGGAGCCCCUGUGUUGGGGGGCAAGGUGGGGGAGCCUGGAGCCCCUGUGUGGGAGGGCGAGGCGGGGGAGCCUGGAGCCCCUGUGUGGGAGGGCGAGGCGGGGGAUCCUGGAGCCCCUGUGUCGGGGGGCGAGGGAGGGGAGGUGGCCGUCGAGUUGACCUUCUGAACAUGAGUGUCAACUCCAGGACUUGCUUCCAAGCCCUUCCCUCUGUUGGAAAUUGGGUGUGCCCUGGCUCCCAAGGGAGGCCCAUGUGACUAAUAAAAAACUGUGAACCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1297.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1349.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 855.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.(((((((((((((((((((.((.(((..((((((((((((((((((((((.((..(((.((((.((((.((.((((..((((.((((((((((...(((((....))))))))))).)))))))).)))).)))))).)))).))).((((.((......))))))..)).)))).))).((((....)))))).))))))))))))))))))))))).))))))..((((((((.......(((((((((((((((.....((...........))...(((((.((((((((...((((....))))(((((((((.((((.(((.((.((....)).))))).)))).))))))))).((....)).((((..(.((((((((((((.(.(((.(((((.((((((...))))))))))).))).).)))).....)).)))))))..)))).......(((((((((((((((((((..((((((...((((((((.(((((((((.....(((((((.((((.(((.....(((((((....((.((.(((....(((((((((((((.((((((((.........(((....))).....((((.....))))...(((((.(((((.(..((((......(((((((((((((.......))).((..(((.......)))....))((((((((....)))))))).(((((((((.((((((....).)))))..)))))))))))))))..))))(((((((((.........)))).))))).......))))..))))))..)))))....))))))))..))))))..)))))))..))))).))..(((((((((..(((((((.((((((((.(((((((((.(((((..((((.((((((.(((((((((.(((((((...(((((((...((((((((...(((....((((((........((((..(((((.(((((((.......)))))))((((((....(((((((((((...((.....((((..(((........)))..))))..............))...)))))............((((((......)))))))))))))))))).....(((((((((..(((((..((((......))))........))))))))))).)))...)))))..))))))))))....)))...)).)).))))...))).)))).))))).)).)))).)).))).........(((((...............)))))...(((.(((.((......)).))))))..)))))).)))).)))))))((((..((((.........))))))))......((((((.(((((((((((.((........)).((((((((....((((.(((..(((((((((((((.....(((......))).........))))))))).))))))).)))).............(((((((((((((((.((((...(((((((((....)))))))))))).).)))))))))......(((((((.........((((((((((..(((((........((((...(((((.((((((...)).))))..)))))...))))))))).)))))))))))))))))...(((..(..((((((.(((((((....(((((.(((.(((..((((........))))..))).))).)))))....))).)))).)))..)))..)..))).))))))))))))))))))))..)))))...))))))(((((((....)))))))....))))))).)).))).))).)))...)))).....)))))))))(((((....))))).....))))))).)).).)))).)))))))...((((((.(((((.....))).)).))))))))))))))).))))))))......(((((....)))))..(((...)))((((((...(((((((.....(((((((....)))))))((((((.(((((((((....))))))...))).).)))))((((((((.((((((((.((((..((((((((.(.....((((((((....)))))).))..).))))))))((.....))((.((.((.(((((.....(((.....(((((((.((((((((..(((((.....(((((.......)))))))))).))))))))...))))))).....)))))))).)).))))))))))))))))(((.(((((..(((..((((...((((..(((.(((((((.(((....)))..).)))))))).)..)))).))))..))).))))).))).)))))))))))))))..))))))......))))))))))))..)).))))))))))).))))))))..))))))))))))...))))))))))))))))..)))))....(((((((((.((((...(((......))))))).))).......(((((..(((.((((((.....))))))....((((((((((((..(((((.((((..((.(((((((.((((((.((((((((.(.((((..........)))).))))))..))))))))).)))).......))).))...)))).))))))))))))))))).))).))))).((.(((((((..((.(((.(((((((.(.(.....).).))))))).))).))..))))))).)))))))).((((((((((.((.(((.(((((((((((.(((.......))).))))))))...)))..))).))...))))))))))((((((..(((((((.(.((((((...)).))))).))))).))..)))))).....))).).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{(((((....(((((((((((,{(.(((..(((((((((((((((((({(((.(({((((.(((......,||}|||,..,|||.||{|||||||,..(((((....)))))|{({,,{||||||||,.}}|(((.((((((....)))))).))).,....}))))))}))))},))))),{(({....)))))},,))))))))))))))))))))))}})))))..,...))))).},..((((....(.((((((....((((((((..,.(((..(((((((({{((,.,.{{{....,}}}))).(((((((((.((((.(({.((.((....)).))})).)))).))))))))).((((,{((((((((({(({...((((({.((.((..(({{{|,..}}.,),)))))).}}.)}}}))))}))))))))))))))){((((((((.(((((.{{.((((.((((..(((.....(((((.((((((((((..((..((((((..(({......},..,,,((((((({{{,,,.(((({{(((,{(...(((..(((........(((((((...{(....}}.))))))).....})))..)))}})).}))}(({,...,}})..{((((((((((((((...,,{{...((((((.,.((((.((((,{.(((..(((.((.{(.(.(((((((((({...{(((((((((.((((((....}.)))))..)))))))))},{{(((((((((..((((((.........))))))(((((((((..(((((.{,{((.((((({(({{.,{,{(((((.(((((,(((,...}}}(((((((((.(((.((((.{((((.(.(((.((.{((({{....}))..))..)).))).).))))}.)))).)))})..)))))))...{((((((((((....)))||{{{{..,,,{(,,,,}|,,.,||||||,.|({{{,.||.}})),,||,|}}|}||,,,,,,}}))})}))))))).))))).,)))}}..))|..))),),)))..((((((..,,(((((..(((((..{((((({.,.....(((((.((((.,(((((((({....(((((((.....(((((((((..((,((..((((......))))..}}.,},))})}))}}}}{|||..,,.,{{|{((,...}}},..,|...((((.((((((((.(((((((..((((((.(((,(((..((((((((((((...{{.((((((..(((,,{(..(({{{,,.{||.{{(.....}}}.}}}.{(((,..,.}}}}..,}||}}}}}),)}..(((((((((((.(((((..........||{,{{{,.,({(((((((,((({{,{{{{{||,{((({{....,.||{({{{,,.{{((((((((((((({{,{({,,,.,{{((({{..(((.,((,((((((((||,,,,||||.,..((({.{{{.,.|||||||{{{{|||{{({{{((({{{(({({{{{|{||}||||||||,|||||,||{((.{...((((((({,{...,},((((((((((..(((({.......,((((...(((((((((({{...,}.))))),)))))...))))))))).))))))))))))))))),|,||{..,.,|,}|||}|||||||.}}}||||,.|||.|||.,{|||,,,,,,,.}}|,..})),)))})))))..,)))),))))}))))),))..))),,,...))))))))}})}|)))},..}))))))})))),})))),})))}},,},))))))...}}}},,)).}}}})))},.}})}})))))))))))))}}))(((((....))))))))..)))))).,},,,..)))}})))))))).{{|||{,||,,,,,{{{||||.|.||||||||}},|{|,{((((||(({{,...({{{,,}}}})))),,||}}},}},.|}}|||,,,|.|||||...,|,}}|.|},}}))}))}))}}|}}||}|((((((....))))))..,)}..})))))..)))))))))))).))).))))....}})))))....))))))))).}..)))}},)))))})}..,.,))))))...)))))))))))..))))))...((((.,.(((((((..((((((((..((((({,..,{{{,{......,}))))))))).))))))))..........((((((((((....(((.((((..((((((,.....}.))))))))))))).)))))))))).))))))),))))..}))}.)))))..)))))))))....)))).).))))...,,))))))))))).))).)).)))..))))))))..)))),.)))))),...{|.{{((((....}))}.}}|,,},|||((((((((,{,.{((....(((((((((...........|((((({,....,,.,.)))))...)))}}))))),.))),}},))}.....)))))..}..,..))))))))))))))))))).,))))))))))..))))))..))((((.((((((.((((((((.,.((((..........)))).,)))))..))))))))).))))........)))))},)))).))))).)))..))))..))))))))})),}}))}))))).))))))))...))).}..)))))))).)))))).)...)))).((((((......))))))((((((((((.((.(((.(((((((((((,(((.......))).))))))))...)))..))).))...))))))))))((((((..,,(((((.(.((((((...))},)))).))))).,)..)))))).......,.........
Back