Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001365854.1
Sequence Length
2264 nt
GC Content
0.4218
ACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGGAGAAGGGAAAAAAGAAUCCUCAUCAUUAAUGCAAGUGGAAGGAAACUCUUCACCAAAGAAUUGAUCACAUCAUGAAAGACUCUGACCAGGACAAUUGGGGGCCCUCUCCUUACAGCUACACUCCUAGGAAAGACCACCAUCAAUGAUUACCAGGUGAUCAGGAUGCCCUUCUCUCAUCUGUCUACCUACAGCCUGGUUUGGGUCAUGGCAGCAGUGGUGCUGUGCACAGCACAAGUGCAAGUGGUGACCCAGGAUGAAAGAGAGCAGCUGUACACACCUGCUUCCUUAAAAUGCUCUCUGCAAAAUGCCCAGGAAGCCCUCAUUGUGACAUGGCAGAAAAAGAAAGCUGUAAGCCCAGAAAACAUGGUCACCUUCAGCGAGAACCAUGGGGUGGUGAUCCAGCCUGCCUAUAAGGACAAGAUAAACAUUACCCAGCUGGGACUCCAAAACUCAACCAUCACCUUCUGGAAUAUCACCCUGGAGGAUGAAGGGUGUUACAUGUGUCUCUUCAAUACCUUUGGUUUUGGGAAGAUCUCAGGAACGGCCUGCCUCACCGUCUAUGUACAGCCCAUAGUAUCCCUUCACUACAAAUUCUCUGAAGACCACCUAAAUAUCACUUGCUCUGCCACUGCCCGCCCAGCCCCCAUGGUCUUCUGGAAGGUCCCUCGGUCAGGGAUUGAAAAUAGUACAGUGACUCUGUCUCACCCAAAUGGGACCACGUCUGUUACCAGCAUCCUCCAUAUCAAAGACCCUAAGAAUCAGGUGGGGAAGGAGGUGAUCUGCCAGGUGCUGCACCUGGGGACUGUGACCGACUUUAAGCAAACCGUCAACAAAGGCUAUUGGUUUUCAGUUCCGCUAUUGCUAAGCAUUGUUUCCCUGGUAAUUCUUCUCGUCCUAAUCUCAAUCUUACUGUACUGGAAACGUCACCGGAAUCAGGACCGAGAGCCCUAAAUAAGUCACACAGCACCCUGAAAGUGAUUCCCUGGUCUACUUGAAUUUGACACAAGAGAAAAGCAGGAGGAAAAGGGGCCAUUCUCCAAAGGACCUGAAAGAGCAAAAGAGGUGGGAGCGAAAGCCUUAAGGAUCCCACGACUUUUUACUGCCAUCUGAGCUACUCAGUGUUUGAAUCCCAAGAGGAAGUCAGUUUACCUCUCAGGUCUGUUGUAGGACUUGAUUUUGUAAAGCAAUGCCAUGUUAUGUGGUUGAAAGGGCACUGGACUUAGUUAGUAUCAGGAGCACUGAGCUCACAGACUGACUUGGGCUCCUACUGGUGGGGACCUCUGUUAGUCACUUUACCUCAUCCAAAGUAUAAAGGAAUUGGACCAAAUAAUUUACCACAUAGCUCUAAAACUUAAUUUAAAAUGUAAUUCCAGAAAAAAAAAGGGAAUAAGCAAAGGGGGAAGAAUUGAAAGAGAGAGAGAAGAAAGAAUACAGAGAGCUUACCUUUUGCCUUUCUGUUGAUGUUACAUCUCUUCUUCCUAUGUUCUUAGGUCUAUGAGUCUGUUUCCCCAUCAUUUGGUAUCUAGUCCAGUUCCUGCUUACUGCUUUGCUAAUAGCUGGCCUUGCUAGAAUCCUUGGUUUCACUGCUGUUCUUCAUGUGCUUCUAUGAGAUUUACUCCAACACAAAUAGGACUGAAUUUAUUGUGAAGUAACAUUGGCAAUCUUAACUUAUUCAUUUAACUUAUUUUUAUAGCUAGAUAAAUAUUGUUAGUCUUAGACAAUAGCUCACAUUUUUUGAGAAGCAUGCCCUCCCUGUCCAUUUGUCUUAUAACAUGACCCAGCCCUAUUUUACGUCAUUCUAAAUUCAGCCUCAUAUAAUGAAAAUACAUUAUGAAAACAGAUGUUUAGGAGAUUUCCUGUAUAGCAGUCAGCCAAUUCAUAUGCUUUGUCUCUGCUGGCUUCUUUUUCCAUGCGUUAACUUUUCCCAAUAGCAGAGGAGGCAAAUAUGAGCAUACAAUCCCUUUGUUCUAAAGAUAUUGUUCCAGCUAGUGGAAUGAUGUUGAAUCUUUAAUAACCAUAAUUAGUUGCUUUUUCAGUAUCUUCUGCUUUGUCUGUGUCUAUCCAGUGGCCUAGGAAUUAAAGUGUAAGUUGUUUUCGCUGUUAAAUUGGAUAUUUAUAUAUAUAUAUAGCAAGAUUUUCAUGUGUUAUUUAAUUCUGUAUUGUUUCUUAUAUUUGUAGUAAAAUAUUGAACAAUUAAAAGUGUUGACUCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-605.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -646.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((((.((((........).))).)))).....((((((((.(((((((...((((.((((..(((((......))))).))))...)))).(((((((.(((((..(((.((((.((.((((((.(((..(((((.((((((.((.((((...((.....))...)))).)).....((((..(((((((...))))))).))))............((((......))))(((((((((((((((.((.(((.(.((((((....)))))).).)))..)).))))))))))....(((.((((((.((....)).)))))).)))....(((.....)))......)))))..)))))))))))....)))))))........((((.(((.(((.......)))....)))))))(((..(((..(((((((((((..((((.......))).)..)))...))))))))...)))..)))..........((.((((((((.((........)).))))).))).)))).)).)))))))....)))))..)))))))(((((((...))))))).((((.........))))(((((.......)))))..))))))).)).....))))))...................)))))))))...........((((((.....))....)))).(((.(.(((((((.(((((((..(((((.((.(((.....((((((......))))))))))))))))..))..)))))...............(((((...((((.((((..((((.((..((((((((((((((...((((((((.((((((.....(((...............))).))))))..))))))).)...)))..)))).......)))))))..)).)))).)))).))))...)))))(((..((((........))))...)))))))))).).))).....(((((((((((((..(((((((((((((..((.(((((.((....((((((.((..((((((((((.....((((.....)))).......(((((((((((((((..((((((((....))........))))))..))))....((((..(((((...))))).............(((((((((((((((((...((((((((......))))))))....))))(((((.((((.(((((.((((....(((((.(((((((.....))).))))((((.....))))...(((((((..(((((((.......)))).)))..)))))))................((((...(((((((((((...............(((((((....((((((...........(((((............))))).((((.((((((((((..((...((.((((((..(((((................)))))..)))))).)).......))..)))))))))).)))).))))))....))).))))....(((.....)))......)))))))))))...)))))))))))))))))))))).))))).((((...(((((..((((((((.(((((((......))))))..................(((.(((((((((..((((.((((.((.(((......................((((((........)))))).(((((((.......))))))).....(((.((.(((((...(((..(.....)..)))...))))).)).))).....)))..)).)))).))))..))))))))))))..(((((((......))))))).((((....))))((((....))))).)))))))).)))))))))...............)))))))))))))(((.(((.................)))..))))))).....(((((...........)))))((((((((((((((((.....))))))))).....)))))))...............)))))))))))...)))))))))).))))))))..)).)))))))..))))))..((((.(((....)))))))((((......((((....)))).....))))...))))))).)))))............(((((((...((((((......)))))).))))))).....))).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{.(((((({((((.((((........),,)).)))).....{{{{(((({({{(((,...,{{,.((((..{((((......))))|.}}}}...)))),.{{,.,,,{(((,{{,..,({,{{...,.||||,{{{,,||||})|||||})}))))))}{((((((((({,{{{({,.{{{{{,.{{,,..,(((((({{{||||}}|.||||.,,,||,,,|||{{{{..,{{..,,},,,||}.{(((({,{{((.((({({((((((,,,.}})))).|{,||{{||{|||}}},||{.{{..((((({{{({(((({{,,.,,(((((((.....(((.....)))...,,...))))))),,,,,,,||{{..,||||{.........{|{{,.,{{((({....{(((((...{{{....|||.}||}}}(((((((((((..{(((.......))).)..)))...))))))))..})))}.}}|,,........,{.((((((((.((........)).))))).))).|||||||,}},|}}},,,,}}}}},})}}})))||||||..}.}}}}}||.||||,}}},,,,,)}}}{{,||}}},,,.,,|||,....,,,,|}},....,}}}}),,,}..,.,,,...,}}}}))))),)))}}}}}}}..)}},}}}}},,.,))}}}}}})),{((,(.(((((((.{((((((..{{(((.((.(((.....((((((......))))))))}))))))}..)),.,})))..........,,,..{{{{{...{({{.|((|,.((({.((..(((((((((({(({...|(((((((.((((((.,.,.,{{.....,........,)}}.))))))..))))))).|...)))..}))).......)))))))..)).}))).)))}.})))...))))}{{{,.((((........)))).,.)))))))))).).)}}.....{(((((.(((....)))...)))}||,(,{((.(((((.((....(((((,,((.{((((((((((,....((((.....)))).......(((((((((((((((..((((((,(....,,........))))))..)))},...,,,{,.(((((...)))))|},,{{.....,,{(((({{{||,,,||{|,,,((((((((......))))))))....}}},(((((.((((.(((((.{(((....{((({,(((((((.....))).}))}((((.....))))...(((((((..(((((((.......)))).)))..))))))).............,,,{(((...(((((((((((...,,....,,,,,.(({({((....{{{{{,...........(((((............))))).{(((.((((((((((..((,.,((.((((((..(((((...,,,,...,,....)))))..)))))).))....}}.)}..)))))))))).)))}.}))))},,.,))),})}}.,,,||,.....)))}}....)))))))))))...)))))))}}))},))))))))).))))).{,,...{(((((..((((((((.{,{((((......}))))},.....,,..........(((.(((((((((..((((.((((.((.(((.....{{{,.{({{.{((((.{({{,....,,}}.})))).)}}}.,|||}|,,..,|||||,.,{{{.,{.....))}),.|,,,{..,.....}..,,,.,|||,....,.,,)},...)))..)}.)))).))))..))))))))))))..{((((((......))))))}.,{{{....))}|((({....))))}.)))))))).))))))|||{{{{{{{{,.,{{{{||||||,,,,,,,.....,,...............}}))))})))))))..}}}|||{{.,,,,.....,)))}}{{{{((((((((((((.....)))))))))),....}}})}}..............})))))))))))..,)))))))))).))))))))..)).)))))})}}))},....}))))}})))))))))))).}....{((((,{,....,,,,..||{||{{{.{{...}}.}})}})}}{{{{{.{(..(((((((...((((((......)))))).)))))))....}),))))),)))),.
Back