Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001366344.1

Sequence Length

2277 nt

GC Content

0.4247

CUCCUUGCCGCCCAGCCGGUCCAGGCCUCUGGCGAACAUGGCGCUUGUCCCCUGCCAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGAUGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGUGUUCAAGCUAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGUGCCACCAUGCCCGGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAGUAUGGAAGAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-652.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -696.92

Frequency: 0.0000

Diversity: 482.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........((((..(((......)))....))))(((((((((...((((.((((((((....((((((((((....))))))))....)).....)))).........(((((((.((....((....(((((((.((..((((((((((((((....((((.............(((((((((...)))))))))..((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))..(((((((.((((((((....((....)).....)))))))).)))).)))((((((......))))))))))...)))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).)))))))))))))).............))))))))))).)))).)))..))..)).)))))))((((((((((((..(((.((.((((((.(((.(((((((((...............)))))))...)).)))))))))(((((....))))).((((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))).........(.((((....)))).)..)).))).)))))))))))))))).))))....))))(((((((((.........)).)))))))..((((((((((((((((.((((((..(((((....(((((.((((((((((((..((...))..))))))).(((((....(((((((.(((.((((....((.....))......))))...))).))))))))))))....(((...((((.......))))..))).((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).))))))).......))))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).)))).(((........))).(((((((......(((....))).....))))))).....(((.((((...)))).))).)))))..))))).....)))))...((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......)))))))).)))......(((((....)))))(((((((.(((((..(((....)))..))))))))))))....((((.(((((.....))))).))))((((((.........))))))......))))))))))(((((((((.....((((.........))))...................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,{,(({{..(((......)))...,)))){{(((((((...((((.((((((((,,..((((((((((....)))))))}....))..,,.)))).,,....,,{((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((,{(((...,(|((,........,...(((((((((...)))))))))..((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..)))))))).{(((((((.((((((((....((....)).....)))))))).)))).)))|(((((......)))))},|||...})),|((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).)))))))))))))),,..},,..}}..))))))))))).)))).)))..))..)).))))))}((((((((((((..{((.((,((((((.{((.(((((((((.{,.......,},..)))))))...)).))}))))))(((((....))))).{(((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))}.........,.((((....)))),)..)).)}}.)))))))))))))))).))))....))))|{(((((((.........)).)))))||{{((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((({((((((..({...})..))))))}.(((((,..{{((({.{((({.,{,,....{,.....}}......}}}}}}}},.}))))),))))))....,{{...{((({....|.}}}}..}}}.((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.......{.(((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,(..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,.....,}|||......{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{{{{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,{,.,,}}}......(({{....}}}}..,.,,......(((..((((.(((....})).))))..)))..,|||||||||,||||}}}}}}}}}}...........,{,|{{{|||{||||||||}.......|||||,,,))}},{{{||||,{{|||{{{(({{{(,(((((,,,..{{{||||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,}.,{{||,||,}||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||}|{{.||||,,,...,|||,}}}...,,}))){|||||}}}..,||}||||},||}.}})))})}},)))}}.,..}}}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,,..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).}........))))))))))}......{,..{{{...,,))}.,,))))).......})))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.,...({,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))).{{{.|,..,..||}.(((((((......(((....)))....,))))))}.,}},|{|,||{,...,}}),)}}.)))))..))))).....)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......)))))))))))){((({.(((((....))))).})))).{{{,...,}}}.}}}}}}|{{{{{{{..,,,,}},|||{{.(((((.....))))}.}}}}|(((((.........)))))}.,,...}}}}}}))}}(((((((((......,{{,.........,,}.................,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).