Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366345.1
Sequence Length
2353 nt
GC Content
0.4394
AGUCUAGGUUCCCCGCCCCCUCGCCCGGCCCGGCGCCCACUAGCCACAGGGCCCGCUUCCCCCUGGAGAUCAGCGCGCACUUCCCGAGCCCUCGUAGCACUCAGAGGUCGCAUCCACACCUGGGAUGCCUAGGGGGCGCCUCCUGGCCGGGUGUCCCGGGACCCUGCGAACGCAGGAGCAGAAUGACGAAGGUGACGAAAGAGAUGACGACACGCCGCCUGCCAGGCCGCGGCCGGCAGUGGAGAGCGUCCGCAAACCGCGCCCGGCCAGUACAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAGUAUGGAAGAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-693.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -739.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 540.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((.((((......(((((((((.(((((((.(((((..(((((.........)))))..)....((.((.......)).))((((..........))))..((((((.......)))))))))).)))))))....)))))))))...))))..(((((....)))))((((((.....(((((((..((.((((.........(((((((((...(((((.((((((..(((((.....)))))...))).))))))))....))))))..)))(((((((....)))))))......)))).)).((((....))))((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.(((...(((.(((...........((((....))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))).)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).))))))(((((((((((((..(((.((.((((((.(((.(((((((((...............)))))))...)).)))))))))(((((....))))).((((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))).........(.((((....)))).)..)).))).)))))))))))))..((((.....))))......)))))))))))))..(((((...)))))(((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((((((((((..((...))..))))))).(((((....(((((((.(((.((((....((.....))......))))...))).))))))))))))....(((...((((.......))))..))).((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).))))))).......))))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).)))).(((........))).(((((((......(((....))).....))))))).....(((.((((...)))).))).)))))..))))).....)))))...((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).)))))....)))))..))).(((((((((((((...))))))((((.(((((.....))))).))))((((((.........)))))).)))))))........(((((((((.....((((.........))))...................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.{(({{.(({(......(((((((((.(((((((.((((,...{({((.(((((((,...)),}...)))).)}.||,...|.|.((((..........)))).,((((((.,....})))))))))).)))))))....)))))))))...})))..(((((....)))))((((({..{{.({(((((.((..{{,{.,..||.|,|((((((((...(((((.((((((..(((((.....)))))...))).))))))))....))))))..|||((({{{,,,,,})))))),,.,,})}},.,},||||}....,,|((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.,(({..,||,(((..{{,.,{{,.((((....))))((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))),)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).))))))|((((((((((((..{((.((,((((((.{((.(((((((((.{,.......,},..)))))))...)).))}))))))(((((....))))).{(((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))}.........,.((((....)))),)..)).}}}.))))))))))))}..((((.....))))..,.,|||}}}}}}},,}},)|}|||,|{{{((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((({((((((..({...})..))))))}.(((((,..{{((({.{((({.,{,,....{,.....}}......}}}}}}}},.}))))),))))))....,{{...{((({....|.}}}}..}}}.((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.......{.(((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,(..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,.....,}|||......{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{{{{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,{,.,,}}}......(({{....}}}}..,.,,......(((..((((.(((....})).))))..)))..,|||||||||,||||}}}}}}}}}}...........,{,|{{{|||{||||||||}.......|||||,,,))}},{{{||||,{{|||{{{(({{{(,(((((,,,..{{{||||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,}.,{{||,||,}||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||}|{{.||||,,,...,|||,}}}...,,}))){|||||}}}..,||}||||},||}.}})))})}},)))}}.,..}}}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,,..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).}........))))))))))}......{,..{{{...,,))}.,,))))).......})))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.,...({,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))).{{{.|,..,..||}.(((((((......(((....)))....,))))))}.,}},|{|,||{,...,}}),)}}.)))))..))))).....)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).))))).,{,,...,}}}.)}}}}}|{{{(({{..,,|}}},|{(((.(((((.....))))}.})))|{{(({.........}))))},,|,,,,,.,,.,|,,(((((((({,,....,{{,.........,,}.................,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....))))))))}.
Back