Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366350.1
Sequence Length
2127 nt
GC Content
0.4128
CUCCUUGCCGCCCAGCCGGUCCAGGCCUCUGGCGAACAUGGCGCUUGUCCCCUGCCAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-586.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -629.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 512.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((..(((......)))....))))(((((((((...((((.((((((((....((((((((((....))))))))....)).....)))).........(((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.(((...(((.(((...........((((....))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))).)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).)))))))((((((((((((..(((.((.((((((.(((.(((((((((...............)))))))...)).)))))))))(((((....))))).((((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))).........(.((((....)))).)..)).))).)))))))))))))))).))))....))))(((((((((.........)).)))))))..((((((((((((((((.((((((....(((.(((((((((((((.(((((((..((...))..))))))).(((((....(((((((.(((.((((....((.....))......))))...))).)))))))))))).............))).))))).((((((((((((((((((.......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).)))))))......))))))))))))))))))...((((((((...))))))))...(((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).(((((((((((..(....)..)))))))....)))))))))))))).))).((((......................((((((((...)))))))))))).....((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......)))))))).)))......(((((....)))))(((((((.(((((..(((....)))..))))))))))))....((((.(((((.....))))).))))((((((.........))))))......))))))))))(((((((((.....((((.........))))...................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,{,(({{..(((......)))...,)))){{(((((((...((((.((((((((,,..((((((((((....)))))))}....))..,,.)))).,,....,,{((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.,(({..,||,(((..{{,.,{{,.((((....))))((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))),)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).))))))}((((((((((((..{((.((,((((((.{((.(((((((((.{,.......,},..)))))))...)).))}))))))(((((....))))).{(((.(((.(((((.((.........))..))))).))))))}.........,.((((....)))),)..)).)}}.)))))))))))))))).))))....))))|{(((((((.........)).)))))||{{((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((({((((((..({...})..))))))}.(((((,..{{{{{{.{((({.,{,,....{,.....}}......}}}}}}}}..)))))),))))))..........{{((({,..,.,,|{((((((((((((((((.......(((((.(((((((((((.......{.{((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,{..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,,.....}|||....,.{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{,,{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,|,.,,}}}......(({,....}}|}..,.,,,.....(((..((((.(((....})).))))..)))..,||||,,,,,,||||}}|}}}||}}..,,,,,,,...,{{{{{{{({,|||||||,.......|||||,,,))}},{{{{{,|,{{{{{{{{(({{{(,(((((.,,..{{{{{||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,,.,{{||,{{,,||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||||{{.||||,,,...}}||,}}},.,,,})))||||||}}}..,||}}|||},||}.}})))}),},)))}}.,..,,}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,{..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).,........})))))))))}.,,...,,..{{{.,,,,))}.,.)))))......)))))))))))))))))},.,||||{{({...}}}))))),,..((((.((((...((((((((((.,,..{{,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))),{{{,||..|..||}.{||||||......(((....)))....,))))))}..,,,,,|.|,|,...,}}}}}}}|)))))..)))))...,.)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......)))))))))))){((({.(((((....))))).})))).{{{,...,}}}.}}}}}}|{{{{{{{..,,,,}},|||{{.(((((.....))))}.}}}}|(((((.........)))))}.,,...}}}}}}))}}(((((((((......,{{,.........,,}.................,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....))))))))).
Back