Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366356.2
Sequence Length
3546 nt
GC Content
0.4140
CUCCUUGCCGCCCAGCCGGUCCAGGCCUCUGGCGAACAUGGCGCUUGUCCCCUGCCAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGAUGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGUGUUCAAGCUAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGUGCCACCAUGCCCGGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCAUUUCAAAGCUUAAAGUUUUCUUGGCACGCUUUUCAAACGCCCAUCUGACUUUGAAGCAGGCUGCCUCUCCACAGAAAGCUUGCUCCAGCAAUGACUAAAGGAUUGACCUGGUGCCAUGCAUGCUGCUCUGCACAAGAAGGACAUUUGGAAAUGACCUUGAAGCGAAGUUUUGCCAAGUUGAUGAAAUACGGGCCUUCAAGAAGUGCCAUUUCUCAAGCGAUGUACAGAAGGGUAUCCGCAGCAUUGUCAAAAAUUACCCCUUAAUUUGGUGUUGGAUGAACAUGAAUUUUUAACCUCCAUAAGGAAUGAUACUUGCUCUUGAUUUUAUUAGUUGCAUUUUGUAACAGGUUGGAAAAAUUAGGUAAUGGAGAACUUUGGCAUACCACUUUUGUUUCUUUUAGGUGAUUUUUAAAAAACAUUUGCUGAAGGAGAGGUUGAUGCUCAAAGGGUACAGUGAUAAAUGGAGAGACGGGAGUUUAAAAUGAAGGAUAAGCCGCAAAUGAGGAUGAAGUUAAUGGAUAGAGAAAAGAUGGGAGGAAGAGGUAUCUCUCUUUACUCGUAAGCUGCCCAUCGAUAUGAUUUAGACUCUAGGAGAGGGGCGUUUCUUUCCUCAGUAGGCACACUCAUAGAGUAAACUGUUGCCGCUGUUUAAACAUGUUAAUUGAUGUUGACACCAGUUGUUGCUAUACAGUUUUCCAUUUUACUGAGCGAUGUAUUUAUGUUGCUGCAUAAUGUCGCCUGAUUGCACUUCUCAUGCUGGUGAAGUUGGCUGACAUUUCAGGCUCUGGAUAACAUGAAGCUGUGCUUUAACCUUAUUUGGAAGUCAGGGUUAGAGUGGCACUGGAAGGUCUCCUUCAGCUUCCCUUCCUGUGACCUGCCUACUAUAACCCUGGCAAGGCUGAGACAGUCCAAGUUUGGGGCAGUCAAGGUGGGACAGCAGAAGAUUUCAGGGUACAAGUCAUCUAUUCUCUUAUGCCAGCUCUCAGAUUUGUAUAUAAAAUCUGAUUCUACACUUCUUUUAACAAAUAAUAAAUAAAUAAAUAGGACCAUCCAACCCCUCUAGAGCUCUCUAAGGAGACUGUAGAAGACUUGUGGCCACUCUCAUUUUAAAGAUUCUAAUAAUCUCCACAAAGUAAUCCUGGGAAACAUACAUCUGUAAGACCAGGGAAACAUACUGGCAAUAGCAACUUCCCAGAACAUUCCUUUUUACACUGCCUGGGAUUUUUCAAUAAGAAAUUUGGCAUUUCUGUAAAUUUAAAGUGUAUUCAGUAAAAUUAAUGCGUUUUUUUCUUAAAAGCUCAAGCCUUCCAGACUCAUCAUUUUGUAGUUAAAAAAGUAAGCCAUGCAACUGAGAUAAAAGUCAAAGUUAUAGAUUAUAACUGUUUGCACAACUGUUCACAUUUUUAACUUUUUUUAUUUUUUGGAGACUUUUUAAGAGUCUCACUGUGUCAUCCAGGCUGGAAUACACAGUGGCACUAUCAUGGCUCACCACACCCUUAAACUGCAGGGCUCAAGCAAUCCUCCUGCCUCAGCCCCCCAAGUAGCUGGGACCACAGAUGUGGACCACCACCCCUGGCUACUUUUUUAAAAAUUUUUUUGUAGAGACAAUGGGCUCACUAUGUUUCCCAAGCUAGAGACAAUGGCCUCAUUAUGUUUCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCUUCCUGAAGUCCUAGGAUUACAUGCAUGAGCUACCACACCCAGCCCCUGCUCACAUUUUAUAUAGUAACUUAUUUUAAGAAUAGUAAAGUAUUUGCAAAAUAGUUUUUUAAUACAGUAAUUUAUUAUAUAUUGAAAUCAAGCUUGAUGAUAUUUCAUUAGGUUUUGCUGAGUGUCAUAUGCUAAGUUAUUUGCUUAUGAAUUUUUCUCCAAUUGCCUGUAUUUGGUAAGUUUGCAUGGAAAGUUCUGACAGGAAACUCAGAAAUAUUUCAUUGUUUUACCCUACUAUCUUUUUUGAUGUGUCUUAAAGUUGAUUUGCUUUAAAUUGCAGUAUCAUCCUUUUUUUCUGUACCUAAAUGUUUUUAACUGAAGAACACAAUUUCCCUCAAAACCCUCAUCCCUAAUUUAGAGCCCUCUUAUAUUAAUAUGAGUCAUUUUAAAUGUAUUUCCUGAAACACUUCUCAACUUCGUAAAUAAAAAAGAGAUAUAUCUUAGUCCAUUCAGGCUACUAUAACAAAAUAGCACAAUUGGGUGGCUUAUAAACAACAUAAAUUUAUUUAUCAUAGUUCUAGAGCCUGGGAAGUCCAAGAGCUGGGUGCCAGCAUGGUUGGGUUCUGAUGAGGAUCCUCUUCCAGAUUACAGACUUCCAGCUUCUUGCUGUGUCCUCACAUGGUGGAAGGAACAAGUAAUCUCUCUGGAGCCUCUUUUAAAAGCCCACCAAUCCCAUUCAUUGAGGAUUCCACCCCAGUGACCUAAUCACUUCCCAAAGGGCCAUCUCCUAAUGCUAUAACCUUAGAGGUUAGGGUUUCAACAUAUGAAUUUUGAGGGGACAGAAACAUUCAGCCCAUAGCAGGAUGAGAAAAAGAAAGGAAAGUACAACAAAGAACAUCAACCAUAAGGAACACCAUGACUUCUGAUAUUUAAUAUCAUGGAUCACAGAUUGUAGGAGUCGAGAAACAGAAUAAAAAGACAAGGCCCAGGCCCAGUGAGCUUUUGAUGCUUGAGGCUCCUCAUGCCCUUGCUCUCCCACUGACCUCAGUGCUCAGCACUGGCUUUCUUCUCCUGGUGAUAUUUUCCAUUUAUCUUUUGGUGUAAACAUUUUAGAGAUGAGAGAAGUAGGGAGCUUAUCAUUAUUUAGUCUGAUCAGACAAUAUCUUCACUUUUAAGUUAUGUUCAGAAUUUCAUUGUCCUGUUCUUUUUAAGAAUCAUAUGAGAUUAUUUUUGUGUAUGUGAAUAAACUAUGAAGCAUUUUCUUACAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-982.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1054.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1035.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((....(((......)))...))))))..(((((.(((((....(((((((....((((((((((....))))))))....)).....)))).)))...)))))))))).(((((((..(((((((........)).((((....(((((((..(((((...((((..(((((((((...))))))))).(((((((((((((((((((.((....)))).)))))))((((((.((((((((.((....((((((....((.(((.((((((.((...)).))......((((((......))))))(((.((((((.((((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).)))))))))))))))....((((((.((((((((((..((((.((.((....(((((((((((((((..((((((..(((((.(((((((.(((.(((((((((...............)))))))...)).)))))))))))))))....))))))(((((..((((...((...(((.....((((((...))))))....)))))...))))..)))))............((((((((..((......))..)))))))).((((((((.....(((.....))).((((...(((...)))...))))..........(((((((((.((((.((((((((((..(((((((((((.(((((...((((((....))).))))))))))))(((((((......((....))...))))))).....((((((.......((.(((((.....))))).))((((((((((......((((((..(((................)))..)))))).....)))))))))).....)))))).......)))))))....)).))))))))....)))).)))))))))...)).)))))).)))))))))))))))....)).)).))))......)))))))).))))))))........)))))).))).....)))).))).))....))))))....)).)))))))).))))))............((((((((...........(((((((((.....(((((((((....)))))))))((((.(((((((((...)))).....).))))))))....(((((........)))))(((((((((.(((((((((((((..........)))).(((((((...(((((....))))))))))))(((..((.....(((((((..((((..((((..(((..((((((.(((((((((..((((((...))))))...))))))))).((((((((((.((((((((.((((((..............)))))).)))......))))).))))))))))(((((((((.(((.....(((((((((........(((((((((...........((.((((((((.(((((((((((..(..(((((((((((((.......))))))))......................................(((...)))..........)))))..)..))))))..))))).)))))))).)).............(((((.....))))).............((((((((((((..............((((((((((.((((....))....((((((....................))))))........(((((((....(((((......(((((..(.((....)).).)))))))))).....)))))))...(((..((((((.((((((((......)).))).......((.((((((((((..(((((((((...(((((((.((((...(((.(((.....))).)))...)))).)))))))))))))))))))((((((((...))))))))(((((((..((((...))))..)))))))........))))))).))............))).))))))..)))..............(((((...(((((((((((.((((....)))).........)))))))))))..............((((....)))).))))))).))))))))))..((((.......)))).....))))))))))))))).))))))........))))))))).......))).))))))))))))))))))))))..))))..)))))))......))..))).................)))))))))(((((((..(((((......)))))..)))))))..((((((((..((((....)))).))))))))..(((((((((((....))))))))))).)))).))))).....)))))))))..))))))))......)))))...)))))....(((((((((.(((..((((.((((((........))))))...))))..)))....(((((((.((((..(((((((.(((((((((......))))))..(((..((((..((((((((((((...(((....(((.....(((((.........(((((((((((...((((.....((((((((....((((((....))))))...))))))))........((((((...(((.((((..(((((((((...............((.((((((((....((((......)))).....))))))))))...............)))))))))...))))..)))(((((((((((......(((((...))))).((((.(((((..((.((((.(((......(((((((...((((((.(.......((((....)))).).))))))......)))))))....))).)))).))....))))))))).......((((((.((......)).)))))).......)))))))...)))).....((((((.(((......)))..))))))))))))....)))).)))))))))))........))))).....))))))...)))))..)))))))..))))..)))))))))))))......(((((((((.((((((((..((((...(((...)))...))))..))))))))((((...((((...........(((....))).((.(((((((........)))))))))...(((..((((....(((((....)))))...))))..))).)))))))).))))).....))))..((((((((.((((....))))..)))))))))))))))))))))))))))).......((((....)))).............))))...)))))..)))))))....))))((((((...)))))).((((((((....)))))))).)))))............)))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,,(((({,..(({.,,...|}|,..,|}}|,.,{((((,((((,....,{{||||||||{{((((((((....}))))))}...{||{,{{,}}}|{||,.,,||}|||,,},.((((((({(,.,{,((((.((,,(({{(((((.,{{,..,}}}|,.}}|.....,...{((((((((...))))))))}..||||,||{{{((((((((.((....)))).))))))}{,||||}|||((((({(({.,{((((((....((.,,,}|,,,..}}|}}})).))}).}),((((((......)))))){((.((((((.{((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))},...{{{{{{.,|{({{{{{|,,{{||,,{.{,....((((((((({{((((..((((((..{((((.(((((((.{((.(((((((((.{,.......,}...)))))))...)).))}))))))),))))....)))))){{(({,.{({{...|{|..(((.....((((((...}))))}...,})}}||,.}}}}..)))))..........},((((((((..{(......))..)))))))).(((((({{.....{{{,,,..|||,((((...(({...}))...))))...{{{{.{{((,,{,|||},|||,((((((((({..(((({{{((((.(((((...((((((....))).)))))))))))}{(({{({,,.,..{{,,,,}),}.))))}}}.....{{{{{{,..{,..{{,(((((,,...}}}}}.},{{{{{{{{{(,,.,,,||{{{(,,{,,.,{,,,,,,,,,,...,(((((|...)))))),}}}}}}}}||||||}}}}}},,,,|,||||||||,...||||||}}|||...,|}}},}}}}}},,,...))})))))),)))))))))}))))).,,,)),||.||||,.....}|||||}}.||}}}}}}....,,..}}}))}.))}.....}}}}.}||,||,..,||}}}|,,,,||,||||||||,|||||,..,||||||...{{,{{{{{,...,|||,,,,{|,|||||,|...|||||||||,,,,)))}}}))),{||,|{{||||,,,,})))},...})}})))||||,...{{({(,,,.....}}))}||||{{{{{.{({{{{{{|{(((..........)))){(((((({....||}))))}||},|((((((((.((({.((((.{....|..)))).,))}))}.)))))},{|||}{{{|{{{{{..{(((((...)))))}...}}}}}}))}.((((((((((.((((((((.((((((..............)))))).))}....,}).))).)))))))))),((((((((.(((.....((((((((({{...,{.(((((((((.{,,.....,.((.((((((((.(((((((((((..{..(((((((((((((.......)))))))}............,,,,.........,............(({...})).........,)))))..}..))))))..))))).)))))))).)).......,,,...(((((.....)))))............,((((((((((((..,,{...,|....((((((((((.((((....}}....{(((((..,..............,,.)))))}..{{,....,|||||,,.,{{|{{..||,,||,,...,,|||...,}......,.,}}|}{{{{{{.....)))))).,.(((((....,.(((.......{(({{(({{,...((.((((((({{,..(((((((((,..{((((((.((((...(((.(((.....))).)))...)))).)))))))))))))))),}){(((((({...}))))))|(((((((..((({...})))..)))))))}.......))))))).}}.......,,.,}))))}(((((...(((.......)))...)))))...{((((((((((.{{{{....||||....,,,,.))))))))))),,,||,,,.....,,}}..))).,...)))))}}.))))))))))..{||{,||....}}}},.,..)))))))))))))))}})))))..}}.}},})))))))).......))).))))))))|||||,.,,,.))))}||||{{|||{((({..........{{{...,}}}},......,||||||||}{((((((..(((((......}})))..}))))),.,|{{{{{{{.,||||.,,,)))).))})))}}..(((((((((((....))))))))))}.)))).)))|||{{.{|,|{,,..,..))}))))}....|||,,|,.{((((.......))))},,,.|{({{((({{(((({{.,,.....)}}}||.,.}}}}..|||{{{{{(((((,{(((,..{((((((.(((((,,(({{{,.,|||,,....,|,,((((..((((((((((((...{(,...{(((,,,..{{{||,,,,.....(((((((((((..,({(({,(({((((((((..,,((((({....))))))...})))))}}{{{...{{((({..,,{{{{,......,...........||}}....,.,,||},,.||||)),}}}.........{{((({....,{(({((({{.........,,,,...,.})))}....}}}...,,||,((((((((....,.(((((...))))).((({{(((((.,((.((((.{{(......(((((((...,(({(,.({,,..||(((({...,)))})}))))))},,...)))))))....))),)))).,),...))))))))},,,,,,.{{{{||.||,,....}),)))))}.......))))))))..)))))}))}..,..}))))}.,,,|}}},))))))))}||,,....}))).}))))))))))........}}}}|,....}))))),,,)))}}}})))))))..))))..},}})}}})))))|,.,,,)}.,,,|||{({.{{|((({({...}})))),))}}},.)))}.))))),)),,,)}}}},,.........,,..(((....))).,|,(((({{{....,,.,)})))))}},.,|||,,||||,,,,|||||....|||||,..,)))}}))},}}}}}}}))))}}},..}}}}))},((((((((.((((....))))..)))))))))})))))})))))),}},}},......{{((,,.,||||...............,,)}}}))}))}}{(((((({{{,...((((({...}))))),},)))))))}..,||||||}|}||},,,......}}}})))).,.,.,,,,,,,..
Back