Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366361.1
Sequence Length
2002 nt
GC Content
0.3936
AGCACAAUUAGCCCUGAAACGGAGCUGUACACGAAAACAGGCCUCUUCUCUCUCCCUCAGAAACCAAUCCCUUUGCCUGAAAGAACACCAUUCGGAGAUCAGAGAGAGAGGAGUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAAGCCUCCAUCUUGGCAAGAUAUGAAAAUUAAGUUUAUGUACCUAGGACCAUCUAGUUAGUUCCACAAAGACAGAUGUUUUGUGCCAAGUAUGGAAGAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-521.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -559.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 529.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..............(((..((((((((((((.....((((((.(((((((((((.(((.(((........((((.....)))).......))).)))....)))))))))))))))))))).)))))..))))..)))..............((((((((.....((((.........(((((....)))))..))))(((.(((((.((.........))..))))).))).(((((((((.....((((....))))(((..((((((((.((((((((((((((((.....))))....)))....)).)))))))......((((((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.(((((.((((((..((...))..))))))(((((((.((((((((((((((.....)))........(((((((.....((....))..))))))).(((((((((..((((((.((((((......(((........)))......)).............))))))))))......))))).))))..)))))).)))))))))).))......((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).))))))).......))))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).)))).(((........))).(((((((......(((....))).....))))))).....(((.((((...)))).))).)))))..))))).....)))))...((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).))))).............)))))))(((((((......)))))))(((((..((((((....))).)))..))))).........)))))))))))....((((((......))))))..))))))))).........................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{,,,,,{{(({,{{,..{{|{||||{,,,....{(((((,{(((((((((((.(((.(({........((((.....)))).......))).)))....)))))))))))))))))),,{{||||.,||,|{{|||{{{.,,,,...,.,|{{{||}}}}}...}}.}},}|||}|(((((....))))).||||,(((.(((((.((.........))..))))).)))}|||.........,.((((..,.}}}}.|.,||||{{{{{.(((((((({({{((((.....))))....)))....)),))))))),.,,},|||||||(((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.(((((.((((((..({...})..)))))){((((((.((((((((((((({.....,}}........(((((((,,,,.{{....))},))))))).|{,,,{{{{..((((((.{{{{,|||....(((........}}}...{({({{{.......}))}))),}|||||....,})))}}.)}}}..)))))).)))))))))).))......((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.......{.(((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,(..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,.....,}|||....,.{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{{{{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,{,.,,}}}......(({{....}}}}..,.,,......(((..((((.(((....})).))))..)))..,|||||||||,||||}}}}}}}}}}...........,{,|{{{|||{||||||||}.......|||||,,,))}},{{{||||,{{|||{{{(({{{(,(((((,,,..{{{||||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,}.,{{||,||,}||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||}|{{.||||,,,...,|||,}}}...,,}))){|||||}}}..,||}||||},||}.}})))})}},)))}}.,..}}}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,,..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).}........))))))))))}......{,..{{{...,,))}.,,))))).......})))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.,...({,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))),(((,{{..,..||}.{||||||,.....(((....)}}....}))})))),.,}}|{|,||||...,}}),)}}.)))))..)))))...,.)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).))))).{{{,...,}}}.}}}}}}|{{{{{{{..,,||}},|{{{(.(((((.....))))}.}}}}|{{{{{.........)))))}}}}}}}},....|||{(({{{{{{|}},,,..||,,.........,}................,,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....}))))))),.
Back