Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001366692.2
Sequence Length
2956 nt
GC Content
0.6123
GCCACAGCGCCGGGAGCUGCGGGCGGAGCAGGGGCCGCCCCUCGACACCCCGUCCCCGCCCCCGGCCCUCGGCCCGGCCGCCCGCCCCGCCGGCCCGCGGGGCCGCGCGUCCGUCCCGCCGUCUGUCUGGCGCGAGGGGAGCUGGGCAGAGGCGGCGGACACGGCCUACCCACCCCUGGCAACCAACAUGGCCAACUUCACACCUGUCAAUGGCAGCUCGGGCAAUCAGUCCGUGCGCCUGGUCACGUCAUCAUCCCACAAUCGCUAUGAGACGGUGGAAAUGGUCUUCAUUGCCACAGUGACAGGCUCCCUGAGCCUGGUGACUGUCGUGGGCAACAUCCUGGUGAUGCUGUCCAUCAAGGUCAACAGGCAGCUGCAGACAGUCAACAACUACUUCCUCUUCAGCCUGGCGUGUGCUGAUCUCAUCAUAGGCGCCUUCUCCAUGAACCUCUACACCGUGUACAUCAUCAAGGGCUACUGGCCCCUGGGCGCCGUGGUCUGCGACCUGUGGCUGGCCCUGGACUACGUGGUGAGCAACGCCUCCGUCAUGAACCUUCUCAUCAUCAGCUUUGACCGCUACUUCUGCGUCACCAAGCCUCUCACCUACCCUGCCCGGCGCACCACCAAGAUGGCAGGCCUCAUGAUUGCUGCUGCCUGGGUACUGUCCUUCGUGCUCUGGGCGCCUGCCAUCUUGUUCUGGCAGUUUGUGGUGGGUAAGCGGACGGUGCCCGACAACCAGUGCUUCAUCCAGUUCCUGUCCAACCCAGCAGUGACCUUUGGCACAGCCAUUGCUGCCUUCUACCUGCCUGUGGUCAUCAUGACGGUGCUGUACAUCCACAUCUCCCUGGCCAGUCGCAGCCGAGUCCACAAGCACCGGCCCGAGGGCCCGAAGGAGAAGAAAGCCAAGACGCUGGCCUUCCUCAAGAGCCCACUAAUGAAGCAGAGCGUCAAGAAGCCCCCGCCCGGGGAGGCCGCCCGGGAGGAGCUGCGCAAUGGCAAGCUGGAGGAGGCCCCCCCGCCAGCGCUGCCACCGCCACCGCGCCCCGUGGCUGAUAAGGACACUUCCAAUGAGUCCAGCUCAGGCAGUGCCACCCAGAACACCAAGGAACGCCCAGCCACAGAGCUGUCCACCACAGAGGCCACCACGCCCGCCAUGCCCGCCCCUCCCCUGCAGCCGCGGGCCCUCAACCCAGCCUCCAGAUGGUCCAAGAUCCAGAUUGUGACGAAGCAGACAGGCAAUGAGUGUGUGACAGCCAUUGAGAUUGUGCCUGCCACGCCGGCUGGCAUGCGCCCUGCGGCCAACGUGGCCCGCAAGUUCGCCAGCAUCGCUCGCAACCAGGUGCGCAAGAAGCGGCAGAUGGCGGCCCGGGAGCGCAAAGUGACACGAACGAUCUUUGCCAUUCUGCUAGCCUUCAUCCUCACCUGGACGCCCUACAACGUCAUGGUCCUGGUGAACACCUUCUGCCAGAGCUGCAUCCCUGACACGGUGUGGUCCAUUGGCUACUGGCUCUGCUACGUCAACAGCACCAUCAACCCUGCCUGCUAUGCUCUGUGCAACGCCACCUUUAAAAAGACCUUCCGGCACCUGCUGCUGUGCCAGUAUCGGAACAUCGGCACUGCCAGGUAGGCAGGCAGGAGUGCCCUAGGAGGUGCUGGUGUUGCGUGCGUGUGCUGGGGGGACCACACGGCUCACUUGCUGUGGGGAAGAGUUGCAGGCACCAUUCUGCGUUCACGUUUGCUGAGGAGGAAGUUCAGAAGAGGCUCUGUGGCUGCAUUCAGAGACCAGAUCUCUGCUCAGGCUGAGGAGGCUCACCCCAGGGAGUGUCUGAACUGGGGCUGCCUGGCCCACCUCUGUGGCCCUGCUUCAGCGAGCUGCGGGGCACUGGCCUGGGUGGGCACCUGCCCCACUGUGACCAACCAUCAGCAGUGCUGGAAGAAUGGACAUCUGGAUGGGGGCCGAAGCCCAGGGCCCCCUCAGGAAGAACAAAGGGGCCAGUGCUUGGAAAAGGAGGCUUGGGAAGGGAGUAGAAGGGUGGGGUCCCCCAUUCUGCUGUAAUCGGUGCUUUCUGCCCCCUUGCACCCCGCAUGUAGGCUCAGCCCCCUCUCCCCAAAUCCCACUCCAGGGGCAGAAAUCUCCUCUGGCUGCAGCUACUUAGCCAGGUUCUGGGUGGGUAUGAUGGAGGCCAGGUCCCCCCCGCCCCAGCAGCACUGCCCUUGUCACAUUAAGAUGGGGCAGCUGGGAGGUCAGAGGUUCUGUCUCAGGAACUGAGGUCUGGCCUUCUGCGAUCCCAGGCUGAGCCGUGAGUGGUCCACGUAUUCAGAAGACAGCCCCCUGCAGCCCCGGCCUUAGAAGGCUGUCCCAGGUCACACAUCGAGUCAGGGUGAGGCUGUGGUGGAUGGCAUUCCCAUCUGCCCUCUUCAAACCUCUCACCCCCUGGCUUCUGCAGGGUGGAGGCCUGGGUCACACAGGCAAGAGGAAAGGGGUCAACCUGGUGGCUCACUCGGGUUUCCAUGACAGUGGGAAGGGGGGAGGUGGGCAGUGAGGUAGGCACGCAGCCCUCGCAUCUGCUCUCCCCCAUGGGUAGAACCUUCCUGAUUGGCUGUGGGUUGUAUCAAAAGACCUUUGACUGGGUGAGGCUGAGAUGGGUGUGGUGGUUCCAGUGAGUCAGCCAGGUUCCCUUCCCCAGCCCUGGUCCCUGAGGGAGAUGAGGACCGAAAGGCUUAGGUGACUUGAUGGGGAGCACCCUUUCAGGGGCCCUGGAAGAAAUGUUUGUAAUUGUUCUGCUUUUUCCAUGAGCUCUGGAGAGCACCCACCACCAAGCCCCCUGAAACCCACCAGUCCCUACAGCCUGGUCUUUCUCCCCACCUUCCCACUCCCAAACACAUUUCCACAGCAAACUCCUUGGGAAGGGGCUUUUAUAUAUUAAAAAAGAAGAGCUUUUAUUGGGGGGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1240.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1292.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 995.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((....))((((((.((((.((((((.(..((((.((.....))...))))..).)))))).)))).))))))..(((((((.(((((((......))))))).).))(((((..(((((.((((((((((.(.....).))))))))))))))))))))..))))..(((.(((((((.(((((.((((.(((.((((((.((.(((((.(((.((.(((((.....))))).))))).((((.......((.((((((.((((.(((((((.((....)).))).)))).))(((((((.(((((((...))))))).(((((...(((((((.((((.....)))).)))))))...))))).(((((((((.(((.(((.((..........((((((((((((((((.(..(((.((((......(((..(((((((((((.....((((...))))..))))((.(((((...))))).))((.((.((((.((.((..((((((((((((..(((....((((((.(((..((..(((((((((...............((((((((.((.......))))))..))))....((((..(((((((((.(((((((.(((((((((((((...............((((((((((........)))).)))))))))))))))))))...))).....)))).))))).)).))..))))...........(.(((......))).)((((........))))(((((...((((((((....)))).........))))...)))))))))))))).))))).)).))))...)))..)))))))))))).)))).))))..)).))((((....))))....)))))))...)))..((((((...((((....((......))...))))...))))))....(((..((.((((((.......)))))).)).)))(((...(((((.(((((.((.((...)))).)))))..))))).)))....(((..((.((((((....((.((((.((..(((((...))))))).))))))...)))....))).))..))).(((((((((((((.(((.((.(((((((....((((......((((.((..(((((((.((((((((.((...(((((((((((((.((((((..........(.((((((((.(((((((((.(((((..(((...)))..))))).....((((.((((((....).))))).))))..((((((((...))).))))).(((((((((..(((((((((......)))).....)))))..(((((.(((.(((((..((((((.............))))))..)))))...))).)))))...(((..((((........))))..))).))))))))).......(((((.((((((((........))))))))...)))))..)))..)))))).)))).))))))))))).((((((((((((.(((.(((.(((..(((...........((..((((((.((..((......))..)).))))))..)))))..))))))))))))))))))).))......))))..))))).)))).)).)))).)))).)))).((.((((((......))))))))...)))..)).)))).......))))....)))).))).)).)))...........)))))))))))))......)))).)))..)..))).)))))))))))))(((.((...))))))).)))..))).)))))))))((((((((....((((.((((((.((.....))))))))..)))).))))))))........))))))).(((....(((((...))))).....)))..........(((((((.........)))))))((((((((.......(((((.((((..((..((((.(((..((((((.(((((((((((.((...))))).)))))))........).))))))))).))))...))..))))...))))).(((((((((((((...(((((((.(((((((((.........(((((((........)))))))((((((((((((......((.(((...))).)))))).))))).))).)))))))))...........(((((..((.(((((((((((((((((......))))))....)))))))))))))..)))))(((((.....((((((.......)))))).....)))))((((((((...((((((....))))))................((((((((((((((..(.(((((((((.....)))))))))).)))))...........)))))))))))))))))((((((((((((((((.((((...((.........))..)))))))))))....)))))))))....))))))).))))))))).)))).((((((...((.....)))))))).(((((((........)))))))..))))))))..)).)))))).))........)))).))))).))))))))......))).)))).)))))))))....(((((((((..............)))))...))))((((((..((((((...(((((((((.((((.(.((((........(((((((((.(.(((......(((((......((((............))))......))))).......))).).)))))))))))))).)))))))).)))))))))))))))))..((((((((..............................))))))))(((((((..............)))))))......)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{....|,((((((.((((.((((((.(..((((.,,,....,}...)))),,}.)))))).)))).))))))..(((((({.(((((((......))))))).).)}(((((..(((((.((((((((((.(.....).)))))))))))))))))))).,))))...((.((({{(((,,,,....,{||||..,{{,{.,(((({...(((,((.(((((.....))))).))|}|{{|.,,((((.((((..(......)..))))))))(({{.,{{(|,..,)))},)))}.||}}||||{{{.,,}||||||.(((((,,.(((((((.((((.....)))).)))))))...})))}.}}}||,{{{{,{||,||||.......||{(((({{((((({,(({((({(,{({{...,}},..(({,,(((((((,{{,.....{{{....|}},..,|,}|,.(((((.,.|||||.||(({((.((((.((.((..((((((((((((..(((....((((((.(((..((..(((((((((...............(((((((,{((.......))))))..))))..,.((((..(((((((((,{((({{{.(((((((((((((,.,,.....,.....((((((((((........))))})})))))))))))))))))...))),,,..}))),))))),|}.|}..||}}...,,....,.|,||{......,}}..{||{........)}}}(((((...((((((((....)))).........))))...))))}))))))))).))))).)).))))...)))..)))))))))))).)))).))))..)).}}||||,,.}))))....}}}}}}}...||}..((((((,||{({|.,..||,},,..,,...)},),..))))))..,.{((,{({.((((((,......)))))).)).|||(({...{{{{{.{{{{|,||.||,..}|}}.))))},,}}}}}.||}||,|||||||||{|||||,..,||,((((.((..(((((...))))))).))))}}..{,..........}}...,},}}))),}.}}||||,,.,.,||,|,((((((((((((((({{.(((((({{....{{,{({{{{|||||,..{{.{{{({((,{{(((.(((({{,,...,,...}||{|||{.((((((..(((((.({,(((({.{{...,,,.......{((((.(((.....))).))))|((((((((,((((..{{{,||{{||..,((({{,,(((((,...,,...,,|||)},...|||)))}|.,|||,,|}}}}}}}.}}}}...)).})}),..,..}).)))))..)))))).,.,.}}.,...)},))))}.)){{{{{...{{{{{||,{|{|||||.{{((.,,,((((,{(((,((.({{{{{{.{|||||||.{{..||||,.{{||{||||||,||||,.{|{{{{{.,|.{{((((((((((.(((.(((.(((..(((...........|{..((((((.({.,((......)),.)).))))))..}})))..))))))))))))))))))).}},,,...}).)))))})})),})})}))),),))}))||||{((,((((((,,,..,||||||||{..{,,.,(((({......}))))),,),,|||{||||||||||,,||.{{{,.{,{|{|||||||||,|,,,(((({(,....||||||..,,||,|{{|},}.)))}.||||||||||.||}},,.}|||||}|}.,}|||{{{,||}}.||||}|,|}}}}}}}})}.|||||||,{{{{{{{||||{({{....))))}}||(((.{{{..,.{((({...))))}..,..})).}}|{{{({.(((((((.........)))))))|}.||,.,..,..,||||||,{|{({{{,..,{({,(({,,{({(((((,((((((((({(({....)))})))}|||{....)}}},}}})))}).}))}},},}}}}}},,.,.}))}}.||||||{{|||((,..{(((((,(((((((.((....))))}(((((((.,,...,,))))))),.,))))})))).,,..|||}||}}}}}}}}}))}}}))))}})))),(((((({,{((.......))})))))))((((((.,.((((((((,.{((((((...)))))).}.)))))}))),..))))))||||}}}}}||,||}}}}}.,...,,,,...{((((((..(((.,((...,||,,}}}..)))))}}}},}}.}.}}}}}}}.|}}}|||||,|}}},}|||||{{((.....}}}}})}}|{{{{{....{{{{||,{{({{||||,.,,})))))|))||((((({,...|.|}))}.}}}}}..,||,.,...))}))))..)))).)))),,.))))}}}.))))),.,||||||||{|||,.((((({..{((.....)))))))).})))),)))))}}.})))).))..,..))))..})))))))))..,..(((({.....)))))..))))).))))).).)))))))))))))},}.)))}}},,||||||}},},,...,.}},}})))}..,||.((((((..((((((...(((((((((.((((.(.((((........(((((((((,{.(((.{(({..{{.........}}}|{{{|,,||||.|.,,.,}}}})))),.......})}.),))))))))))))),})))))))).)))))))))))))))))},{{{{{{{{....................,....,,,,,))))}}))|((((({..............})))))),,,...)))))).....
Back