Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369087.1
Sequence Length
2676 nt
GC Content
0.4454
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGAGCUUUGCCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAAUGAUGCAAUCUCCGCUCACUGCAACCUGUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGUCUCUGAUGCAUAUUCUCAGAGCCUACCAGGAAAAUCCUAGAAUCGAGAAGGGCUUGGGACACAGAGAGCUAGUGGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-803.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -850.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 738.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((....)))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((.....((((((((((...((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..))))...))))....)))))))....((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.((((((((((((..((((((((((((((....))))..(((((..(((....)))....((((((((....))))))))(((.(((((.(.((((((((((..((.(((((.......((((...((((...((((((.(((...((((((.(((.......((((.....(((((.......)))))....)))).((((((...)))))).))).))))))....)))))))))..((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......))....(((((.((((((((.......)))......(((((........))))).......(((((((((((((.(.(((.............(((((.((......))..)))))((((((((....((((............))))...)))).))))))).)))))))))))))))))))))))).(((((......))))).....((((.((((((.........))))))..))))((((...))))...........(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....)))))))))......)))).)))).)))))..((((((.(((((....))))).))).)))...((((((.....................))))))(((((......))))).......((((...))))(((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..))))......))))))))))))).)))).)))))))..)))))))))).).))))).))).))))).))))))))))((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))...........(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))..............))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))..)))).))).)))........))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((....)))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))}.}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((....{((((,((((({.{{((({((({({{((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..{|||{{{|||,....)))),,.}}}))),,{(,((((((,{..(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..{{((,,,,,,,}|||{...,{{,,,.|{(({,{..,(,(({{{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||{....}})))}}|}}}}}.}...}},}}})))).,,....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))..,,||}}|||||}|,.,..)))))}.}))))..,,,,..{{{(((,,(((({......,,|||||..{{,|}}}}}({(((((((({(((,,,((,{(({(((,(((,,((({((,,,.}|||..(((((,.{(,....,}}.,,(((((((((....)))))))))||{(((((((,(((((((({{..{,.((({({{{,,{{,((({{((((({,,{{{(({.{{{,..{({(((,,{{...{{{({{{{,..,.|||{{,,,,.,,,,|||,.,,,,||||||||..,,}})),,,))),)}))))..,.}}|}}}||{{{((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......}},...(((({,((((((,,......,{,,...,{.(((((,.......}||}}..,,...(((((((((((((.{.(((............,,{{,,.(({|.,..||..}}}},((((({({..,.{(({......,,....}))).}.))))},)))))).)))))))))))))))))))))))).((((({{{..{|||||{{.{.((((.((((((.,......,)))))).,}))).|{..,}))))))....,,,..,,|}}}||}}{{{{(.(((((((((({{(((,,.{|||,,||}||,{||}},.||||||{(({,,...,,,,,.,{{{,..})))))}}....}})}))))),,},..,}}}.|}}|.})))),.{,,{((,(((((,...))))),)}}.}||{..((((((,{,.........,,|,,....))))))|||||....,,))))),,,.....{{{...)}}{(({,((((((,,,,((,(((((({.....{((({{....,,,.{{{{..|{{{{{{{....)))))))))))))))))|,,.,,{{{{{(((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......{((((((((.((({.{(((,.....((({{....)))})....)))).)).))...)))))))))....))))))))}...{{{.((((({.{......,.})))))...,,}.........))))})))),.))}))))))}|||||.}}}(((((((....)))))))...,,|||,(((((.........)))))..})}),,,,,.}}}}}}}}|,,||||}}}.}}||)))|.,,}}|||}}|{|{||||}.|||{{||||{||||||,,..((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,,(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),,........,(((,{(({{,,,||.|,,,,.{(((({(((((((........,..)))))))).)))))...,},.,.|||||{|,,..........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....|{{{||,,.((...........}}.,.))}})},,|......,,,..}))),,))|,..}}.}))),.}},.,)),,.,)))),,),....,|||,....,,)))))))}}})))||||||}|||||.|||||||,.,,,...,}}||.}}}))}..}),.,((({{...))))).,||||{..,,.,)))}},,.((((((((((..,....(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))),))))))))))...}}}}})))),,)),..,,,)})}}})))})))})..))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))
Back