Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369094.1
Sequence Length
2589 nt
GC Content
0.4438
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUACCUUGGUUUACCUGCAGCCGCCUAGUCCUCUUCUCCUUCUCUUUGAUGAUUCAGGGCCUCGGCUUCCCUCACGAUAUUGCAGAAAGACACAGCUUUCCUCUUCCUCUCCAAACCACCUCGAAGCAGGGUUAAGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-759.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -806.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 543.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......)))(((..(((((...........)))))..)))..((((.(((((.......)))))..(((((((........((((.((((....))))(((....)))..(((((((((...((((...(((((((...((((((((................)))).))))..((((((.....(((((((.....(((((((((....((((.((...)).))))..))))..(((((((((.(((.(((((...((((((......(((........)))............((((((.(.(((((((........(((.....(((((.((((((.(.(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...)))))).....((((((....(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))).............(((.....(.((((((.((((((((.((((.(((....))).)))).))).......))))))))))).)....))))))))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))....))))))))))).)...)))))).)))))....)))....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.((((((((((((..((((((((((((((....))))..(((((..(((....)))....((((((((....))))))))(((.(((((.(.((((((((((..((.(((((......((..((((.(((((...............)))))))))..)).(((((.(....((((......(((((((...((.(((((.(((....))).))))).))))))))).......((((((.((((((((.(((((.......))))).....))))))))((((..............)))).(((.(((((.....(((((((((((((((........)))))(((((((((((((((..((((((........(((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....))))))))))))))).(((((.....)))))....(((.(((((....))))).)))...(((((((((((...........((((((........)))))).((((((((.(((((...((((...))))))))).))))))))...))))).))))))((((......))))((((..((((((((....))))))))))))...))))))....((..((((((..(((.(((((((((((.....))))))))))).)))))))))..))..)))))))))))))))....................................(((((...(((.........))).))))).((((.......))))...............))))))))))..)).)))))).(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((.........))))).....)))))).....))))...).))))).)))))))..)))))))))).).))))).))).))))).))))))))))((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))...........(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))..............))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......)))))))))....((((((.(((....................))).)))))).......(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).)))))))))).........))))))).).)))))).)))))).))))).)))))))))))))))))....))))))).....))).))).......)))))))...))))...)))))))))(((((.....))))))))).........)))))))(((((.....)))))...............))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((......}}}(((..(((((...........)))))..))),..,,,.,{{{{,...,{{{||||{{{((((({..,,,,..{{,,..{({....}})|{((....))}..(((((((((...((((...(((((((..,{({{((((................)))).)))},.{(((((.....(((((((.....((((((((.(({{,(({,((,,,|}.}|}|,,|}|,...|||,|||,.||{,|||||...((((((......(((........)))..........||((((((.(.(((((((........(((.....(((((.((((((.(,(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...))))))..,{.((((((....(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))),.....,....,.{{,,{...(,((({{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||,....,})))}}}})))).)...}),})))))).,}....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))....))))))))))).,},.)))))).)))))....)))....(((((((((.......(((((((..((((....{(.((((((((.((((((((((((.{((((((((((((((....))),..(((((..{(,....,}}...,((((((((....))))))))|((.(((((.(.((((((((((..((.(((((.,,...{({,({({((((({.,.,,,,.,|,.,.,|||||}}||..}|,{((((.,....((({...,,.{{({({{..,,,,{(((({((,...,))),}}))),),)))))}}.,,,,..(((((({((((((((.(((((.......))))).....))))))))||{(,,.......,..|.}}}}.(((.(((,,.,,..((((((((({(((((,,......,}}}}{((((((((((((((..{{{(((,.......(((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).{((({...})))}........))))))))....))))))))))))))).{{{({.....,)))}.,,,(((.(((((....))))).))).},|{{{(((((({,..........{{{{{,...,,,),)|||||.,,{{{|||}|{{{{....{{|...))}|||,||{||||||||,{{|||||{,|||},((((......)))).|||.}}||||||,...,})},))))))))))}))}}}}....{(..((((((..(((.(((((((((((.....))))))))))).))))))))),,)}..))))))))))))))}.,,.,......,||..,{|...,,,...........{{|||}},||,,,,......}}}.|||||,,{,,....,.,}}))}....,,........,)))))))))..)).)))))).(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((.........))))).....)))))),,,..})))...}.))})}.)))))))..)))))))))).).))))).))}.}})))})))))))))}|(((((((((.,..((((.((..........)).))))....)))))))))}((((,{(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),,.........((({(((,,...,|,|},},.(((((((((((((...........)))))))).)))))..,.,,,,.}||)},}}}..........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....{(((((...((...........))...)))))).,},,.........))))))))))..)).))))},)))..})....))))..))...))))).......)))))))))....{(((((.(((,,...,,{..........,}))).))))))...,...(((((...)))))..(((((......))))),..((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).)))))))))).........))))))).).)))))).)))))).))))).))),)))),))))))))....))))))).....))).))}..,}}..)))))))...))))...)))))))))(((((.....)))))))))......,.,))),)))||,||..|,.|}|||{{{,...,}}}},.,)))}
Back