Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369095.1
Sequence Length
2499 nt
GC Content
0.4370
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGAUGGUAAUUAUAUUUUUCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-736.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -781.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 608.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((((.(((((.......)))))..)))))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((.....((((((((((...((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..))))...))))....)))))))....((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.((((((((((((..((((((((((((((....))))..(((((..(((....)))....((((((((....))))))))(((.(((((.(.((((((((((..((.(((((......((..((((.(((((...............)))))))))..)).(((((.(....((((......(((((((...((.(((((.(((....))).))))).))))))))).......((((((.((((((((.(((((.......))))).....))))))))((((..............)))).(((.(((((.....(((((((((((((((........)))))(((((((((((((((..((((((........(((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....))))))))))))))).(((((.....)))))....(((.(((((....))))).)))...(((((((((((...........((((((........)))))).((((((((.(((((...((((...))))))))).))))))))...))))).))))))((((......))))((((..((((((((....))))))))))))...))))))....((..((((((..(((.(((((((((((.....))))))))))).)))))))))..))..)))))))))))))))....................................(((((...(((.........))).))))).((((.......))))...............))))))))))..)).)))))).(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((.........))))).....)))))).....))))...).))))).)))))))..)))))))))).).))))).))).))))).))))))))))((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))...........(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))..............))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))..)))).))).)))........))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((((.(((,{,,.....)))))}.)))))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))}.}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((....{(((({((((({.{(((({((({(,,((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..||||{,{|||,....)))),,,}}}}||,,{(,((((((,{,.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..,{(({,,,,,,}|||{...,{{{,,.{{(({,{..,(,(({,,,.|||||.,..((((.(((....))).)))),|||{....}})))}}|}}}}}.}...}},}}}})}}.,,....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))..{,||}}|||||||,....))))}}.}))))..,,,,..,,,((({{((((,......{{|||||..{{{|,,,,|({(((((((({(((,,,((,{(({(((,((({{((({((,,,.||||..(((({..((,....,}}..,{((((((((....))))))))|(({({((({(.((((((((((..{{.(((((,{{..,{{{{(({((((((,,,,,,{,.,||,..{|||||,|||..,||{((((,,....{{({,..,,.{{{{{{{..,,,,{|{((|((,...,))),}}))),)}))))}}}.|}|,,.(((((({((((((((.(((((.......))))).....))))))))||{(,,.......,..|.}}}}.(((.(((,,.,,..((((((((({(((((,,......,}}}}{((((((((((((((..{{{(((,.......(((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).{((({...})))}........))))))))....))))))))))))))).{{{({.....,)))}.,,,(((.(((((....))))).))).},|{{{(((((({,..........{{{{{,...,,,),)|||||.,,{{{|||}|{{{{....{{|...))}|||,||{||||||||,{{|||||{,|||},((((......)))).|||.}|||||||,...,})},))))))))))})))}}}....{{..((((((..(((.(((((((((((.....))))))))))).))))))))),,)}..))))))))))))))}.,,.,......,||..,{|...,,,...........{{|||}},|{,,,,......}}}.|||||,,{,|....,.,}}))}....,,........,)))))))))..)).)))))).(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((.........))))).....)))))).,...}|||,,,|,||,},.}}}}))),.}}}}}}}}}},|,}}|}}.|||,|||||||||}}|}},,((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,,(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),,..,......((({(((,,...}|.|}}}}.{{|{{{{{{{{{{.......,,,,)))))))),)))))..,,}},,.}}|)}|||,..........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......)))))))))...,,|||{||,,.||...,,,,,,..}|.,.}|||}},{|......,,,..))))}})))}..)),))))}.}}}.,)),,.,)))),,)}...,}|||,......)))))))))}))})))))})))}||,|||||||,,,,{....}}||,}}})}},,}),..(((((...))))).,{((((......)))))},,((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))...}}}}}))))}})),..,,,),)}}})))}}}}}}..))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))
Back