Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001369096.1

Sequence Length

2558 nt

GC Content

0.4406

CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGGUGUCUCUGAUGCAUAUUCUCAGAGCCUACCAGGAAAAUCCUAGAAUCGAGAAGGGCUUGGGACACAGAGAGCUAGUGGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-759.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -803.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 705.54

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((....)))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((....(((((.((((((.(.(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...)))))).....((((((....(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))).............(((.....(.((((((.((((((((.((((.(((....))).)))).))).......))))))))))).)....))))))))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))....))))))))))).)...)))))).)))))........((((((..(((((........))))).....))))))((((((((((((((...((..((((((.(((..(((.(((((.(((((.((((...(((....)))...(((((((((....)))))))))((((.(((((.((((((((.......((((((((..((.(((((((((...........))))).((((((.(((.......((((.....(((((.......)))))....)))).((((((...)))))).))).))))))...((((((((.((.((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......))...(((((((((..(((((.............(((....(((((...((((........))))...)))))....)))............((((.((((((.........))))))..))))((((...))))((((((((((.(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....)))))))))......)))).)))).)))))..((((((.(((((....))))).))).)))...((((((.....................))))))(((((......))))).......((((...))))(((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..))))......)))))))))..((((........))))........)))).)))))).(((......)))........((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...)))))))))))))......(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....)))))))))))))))))))(((((((.......))))))))))))))))).)))).))..))))))))(((...((((..(((......)))..))))..)))...)))))))).....))))).))))))))......((((.......))))..))))).))))).))).((((((((((..(((...)))..))))).)))))...(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))...)))))))))..))......))).)))))))))))..))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((....)))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))}.}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((....{((((,((((((.{{((((((({({{((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..{|||{{{|||,....)))),,.}}}))),.{(,((((((,{..(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..{{((,,,,,,,}|||{...,,{,,,.|,(({,{..,(,((({{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||{....}})))}}|}}}}}.}...}},}}})))).,,....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))..,,||}}}}))}}|..,..)))))}.})))),..,,,..{{{(((,,(((({......,,|||||..{{,|}}}}}({(((((((({(((,,,((,{((((((.(((,,(((,(({{{.||||,.((((,..((,....,}}...{((((((((....))))))))}(({(,((({(.(((((((({{..,,.((((({{{..{{,((((,((((({,,,,,{{,.|||,..{{{{{{,|{|..,{{{({{(,,....|{{{,,.,,.,{{{{||,.,,,,|||{||||,.,,}))),},))),)})))),,,.|}||,,({(((((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))|,({......,,,..|{||||,(((.(((,,.,,..(({{{{{(({((((({,......||||},{{{{{{{(((((({..{{{{(({,,............{(((,((({({.{,...,{{||}||}.||}}}((((...))))}}..}}|||}},,||,,|||||||{(.((((((((((,,(((...,|||,,|}}}|,|||}}}.||||||{((,,,,,.,,,,..,{{{{..,))))),,....}}}})))))}}}}..,|||,|}},.}}))),.{,,{((.(((((....))))).))).}}|{,,((((((,,,.........{{|{{,...}}})})|||||..,,,,}|)}}|,,,....{{|.,.))}|{{||{((({{||||{(,((((((||||..{(((,,....})}},|||.}||||||{,...,})},)))))))))))))}}},..,,{{,,(({(((,,(((,(((((((((((.....))))))))))).}}}}}}|||||||,.|||}}}|||}}}}}},{{,,....,,,}}..,,},},.}}.,,...,},,}||||,,,,}||}}},.....|||.{{{{{,,{,,....,.}))))}...,,}........,)))))))))..)).)))))),|||||.,..(((((((....)))))))...}}|||.(((((.........)))))..,,,)}}}}}.},,,}}}}|.,|{||,},.}},,)))}.}}}}}}}}}},|{}}}}},|||,|||||||||}}|,,..((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,,(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...))))))))|,,,,.,,...(((,((({{...}|,|,,},.{(((({(((((((........,..)))))))).)))))..,,}},,.}))))||},..........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......(({(((((((.......)))))))))..,,}|||,||}}.||...}}}}}},.||.,.||||,,{{{......}}}..))))}}))),..))}))))}.,,,.}))}}.})))),}),...,,|||{......}))))}}})})),)))))})))}||{|||||||..{{{...,}}|,,}}})}}}}})...(((((...))))).,(((((......)))))}..((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))...}}}}})))),,)),..,,,)})}}})))))))})..))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))