Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369097.1
Sequence Length
2663 nt
GC Content
0.4457
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUACCUUGGUUUACCUGCAGCCGCCUAGUCCUCUUCUCCUUCUCUUUGAUGAUUCAGGGCCUCGGCUUCCCUCACGAUAUUGCAGAAAGACACAGCUUUCCUCUUCCUCUCCAAACCACCUCGAAGCAGGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGGUGUCUCUGAUGCAUAUUCUCAGAGCCUACCAGGAAAAUCCUAGAAUCGAGAAGGGCUUGGGACACAGAGAGCUAGUGGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-788.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -834.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 755.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......)))(((..(((((...........)))))..)))..((((.(((((.......)))))..(((((((........((((.((((....))))(((....)))..(((((((((...((((...(((((((..(((.......(((((((((((((((......))))......))).......))))))))((((((......(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))...(((....))).(((........))).........(((((((.((((((((((.....((((((((....(((((.((((((.(.(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...)))))).....((((((....(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))).............(((.....(.((((((.((((((((.((((.(((....))).)))).))).......))))))))))).)....))))))))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))....))))))))))).)...)))))).)))))........((((((..(((((........))))).....))))))((((((((((((((...((..((((((.(((..(((.(((((.(((((.((((...(((....)))...(((((((((....)))))))))((((.(((((.((((((((.......((((((((..((.(((((((((...........))))).((((((.(((.......((((.....(((((.......)))))....)))).((((((...)))))).))).))))))...((((((((.((.((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......))...(((((((((..(((((.............(((....(((((...((((........))))...)))))....)))............((((.((((((.........))))))..))))((((...))))((((((((((.(((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....)))))))))......)))).)))).)))))..((((((.(((((....))))).))).)))...((((((.....................))))))(((((......))))).......((((...))))(((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..))))......)))))))))..((((........))))........)))).)))))).(((......)))........((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...)))))))))))))......(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....)))))))))))))))))))(((((((.......))))))))))))))))).)))).))..))))))))(((...((((..(((......)))..))))..)))...)))))))).....))))).))))))))......((((.......))))..))))).))))).))).((((((((((..(((...)))..))))).)))))...(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))...)))))))))..))......))).)))))))))))..))))))))....)).)))))))).)))))))...))))))..)))..)))))))...))))...)))))))))(((((.....))))))))).........)))))))(((((.....)))))...............))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((......}}}(((..(((((...........)))))..))),..,,,.,{{{{,...,{{{||||{{{((((({..,,,,..{{,{..{({....}})|{((....))}..(((((((((...((((...(((((((..(((..,,,,,(((((((((({((((......))))......))).......)))))))){{{{{,..,{,.(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))).,,|||,,..}}}.(((........))}.........(((((((.((((((((({.....((((((((....{((((,((((((.{{((((((({({{((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..{|||{{{|||,....)))),..}}))))..{(,((((((,,..(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..{{((,,,,,,.}|||{...,,{,,..|,(({,{..,(,((({{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||{....}})))}}|}}}}}.}...}},}}})))).,|....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))..,,}}))))))))|..,,.)))))}.})))),...,,..{{{(((,{(((({......,,|||||..{{,|}}}}|({(((((((({(((,,,((,{(({(((,(((,,(((,(({{{.||||,.(((({..{(,....,}}...{((((((((....))))))))}(({(,((({(.(((((((({{..,,.((((({{{..{{,(((({((((({,,,,,{{,.|||,..{{|{{{,|||..,|{{({{(,,....{{({,,.,,.,{{{{||,.,,,,|||{||||,.,,}))),},))),)})))),,,.|}||,,({(((((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))|,({......,,,..|,||||,(((.(((,,.,,..(({{{{{(({((((({,......|}||},{{({{{((((((({..{{{{(({,,............{(((,((({({.{,...,{{||}||}.{|}},((((...))))}}..}}|||}},,||,,|||||||{(.((((((((((,,(((...,||},,|}}}|,|||}}}.||||||{((,,,,,.,,,,..{{{{{..,))))),,....}}}})))))}}}}...|||,|}},.}})))}.{,,{((.(((((....))))).))).}}|{,,((((((,,,.........{{|{{,...}}})})|||||..,,,,}|}}}|{,,....{{|.,.))}|{||||((({{||||{({((((((||||..{(((.,....})}},|||.}||||||{,...,})},)))))))))))))}}},..,,{{,,(({(((,,(((,(((((((((((.....))))))))))).}}}}}}|||||||,.|||}}}}|}}}}}}},{{,,....,,,}}..,,},,,.}}.,,...,},,}|||||,,,}||}}},.....|||.{{{{{,,{,,....,.}))))}...,,}........,)))))))))..)).)))))),|||||.,..(((((((....)))))))...}}|||.(((((.........)))))..,,,)}}}}}.},,,}}}}|.,|{||}},.}},,)))}.}}}}}}}}}},|{}}}}},|||,|||||||||}}|},..((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,,(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))){,,,,.,,...(((,((({{...}|,|,,},.{(((({(((((((........,..)))))))).)))))..,,}},,.})}))||},..........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......(({(((((((.......)))))))))..,,,|||,||}}.||...},,,,,,.||.,.||||,,{{{......}}}..))))}}))),..))}))))}.},,.}))}}.})))),,),...,,|||,......}))))}}))})),)))))|)))|||,|||||||..{{{...,})|,,}}})}}}}})...(((((...))))).,(((((......)))))}..((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))...}}}}})))),})),,.,,,)})}}))))))))})..))))))))....,},)))))))).)))))))..,)}}}}}..)))..)))))))...))))...)))))))))(((((.....)))))))))......,.,))),)))||,||..|,.|}|||{{{,...,}}}},.,)))}
Back