Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369102.1
Sequence Length
2695 nt
GC Content
0.4486
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUGGGCUCUCUGCAACCUCUACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAUCUUCCCCAGUAGCUGGAACUACAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGAGCUUUGCCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAAUGAUGCAAUCUCCGCUCACUGCAACCUGUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-805.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -852.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 572.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((....)))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((.((((((.((.((.(.((...((((((((......(((((((((..(((((((((((...((((.((((....((((.........))))....)))).....))))..))))..))))))).(((.....)))))))))))).(((((((....)).....))))).....))))))))((((((((((.....))))...)))))).(((.(((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.(((((((((((((((.....))).((((....))))(((((((..(((....)))((((((((((((....))))))))))))..(((((.(((((((((..(((((...(((((.(((((((((((((((((((((...(((..((.((((.......))))))......)))...)))).((((((..((.((((((((((.(((((((((((.(((.(((...))).........((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......))....(((((.((((((((.......)))......(((((........))))).......(((((((((((((.(.(((.............(((((.((......))..)))))((((((((....((((............))))...)))).))))))).)))))))))))))))))))))))).(((((......)))))...))).)))))))))))))))..(((((((......)))))))(((((.((.((((((..((((((.((((((((..(((...(....)...)))..))))))......))))))))...))))))))..))))).)))))).)))))))))))))..))))(((((((((.(((.(((...............((((((((((((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..)))).................((((........))))...))).))...))))....))).))))))))))))....((((((((((....((((.((..........)).))))....)))))))))).....)))))....))).)))))))))).((((..((((((((((......))))))....(((((.(((((((....))))))).)))))..)))))))))))))))))))))).(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))(((((((....))))))).((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))...)))))))....))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........))))))))))))....))).)))))))))).))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((....)))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))},}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((.((((((.((.((.{.{,...((((((((.,....(((((((((..(((((((((({,{.((((.((((....{{{{,{,{...,}))}}....)))).....)))).,))))..))))))).|{{.....|,|))))))))).{((((((....)).....))))).....))))))))((((((((((.....))))...)))))).(((.(((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((,{..{({(({,..,}}|||....((((.(((....))).)))){{{({....}}))),,,|},||,|...}.,,,.||||.,,..,,(((({.(((....(((((((...)))))))...)))))))}.(((((......)))))((||{{{((,,.,,))})))}}..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....{(.((((((((.((((((((((((.{((((((((((((((....}}}}..(((((..{({....,}}.,,{((((((((....))))))))|||,(((((,(.((((((((((..((.({{{(.{{..{{{(((,((((((((({{(({...(({..,{.{{{{......,}}||||......))},,.}}}}.{(((((..((.((((((((((.(((((((((((.(((.{{{...,,,.......,.((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......}),...((((,,((((({.........,......,.(((((........}}}}}..,....(((((((((((((.{.(((............,,{{,,.({||.,..||..}||},(((({{({..,.{(({......,,....}))).}.))))}})))))).)))))))))))))))))))))))).(((((......)))))...))).)))))))))))))))..(((((((......))))))}(((((.((.((((((..((((({{((((((((..(((...(....).,.)))..))))))......})))))))...))))))))..))))).)))))).)})))))}.|||||,}}}}}|||||{({{((...,,,}}|}}|,,.....{((...)}}{(({|(((({{|,,{((,(((((({.....{((({{....,,,,{{||.,|||||{{{....)))})))))))))))))|,,,..{,{{((({.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.{(((,.....(((({....)))))....)))).)).))...)))))))))....))))))))}...|{{.((((({.{......,.})))))...,}}.........))))}))))}.}}}}}))))}|||||.}},(((((((....)))))))...,}|||,(((((.........)))))..,}}),,,},,}},,,}}},..||||.}}.}}}})))..}})))))))},),))}}).))}.}})))}))))))}}},{(((((((((.,..((((.((..........)).))))....)))))))))}((((,{(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),,.........{(({(((||.,.,|{|,,,,.{((((((((((((...........)))))))).)))))..,.,,,,,|||||||},...,,,,,..((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....{(((((.,.((...........))...))))))..,,,.,,,,....))))))))))..)).))))}})))..})....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..{{{,...((....))....)},.(((((...}))))..(((((......))))),..((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))}}),,,,.}}..,,,)))))).))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))
Back