Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369104.1
Sequence Length
2582 nt
GC Content
0.4489
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUACCUUGGUUUACCUGCAGCCGCCUAGUCCUCUUCUCCUUCUCUUUGAUGAUUCAGGGCCUCGGCUUCCCUCACGAUAUUGCAGAAAGACACAGCUUUCCUCUUCCUCUCCAAACCACCUCGAAGCAGGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGCUGAAGGCAGGUACAAUCUCUACACAGCGGAAGGCAAAUAUAUCUUCAAGGAAAGAGAAUCAUUUGAUGGCCGAAAUAUUUUAAAGAGCUUUGCCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUACAAUGAUGCAAUCUCCGCUCACUGCAACCUGUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-759.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -803.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 612.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......)))(((..(((((...........)))))..)))..((((.(((((.......)))))..(((((((........((((.((((....))))(((....)))..(((((((((...((((...(((((((..(((.......(((((((((((((((......))))......))).......))))))))((((((......(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))...(((....))).(((........))).........(((((((.((((((((((.....((((((((.....((((((((((...((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..))))...))))....)))))))....((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.(((((((((((((((.....))).((((....))))(((((((......((((((.......((((((..((.((((((((((.(((((((((((.(((.(((...))).........((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......))....(((((.((((((((.......)))......(((((........))))).......(((((((((((((.(.(((.............(((((.((......))..)))))((((((((....((((............))))...)))).))))))).)))))))))))))))))))))))).(((((......)))))...))).)))))))))))))))..(((((((......)))))))(((((.((.((((((..((((((.((((((((..(((...(....)...)))..))))))......))))))))...))))))))..))))).)))))).)))))))).(((((.....))))).((((((......))))))........((((((((((((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..))))...........((((((((((........))))..........((((..((.((((((((((((((..(((..((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))((((((.....(((((((.....)).)))))..)))..))).......))).))))))))))))).).))..))))...)))))).............((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......)))))))))........)))))))))..................)))))))))))))....))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))..)))).))).)))........))))))))....)).)))))))).)))))))...))))))..)))..)))))))...))))...)))))))))(((((.....))))))))).........)))))))(((((.....)))))...............))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((......}}}(((..(((((...........)))))..))),..,,,.,{{{{,...,{{{||||{{{((((({..,,,,..{{,{..{({....}})|{((....))}..(((((((((...((((...(((((((..(((..,,,,.(((((((((({((((......))))......))).......)))))))){{{{{,..,{{.(((((((.(.((((({.{{....}}.})).))))))))))}.,,((|,,..,}}.(((........))).........(((((((.((((((((({.....((((((((....,((((((((((..,((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..})))...))))....)))))}}.,.,||{((({(((((((({.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((,{..,({(({,,,.|||||....((((.(((....))).)))){||{{....}})))}|,}}}||,|...},,,,.|}}}.,,....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))}.(((((......)))))((||(((((.....))))))))..((((,.((({({({....)))),..,))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....{(.((((((((.((((((((((((.,{,,{{{{{{,{{{,{|{,||||{{(((((...{,,({,(((..,,{{.{(((({..{{.((((((((((.(((((((((((.(((.{{{...,,,.......,.((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((......}),...((((,,((((({.........,......,.(((((........}}}}}..,....(((((((((((((.{.(((............,,{{,,.({||.,..||..}||},(((({{({..,.{(({......,,....}))).}.))))}})))))).)))))))))))))))))))))))).(((((......)))))...))).)))))))))))))))..(((((({......))))))}{((({.{{.((((((..{(((({{{{((((((..(((...{,...}.,.)))..))))))......}))))))}...))))))))..))))}.}))))).}}}))))}.,,|||,....|||||{{(((((......}}}}}|,.......(({{{|||((({,((((((,,,,((,(((((({.....{((({{....,,,.{{{{..|||||{{{....})))))))))))))))){{{{..{,((((({.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.{(((,.....(((({....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))}}}}...|{{,((((({.{......,.})))))...,}}.........))))}))|||.}}}})))))}|||||.},,(((((((....)))))))...,,|||,(((((.........)))))..,}}}......,....{{{{{{((((........))))....,|||,.,|||||,.,|||{{{||||||||}}|,...{(((((((((.,..((((.((..........)).))))....)))))))))){{{||||||,,,,..((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))..,))))}))){|,,||,,...((({(((.,...}).))))}.,|||,,|||,,,,....},.}}}}))))))))}})}))..}})),,.)))))}|,...........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....,,,|||}}}||}..........,,...}}}))),,}}}})))}.,,.))))))))))..)).)))),,)))..})....))))..))...})))).......))))))))).))))))))))))))).))))))))}..{{{,..,({.,,.)),...},,.(((((...)))))..(((((......))))),..((((((((((.......(((((((.......((((((((..{........}..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........))))))))),.)))).)}).})}..,,....))))))))....,},)))))))).)))))))..,)}}}}}..)))..)))))))...))))...)))))))))(((((.....)))))))))......,.,))),)))||,||..|,.|}|||{{{,...,}}}},.,)))}
Back