Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369110.1
Sequence Length
2393 nt
GC Content
0.4409
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAUGAUAUUUCUGGGGGUAAACCCCUAGAAGUGGAGAUGGCAGGGAUAGAAUACAUGAAUGAUGAUCCUGGCAUGGUGGAUGUUCUUUACGCCAAAGUCCAUAUGAAAGAUGGCUCCAACAGGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-712.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -753.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 504.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((....)))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((.....((((((((((...((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..))))...))))....)))))))....((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.((((((((((((..((((((((((((((....))))..(((((..(((....)))....((((((((....))))))))(((.(((((.(.((((((((((..((.(((((.......((((...((((..((((((...(((..((.((((.......))))))......)))...))))))..((((...(((((..((((..(((((((.(((((((.....((((.....((((((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((.....))((((.((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....)))))))).))))...(((((.....))))).((((((.(((((....))))).))).))).....))))....))))..........)))))))))))))).((((((((.(((((...((((...))))))))).))))))))((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))).(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((.........)))))..)))))))))....))))..)))).)))).)))))))..)))))))))).).))))).))).))))).))))))))))((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))...........(((.(((((....(((.....(((((((((((((...........)))))))).)))))......)))))))).)))..........((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))..............))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))..)))).))).)))........))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((....)))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))}.}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((....(((((.((((((.(,(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...))))))..,{.((((((....(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))),.....,....,.{{{,{...(,((({{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||,....,})))}}}}))}).)...}},})))))).,}....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))....))))))))))).,,,.)))))).))))),.......((((((..(((((........))))).....))))))((((((((((((((...((.,((((((.(((.,{{{{{{..,.})}}..((((({.{(,....,}},{{(((((((((....)))))))))|||(((,.(((((((.,,{,...{,{{{{,{{{{.{{{,{((({((({({{{{{(({,.,{{{..{({((({,,,...,||||||......}}},,.,}}}||,,||}.}}},.|||||}||.,}}}}))},,}})})}}}}}...,|||,..{{{{{((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((.....}}((((.((((((((.((((((((.((((((....)))))).{((({...})))}........))))))))....)))))))).)))).......(((((((((((.,...(((((((((((.{,(((((...,{((..((((((.{,.........,,|,,....))))))(((((......))))),,......{{{...||,{(((.(((({{...,((.(((((((.....,(((((........((((..((((((({....)))))))))))))))))|,,,,,({{{{(((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.{(((,.....(((({....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...{{{.((((({.,......,.})))))...}}}.........))))})))),.))))))))))|||||.}},(((((((....)))))))...,,|||,(((((.........)))))..,}}),,,...,,,,.||..},}|,,)))}){{(((((...,.(((,,{(((({....,.{(((.(((((.(((....((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,{(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),.........((((..(((((((((.{..,..{((((((((((((...........)))))))).)))))...,,,...(((((((,,,,........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....((((((...((...........))...))))))..,........,..,,||..(((.......)))..}}...}},,,,)}}},}}.............,)))))))))..)))){(((((.(((.,...,,{..........,}))).))))))..))).))))).))}))))).}))))...)))))))...,.))|}))).))))))))))))))))...}}}}|(((((((..{........}..)))))))}.((((..((((((....)))))).))))..)))))))..))),},,,.)))))).)))))))))..}}.,,...))),}))))))))))..))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))
Back