Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001369112.1
Sequence Length
2273 nt
GC Content
0.4404
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCUCCAUUUUUCUAGUCCCUGCAGGGCAUAAUUGGAAUAUCAUUUGGAGAAAGUGUCAUGGAAGUUCUGCGUCCACAGCUUAUAAGAAUUGAUGGCCGGAAUUACAGGAAGAAUCCAGUCCAAGAACAGACCUAUCAACAUGAAGAAGAUGAAGAGGACUUCUAUCAAGGCUCCAUGGAGUGUGCUGAUGAGCCCUGUGAUGCCUACGAGGUGGAGCAGACCCCACAAGGAUUCCGGUCUACUUUGAGGGCCCCCAGCUUGCUCUAUAAGCAUAUAGUUGGAAAGAGAGGGGACACUAGGAAGAAAAUAGAAAUGGAGACCAAAACUUCUAUUAGCAUUCCUAAACCUGGACAAGACGGGGAAAUUGUAAUCACUGGCCAGCAUCGAAAUGGUGUAAUUUCAGCCCGAACACGGAUUGAUGUUCUUUUGGACACUUUUCGAAGAAAGCAGCCCUUCACUCACUUCCUUGCCUUUUUCCUCAAUGAAGUUGAGGUUCAGGAAGGAUUCCUGAGAUUCCAGGAGGAAGUACUGGCGAAGUGCUCCAUGGAUCAUGGGGUUGACAGCAGCAUUUUCCAGAAUCCUAAAAAGCUUCAUCUAACUAUUGGGAUGUUGGUGCUUUUGAGUGAGGAAGAGAUCCAGCAGACAUGUGAGAUGCUACAGCAGUGUAAAGAGGAAUUCAUUAAGCUACAAGAAUUAGUUGAUCGAGUGCUGGAACGUUUUCAGGCAUCUGGACUAAUAGUGAAAGAGUGGAAUAGUGUGAAACUGCAUGCUACAGUUAUGAAUACACUAUUCAGGAAAGACCCCAAUGUUGUUUGAGAACUUCUACUUUGGCUCCCUAAAGCUGAAUUCAAUUCACAUCUCUCAGAGGUUCACCGUAGACAGCUUUGGAAACUACGCUUCCUGUGGACAAAUUGACUUCUCCUGAGGUGGAUCUUGGAAAGCACUAGAAACUAAACAUCUUCACCAGGUGCUGAAGAAAAGUGUCUUCGUUUUAAUUGCCAAGCAGGGAUGUGGACAUUUGGAUGGUGACUUUCCUGGGUGGUUCCCCAUAGAUUCACCAUUGCCUCUAAUGGUGUCUACACCCGUCAUACUACCAGCUGAGAUGGUGGUGGGCAUAAGGAGAAUUUGUGCCUAUAACCCUUAGUGUGUUCUGGUUUUUUUUCUUUUAAUUUUUAAAUUGUCGUAAAAUACUCAUAAAACAUACUGUCUUCACCAUUUUUAAGUGCACAGUUCAGUAACGUUAACUGUUAAUACAUUCAUAAUGCUGUGUGGCCGUCACCGCCGUCCAUCUCCAUAGGCUUCUCAGCUUGUAAAAUGGAAACUGUACCCAUUAAACAGUAAUUCCCACUCCUCCCAGCCCCCGCAGCCACCAUUCUGCUUUCUGUCUCUCUGGUUUUGACUAUUCUCAGUAUCUCAUAUAAGUGGAAUCAUACAGUGACUUGUCUUUUUGUGACUGGCUUAUUUCACUUAGCAUAAUGUCCUCAAGGUUCAUCCAUGUUGUGUCAGGUGACAGGAUUUCCUUCCUGUAUUAUACAUAUAAUGGAAUGUUCCGUUACAUGUGCGUACCACACUCUGUUCCUCCAUCAGUGAACACUUGGCUUGCUUCCUCUUGACUAUUGGGAGUAGUGCUAAUACAGACACGGGGGUGCAAAUAUCUCUUUGAGACUCUGCCUUUAAUUCCUUUACCACCCAGAGUUUUAUCUUUAGCAAAAUAACCAUUAAAGUUGUUUGCCUUUUACUUUGCUUGGUCUAUCAUUUUCCUACCAAAGUUUGUCCUCUUAAUAUUUGUUGGAUUCCUGUUCCUUCACCCCAUCCCCACCCUCAUCUUCCCAUGCCCCUGAUGGAGUUGCAGUGUUGCAGCCCUUUUUUGUUUACUUUUCAAGGCAGCAGCAAAAGAAACUGAUGAUAUCAGCAGGACUGUGCAGAGUUCCCUGGAAGAAUGUCAGCCACAGGAGGCCCUCACUCCUCCCUCACCACGGACCAGCAGAGGGAGGCGGGAAUGCUGGGGAGCCCCAGCCUCCCACCCCUGCCUCCUCACAUUCUUCCUCCCUCCAUGUCCUCUCCUUCUUCUCCUUCCUUAUUCUUGCCUUGAUUCUUUCUCUCUUUAUAUUCUUUAACUGCACUUCUGAACUCUGUGUUAAGUUGCUACAUUGUGAGGACUGUGUCUAACAGUGAGAUUUAUUAUUGGGACUGCACAAAUCACUUGUGAAUAAAAUGUUUAACGGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-666.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -705.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 457.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((....))))((((((((...(((...(((.(((((((...((((((((((....)))....))))))).......))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.((....)).))).)))))))))))))))).)))...((((((.(((((((.(((..(((..(((((((.((((((((((.....((((((((.....((((((((((...((((.(((.(..((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..))))...))))....)))))))....((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))....(((((((((.((((...((((((.(((((....(((((.....)))))....((((.(((....))).))))(((((....)))))......((((.........)))).......(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(((.(((((.....))))))))..((((..((((((((....))))....))))..)))).....(((((((((.......(((((((..((((....((.((((((((.(((((((((((((((.....))).((((....))))(((((((((((....(((((.......)))))....)))).((((((...))))))((((((((.....((((.....((((((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((.....))((((.((((((((.((((((((.((((((....)))))).(((((...)))))........))))))))....)))))))).))))...(((((.....))))).((((((.(((((....))))).))).))).....))))....))))..........))))))))((((((......))))))........((((((((((((.((((((....((.(((((((.....((((((........((((..((((((((....)))))))))))))))))).....((((((((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.((((......(((((....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...(((.((((((.(......).))))))...))).........)))).))))..))))))))))))))).)))(((((((....))))))).....(((((((((.........)))))..))))...........((((((((((........))))..........((((..((.((((((((((((((..(((..((((((((((....((((.((..........)).))))....))))))))))(((((.(((......((..(((((((..(((((..((((.(((((......)))))))))..)))))..)))).)))..))...))))))))((((((.....(((((((.....)).)))))..)))..))).......))).))))))))))))).).))..))))...)))))).............((((((((((....(((.....))).....))))))))))......(((((.((((.......)))))))))........)))))))))........................)))))))....))))))))))..)).)))).))))..))....))))..))...))))).......))))))))).))))))))))))))).)))))))))..((((...((....))....))))(((((...)))))..(((((......)))))...((((((((((.......(((((((.......((((((((..(........)..)))))))).((((..((((((....)))))).))))......))))))).))))))))))........)))))))))..)))).))).)))........))))))))....)).)))))))).)))))))...((((((...(((.....)))))).)))....)))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(({((((....)))){{((((((...(((...(((.(((((((..,((((((((((....)))....)))))))....,..))))))).)))....)))(((((((.(.((((((.({....}}.))).))))))))))))))))}.}}...((((((.(((((((.(((..(({..(((((((.(((((((((,.....((((((((....(((((.((((((.{,(((((((((((((((.(((((((((.(.((..((....))..)).).))))))))).))))..((((((((((.....))))...))))))..,{.((((((.,..(((((((..(((((((.(((...)))....)))))))..).))))))..((((.......)))),....,,....|,{{{,{..,(,((({{,.|||||,,,.((((.(((....))).)))),|||,....}})))}}}}))}}.)...}},})))))).,}....(((((.(((....(((((((...)))))))...)))))))).(((((......)))))(({{(((((.....))))))))....)))))))))))..,,.)))))).))))),.......((((((..(((((........)))))..,,.))))))((((((((((((((...((.,((((((.(((.,{,{{{,..,.}}}}..(((((({(({{{,{((((.......)))))}}}.))}|(((((..(((.{((((....)))))......((((..(((((((((((((((.(((((.......))))).....)))))))))).((.....}}((((.((((((((.((((((((.((((((....)))))).{((({...})))}........))))))))....)))))))).)))).......(((((((((((.,...(((((((((((.{,(((((...,{((..((((((.{,.........,,|,,....))))))(((((......))))),.......{{{.,,||,{(((.(((({{...,((.(((((((.....,(((((........((((..((((((({....)))))))))))))))))|,,,,,({{{{(((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))......(((((((((.((((.{(((,.....(((({....)))))....)))).)).))...)))))))))....)))))))))...{{{.((((((.,......,.})))))...}}}.........))))})))),.))))))))))|||||.}},(((((((....)))))))...,,|||,(((((.........)))))..,}}),,,...,,,,.||.,|,||,,}}}}}{{(((((.....(((,,,(((({....,.{(((.(((((.(((....((((((((((.,..((((.((..........)).))))....))))))))))((((,{(((......((..(((((((..(((((..(((,{(((((......)))))))))..)))))..))))},))..))...)))))))),,........((((..(((((((((.{..,,.{(((({(((((((...........)))))))).)))))...,|,...(((((((,,,,........((((((((((....{((.....})}.....))))))))))......((((((((((.......))))))))).....{(((((.,.((...........))...))))))..,........,,.,,||..(((.......)))..)}...}},,,,)}}},,}.............,)))))))))..)))){(((((.(((,,...,,{..........,,))).))))))..))).))))).))}))))).,))))...))))))).....))}}))).))))))))))))))))...))))).|...)))).)))..))))),{{(({((({((({..((((((....)))))).))))...}}}))))))),......}))))).)))))))))..))......))),}))))))))))..))))))))....,},)))))))).)))))))...((((,,...,{{...,,)),,)),})}....}))..))).)))).)))..((((((......))))))))))))(((((.....))))).............})))))
Back