Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370416.1
Sequence Length
2922 nt
GC Content
0.3939
GAAACAGCACCCCUAAUGCUAGCGCCACUGCUGAUGCGGCUGCCAGGCGGGGGAAAAGUGUUGUGUACGUGCAGAUUGCUGAUGCUUCUCCCAUAAUGUUUUGUAGGAAGUUUCCAUGCUUCUUCGGUUUAGUGCGUAGAAAGAGACCUGGAAACAAACAACGCAGAAUGAUGAUGAUGGUCUAGGUUUCUUUAAUGAGAUAUCUGGAGAAUUUUCAGACCAGGUUUCCCAGUGCGUUGGAAGGAUUGAGUGUCAGAGUCCUUGAGCCAUCCAAAGAUUCUCUUAAGAGAGAAAUUCUCUUAAGGUUGAAAUCUGAGGGUUUAGGGGUGGAUUCUGGCAGAUCCUAAGGUCUGGGAUCUCUGGAAAGCCCUGAAAUUUAUGCAUUUCACCAUGAUGAAGACAUCUAGGCAAAGAGUUGAUUCCAGAAGGAACUGUGAAGAGCCACAACAAUGUGCCAGUGAAUAAUGAGUAGUACCUACUGUGGCAACUCUUCAGCUAAGAUGAGUGUCAACGAAGUAUCAGCUUUCUCAUUGACUCUGGAGCAAAAAACUGGCUUUGCUUUUGUUGGGAUUUUGUGUAUCUUCUUGGGACUUCUUAUUAUCCGAUGCUUCAAAAUCCUGCUAGACCCAUAUAGUAGCAUGCCUUCCUCUACAUGGGAAGAUGAAGUUGAAGAGUUUGAUAAAGGGACAUUUGAAUAUGCACUCGCGUGAGAGUUCCAGCUAUAUGGUUUUUAUGGUUGUGCCAUCGGGACACAUUCUGGAUACAAUUGUAACUACCUUGAGGGUGUGGGAGAGAGGCUCAUUUUGUUCAGUGAAUUCAAUAAACAUCUGUGACUAAUUUCUUCACCAUGCUGUGUAAAUGAUAAACUAUUGUUGGGAUUCCUCACUUUCCUCUGUUCCCACUUAGAGGUUUCCAAUGAAUAGAGCAUAAGGAUGGCUGCCGCCAUGUUUACCAUCUUUAUUCUUAUCUUGAACAACUGCCUUGAAUUUCUGCUUCCUUUCUUGUGCUAAUAAACUGUGCCAAAGGCAUCUUGCUCUCUCCCCUCUGAAAAGCCCAGGCAUCCCCUCCACAUUCCUGACUCAGACCCCUUUAGCUUUAGUGAGUCAGGUCUUAAACAGAGAAUUUAGUCCAAAGAAUAAUCAAAAUAUUAUUUGUCUAAUAAUAACCAUAGGCCCAAAAGGUUCACAGGUGAAAAAAUAUCUCAAAAAUCUAACACCCAAAGCCUACAAGUAGUCACAGGCCCUAAAGCUCCCCAAAUUUCACAGAGCCCUGACCCUCCUAUCUCUUCUGUUUGUCGAAUCUCUUGCAGUAAAAUCCCAUAGCUUGGAAUCCAAACCAGAUCUGCCUCAUACUGAUGCUCCCUCCCCUACCCCUUGCAUAAAUAGAAUUUAAAAGGGAGUUUCCAGCAUGACCUAGUGGAAAGAGUACUCUAAGCAGAAACAAAGACAGUCUCAGCUGUGCCACCAGUAGAGCUAUGCUCUAAUGGGUAAGUCAUCUAAUCUCUGUGAGCUUCAGUGAAGAGUAGUGUUAACAUCCUUUUCAAUUCUAGUGCCCUAUGAAUGCUACAAAUGUAUCUGAAAACCCAGAGAUCUGAAAUGAAUGAGGAUUUAAGAUAUCAUGAAAAGUUUUUCAGAUUAGGAGCCUAAACUCAGAGAUUUGAAUUCUAAUGUUAGCUUAGCCAAGAACUAGCUUUAUGACCUAGAAAGUUACCUAAAGGGAACCUAUAUUGCACAACAAGAAUUAAGAAACCCAUCCUGCAUGUCUUCAGCAAUAUUGAGAGGGCCAAUUAGAUAUAAUGAAUGUGAAAGCAUUUUGUAAACCAUAAAACAGUAUCUAAACAUACCUUGCUAUCAAUAUUUAUUGUCCUCAUCAGUAGCAGUAAUAGAGAUUCUCAAACCCUAAGAAGCAAUGGCUUAGUGUAAAUUAUUCAAUCUCUCUAGUAUUUCAUUCUCUUCAAUUGAGAAAUAAAAAGAUAAAAUUAUAUAGUUCUAAAUUCUUUCCAACUACAAACUUCUGACUCUCUAUGAGUCAGAAUGGAGGAACAUAGCAGGAGAUAAAUACAAAAAUAUUUAUGUCCUUUGAAAACACAGAACUGCAAAACAUACCAUGAAGGAACAAGACUAAUAUUACCAAGAGGUAGCACUAAGUUAGUUACUUUCAAUUUAUUUGAUACUCUUAUAAAUUCUUUGAGUUGGAGACUACUAUUUCCAUUUUAUUUUUAAUCUUAAUUUUGCAGAAGAGAAACUGAAGCUAAGAGAAAUUAACUAGCUUCCCAAGGUCACCAUAGCUAGGGAAUGGUUAUGUUAGGGAUUGAACUUGGGCAGUUUGAUUUCUGCUGUAUCCCUAGACACUGUCCUCAACACUUCUACAUAGCUUAUAGGCAUGGUUACUGCUCAGGUCUAUGGAAUUCCAAAACCAGCUGUCUCUGUGAGAUUCCUUGAUGCUUUCCAUCUCAUAAUAGAUUUAGAACAUAUCUGUUAUUAGCUAUGGAUCUUCUGGACCAAAUCCUCACCUCAAGGAGGCUCUCUGUACCCCAGUUGGUUCAAGAGUGUAGGCCUGGUACACCUCAUAGCCAGUUAGUAACUUGGCCCAAGAACAGGCCACUGGGCCAAGUUCAACUGAACAUACUGAAAAUUGUGUGUGCCAGGAAACUAGGUCUCUUUGUUGACCAAGGCUUUUAAAGUACCAGAUGUUUCAUUUGUCUCCCAGAGAAGACACCCACCAAGACCCUCCAUUUUGAUGACUAGAACAAACCAAGGCCAGAUCUUUAUUUCAAAGGAAGAAAGACCUCUACAACCAAGAAAACUUUAUGAAAUAUGAGCAUUGUUUCUGGAAGUUCAACUCCCAUAAGCUUUUCAAGUAUAUUAACUCUACCAUAAUAUUAUUUCCAAAUCCACUAAAGAAAAAUUCUAUUAACCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-758.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -818.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 520.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((..((((.(.((..((((....))))..))).))))))))....)))))))((..(((.(((..((((((((((((((.((((....)))).)))..........((((.(((((..((((((((((((((((((((((..((..((.((((...)).)).)).)).))))))))))))).........((((((.....))))))(((((..((((((.((.((...((((((...(((((((((((.....((((((..((((((((((((((((.....))))))))))..).)))))..))))...))...))))))))))))))))))).))))))))..))))).............)))))))))..)))..)).)))).(((((.(((.(((((((..((((((......))).)))..((((((.....((((.(.(........).).))))....)))))))))))))..))).))))).((....)))))))))))))..))))))..))..(((((.......(((((((((..(((((((((.(((((((..(((((((((((.......(((((.(((.((((((..((((((((........)))))).....((((((......))))))..))..)))))).))).))))).((((((((((....(((((((..((((((((((((((.(((.(((..((((((((((...(((.(((.....))).)))))))))))))..)))...(.(((((((..((((((.((((..((((...((....))...))))...))))....))))))..))))))).).............))).))))))))).)))))...((((((........))))))........((((((((..((((.(((((....))))).))))....)))))))).....(((((((((((............((((((((..((((....))))...(((((...(((.((................))...)))..)))))............(((((((((.................))))))))).........(((.((((.(((((((((..........(((((((.....)))))))......((((....(((((....((((......................))))...)))))....((....)).))))...((((((....((((((((((((....................((((..(........)..)))).........(((((((((((((((....(((((((..((((.((((.(((((((..............................))))))).).))).))))((....))..(((....))).(((((.(((....(((((....)))))....(((.((((((...)))))).)))...............((((((((((..((((..(((((((((((((((....(((((.((((((((((((((((.(((....((((((((.(((.((((...............)).)).))).))))).)))....)))..))))...)))).))....)))...))).))))).....))))).((.((((((....((((((...((((((...((((((......(((((((((((((((.........................(((.((....))))).((((((((((((...........(((((((((((.((((...(((.....................))).....)))).)).))))))))))))))).))))))))))).)))).).)))))..((.(((((.........))))).))...........(((((.((((..((((((((((((((((((((.....(((((((((((...(((((.........(((((((((.((((..((((((((.....))))))))(((......)))...((((.(((((((......))))))).)))).............................(((((((((..((((....(((((....))))).....)))).))).))))))((((((..((...))..))))))..)))))))))))))..)))))....)))))))))))..)))))))).....))))))))..))))))))))))).......))))))....))))))....))))))....)))))).))(((((((........(((((........)))))..))))))))))))))..)))..)))).......))))))))))....))).)))))))))))).))).)))))).....))))))))))))))))))....)).))))(((((((.(((((((((.........))))))))).))..))))))))).))))).)))).))).....))))))))...........))))).)))))))))))))..((((((((((..((....(((((((((((((((((((............)))))))))))..)))).....)))).....)).))))))))))...((.((((........)))).))((((...))))..)))))))))).......))))).))))))....)).))))))))..(((....))).....)))))).))))))))).(((((.((((....))))))))).............(((((.((((((.....(((((.((........))))))).....)))))).))))).(((......)))...............)))))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((((..{(((.(,((,.({((....)))),.)),.))))))))....)))))))((..(((.(((..(((((((((((.,,.({{{....}}}},||{(((......)))||}|,(((..((((((((((((((((((((((..{{..((.{{{{...,}.)).)}.}}.))))))))))))}.........((((((,...,))))))(((((..((((((.((.((...((((((...((((((((((({{{{{((,(({..((((((((((((((((,...,))))))))))..)}))))),.})))}}})},..))))))))))))))))))).))))))))..)))))............,)))))))))..)))..{|{||,,.(((((.(((.((((((((.{({(({.,||.{{{{,,.,..{{((({.....|||{.{.|......}.,.)})),)}}.})),))))))))))..))).)))))..|,}}}.,)))))))))))..))))))..}}..((((,.......(((((((((..(((((((((.((((({(,.(((((((((((...,,..,{,{{.{{{.((((({..{,((((((........)))))).,...((((((......)))))).,)}..)))))).}}}.|||||{((((((((((....{(((({,..((((((((((((((.,,{.(((..(((((((((((,,,{{,(({.....)))}),)))))))))))..)))...(.((((((({((((({{.((((..((((...((....))...))))...)))),,..))))))}.))))))).).............))}.))))))))),}))))...((((((........))))))........((((((((..((((.(((((....))))).))))....))))))))...,{(((((((((((............((((((((...{((,..........(((((...|||}}...{{{.{,........))..,)),..|}},,............(((((((((.................))))))))).........(((.((((.(((((((((..........(((((((.....)))))))....,,((((....(((((....((((......................))))...}))))....{,.,,..,.)))}.,,((((({....((((((((((((...,{,............,,((((..(......,.|..}}}}.........{{{{{((((((((({....{{{((((,.((((.((({.(((((((..........,,......,..,........))))))).},})).)))){{....))..|||,...}}),|||||,|,,...,(((((...,|||||{{,.(((.((((((...)))))).))),...|....,.....|{((((((((..{(((.,((({(((((((((((....(((((.((((({(((((({(((.(((....{{({((((,,((.{(({,..,({,...,,...}}.)).))}.))))).)))....}))..))))...)))).)),,..}}}.,,))}.))))).....)))))}|{.((((((....((((((...((((((.(.((((((..,,..(((((((((((((((..............,..........(((.((....))))).((((((((((((...........(((((((((((.((((.,,(((.....}}},,...{{{{......),},..)))).))}})))))))))))))).)))))))))))}}))).).)))))..,{.(({{{.,{,....,))))).}}...........{{(((,((((..((((((((((((((((((((.....(((((((((((...(((((.........(((((((((.((({.,((((((((.....))))))))|((......,,,.,,((((.(((((((......))))))).)))|{{{......}}},..}}}...........{((((((((..((((....(((((....))))).....)))).))).)))))|((((((..((...))..)))))),.}))))))))))))..)))))....)))))))))))..)))))))).....))))))))..)))))))))))))..,},..)))))),...))))))....))))))....)))))).}|(((((((...,,...(((((........))))),,)))))))})))))}..}))..)))).,.....))))))))))},}}))),))))))}))))).))),,))))).....})}})}))))))))))))....)).))))(((((((.(((((((((.........))))))))).))..))))))))).))))).)))).))).....))))))))...........)))))},)))))))))))}..((((((((((..,{....((((((({(((((((((((.,..........)))))))))))..)))).....}})).....,).))))))))))...((.((((........)))).))((({...})))..)))))))))).}})))))))))})))))).,..}),})))))))..{{,....}}}.....)))))).))))))))).(((((.{(((...,)))}))))).............(((((.((((((.....(((((.((.,.....,)}))))).....)))))).))))).{{{{{{{{{.........}}}}}}..}})}},..........{{{,...,))}...........
Back