Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370435.1
Sequence Length
4208 nt
GC Content
0.5775
ACAAAGAGUUGGCAGAUCACGGAUGGAGGGCAGCAUCUCCCAACAGCCUGGGCGGCCGCUGAGACCCAGAGAACCCAAGGACUCCCCUGGGCUCAUCCAGCAGCCUCUGCUUCCCAGGAGAGAGGUGGUGACUUCCAAGAGUGACUCCGUCGGAGGAAAAUGACUCCCCAGUCGCUGCUGCAGACGACACUGUUCCUGCUGAGUCUGCUCUUCCUGGUCCAAGGUGCCCACGGCAGGGGCCACAGGGAAGACUUUCGCUUCUGCAGCCAGCGGAACCAGACACACAGGAGCAGCCUCCACUACAAACCCACACCAGACCUGCGCAUCUCCAUCGAGAACUCCGAAGAGGCCCUCACAGUCCAUGCCCCUUUCCCUGCAGCCCACCCUGCUUCCCGAUCCUUCCCUGACCCCAGGGGCCUCUACCACUUCUGCCUCUACUGGAACCGACAUGCUGGGAGAUUACAUCUUCUCUAUGGCAAGCGUGACUUCUUGCUGAGUGACAAAGCCUCUAGCCUCCUCUGCUUCCAGCACCAGGAGGAGAGCCUGGCUCAGGGCCCCCCGCUGUUAGCCACUUCUGUCACCUCCUGGUGGAGCCCUCAGAACAUCAGCCUGCCCAGUGCCGCCAGCUUCACCUUCUCCUUCCACAGUCCUCCCCACACGGCCGCUCACAAUGCCUCGGUGGACAUGUGCGAGCUCAAAAGGGACCUCCAGCUGCUCAGCCAGUUCCUGAAGCAUCCCCAGAAGGCCUCAAGGAGGCCCUCGGCUGCCCCCGCCAGCCAGCAGUUGCAGAGCCUGGAGUCGAAACUGACCUCUGUGAGAUUCAUGGGGGACAUGGUGUCCUUCGAGGAGGACCGGAUCAACGCCACGGUGUGGAAGCUCCAGCCCACAGCCGGCCUCCAGGACCUGCACAUCCACUCCCGGCAGGAGGAGGAGCAGAGCGAGAUCAUGGAGUACUCGGUGCUGCUGCCUCGAACACUCUUCCAGAGGACGAAAGGCCGGAGCGGGGAGGCUGAGAAGAGACUCCUCCUGGUGGACUUCAGCAGCCAAGCCCUGUUCCAGGACAAGAAUUCCAGCCAAGUCCUGGGUGAGAAGGUCUUGGGGAUUGUGGUACAGAACACCAAAGUAGCCAACCUCACGGAGCCCGUGGUGCUCACUUUCCAGCACCAGCUACAGCCGAAGAAUGUGACUCUGCAAUGUGUGUUCUGGGUUGAAGACCCCACAUUGAGCAGCCCGGGGCAUUGGAGCAGUGCUGGGUGUGAGACCGUCAGGAGAGAAACCCAAACAUCCUGCUUCUGCAACCACUUGACCUACUUUGCAGUGCUGAUGGUCUCCUCGGUGGAGGUGGACGCCGUGCACAAGCACUACCUGAGCCUCCUCUCCUACGUGGGCUGUGUCGUCUCUGCCCUGGCCUGCCUUGUCACCAUUGCCGCCUACCUCUGCUCCAGGAGGAAACCUCGGGACUACACCAUCAAGGUGCACAUGAACCUGCUGCUGGCCGUCUUCCUGCUGGACACGAGCUUCCUGCUCAGCGAGCCGGUGGCCCUGACAGGCUCUGAGGCUGGCUGCCGAGCCAGUGCCAUCUUCCUGCACUUCUCCCUGCUCACCUGCCUUUCCUGGAUGGGCCUCGAGGGGUACAACCUCUACCGACUCGUGGUGGAGGUCUUUGGCACCUAUGUCCCUGGCUACCUACUCAAGCUGAGCGCCAUGGGCUGGGGCUUCCCCAUCUUUCUGGUGACGCUGGUGGCCCUGGUGGAUGUGGACAACUAUGGCCCCAUCAUCUUGGCUGUGCAUAGGACUCCAGAGGGCGUCAUCUACCCUUCCAUGUGCUGGAUCCGGGACUCCCUGGUCAGCUACAUCACCAACCUGGGCCUCUUCAGCCUGGUGUUUCUGUUCAACAUGGCCAUGCUAGCCACCAUGGUGGUGCAGAUCCUGCGGCUGCGCCCCCACACCCAAAAGUGGUCACAUGUGCUGACACUGCUGGGCCUCAGCCUGGUCCUUGGCCUGCCCUGGGCCUUGAUCUUCUUCUCCUUUGCUUCUGGCACCUUCCAGCUUGUCGUCCUCUACCUUUUCAGCAUCAUCACCUCCUUCCAAGGCUUCCUCAUCUUCAUCUGGUACUGGUCCAUGCGGCUGCAGGCCCGGGGUGGCCCCUCCCCUCUGAAGAGCAACUCAGACAGCGCCAGGCUCCCCAUCAGCUCGGGCAGCACCUCGUCCAGCCGCAUCUAGGCCUCCAGCCCACCUGCCCAUGUGAUGAAGCAGAGAUUCGGCCUCGUCGCACACUGCCUGUGGCCCCCGAGCCCGGCCCAGCCCCAGGCCAGUCAGCCGCAGACUUUGGAAAGCCCAACGACCAUGGAGAGAUGGGCCGUUGCCAUGGUGGACGGACUCCCGGGCUGGGCUUUUGAAUUGGCCUUGGGGACUACUCGGCUCUCACUCAGCUCCCACGGGACUCAGAAGUGCGCCGCCAUGCUGCCUAGGGUACUGUCCCCACAUCUGUCCCAACCCAGCUGGAGGCCUGGUCUCUCCUUACAACCCCUGGGCCCAGCCCUCAUUGCUGGGGGCCAGGCCUUGGAUCUUGAGGGUCUGGCACAUCCUUAAUCCUGUGCCCCUGCCUGGGACAGAAAUGUGGCUCCAGUUGCUCUGUCUCUCGUGGUCACCCUGAGGGCACUCUGCAUCCUCUGUCAUUUUAACCUCAGGUGGCACCCAGGGCGAAUGGGGCCCAGGGCAGACCUUCAGGGCCAGAGCCCUGGCGGAGGAGAGGCCCUUUGCCAGGAGCACAGCAGCAGCUCGCCUACCUCUGAGCCCAGGCCCCCUCCCUCCCUCAGCCCCCCAGUCCUCCCUCCAUCUUCCCUGGGGUUCUCCUCCUCUCCCAGGGCCUCCUUGCUCCUUCGUUCACAGCUGGGGGUCCCCGAUUCCAAUGCUGUUUUUUGGGGAGUGGUUUCCAGGAGCUGCCUGGUGUCUGCUGUAAAUGUUUGUCUACUGCACAAGCCUCGGCCUGCCCCUGAGCCAGGCUCGGUACCGAUGCGUGGGCUGGGCUAGGUCCCUCUGUCCAUCUGGGCCUUUGUAUGAGCUGCAUUGCCCUUGCUCACCCUGACCAAGCACACGCCUCAGAGGGGCCCUCAGCCUCUCCUGAAGCCCUCUUGUGGCAAGAACUGUGGACCAUGCCAGUCCCGUCUGGUUUCCAUCCCACCACUCCAAGGACUGAGACUGACCUCCUCUGGUGACACUGGCCUAGGGCCUGACACUCUCCUAAGAGGUUCUCUCCAAGCCCCCAAAUAGCUCCAGGCGCCCUCGGCCGCCCAUCAUGGUUAAUUCUGUCCAACAAACACACACGGGUAGAUUGCUGGCCUGUUGUAGGUGGUAGGGACACAGAUGACCGACCUGGUCACUCCUCCUGCCAACAUUCAGUCUGGUAUGUGAGGCGUGCGUGAAGCAAGAACUCCUGGAGCUACAGGGACAGGGAGCCAUCAUUCCUGCCUGGGAAUCCUGGAAGACUUCCUGCAGGAGUCAGCGUUCAAUCUUGACCUUGAAGAUGGGAAGGAUGUUCUUUUUACGUACCAAUUCUUUUGUCUUUUGAUAUUAAAAAGAAGUACAUGUUCAUUGUAGAGAAUUUGGAAACUGUAGAAGAGAAUCAAGAAGAAAAAUAAAAAUCAGCUGUUGUAAUCACCUAGCAAACUGGCGUAAGCAUUUUGGGUCAUUUCCUUCUGAGCUUUUUCCUGUGCUUCUAUUGAAAGAGUCACUGAUACUAAUACAAAUACCUUGGGGCCAAUCAGGAAACAUGAAAGAGAGAAGAGGGCUGUGUGUGAAGAAAAAAAAAAAAUCGACUGCUGGAAACCUCAUCAACCAGGGCACAGGGGAAGAUAAAUGGCAACUUGGUGUCUGUGCUGGGGAGGCAAUGGGGAGUGGUGGGGCCUGUGGCGAACUGGAGACUCCCAACCCCAUGCUGAGAGCGUGGCUGCUCAUCAGCUCCAGCUGGUCACUACCUUGCAGGGAUGAGGGCCCAUGUAGCCAGACCACCUGCCUUUUAUGAGAAAUGGGAAAUCCAGACUGUGGUUUGACAUCCCCUGAUUUUAAAAUUUUGGCGAAUCCAAAACAUUUUCUGGCCAAAGAGAUUACAGUCAAAAGCUGCCUGGUCCUGGGAUUUAUGCAACCAGUUUACUGAUCACUCUGCAGCAGGUGGGCUGCAAGAAUUAAAUCACUGGACUUCUCUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1606.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1681.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 878.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.((((((.(((((((((((((.((.((((((.......((((((.(((.((((.((....(((..((((.((....)).))))))).)))))).))).......))))))...)))))).)).))))))........))))).((((........))))...(((((((...))).)))).(((((((((.((.(((((.((((((((((((....((((...)))).)))))...))))))).......((((((.....)))))).))))).)))))))))))......................)).)))).)).)))....(((((.((((....((((((((...............(((((((((((((((..((((((((.((((((((.......((((((.............)))))).(((((((.((...(((((((((........))))...(((....((.((((......)))).))...))).)))))....)).).))))))((((((((((((((..(((((.(.(((.....))).).))))).))))....)))))))))).(((...((((.((((((((.(((((((((((((((......(((((...((((((((.((..(((((.(((.((((((((.((((.((((((((.((....)).....((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((((.(((.......))).(((.(.((((((((..(((((((.(.....((.(((((((((...))))))))).))((((((..((((.(.....)))))...))))))((((((((..((....))))))).)))).)))))))..))))).....))).).))).((.(((((((.(((((........(((((..((((.((....)).))))..)))))(((((.(((.((.(((..(((..((((.(((((((.((((((.(((.((((.(..((...(((((((((.......(((((((...............)))))))(((((..((((((.((..((.((...)).))..)).)))..)))...)))))..((((((((((((((((((((((((((((((..(((.......(((((...((((...(((((....(((((...))))))))))...))))(((((((..(((((((((.(.((((((.(((((((((((((..............))))((..((((((..............)))))).)).)))))))))...(((((((((((..(((((((....)))).....(((....)))........((((.(........).)))).))))))))))..)))).....)))))).).))))))))).......)))))))....((((.....)))))))))....)))..))))).........)))))))...((((.....))))...(((..(((((((..(((((((((...(((.....)))))))).((((((......((.(((((((...(((((((..........)).)))))...))))))).))((((((((((.....))))))))))...))))))...))))...)))))))..)))))).)))))))))))))))(((((((((.(((((.((.(((.((....)).)))..)).))))).))).......)))))).....)))))))))....))..).)))).))).))).)))........(((((((((..(((((....)))))))))).))))......(((((((....((((...((((..........(((((((((((........))))))(((((((.((....))))))))).((((........))))...)))))((((...((((((.((....((((((((((.((.((((((((((((((((......)).....((((...))))...(((((((((..((((((((((....((((..................(((((..((.((((((..((((..((((((((((((((((.((((.(((((((((.(((...(((((........)))))..((..(((((.............((((((...........(((.......)))...........)))))).((((((((.((.((...)).)).))))))))....)))))..))....)))...))))..))))).)))).).)))))))).....))))....)))...)))))))))))).)))))))))....)))))).))))...))))))))).......(((.((((((((..(((((.((((.......))))..((.((((..((((.((((.((((((((.....((((((((((...((((((((((((((.((((((..((((.((((.(((..............))).)))).))))...)))))).((((((((((........))))))))))................((....)).)))))))))..)))))...))).))))))).....))))))........))))))))))..)))).))..............)))))..)))))))).))))))))))))))))).))...)))))))).))(((((((((((......))))))))))).)).)))))))))).)))).....)))))))))))............)))))))))))..)))..)))...)).))))))))))))).))))))).))))))))))))))..)))))....(((((..((((((...))))))...)))))....))))))...)))).))))))))).)))).))..))))........((((....).)))((((.((((((((.(((((((...)))))).......).)))))))))))))))))))).)))))))).))))..))))..)))).))..((..((((.(((...))).))))..)).((.((((((((((.....)))))).)))).))...).)))))..)).))))))))....(((((......))))).(((.(((((...((.(((((...((((..((((((....((.((....((((...))))......)).))...)))))).))))......(((...((((((((((.(((((..((((((((.((.(((((..(((((((.............)))))))....))))))).))..)))))))))).......(((((.....)))))(.((((((((((((.....)).))))).).)))).)(((.....)))....).))))))))))..))).((((((((....((((((((..(((((((......)).)))))))))))))....))))...)))).))))).)).))))).))).(((((((((((((.(((((((((...((((((.......))))))..((((.......))))))))).))))..)).)).)))))))))..)))))..............((((.((....))..))))...))))))...))))..)))))(((..((((((...(((((((.(((..((((((((.....(((.((((................))))))))))).)))).))).)))))))...))))))..)))..................(((..((.(((....(((........)))...))).))..)))....)))....))))))))).)))))))))).).))))))))))))))....(((((.(.((((((..........(((((((...)))))))...........)))))).).)))))....)))))))))))))))))..(((((((....((((((((((....)))...(((.....)))(((((((((((.......((.((........((((((.....)))))).....)).))......)))))))))))....((.(..(((((((((...........))))......)))))..).)).)))))))))))))).............)))).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.((((((.(({(,{,((((((.((.((((((.......((((((.(((.((((.({,,,,({(..(({,.{{....,}}))))))).}}}))).)))...}},.)))))).,.)))))).)).)))))}..,}}}},}}}}}.((((,.......}}}}...(((((((...))).)))).(((((((((.((.(((((.((((((((((((....((((...)))}.))))),..})))))).....,.((((((.....)))))).))))).))))))))))),,}},.................},.)))).)}.)))....({(|,,{(||,,|||{,.,,,..{{{{{{,|,,.,,|{{..((((((((((((((({,{{{,...,.{(((((....||||((((.(((((((((((((((((.((((.((.((((((((.(((((........)))))..))),...((.(({{,.....)))).))...(((..,..{,(((((((.(((((((((((((((({(({..(((((.(.(((.....))).}.))))).,})).,..)))))))))|....||(({..{((.(((((((((((((((((((((.,....(((((...((((((((.((..(((((.{((.((((((((.((((.((((((((.(,.....,.....((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((((.((((({....),))))).,..{,(((((..(((((((,{,....{(.(((((((((...))))))))).},{((((({{(({..,},,},)}|}}...,}})),,(((((((..((....))))))).)))),)))))))..)))))......||.,.}}..(({(((((((.(((((........(((((..((((.((....)).))))..))))){((((.(((.((.(((..(((..((((.(((((((.((((((,(((.((((.(..((...(((((((((.,,,...(((((((...............))))))){{{{{..{(({{({((..((,((.,,|}.....)),.}),.})),,,))))}..((((((((((((((({{,((((((((((((..{(({.,....(((((...((((...(((((....(((((...))))))))))...))))(((((((,.(((((((((.(.((((((.(((((((((((((..............}}},((..((((({..............)))))).))})))))))))...(((((((((((..(({((((....)))).....{((,,,.},),,....,.||||,|.|....}.}.)))}.))))}}}}},..))}).....)))))).).))))))))).......)))))))....((((.....)))))))))....),)}}))))).........)))))))...((((.....)))).,.(((..(((((((..(((((((((...(((.....)))))))).((((((......((.(((((((...(((((((..........)).)))))...))))))).))((((((((((.....))))))))))...))))))...))))...)))))))..))),}).)))))))))))))))(((((((((.(((((.((.(((.((....)).)))..)).))))).))).......)))))).....)))))))))....))..).))))}))).))).)))........(((((((({..(((((....)))))))))).))))......(((((((....{(((...((((...{{{,...,{{((((((((........))})}}(((((((.,{....}}))))))).|{{{........)))),,.},}}}{{||,,.||{{{{}|,....||((((((((.((.(((((((((((((({{......}}.....((((...))))...{((((((((..((((((((((....((((..,,,,..,,,,......(((,,{{{{.((({{{..{(((..,(((({{(((((((((.((((.(((((((((.......(((((........)))))..{,,,{.((({,.......{{{,(((({(.....,,....(((,......|||.....},,...}})},}.{(((((((.((.{{...,).)).)))))))}..,.)),})}))}....)))},.))))..))))).)))).).)))))))),,,,.}))}...,)}}...))))})))))))}))},,))))....)))))).))))...))))))))}.......(((.((((((((..({{,.,(((...(((({{{.(((....)))}}..},}))).)))|(((((.....((((((((((...((((((((((((((.((((((..((((.((((.(((..............))).)))).))))...)))))){(({(((((({.{....,.)))))))}||,{{..........,},||,...)),)))))))))..)))))...)))},)))))).....)))))},,.,((((((......{(((.....)),,,......))))))))))..)))))))).))))))))))))))))).))...)))))))).||(((((((((((......))))))))))).)).}))))))))}.)))}...,.)))))))))))............)))))))))))..)))..)))...)).))))))))))))).))))))),),))))))))))))..)))))....(((((..((((((...))))))...)))))....))))))...)))),})))))))).)))).))..)))).....{,,{(({....).))}|||(.((((((((,{((((((...)))))).......).)))))))))))})))))))).)))))))).))))..))),.,)))).))..{(..((((.(({...})).))))..},.((.((((((((((.....)))))),}))).))...,.)))))..)).))))))))....(((((......))))).(((.(((((...((.(((((.,,((((.((({{{{{{.,(({(,,...((((...)))).}.,,|}|.,,..})))|||,||{|,..,,{((,...((((((((((.(((((..(((((({(.{{.(((((..(((((((.............|)}|))}....))))))).)),.))))))}))).,..,,.{((((,...,))))}|.((((((((((((.....)).))))).).)))).}{((.....))}....}.))))))))))..))).|||||||||...((((((((..{(((|{{.,....)}.))))})))))))),}}.},}}}.))))).))))).)).))))).))).(((((((((((({.((((((((({,,((((((.......}}))))..,{{{.......}}}))))))}})))..}},)))))))))))}..}))))..............((((.{(....})..})))...))))))...))))..)))))......{((((...(((((((.((({,((((.,{{,..|,{({.{{{{................}})})}},..)))))),)}}.)))))))})))),))))))))).)},.,..................))))))}.(((........))),..))))))).)......)))......))))).)).)))))))))),...})))))))))))))).(((((.{.((((((..........{{{{(((,,,|||}}}}..},,,.,,)))))))).).)))))..}},.|)})))}.}(((({(,{.((((((((((((({{{,{(({{....,..,|||}....,))|.,.))))))))........{((({.{{{..(((((((.{............,,,..))))))},..))).))))}...))))).}))))))})}}.....{{,..|{{,...,,},,,,,,.}))))))))))))))))).)},......},.))))})}))),....
Back