Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001370662.1
Sequence Length
3139 nt
GC Content
0.4415
GCGCCUCGGGCUGGCGGGGCGAUGGCGACGACGGUUUCCCGGCUCCCCCGCCCCGGACGCCGAUGGCGGUGCGUUCCGGCCCUCCCCCAACAGCUUCUCCCCCGCGGUCGCCGGAGCCGGUUUGCCUGCAAUGAGAUUUCAUUCUCUACAUUUAAAGGACAUCCUUUCUGAGCUGCUGUGAAUAAAUUUGGAAUGGUACUGUAUAUUUUCAUCUAAUGGAGAACUAGCUGUACUUUGAAUAAGGAUUGCUGCACUGGACGACUUUAGAACAUCCCUCACAAUGUCGUCAACCCGGAGCCAGAACCCCCACGGCCUGAAGCAGAUUGGCCUGGACCAGAUCUGGGACGACCUCAGAGCCGGCAUCCAGCAGGUGUACACACGGCAGAGCAUGGCCAAGUCCAGAUAUAUGGAGCUCUACACUCAUGUUUAUAACUACUGUACUAGUGUUCACCAGUCAAACCAAGCACGAGGAGCUGGAGUUCCUCCUUCUAAGUCGAAAAAGGGGCAGACACCUGGAGGAGCUCAGUUUGUUGGCCUGGAAUUAUAUAAACGACUUAAGGAAUUUUUGAAGAAUUACUUGACAAAUCUUCUUAAGGAUGGAGAAGAUUUGAUGGAUGAGAGUGUACUGAAAUUCUACACUCAACAAUGGGAAGAUUAUCGAUUUUCAAGCAAAGUGCUGAAUGGAAUUUGUGCCUACCUCAAUAGACAUUGGGUUCGCCGUGAAUGUGACGAAGGACGAAAAGGAAUAUAUGAAAUCUAUUCGCUUGCAUUGGUGACUUGGAGAGACUGUCUGUUCAGGCCACUGAAUAAACAGGUAACAAAUGCUGUUUUAAAGCUGAUUGAAAAGGAAAGGAAUGGUGAAACCAUCAAUACAAGAUUGAUUAGUGGAGUUGUACAGUCUUACGUGGAAUUGGGGCUGAAUGAAGAUGAUGCAUUUGCAAAGGGCCCUACGUUAACAGUGUAUAAAGAAUCCUUUGAAUCUCAAUUUUUGGCUGACACAGAGAGAUUUUAUACCAGAGAGAGUACUGAAUUCUUGCAGCAGAACCCAGUUACUGAAUAUAUGAAAAAGGCAGAGGCUCGUCUGCUUGAGGAACAACGAAGAGUUCAGGUUUACCUUCAUGAAAGCACACAAGAUGAAUUAGCAAGGAAAUGUGAACAAGUCCUCAUUGAAAAACACUUGGAAAUUUUCCACACAGAAUUUCAGAAUUUAUUGGAUGCUGACAAAAAUGAAGAUUUGGGACGCAUGUAUAAUCUUGUAUCUAGAAUCCAGGAUGGCCUAGGAGAAUUGAAAAAACUGUUGGAGACACACAUUCAUAAUCAGGGUCUUGCAGCCAUUGAAAAGUGUGGAGAAGCUGCUUUAAAUGACCCCAAAAUGUAUGUACAGACAGUGCUUGAUGUUCAUAAAAAAUACAAUGCCCUGGUAAUGUCUGCAUUCAACAAUGACGCUGGCUUUGUGGCUGCUCUUGAUAAGGCUUGUGGUCGCUUCAUAAACAACAACGCGGUUACCAAGAUGGCCCAAUCAUCCAGUAAAUCCCCUGAGUUGCUGGCUCGAUACUGUGACUCCUUGUUGAAGAAAAGUUCCAAGAACCCAGAGGAGGCAGAACUAGAAGACACACUCAAUCAAGUGAUGGUUGUCUUCAAGUACAUAGAAGACAAAGACGUAUUUCAGAAGUUCUAUGCGAAGAUGCUCGCCAAGAGGCUCGUCCACCAGAACAGUGCAAGUGACGAUGCCGAAGCCAGCAUGAUCUCCAAGUUAAAGCAAGCUUGCGGGUUCGAGUACACCUCUAAACUUCAGCGCAUGUUUCAAGACAUUGGCGUGAGCAAAGAUCUGAACGAGCAAUUCAAAAAGCACUUGACAAACUCAGAACCCCUAGACUUGGAUUUCAGCAUUCAAGUGCUGAGCUCCGGGUCCUGGCCCUUCCAGCAGUCUUGUACAUUUGCCUUGCCGUCAGAGUUGGAACGUAGUUAUCAGCGAUUCACAGCUUUCUACGCCAGCCGCCACAGUGGCCGAAAAUUGACGUGGUUAUAUCAGUUGUCUAAAGGAGAAUUGGUAACUAACUGCUUCAAAAACAGAUAUACUUUGCAGGCGUCGACAUUCCAGAUGGCUAUCCUGCUUCAGUACAACACGGAAGAUGCCUACACUGUGCAGCAGCUGACCGACAGCACUCAAAUUAAAAUGGACAUUUUGGCGCAAGUUUUACAGAUUUUAUUAAAGUCGAAGCUAUUGGUCUUGGAAGAUGAAAAUGCAAAUGUUGAUGAGGUGGAAUUGAAGCCAGAUACCUUAAUAAAAUUAUAUCUUGGUUAUAAAAAUAAGAAAUUAAGGGUUAACAUCAAUGUGCCAAUGAAAACCGAACAGAAGCAGGAACAAGAAACCACACACAAAAACAUCGAGGAAGACCGCAAACUACUGAUUCAGGCGGCCAUCGUGAGAAUCAUGAAGAUGAGGAAGGUUCUGAAACACCAGCAGUUACUUGGCGAGGUCCUCACUCAGCUGUCCUCCAGGUUCAAACCUCGAGUCCCUGUGAUCAAGAAAUGCAUUGACAUUCUAAUUGAGAAAGAAUAUUUGGAGCGAGUGGAUGGUGAAAAGGACACCUACAGUUACUUGGCUUAACCCUUCUGGAAGGGUCUGACUGUGUGACCCGCAGCAAAUAGUUCAUGUUGGAAAGAAUGAAAACAACUCAAGUUCAUAGCAGCCAGCCUGCCGCCAUUGGACCUCCCUUUUAAAAACUGAGACCAAGACUCCCAUCAGCUGGUCUCGGAUUUACAUCGGAACUGCUCAGGAUUGAUACAUUUCAAGUCUGUAAAUACGGACACCAACGCCAUUUACCCUAAUUUAAGAACAGCGGGGACUGACCCUCCGUGCCGAGGGCUGCAUGCUACCGCACUAAGUCAAUACAUGGGCUCCCCGAUUCGCAGCUGUCGUCUUGGCAGCACUUGUCACGUUGGCAGCACUUUGAGAGCAAGUCUGAGUGGACCCACAUGUAACCUGCUAUGAAAACCAUUUGUAUAGUGUGUUUCAUUUUUUAAUGUGUGAAAAUAAAGAAAAUUAAAGGAUUUCUGUACAAGUCGCAUUGGGUUUUGUUUUAAGUUUUACUAAUUUCUAUAUGUAAAUAAAAGAUAUAAUGAUUGUGCAAAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-866.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 862.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((.(((((.(((....)))..)))..)))))))))..(((.(((((((((((((((..(((((..(((..(.((.((.........)).)).)..))))))))..))).......((((......)))).......(((((....)))))(((.((((((((((((...........(((((.((...(((((((...)))))))....)).))))).(((((.....(((((((....((((((....................)))))).....((((((.......(((.((((...........)))))))......((((((.....))))))...))).)))....((.((.((((((((((.....(((((((((((......))))....(((((((.(((((((.(((..((.((....)).))..)))....(((.((.(((.((((((.(((((((((......(((........)))........))))))))))))))).))))).)))...............(((((..(((((...)))))..)))))(((((((((((.......)))))))))))))))))).)))))))((..((((((((.((((.(((((.....(((.(((.(((((((((.((..(((...(((((((((((((.(((.((((....)))))))((((((...(((((((((((((...................))).)))).))))))))))))..........((((.(((((((....))))))).)))).....((((((((((((((.(((((((((.........((.((((...)))))).........)))))))))...((((((((((((..((((....(((((((...((.(((((...))))).))...)))))))........(.(((((..((((((((((..((.............))..))))).))))))))))).......((((((((...((((((((....(((((..(((((....((....(((((((......)))))))(((((..........(((((.((((.(((((((.............)))).......))))))).)))))...))))).............(((((...)))))..))....))))).....))))).))))).))).......(((((.(((.(((.(......).))).))).)))))((((((((((.....((((...((..((((((....(((.(((((........(((((..(((((((((....)))).......))))).......)))))...))))).)))...))))))..))...)))).................((((.((((((.............(((((((((((((((((......((((..((((..(((((((...............)))...))))....))))..))))..(((........)))....((((((..((..((((((....(((((((.((...(((((((.......(..((((((((..((.(((((.((((......))))(((.((((((((.........))))))))...)))..((((((...(((.(((....(((((.((.....(((((((((((.......))).....))))).)))...)).)))))((.(((((((((......)))))).))).))(((.....)))......(((((..(((((....)))))..)).)))))).))))))))).(((....((((.......))))....)))..........((((((((.((((((((....)))))))).))))))))((((.....))))..))))).))..))))))))..).......)))))))....)).))))))).))))))...))...)))))).))))))).)))).....((((.(((((((((((((((.(((...))).))))))))..))))))).))))...((((.....))))..))))))))))))))))..)))))))))).))))))))..))))..)))........))))))))).((((.....)))).......))))))))).))))).)))))))))))))..((((((...))))))..)))..)).).)))))))).))).))).....))))).))))))))))))..))((((((((((((((.........(((((..........))))).))))))).......((((((((.(((((..............(((((.((.....................((((((..((((.........((((((..(((.....)))..)))))).......(((((.((((.(((...(((.((.........))..)))..)))...)))).)))))..))))....)))))))).)))))............))))).)))....))))).......)))))))...((.((...((((.......))))..)).)).)))))))..((((((....))))))))).))))))))))))))))))...))))).((((.............))))....)))))))))))))))...))))))))))).).)))((((((((..(((((((((.(.((......))))))))))))......(((((....(((((..((((((.........((((((....))))))..............................((((((..((.(((((......)))))...))..)).)))).....))))))...)))))...))))).....(((((((.(.(((((.....))))).).)))))))..))))))))..)))))))).(((((((.((((.((.((.(((((((.((.((((.........((((((..........))))))...........)))))).)))).))))).)).)))))))))))((((((....(((((............)))))...))))))........)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((,((((((,(({(((((,..((.(((....))}.,)}},})))))})))),(((.(((((((((((((,({{(((((...((.......{{.........)}})..)}})))))}||..,|}|......((((......)))).......{((((....))))}(((.((((((((((({...,((({...((({,.((.,.((((({({{,|||}}||{,{{||{|||||,{{,,{,,{{,(((((((.,{{((((((.,..{,.......},..,..))))))...,{({,{{({{,,,,.(({.((((,,,..,,,..,}|}||||.{{.,.||||((.....)})))},},))|||||,|,.(({(,,((({{{(((((,{,{{{{{,((((((......)))).}}.{{{{{{|,||||{{,..,,.|||,.,..}})}.}}}},}}....(((.((.(((.((((({{(((((((((,{{...,,,,,...,,{|,,.....}},))))))))))))))).))))).)))...............(((((..(((({...}))))..)))))(((((((((((.......))))))))))),)))))).|||||||....{{{{{|||,|||{.{{{{{.,...(({.(((,(((({((({,{(,{{((,..(((((((((((((.,{(,((((....))))))}(((((,..,(((((((((({{,,..................})}.)))).)))))))))))),,{,......((((.(((((((....))))))).)))).....{(((((((((((({.(((((((({.........(,,((((...))))))....,....)))))))))...((((((((((((..((((....(((((((...((.{((((...))))}.))...)))))))..,,....{.(((((,,{{((((((((..(({({,...,}},..))..))))).))))))))))}.......((((((((,,.((((((((....(((((..(((((....((....,((((((......))))))|(((((..........(((((.((((.((((,.{,,...{,.....,.})..}},..)))))))).)))))...))))),............(((({...}))))..})....))))).....))))).))))).))).......(((((.(((.(((.(......).))).))).)))))((((((((((..{{{(,,{...,...,{(((({{{.{((.(((((.....{..(((((.,(((((((({....,,,)},,....))))).....,.)))))...,}))}.))}.,.}}}}}),,|},.,}}}}............,.}},||||}|||||{}|..||},,,,.,{{{((((((((((((((.(((..((((..((((..(((({(({..............)})||.})))....))))..)))}.{((({{,.{{....)}.,}|||||{..{{..(((({{,{,.{{(((({.{{...(((((((.......{.,((((((((..((.(((((.{(((......}})),,,.{(((((((.,.....,.))))))}}...,,,..,{{{{{...|||,||{{,..(((((.((.....(((((((({((,,......}}...)}))))).)))...)).))))){{,{{{((((((......)))))).)}},||(((.....}}}....,,{{{{({{(((((....})))}..))})}})}}.}}}||||}},(,(,...{{{{.....,,}}}|....}}}.|||..|,..((((((((.((((((((....)))))))).)))))))){{||.....)}))..))))).))..)))))))).,).......)))))))....}}.}}))))).)))))),},}}...)}}))).))))))}.)))).....((((.(((((((((((((((.(((...))).))))))))..))))))).))))...{{{{.....}}})..}))))))},,}))),,..)))))))))).})))))))..))))..))}.......,))))))))).((((.....)))).......})))))))).))))}.))))))))))))},.{{{{{|...)))))),.}))..}|.|,||}}}}))|)}).}}}.....|}||}.||}}||}}}}}}..||{|{{{{{|||{{{{....,,,},||{{||||.......,,,...,}}}}}|{{|.,,,,,..||||||,.|,....,,...,,...||,||.........}}...........|,||{,{{..||||,,......|{{{{{|.,||{|...||||,.}}}))),},.,.}|||}..||}}}|}.....||||||||..|}}|,}|,}||{{|{{{,||,||.||{{{{({((|,...,||{||......{{{.((((........))))))).....)))))...}},,,}}))))),|},||}.,||||,...}},)}})..}}|}||}}}}}}},.{{({{|..,,,}})})}}).))}})}))))))))))},.},)))).}||||,,....,,,...,)}}}}))})))))))))))))))...))))))))))).).)))......,{,.(((((((({,(.((......)))))))))))).,}|,,,((((,..{(((({,,,((((,.....}}},((((((....)))))).....,,....,.............|,...,(((((,..,.({({{.,,,..}}}||{,.,.,||....)))....}}},,,.}.))))),}}))),},,...(((((((.,.(((((|...,))))).}.)))))))...,,,.)))),}}))))))}|((((((.((((.((.{(.{{{({({.{{.{({{,,,||,,,,{{{|{{.,......{,||}|,,,},.,|,,,,,|,}}}),))))}}}}}}.)).)))))))))),{{({{{..,,(((((..,,....,,..)))))...})})))....,,..)))).......
Back