Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371081.1
Sequence Length
2065 nt
GC Content
0.3821
AGAUGUCAGGAUAACCUUAAGGAUAGAUGAAGGGUUGAGAGCCUGUGCCUCAUUUCUGAGUUCUCAGCUGCUAUGCCGUGGAAAUCCUGUUUACUUUCUGCAUCUGCUCCUGCAAGACUCUGGAGCCAGUCUUGAGGUCCUACAUCUCCGAAAGCAAGCUCUUCUAGAAGUUGAUAGCUUUCCAAUGAUUAGACGAAUUGAUUCUUUCUGUGACUCAUCAGUUCAUUUCCUGUAAAAUUCAUGUCUUGCUGUUGAUUUGUGAAUAAGAACCAGAGCUUGUAGAAACCACUUUAAUCAUAUCCAGGAGUUUGCAAGAAACAGGUGCUUAACACUAAUUCACCUCCUGAACAAGAAAAAUGGGCUGUGACCGGAACUGUGGGCUCAUCGCUGGGGCUGUCAUUGGUGCUGUCCUGGCUGUGUUUGGAGGUAUUCUAAUGCCAGUUGGAGACCUGCUUAUCCAGAAGACAAUUAAAAAGCAAGUUGUCCUCGAAGAAGGUACAAUUGCUUUUAAAAAUUGGGUUAAAACAGGCACAGAAGUUUACAGACAGUUUUGGAUCUUUGAUGUGCAAAAUCCACAGGAAGUGAUGAUGAACAGCAGCAACAUUCAAGUUAAGCAAAGAGGUCCUUAUACGUACAGAGUUCGUUUUCUAGCCAAGGAAAAUGUAACCCAGGACGCUGAGGACAACACAGUCUCUUUCCUGCAGCCCAAUGGUGCCAUCUUCGAACCUUCACUAUCAGUUGGAACAGAGGCUGACAACUUCACAGUUCUCAAUCUGGCUGUGGCAUGACUUUGUUUUUGUAGGCUGCAUCCCAUAUCUAUCAAAAUCAAUUUGUUCAAAUGAUCCUCAAUUCACUUAUUAACAAGUCAAAAUCUUCUAUGUUCCAAGUCAGAACUUUGAGAGAACUGUUAUGGGGCUAUAGGGAUCCAUUUUUGAGUUUGGUUCCGUACCCUGUUACUACCACAGUUGGUCUGUUUUAUCCUUACAACAAUACUGCAGAUGGAGUUUAUAAAGUUUUCAAUGGAAAAGAUAACAUAAGUAAAGUUGCCAUAAUCGACACAUAUAAAGGUAAAAGGAAUCUGUCCUAUUGGGAAAGUCACUGCGACAUGAUUAAUGGUACAGAUGCAGCCUCAUUUCCACCUUUUGUUGAGAAAAGCCAGGUAUUGCAGUUCUUUUCUUCUGAUAUUUGCAGGUCAAUCUAUGCUGUAUUUGAAUCCGACGUUAAUCUGAAAGGAAUCCCUGUGUAUAGAUUUGUUCUUCCAUCCAAGGCCUUUGCCUCUCCAGUUGAAAACCCAGACAACUAUUGUUUCUGCACAGAAAAAAUUAUCUCAAAAAAUUGUACAUCAUAUGGUGUGCUAGACAUCAGCAAAUGCAAAGAAGGGAGACCUGUGUACAUUUCACUUCCUCAUUUUCUGUAUGCAAGUCCUGAUGUUUCAGAACCUAUUGAUGGAUUAAACCCAAAUGAAGAAGAACAUAGGACAUACUUGGAUAUUGAACCUAUAACUGGAUUCACUUUACAAUUUGCAAAACGGCUGCAGGUCAACCUAUUGGUCAAGCCAUCAGAAAAAAUUCAAGUAUUAAAGAAUCUGAAGAGGAACUAUAUUGUGCCUAUUCUUUGGCUUAAUGAGACUGGGACCAUUGGUGAUGAGAAGGCAAACAUGUUCAGAAGUCAAGUAACUGGAAAAAUAAACCUCCUUGGCCUGAUAGAAAUGAUCUUACUCAGUGUUGGUGUGGUGAUGUUUGUUGCUUUUAUGAUUUCAUAUUGUGCAUGCAGAUCGAAAACAAUAAAAUAAGUAAGUAUGUACCAAAAAAUAUUGCUUCAAUAAUAUUAGCUUAUAUAUUACUUGUUUUCACUUUAUCAAAGAGAAGUUACAUAUUAGGCCAUAUAUAUUUCUAGACAUGUCUAGCCACUGAUCAUUUUUAAAUAUAGGUAAAUAAACCUAUAAAUAUUAUCACGCAGAUCACUAAAGUAUAUCUUUAAUUCUGGGAGAAAUGAGAUAAAAGAUGUACUUGUGACCAUUGUAACAAUAGCACAAAUAAAGCACUUGUGCCAAAGUUGUCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-511.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -553.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((....((((((((((.(((((((((((((..............).))))))))))........(((((.......)))))...)).)))))).)))).(((((((........))))))).(((((((..((((...(((((((((..((........)).)))))......((((((((((((((((((((((((((..(((.((((((((((.........(((.((((..(..((.((((.(((..((((.(((....((((((((..((................))..)))))))).....))).)))).))).)))).))..)..).))).))))))))))))))))(((......)))((.((((((((((((((((..(((..((((((((.(((.((..(.((((.(((((((....))))))))))).)..)).)))((..(((((.((((((((.(((((((......))).))))))))))))...)))))..))....)))).))))....)))..))))))))))).....))))).))......)))))))))((((((((....(((((.(((..(((((((.((...(..(((((((..(((...(.(((((((((((......)))))))).))).)...))).)))))))..).((((((((((((.((.(....((((((...............))))))).)).)))).)))))))).......(((((((........))))))))).)))).)))....)))..)))))......)))).)))).))))))))))))....)))))........((((......)))).......((((((((((....(((....(((((((.....((.((((((...((.(((.(((..........))).))).)))))))).)).((((....)))).((((.((....)).))))....((((((...((((......((((((((((((..................((((.......)))).........((...((.((((((((..(((.((((...((.((....((.((((((((((.((((((((((.........((((..((((((((((((....((...))....))))))))..)))).....))))........)))))))))).)))....)))))))))..)))).)))).))).)))))))).))...)).....((((....)))).)))).))))))))......))))......))))))............))))))).....(((((((....)))))))..((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))....))))))))(((........)))(((.......)))..)))....)))))))))).((((((((((..((((((.......)).)))).......(((((((.......)))))))....((..((((...))))..)).....))))))))))((((((((......(((.((......)).)))))))))))))))...)))).)))))))...((((((.((..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.(((((((((...((((....))))....))).))))))...........((((((((((.((((((......(((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).)))))))))..)))))))))).....)))))).)))))))...))).)).))))))......(((((((......)))))))...........((((.((((..((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...)))).......((((((.........))))))....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(((((((.,,.,(((((((((,((((((((((({,.{.{,{{{{...,||,||||}|||},,{,..||.{{(({,,..,.,,....,,,}}|)}}}}|,}}}}}||||{{{.,|},,,}))}}}))||||{|,,.,||||.,...((((((((((({{.{{(((((({((......{(({,,,,{,((((((({{,...,,,,}}.,,|||}}}}|,{||,,,||...,.}}}},....}}}}}})))}},)|,.,.||,.,,}}}}|||||,,,.,||.,},,..,,.,,,,||||,||||}},,},,,},||{{,||,.},,,.,,|}||}}||}}.....,.....{{((({{{{,.,{{,,{{{|{||||||,.|||||{(({((({,{{.,|{{||||{{,((({(({{(.((((.(((((((....))))))})))).|..||.}}}{{..(((((.(((((((({(((((((......))).))))))))))))...})))),,}|....}}}||}|}}.,{,,,.,,||}}}}}}||{{{,{{{(....,)}}})))))))))))))}}}))))}.,,))}|{,{,..,,,,|}|..||...{..(((((((..(((.{.(.(((((((((((......)))))))).))).}.,.))).)))))))..},||||||||,||{||||||||,{((((.{{,{{,,.....,,{{{,|{..{(.(((((..(((((((.,......((((((((({{(((((((|,(((((({,,{{(.{((((((((.{{.....,,..})}}.}}}}}.},{{{(({{.{{.(((........))).}}...)))))))..........,}))}|,},}))))))...}}}})))}))))).{(((((.,,({,(((.(((..........))),))),))))))}}.,,.,{{{...,}}}||{|{,.{{,,,.,........,,{||,}||||}||{{,,...,(({((....}}}}},,,.,|....}},..,|||||,,...,,,,.........}))},.,}}.((((((.(((((((..,.(((.....))).,..))))))).)))))),)))))))..))))).)).,}),}))}..{{{((((((((.,.,(((((.{((((({|,({{{((,{({{,,{{{{{{{|,|||..,((,(((...,,,,...,,..,||},||{..{,||}}}}}},,{{{{,{({(({.,((((....)))}....{{{{{......,{{{}|||,...}|||||}...|||,.......,,,.........(((((((....))))))).{((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))..,.))))))))}.,,...,...,))))}}....,,}))}})).})))))),,.)))})}}})})))},..{{{{|{,.,,,,.)),)))},,,|,,.,,|{|,,....}}|||}}|||..{((....))}..,}}}|.}||,.....|||}}}}..,,,,},}}},)}},|||,||,.....))}))}..,,,.})))))...)))).))),)))},,|(((((.((..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.{((((((((,..((((....))))....))).)))))),.........,((((((((({{((((((......{((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).))))))))}..)))))))))).....)))))).))))))).,.))).)).))))),......(((((((......)))))))...........{{{{.((((..((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...}})}....,,.((((((.........))))))....)))))))....
Back