Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001374513.1
Sequence Length
2224 nt
GC Content
0.5809
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGGCGCGGAUUCGCCGAGGCACCGAGGCACUCAGAGGAGGUGAGAGAGCGGCGGCAGACAACAGGGGACCCCGGGCCGGCGGCCCAGAGCCGAGCCAAGCGUGCCCGCGUGUGUCCCUGCGUGUCCGCGAGGAUGCGUGUUCGCGGGCGCCAUGUCAGAACCGGCUGGGGAUGUCCGUCAGAACCCAUGCGGCAGCAAGGCCUGCCGCCGCCUCUUCGGCCCAGUGGACAGCGAGCAGCUGAGCCGCGACUGUGAUGCGCUAAUGGCGGGCUGCAUCCAGGAGGCCCGUGAGCGAUGGAACUUCGACUUUGUCACCGAGACACCACUGGAGGGUGACUUCGCCUGGGAGCGUGUGCGGGGCCUUGGCCUGCCCAAGCUCUACCUUCCCACGGGGCCCCGGCGAGGCCGGGAUGAGUUGGGAGGAGGCAGGCGGCCUGGCACCUCACCUGCUCUGCUGCAGGGGACAGCAGAGGAAGACCAUGUGGACCUGUCACUGUCUUGUACCCUUGUGCCUCGCUCAGGGGAGCAGGCUGAAGGGUCCCCAGGUGGACCUGGAGACUCUCAGGGUCGAAAACGGCGGCAGACCAGCAUGACAGAUUUCUACCACUCCAAACGCCGGCUGAUCUUCUCCAAGAGGAAGCCCUAAUCCGCCCACAGGAAGCCUGCAGUCCUGGAAGCGCGAGGGCCUCAAAGGCCCGCUCUACAUCUUCUGCCUUAGUCUCAGUUUGUGUGUCUUAAUUAUUAUUUGUGUUUUAAUUUAAACACCUCCUCAUGUACAUACCCUGGCCGCCCCCUGCCCCCCAGCCUCUGGCAUUAGAAUUAUUUAAACAAAAACUAGGCGGUUGAAUGAGAGGUUCCUAAGAGUGCUGGGCAUUUUUAUUUUAUGAAAUACUAUUUAAAGCCUCCUCAUCCCGUGUUCUCCUUUUCCUCUCUCCCGGAGGUUGGGUGGGCCGGCUUCAUGCCAGCUACUUCCUCCUCCCCACUUGUCCGCUGGGUGGUACCCUCUGGAGGGGUGUGGCUCCUUCCCAUCGCUGUCACAGGCGGUUAUGAAAUUCACCCCCUUUCCUGGACACUCAGACCUGAAUUCUUUUUCAUUUGAGAAGUAAACAGAUGGCACUUUGAAGGGGCCUCACCGAGUGGGGGCAUCAUCAAAAACUUUGGAGUCCCCUCACCUCCUCUAAGGUUGGGCAGGGUGACCCUGAAGUGAGCACAGCCUAGGGCUGAGCUGGGGACCUGGUACCCUCCUGGCUCUUGAUACCCCCCUCUGUCUUGUGAAGGCAGGGGGAAGGUGGGGUCCUGGAGCAGACCACCCCGCCUGCCCUCAUGGCCCCUCUGACCUGCACUGGGGAGCCCGUCUCAGUGUUGAGCCUUUUCCCUCUUUGGCUCCCCUGUACCUUUUGAGGAGCCCCAGCUACCCUUUUUCUCCAGCUGGGCUCUGCAAUUCCCCUCUGCUGCUGUCCCUCCCCCUUGUCCUUUCCCUUCAGUACCCUCUCAGCUCCAGGUGGCUCUGAGGUGCCUGUCCCACCCCCACCCCCAGCUCAAUGGACUGGAAGGGGAAGGGACACACAAGAAGAAGGGCACCCUAGUUCUACCUCAGGCAGCUCAAGCAGCGACCGCCCCCUCCUCUAGCUGUGGGGGUGAGGGUCCCAUGUGGUGGCACAGGCCCCCUUGAGUGGGGUUAUCUCUGUGUUAGGGGUAUAUGAUGGGGGAGUAGAUCUUUCUAGGAGGGAGACACUGGCCCCUCAAAUCGUCCAGCGACCUUCCUCAUCCACCCCAUCCCUCCCCAGUUCAUUGCACUUUGAUUAGCAGCGGAACAAGGAGUCAGACAUUUUAAGAUGGUGGCAGUAGAGGCUAUGGACAGGGCAUGCCACGUGGGCUCAUAUGGGGCUGGGAGUAGUUGUCUUUCCUGGCACUAACGUUGAGCCCCUGGAGGCACUGAAGUGCUUAGUGUACUUGGAGUAUUGGGGUCUGACCCCAAACACCUUCCAGCUCCUGUAACAUACUGGCCUGGACUGUUUUCUCUCGGCUCCCCAUGUGUCCUGGUUCCCGUUUCUCCACCUAGACUGUAAACCUCUCGAGGGCAGGGACCACACCCUGUACUGUUCUGUGUCUUUCACAGCUCCUCCCACAAUGCUGAAUAUACAGCAGGUGCUCAAUAAAUGAUUCUUAGUGACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-914.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -950.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 577.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((.((((.....(((((...((((((.(..(((((((((((......))))(((((((.(((.(((((....)))..(((((.((((((((((........(((((((.((((((((((.....)))).((...))((((((((((((((((.((((....)))).)))))))....)))))))))..........)))))).)))..))))........((.(((....))).)).)))))))))))))))(.(((((((((((.(((.((......)))))..(((.((((((((.......))).))))))))..(.((((((.(.((.((..(((((....((((.....))))....)))))((((....))))..(((((.((.(((((.(...).))))).)).))))).)).))))))))).)((((((...))))))..((((.(((((((((.(((.(((.(((((.....(((((......)))))((((.(((((((((((.(..(((((.((((((.((((((((.((((((.((...)).)))))).)))))((((.(((((.(((((....))))).)))))))))((((.............)))).)))))))))...))))).............((((..((((((...))))))))))....(((((...(((((.........)))))...))).))((((((...))))))).)))...))))))))....))))(((...((((((....((........((((((......))))))........)))))))).)))((((......((((((((((((((((....(((..................(.((((..((.(((((((((..(((((((((...))))))))).....((((......)))).))))).)))))))))).)...........)))...)))))))))))).))))))))....)))))))).)))))))))))).))))))))))))))).)..(((((.(((((((((.((((((((((((((..((((.((((.((...(((...)))...))...))))))))((((((..((((......)))))))))).........)))))......))))))))).))))(((.(((((.((((......(((((((.(((((((..((.(((...)))..))..)))).))).))))))).(((.(((((...))))).)))((((.((.((......)).)))))))))).)))))))).((((.(((.((((((((((.(((((((((.(((...)))...)))))))))(((.....)))))))))).)))(((((((((((((.....((((((((((((............)))))((((((.((..(((.(((((((.((((.............))))))))))).)))....((((((((((((.((.((.....((((....(((((....((((((.(((((...(((.((((((((.((((((((((..((((....((((.((....))))))..))))..))))).....((((..(((....)))..)))).....))))).))).)).))).)))............))))).)))))))))))..((....))(((((((((.((((......)))).....)))))))))(((((....((((((((((((((....)))).(((((..........)))))...((((...)))).)))))))))).)))))....((((...((((.((((..........))))..))))..))))...))))......)).))))))))))))))....))))))))....(((.(.(((((((..(((.((((((((.((....)))))))))).)))....))))))))))).)))))))((((((.....))))))((.((.(((((((...))))))))).)).(((((..((.(((...))).)).)))))............))))))))).))))..(((...)))......)))..))))......))))).)))))(((((......)))))...))))).)))))))...))))))).))))))).))))).......)))).)))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,,.((((((.((((.{...(((((...((((((.(..(((((((((((,,....}))){(((({(.({{{{,((,(((((((((({((({((((((((((....,,({(((((((.((((((((((.....)))).{.,,.{.((((((((((((((((.((((....)))).)))))))....)))))))))}.,}......)))))).)))..)))),|{,,..,((.{((,,,,|}}.}).)))))))}|||}},.{,||((((((({(,(((.((.,,,..|||||..({(.({{{{{{{....,,.))),))})))}}..(.{(((({.{.{{.||..|||||....((((.....)))),,,,)))}}|||{....}|||,,(({((,{(.(((((,,..,|,}||||,||.|||||{||{||||}}|||,|((({{(,,,|||}||,,((((.(((((((((.(((.(({{(((({.....(((((......)))))((((.((((((((,{,.{{(((((,.(((((,{((({(({,,(((({{.(({{.||,|,},})})))))|{(,{(((((.(((((....))))).)))))))))}||{,,..,))),}}}}).)),})))),,}|....,,...............((((..((((((...))))))))))....{((((...(((((.........)))))...))).)}((((((...))))))..}}}...))))))))....)))){{{...((((((....,,........((((((......))))))........},)))))).)})||||,,....((((((((((((((((....(((.....,,,,.....,,..,.((((..(,{(((((((({..(((((((((...))))))))).....,{{,......,,},.))))),,))))))))),)...........},}...)))))))))))).))))}))}....}))))))).))}))))))))).))))))))}||||||.}..,(({..,,|||(({(,(({({{((({{(((,,((((.{{||,||,..{{|...))),,,)),..))})))))|||||{..(({{....,.}}}}}}}))),,,....,,)}))),.....)}})))))),)}}},,,.((((({,(((......,,,{|||.|||||||}}||}|||}}.)))..}}{{||||{|}|{|||,,}|,((,,((({(,,,|}}}|,|}|((((,((.((...,,.}}.))}}},,}}}.}}}|||||((((((...,)))))))))),|||||||||,.|||.|}}}.}})))))))))})|},}}.))),,,,},}}},.(((((((((((((....,((((((,(((((............)))))((((((.((..(((.((((((((((((.............))))))))))).)))....((((((((((((.((.((.....((((...,((({{,,..((((((.,{{{{...(((.((((((((.((((((((((..((((....((((.{,...,),))))..))))..))))).....((((..(((....)))..)))).....})))).))),.}.))).))){{{{{{.,....,,,,).))))))))))),,({....)){(((((((({((((....,.)))),....,))))))))((((|....((((((({{{((((....)))).((((({(.{.{{{{,|,,,,.....|,}}}).),.))))))),,}.,)))),,,.{{||,,.((((.((((..........))))..))))..))))...))))......)).))))))))))))))....))))))))...,(({.(.(((((((..{(({((((((((.((....)))))))))).))..,.,)))))))}))}.)))))))|(((((.....)))))}((.((.(((((((...))))))))).)).(((((..((.(((...))).)).)))))..,.........))))))))).)))))),))))}))),}})}}},)))}}.}}},...})})),}}}.{|||||....,,))))))..,,,)),))))))}...))))))).))))))).))))).....,.)))).)))))).........,,............
Back