Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001375661.1
Sequence Length
3767 nt
GC Content
0.3578
UAAACAGGAAGUGGGCGCUCAGAGCUCGGGGGCGGCGCUCAGAAAACAUCUGGAGAAAAUGACCCAUUGGUUUCAUAGGAACCCAUUAAAAGCCACAGCUCCUGUGUCUUUUAAUUACUAUGGUGUAGUCACUGGCCCUUCUGCUUCAAAAAUAUGCAAUGACUUGAGGUCAUCCAGGGCACGACUCCUUGAACUGUUCACUGAUUUGAGCUGUAAUCCAGAAAUGAUGAAGAAUGCAGCAGAUUCAUAUUUCUCACUUUUACAAGGUUUCAUAAAUUCUUUGGAUGAAUCUACCCAAGAAAGCAAGUUACGAUAUAUUCAAAAUUUCAAGUGGACUGAUACAUUGCAAGGACAGGUUCCAAGUGCCCAGCAGGAUGCUGUUUUUGAAUUAAUUUCCAUGGGAUUUAAUGUAGCUUUAUGGUAUACCAAAUAUGCUUCAAGACUGGCUGGAAAAGAAAAUAUAACAGAAGAUGAAGCAAAAGAAGUUCAUCGAAGCCUAAAGAUUGCAGCUGGGAUUUUUAAACAUUUAAAGGAAAGUCAUCUCCCAAAACUCAUUACACCUGCGGAAAAAGGAAGAGAUUUAGAGUCACGACUCAUAGAAGCAUACGUUAUUCAAUGUCAGGCUGAAGCUCAAGAAGUAACAAUUGCUCGAGCAAUUGAACUAAAACAUGCUCCUGGACUAAUUGCUGCACUGGCGUAUGAAACAGCCAAUUUCUAUCAAAAAGCUGAUCAUACUUUAUCCAGUUUGGAGCCUGCAUAUUCUGCCAAAUGGAGAAAAUAUCUUCACUUGAAGAUGUGUUUCUACACAGCUUAUGCUUACUGUUACCAUGGUGAGACUUUAUUGGCUAGUGAUAAAUGCGGUGAAGCAAUCAGGUCUCUCCAAGAAGCAGAAAAAUUGUAUGCAAAGGCAGAAGCACUGUGUAAAGAAUAUGGAGAAACCAAAGGACCUGGACCAACAGUCAAACCUUCAGGACAUCUGUUCUUUAGGAAACUUGGAAACCUUGUGAAGAACACCCUAGAAAAAUGUCAGAGAGAAAAUGGAUUUAUUUACUUUCAAAAAAUUCCAACAGAAGCCCCACAGCUGGAACUCAAAGCAAAUUAUGGUCUCGUAGAGCCUAUACCUUUCGAAUUUCCUCCUACAAGUGUUCAGUGGACACCAGAAACAUUGGCUGCAUUUGAUCUCACCAAAAGACCCAAGGAUGACAGUACUAAACCCAAACCAGAAGAAGAAGUGAAACCUGUGAAAGAACCAGACAUCAAACCUCAAAAGGACACUGGGUGCUACAUCUCCUAAAAUACAACUUGCACUUAGAAUUUCUCUAGCAGUAAAUAAGAUAAACCACAGAAUUUCAGUUCUUAUUUCUCAAAAUGAUUUCUCUGAAGCUUGUAGAAUAACUAUUAUAUUCAGAGGGUUAUCUGCCUUCAGCUUACUUGUUCUUAAUUUUUAAUACAGCGGAGAUGUUUCUUGCUUUGUUUUCAGACUCUCCUUUUUAAUCAGGACAACAUUUGAAAGAUUUUAUUGUGCCUCUAAAGGGUAUAUUUGGGGGUUGGGUCUUUUUGUUAAACUCUGGAUAGUAAUAAGUUUCAGGUCAGUAUAGGCCCGAAUCAUGUGGUUUCAGGUAUGUUUUUCUUUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGGUGGAGUCUCCCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCGGCUCACUGCAACCCUCCACCUCCUGAAUUAAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACGCACCACUACACCCAGAUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGUGAUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGCUGAUCUGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAUCCACUGCACCUGGCCUCAGGUAUGUUUUUCUAUCUACACACAAAAAGUUUAUUUUCCUUCCUCUUAUUUGAUAUCAGAAGAAUGACAGGAAUCAGUUUUUAACAGAGAUAGUUUUUCCGUUUCUCCAUUGUGUUAAUCAGAGCGCAGACUUACAUUCUCAGUCAUUUAUCUUUUCUGGUGGAGAAUAAAAAGUCACUUAUAGUUAAAGAUCAGAAAAUUAUCACACCAAAUCCAUUACAUAUGUUAGAAUCAAUAAUUUACUCAAAAAUCAGCUUUUAUAGGUAUGUUGGCACCUUAUCCAAGAACUUAUCCCUGUUCCAGUACCCCUGUGCUUCAUUCAGUAUCAGUAACCCUGCAAUGAUUUUUACAAAUAUCUUUUUCUAGUGGGUUUUUUACUUAGAGGAAAGAACUUUGUAAUAGCUCUUAAUGUUUAUAUAUAAGAGAAGACAGAAUGGAAAAUGUUUUUUGAAGUCAAAUAUUGCAUGAUGUAAAGAAAAAACUUUAAACUUAAAUGAGUAGGUUGUCCUGAAUUACACUGGUAACUCUCUACUUCUUUAUUAAAGAAGUUAUAGUAAGAUGCCUUUGUUACCUGAUUUCAGUGUACAUUGUUUUUAUGUGGUUUUCUGAUAAUGUCCUGUCAGAAUUGUAUUGGUUUAGGCCAAAGGCCAUAGCAAAAACAUAGAGAACAAAUAUGAUCUUAAAAAUAGAUUGUAACAUUUUAAACAAUUAGUUUAGUAAUUUGGGAAAUAGUGGAUGCAUAAUACUUUAACAGAAGUCACACAUCUGUAGGUUUAUCUUUUGAUUAUUCUCCUGAGGCAUUAGAUAGUUUUUCUAUUAUAAGUGACAGAUUGACUCACUUAAUAUAAAUAAGUAGCAUACACUAAAAGCUUACUAUGUGCCAGAUACUGUGCUGGACACUUACAUAGAUAAGCCAUUGAAUCCACACAGCAGCCCUGUAAGAAAUAAGUAAAAUCUGCAUAAAGUGUUGAAAUAGGAAUAUACAUUUCAUUAUGAAAAAUGAAUAGAUUAUGCCUAUCUGAAUCAAUAUUGCAUUCAAAUAAGUGAUUACUUAAAUCAUAUAUCAUAGUUUACACUCCUUAAAAAAAGGUACAUAAAUUCAGUGAGGUUUUUUUCUUAACAUACAGAAGUACUAAAUACUGCUUGCAGUAUAAUAUUGAUAUUGGAAGCUGCAGUUUCCAGAAUAAGUGGAGUAAUAACUAAACAGACAUUUAAUUUUAUUUCAAUAUCUAUGGAAAAAACACUUAUUAAAUCUCCCUGUAUUUUAUGUUGUCUUUAUUACAGAAUCACUUGUCUGUUUGUUGUGUGCCACUUACUGACAAAACUUUAAACAGUACUUGAUGCCAGCUCUCUACUCUGUGGCUGUGGGACCUGUUUCUUUUAGGUACUUGUGCUUAUUAAUCUACUUACUAAAUUUUCACAUUGACAUUUUUGGGGAUGAUACUACCAUAUACGAAAUGGAAAAUGUAAUAUGCUCAGUGCUUCUGUAAAAUGCAGCAAUACUGGUAUUACUUUACAUCAGUAGGCAUCUUUGACAUGAGCAUAUAAAUAUUUUGUUGACUCAGCAAAGGUGACACUUUGUGACUAAAGUAUCCCAUUAUAUAUAAUGUUUUUUGAAAUGUUGGAAAUUUUGGGGAAUUAUCAAAUGUAUAGAAGUUGCAUGAAGGUUAUAGAGAGGUGUAACUGUUUGUUAACUAUUACAUGGAUUUCAUACUAGGCAGUGACAACUAACAUGUUACUUCAACUAAAAGUGUAUAAUGGGUUGUCUUUUUAUUUAUGAAAAUAAAAGUAAUUUUACUUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-906.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -982.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((...((((((((....(((....))))))))))).......))))(((((.((((((((((((((((...)))))).((((((((.(((((...))))).))))))))..(((((((((((((....(((((..((((((((..............)))))).))...)))))..)))(((((....((((....(((((.((((((((((.(((((((.((((...((...))..)))))))))))..........(((((((............(((((((.((((....(((((.........((((((..((((((((..((((..(((..(((.(((((((((..(((...(((...))))))..))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))..)))).........(((((((...((..(((...............))).)).)))))))......))))))))))))))...)))))))))).)))))....))))....)))))..((((((.(((((((.(((.......((.(((((.((..(((((((..(((.((((((((((((..(((.(((((....))))).(((((((.((......(((..(((((((....))))))).))).....(((.(((((((....((((((...(((.((((((..((((................)))).))))))....((((((((((...((.((((((((.((....))(((((((((((((....)))))))).)))))((((((....(((((.(((((....(((.(((((((.((((..((.((.......)).))...)))).))))))).)))....(((...........)))...))))))))))))))))..)))))))).))...)))))....)))))))).))).)))...)))))))))).(((((((((.((............)).)))))))))....(((((((....(((((((((.((((.((.(((......))).)).))))..(((((...((.(.(((((((.((........((((((.(((..(.((((((((..................(((((((((((((...........))))))..))))))).....((.(((((((((((................((((((..((((((((((.(((((.(((((..................(((....)))...((((((((......................))))))))............................)))))..))))).))))).)))))...........(((((((....((((.....))))....)))))))(((.....)))...(((......)))...........(((.((((.(((....))))))).)))(((((((...((((........)))).....)))))))........(((((((.....)))))))))))))..))))))))))).))...((.(((((...........)))))))..))))))))))))))))))))))))))).).))..)))))......)))))))))....)))))))....................(((((((((.((((.((((.....))))..))))(((((((((.((....)))).)))))))...)))))))))..((((((...))))))....)).)))))))...(((.((((((.((((..((((((((.....(((..(((((((....((.((((((((((((((((((....)))......((((((((.(((...((.(..(((....)))..).)).))).))).)))))(((((......)))))....((((((((((......(((((....)))))((((.(((((((....((((.....((..(((((.(((....((((((..(((((((((((((((.(((((.((((......((((((.(.....).))))))....((((((......))))))))))...)))))..))))))).....))))))))..))))))...((((((((((((...(((....(((((((((..................((((((.((((.((((((((((((.......((((....))))...((((........))))((((........)))).(((((....)))))((((((((...........))).)))))...(((((((..((((((((((((((.....)))).)))).))))))..)))))))...((((((.(((....)))))))))((((((..........))))))(((((((......(((((...))))).......))))))).......))))))))))))........(((..((((.((..((((((((((...))))))))...))..)).))))..)))((((((....))).)))...(((((((.(((((((((((((((......)))))))).....(((((....))))).)))))))..)))))))..((((.((....)).)))).......)))).)))))).((((((.....))))))...(((((((((((((.((...((((..((...(((((.((...)).)))))))..))))...)).)))))).)))))))......))))))))))))))))))))))))....((.((.(((((.......)))))))))..........((((((((((((((((........)))).....))))))).)))))............((((.....)))).......))).)))))..)).....))))....)))))))...))))((((((......))))))..))))))))))...(((((((....)).))))).(((.((((((.....)))))).))).............((((.....)))).(((((((.((((.(((((((...(((........)))((((.....))))((((.((((((.......)))))).))))((...((((((.......((((((((....((((......))))...)))))))).......))))))...))......))))))).))).).))))))).)))))))))).))))))).)))))))..)))))))))))...(((((.............)))))..)))).))))))))).....)))..)))))))(((((.......)))))..))))))))...))))).))..))...))))).)).)))...)))))))))))))....((((.......)))).....(((((((...(((((...(((((...)))))...))))))))))))..))))))).))).((((((((.(.((((((.(((((...))))))).)))))))))))))(((((((........(((.(((((..((...((((((((....))))))))...))..))))).))).......((((.((((((.(((((((((((((((.((......)).)))).))))).)).))))))))))))))(((..(((((((.......)))))))....))))))))))..)))))))))).)))))..............(((((....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{({..,((((((((....(((....)))))))))||,,.....)))){((({.((((((((((((((((...)))))).((((((((.(((((...))))).)))))))).,,,{{(..({.(((((({{((.(((((((((...,(((((({,(((((...)))))|((((((({.((((((((.{(.((((....(((((.((((((((((.((((((,{((((...{{...}}..)))))))))))..........(((((((.....{((({{((.,,....|,.}}}},||,,,,{{{{{{{.,,,,,|..{((((((,.{((((..(((..(((.(((((((((..(((...(((...))))))..))))))))))))..))}))))))))))))},)))))))),.{((....))}....(((((((...((..(((...............))).)).)))))))..,},,.,}.}},)))))))...)))))))))).)))))....)))).)}.))))}.,))).{{,{{,....,,,......{{{........})).,}}}}|||.((((....}))).,,|,(((..{((({....}))))..,}}}...{||,....{{{..(((((((....))))))).}}}......})).)))))}......(((.((((((.((((((..((((...{{,......,,..)))).)))))).....))))}.}).))).)))))))|,,.{{....}}((({,((((((((....)))))))).})))}||{,(((....))}...||}.....(((.(((((((.((({,{(,.({.......}}.}..,})))).))))))).))).)))))))))..,((((.((((...((((((((((((.(((....,{,(((.....))},,,{,,{(({,....}})}}...,|}},|}},,...{((((((((.({.....,,...,}}}.))))))))}((((({({{{(((((((.(.(((((((((.{{.{({......}}}.}}.)))|..((((({((((((((((((......(((....((((((.(((..{.((((((((.....,,...........(((((((((((((...........))))))..))))))).....{{.(((((((((({{{,,,,,.........{{{,,...((((((((((.(((((.(((((...,,.........,...(((....)))...((((((((......................))))))))....,,|,{,...,....,.}}}.....)))))..))))).))))).))))).....,|,..,(((((((....((((.....))))....))))))))))}}}}}|||,|||||.....,}},.,........,{{{.((({{(((....))))))).}}|{((((((...((((........)))).....))))))},.......{((((((.....))))))},)))))}}))))))))))).)}...,,,(((((...........)))))),..)))))))))))))))))){(((.((((((((((({...,{{{.{{...............................,,...,,,,(((((((((.{(({.((((.....}|||.,||||(((((((((.{(....)})).)))))))...)))))))))..)}}..},}|{||{{||,|,|||||}|..,,,,|||,||,|))))||},.((((((((.....(((..(((((((....((,({(({(((((((((((((,,{{||,,{{...((((((((.(((...((.(..(((....)))..).)).))).)))}})))).,{,,..}}}.)))))}}}}((((((((((......{((((....))))}{(((.(((((((,.,{((,,.....,{{{((((({(....,,,,,,,,,.,((((((((((((((.(((((.((((......,((((,.,.....}.})}))}....((((((......))))))))))...))))}..)))))},...,,))))))))}})))))),..((((((((((((...,,,..,{(((((((((..........,,{{{,..,{{{.....,{,((((((((((((..,,.,,{{,,..,{{{{{.{.{(((........)))}{|||,,,,..,,}}}}.(((((....)))))((((((((...........))).)))))...(((((((..((((((((((((((,....))))}}))))))))))..)))))))...((((({,(((....))))))))).,{||{,...,,,...})}))|{(({{({......{{{{{...})))}.......})))))},......)))))))))))},,|||,|{{{,..{|||,((..,{((((((({...})))))))...))..,|{||||,,{({{(((((....))).))))}{((((((({(((,.,.((((((((......)))))))}.....,({(({..,|||...))))}.}})}},.))))}}}}}}))}.((((((((.......)))))))).....,(((((.....)))))),},},||||{{{((((.{{.,.((((.,((...(((((.((...)).))))))),,)))),..}}.)))))).)))}))))}}}}.)))))))))))))))))))))))).,..{{.((.(((((.......)))))))}}..........((((((((((((((((........)))).,...})))))).)))))...,,.......{(((.....}))}..,.....,|,,...,}}}}.....)))).},.})))))).,.}},,((((((......))))))..))))))))))...(((((((....)).))))).{{{.((((((.....)))))).,,,...,{,....,,,((((.....)))).(((((((.,(((.(((((((..{(((........))}||{{.....||||((((.((((((.......}))))).)))).,..,{(((((.......((((((((..,.{(({......}))}...)))))))).......)))))}...,,......))))))).))).}.))))))).)))))))))).))))},}.)))))))..))))))))))).......}}.}}}}....))))),))))))).)))))))......)))..))))))))).,,,)))}}}..{(((({....}}}}},...,..,.,,......}))))).).))))))))))))))).,,......((((.......))))....,}}..,.))).))))))))))))....))))))))}{{((((,,.,,..|},}}))))},,((((((((.(.((((((.((((,...,)))))).))))))))))))).}{((({{....}))))).,((((..((...((((((((....))))))))...))..))))}...........((((.((((((.(((({{(((((((((.((......)).)))),})))).}}.))))))))))))))..))))))))).}}...}}}),{{{{{.......}))))...)))))))))).))}||,{({,,...,)))}|{{{{....))))).,..
Back