Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001375712.1

Sequence Length

2602 nt

GC Content

0.4443

CCUUCCGAGUUACCGCCGCCGUCGCCGCCGCUCCUCCUCUCCCGGUCCUGGGUUUCCUUGGCGCUGCGGCCGCCGCUCCCUCUGCGACCUGUAUGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAUGUGAAGAUGGCGGAGCUGCAGAUGCUGCUGGAAGAGGAAAUCCCGGGGGGCCGCCGGGCCCUCUUCGACAGCUACACAAAUCUGGAACGGGUGGCCGAUUACUGCGAGAACAACUACAUACAGUCAGCAGAUAAGCAGAGAGCCCUAGAAGAAACCAAAGCCUACACCACCCAAUCCUUAGCAAGUGUUGCCUAUCUGAUAAACACCUUGGCCAACAAUGUCCUGCAGAUGCUGGAUAUCCAGGCAUCCCAGCUACGAAGGAUGGAAUCUUCAAUCAAUCAUAUUUCACAAACAGUUGAUAUUCAUAAAGAGAAAGUUGCAAGAAGAGAAAUUGGUAUUUUGACUACCAAUAAAAACACUUCAAGGACACAUAAGAUUAUUGCUCCAGCCAACCUUGAACGACCAGUUCGUUAUAUUAGAAAACCUAUUGACUAUACAAUUCUAGAUGAUAUUGGACAUGGAGUAAAGUGGUUGCUUAGAUUUAAGGUGAGUACCCAGAACAUGAAGAUGGGUGGGCUGCCGCGUACAACACCUCCAACUCAGAAGCCCCCUAGUCCCCCUAUGUCAGGGAAAGGGACACUUGGCAGCAGUGGGAGUAGUGGAGGGAGCCACCCAAGUAGUCGGAGCAGCAGUCGAGAGAACAGUGGAAGUGGUAGUGUGGGGGUUCCUAUUGCUGUUCCUACUCCAUCUCCUCCCAGUGUCUUUCCAGCCCCUGCUGGCUCUGCUGGCACUCCUCCCCUUCCUGCUACUUCUGCAUCUGCCCCUGCUCCUCUUGUUCCUGCUACUGUCCCUUCCUCCACUGCCCCAGACGCUGCUGCUGGGGGUGCCCAGACCCUUGCUGAUGGCUUCACUUCUCCAACUCCCCCUGUUGUUUCUUCCACUCCCCCUACAGGUCAUCCUGUACAGUUCUACAGCAUGAAUAGGCCUGCCUCUCGCCAUACUCCCCCAACAAUAGGGGGCUCGUUGCCCUAUAGACGCCCUCCUUCCAUUACUUCACAAACAAGCCUUCAGAAUCAGAUGAAUGGAGGACCUUUUUAUAGCCAGAAUCCAGUUUCAGAUACACCACCUCCACCGCCACCUGUGGAAGAACCAGUCUUUGAUGAGUCUCCCCCACCUCCUCCUCCUCCAGAAGAUUACGAAGAGGAGGAAGCUGCUGUGGUUGAGUAUAGUGAUCCUUAUGCUGAAGAGGACCCACCGUGGGCUCCACGUUCUUACUUGGAAAAGGUUGUGGCAAUUUAUGACUAUACAAAAGACAAGGAAGAUGAGCUGUCCUUUCAGGAAGGAGCCAUUAUUUAUGUCAUCAAGAAGAAUGACGAUGCAUGACAUGUCCUGAAGGUCACCUUUGCCUUUGAAAAAGGUUUGAUGGAGGAAUUCACAGGUGACUGACAAGUCUUUGAAAAGAAUGGGAUCUGCUCACUUCUGGUCUUUUUGGCCGGGAACUCCUGAUUGGUGUUAAGGUGGUAAUUUCCCCCAUAUAAGAUUUAGAAUCACUGAGUUUGAGCUAGAUGAAAUUUUUAAAAUUUCUGGUUGUCUCAUUAGACUGAUGAGGUGAGUUUUCUUCUUCAUAUGAACAGCUAGUUAAUAACAGCAGAGUUCUCACUCAGUGCUCAGUACUUAAUUUUCCACUGCACCACAACUGUCUUAACUAAAUGUGCUGUAUUUUUCUUUAAAAGUUAAGAGUUCUAUUUGGUGUUUUCAGGAAUAUACGUGAAAAGACAUGCCAUGUUUUGGUAAAUACCAUCAGAGUUGUGUAAAGGCGUGUACUAAGUGCAAUCUUAAUUUGUGGAAAUAAUCUUCAUUUACCCCUCCUAAAACUACACUCAGUAUAAACACUUUCCCAUAAGGUGUGUGCAGUAAAAAUGUUAUAUUACUCCAACACUGGCAGGAGCACAGCACAGCAGCCUUAUUGGAGAGAGCCUUAUAAAAGUGAUUAAAUGGAGGCAUUGAGCUCAUUACCUUUAAGUUUACUUUGUGCUGACCUUUGUUCCUGUUUUGAGAAUCUCAUAUAAUUAUUAAAAAAAAAAAACAAUUAAAACGAAACGGCGGGGCCUAGCUGUGUAUAAAUGAUCCUUGCUGAAUAUCUUAAGGUUUUUUGUAAGAAAAAAGAAAAACCAACAAAAAAAGCUUAUUUUCACAUUAAAAUGAAACCUCUUUUGCAACUUAAGAAUUCUAUGGAAAAGCAGUUUUUAUCAUAUUUUGUGUCCAUGCACCAUUUUUCUUAAAAUGGCUUACAAAAAAGAAUGUAAACAAUUUGUGAUCUGGCCAGUUGUACUUUUAGCUCCCAGAGGGAGAGUUGGUGGUAUUAUGAGUUGAGUAAAAACCAUCCAGGGGAACUUGAGGGAGCAGUCUGUUGCCAGUAAUGUUCCUUGUGUGCCAUUAAACCACCUCCAGAUGAGUGGAGGAACAUCACUUUUUAAUUUUUUAAUUGUAUUUGGAAUUGUUGCCGUGUACUAAGAACUUGACCUAAAUAAAAUCCCACAAAGUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-731.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -785.66

Frequency: 0.0000

Diversity: 833.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((..((.((((((((..(((..((((((((((.(((((((.(((...))).)).)))((((...))))..(((((((.....))).)))).)).))))))))))...)))..))))))))(((((..(((((((((((((((((....(((((.(...).))))).)))))))..))))...........(((..((((((.......((((((................)).))))....((.....)).......................))))))..)))........(((((((....((.....))....)).)))))((((((.((....)).))))))...)))))).))))).....((((((....((((((...(((((..(((((((..(((.((((((.........(((((((((((.(((..(((((((.......))))))).......(..((((((..(((........((((((.(((((((((((((.....))))((((...(((.....))).))))(((((((((((.((((.((((..............(((.((((((.......)))))).)))((((((((((...(((((.(((.((((((.(..((((((......((((.((..(((..((((((((......)))...)))))....((((((((((((.(((((((((((((..((...((((((.((((((((((..(..(((...(((((((((((((.(.(((((.......((..((....))..)).......(((((......(((((....)))))....))))).......))))).)))))))))))))).)))..).))))......)))))).))))))))..))))))))))))))))....)))))))))(((((((..((((((((((..((.(......).))..))).....(((((...((((((((.((..(((.((((.((((.((((..(((((.((((((((..(((....))).((((.((((((..(((.((...(((((((((((...(((((((.(.(((((...((((..(((...............)))...))))...))))).)...)))))))...(((......)))((((........(((((........))))).......))))..)))))))))))......((((((((.((...........)).))))))))......)))))..)))))).))))...)))))))).)))(((((((...)))).))).(((((((.((((.....(((((((......)))))))........((((.(((.((((.((..((((((...)))))))))))).))).))))..)))))))))))))..)))).))..)).)))).)))..((((((.........))))))..))))))))))...))))).((((....))))............))).))))..)))))))((((.....)))))))..)).))))..)))))).).))))))...)))))))).(((((((.((...((((((((..(((((....(((((((...)))))))..(((((...(((((.(((((((((.(((....))))))))).....)))))))).....)))))..)))))..)))))))))).))).))))...((((...((((((......((((((((........................))))))))........)))))).....))))....((((......)))).))))))))))..)))).)))))))))))))))(((...((((((.((((......((.(((..(((...................)))..))).)))))).))))))....)))......)))))(((((.(((((..........))))).).)))))))).))))))..(((((((.(((((.(((..((((..((((....((.((.((((.((.(((((((((((...........))))))....)))))..)))))).))))....))))..))))(((....)))...........................))).)))))...)))))))....))).))))))..)..........((((((((...........))))))))............(((((((......)))))))...))))))))))))))........((((((...((((.............)))).))))))..(((((((....)))))))...........)))))).)))..)))))))...........(((((.(((((((((....)).))))))).))))))))))))))))......))))))..))..)))))((((((((..(((....)))...)))))))).((((...........((((((......))))))...........((((.((((((...((((.(((........))).)))))))))).))))..............)))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((((.,,.((((((((..(((..((((((((((((({.,,,,|||...,}.,||{{{.,,,),,)))}|,,(((((((,...,))).))))}))})))))))))),..)))..)))))))){(({{,.{,,{|{({({(((((((....(((((.(...).))))).))))))).,)))).,{,,....,,(((..((((((,...,{,((((..,..............,)}.)))).},,{{,{,,.{{..,.,.,,........,,,,...}}}}}}..}}}...{,,.|{{|{||{....,{....,||,..,||||||||{{{({(,({.{{{||{||,,..))}}))))).}})}}..{{{(({{{{..,||||,.{{,,{{.....(((((((..(({.((((((.........(((((((((((((((..(((((((.......))))))).......,..((((((,,,,,........((((((.((((,,,,,((((.....))))((((...(((.....}}}.}}}}{((((((((((.((((.{(({{(({{(({|{|...((((,,((,.,{,..,{{{,(({((((,{{,....|,...{((((.(((.({({({.{..{{{{{{....,.{{{(.{(||(({..((((((((......)))...)))))....((((((((((((.(((((((((((((..((...((((((.((((((((((..{..(((...(((((((((((((.(.(((((.......{(..((....))..)}.......,{((((,,...(((((....)))))....}}}))}},,...))))).)))))))))))))).)))..,.))))}.....}))))).))))))))..))))))))))))))))....)))))))))||||||{,.{{{{|||,,||||,.|}}.,,.,,}}..||,,.,,,(((((,{.({{{{({{.,.....((((((....)))))}..{,(({.(((((({{..{((,...}}}.{(((.{(((((..(({,{{...(((((((((({|..(((((((.{.(((((,{,((((..{((...............}}}...))))}}.))))).}...)))))))...(((......})),|{,........(((((.,......))))},|,....}}}}..))))))))})),,|,,.((((((((.((...........)).)))))))).,.||.}))))..)))))}.)))}...}})))))).}}}(((((((...}))).))).{({((({.((((,....{({(((({,,...,,)),)),,,,....{{||,|{{,||{(,({{,{(((({,{|||,}}}}}}}}}.}}|.||||{{|,,,,,},)))}},,}},},}||.}|}}}}}}}||,{{{{{,,{(((({...})))))..},})))))}}.,,))))),||||....})))..,....}}|,,))),}}}),}))}||||((((.....)))))))}.|,,}}}}.,))}))).,,)))))}...})))))}}...{((({,{(...{{||||||,,{((((,,,.{,{{{{,...,}}}}))|||||((,((((,,...,||||||(,{{{..,,))))}))))},}}}}}})))|||,,..}})}),,}))))..))))})))}}},}},))}},.}||,,,,,|||}||},,,|,(({{,((({{{{{.{,{.,|,,{,......,,)))}})})}}..,,}}}}||.{(((((.(......).)))))).}),|{|||}}}}}}}},,)))).))))))))))))))}{{{|.,((((((.((((.....,{,...,{.(({{{{.......,,}}.,,,,,,,..,...,.)))).)))))}.,|,||||.....}}))}(((({.(((((..........))))).},}))))))).)))))}..(((((((,(((((,,,{,.((((..((((.,..((.((.((((.({.((((({((({{..,,.....},))}}}},,,.)))))..)})))).)))).},.))))..)))).......,.,................,,....,,...}}},)))))...))))))).....}).))))))..}..........((((((((...........))))))))...........,|||,((({{.....,,,)))},.))))))))))))))........{(((((...((({..........,..}))).)))))}..(((((((....)))))))...........)))))).}))..))))))),{{{{..{{{{(,.,,.,|||||{||,,,,))|},}||||||||||,|||,|||,,,....,,)))),|{||,...)))}{|(|((({..{{|,..,))}...)))))))),,}}}},,,,...,..{{{{|{......))))))..,,,..,,,.,{{{....||},..{{{{.{||.,...,,.))).))))...,))))))..........................