Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376016.1
Sequence Length
4652 nt
GC Content
0.4101
AGAGGGAAGGCGGGAGGGCGCGCGCCAGGGUCGCUCGCUCGCUCCCUCCCUCCGCUGGUGCGUUUAGUCAGUCAGCCAGCAGCAGCCGGCGGGCCCGCGAGCCGCAGAGGGCCCGAGCCUCGGACGCCGGCGCCUCCUCCUGCCAUUGUUCGUCGGGCUGCAGCAGUGGCGGGCGCAGGAGCCCGGCCCCGGAGCCACCGCAACAUCAUGACAACAGAGAAGAGUUUAGUGACUGAGGCCGAAAAUUCACAGCACCAACAGAAGGAAGAGGGUGAGGAAGCCAUAAACUCAGGCCAACAAGAACCUCAGCAGGAGGAAUCUUGUCAAACAGCAGCUGAAGGAGAUAAUUGGUGUGAACAGAAGCUGAAAGCUUCUAAUGGAGACACUCCUACACAUGAAGACUUGACCAAGAACAAGGAGCGGACAUCAGAAAGCAGAGGACUUUCACGACUAUUCUCCUCGUUUCUCAAAAGGCCCAAAUCUCAGGUGUCCGAGGAAGAAGGCAAAGAAGUAGAGUCAGAUAAAGAAAAAGGUGAAGGAGGUCAGAAAGAGAUAGAAUUUGGAACCAGUCUUGAUGAAGAGAUCAUUUUAAAGGCCCCAAUUGCAGCUCCUGAACCGGAACUCAAAACAGACCCAUCUUUGGAUCUUCAUUCAUUAAGCAGUGCAGAAACACAGCCUGCUCAGGAAGAACUCAGAGAAGAUCCAGAUUUUGAAAUUAAGGAAGGAGAAGGACUUGAAGAGUGCUCCAAAAUAGAAGUAAAAGAAGAAAGCCCUCAAUCAAAAGCAGAAACAGAAUUAAAAGCUUCCCAAAAACCAAUCAGAAAACACAGGAACAUGCACUGCAAGGUUUCUUUGUUGGAUGACACAGUUUAUGAAUGUGUUGUGGAGAAACAUGCUAAGGGACAAGAUUUGCUUAAACGAGUAUGUGAGCAUCUCAAUCUUUUGGAAGAAGACUAUUUUGGUCUAGCCAUUUGGGAUAACGCAACCUCUAAGACAUGGCUGGAUUCCGCCAAAGAAAUAAAAAAGCAGGUUCGUGGUGUCCCUUGGAAUUUUACAUUUAAUGUAAAGUUUUAUCCACCUGACCCAGCACAGUUAACAGAAGACAUAACAAGAUAUUAUUUAUGUCUUCAGCUUCGGCAGGACAUAGUUGCAGGACGUCUGCCCUGUUCCUUUGCAACCUUAGCAUUAUUAGGUUCUUACACCAUCCAGUCUGAACUGGGAGACUACGACCCAGAACUCCAUGGCGUGGAUUAUGUUAGUGAUUUUAAACUGGCCCCGAAUCAGACCAAGGAACUUGAAGAGAAGGUCAUGGAACUGCAUAAGUCAUACAGGUCCAUGACUCCAGCUCAGGCUGACUUGGAGUUUCUUGAGAAUGCCAAAAAGUUGUCUAUGUAUGGAGUUGAUCUUCAUAAAGCAAAGGACUUGGAAGGAGUAGAUAUCAUCCUAGGUGUCUGCUCUAGUGGCCUUCUGGUUUACAAAGAUAAGCUGAGAAUUAACCGCUUCCCUUGGCCCAAAGUGCUGAAGAUUUCUUAUAAACGUAGUAGCUUUUUCAUCAAGAUUCGGCCUGGAGAGCAAGAGCAGUAUGAAAGUACCAUCGGAUUCAAACUUCCCAGUUACCGAGCAGCUAAGAAAUUAUGGAAAGUCUGUGUAGAACAUCACACGUUUUUCAGAUUGACAUCUACAGACACCAUUCCCAAAAGCAAAUUUCUUGCGCUAGGAUCCAAAUUUCGAUACAGUGGCCGGACUCAAGCUCAGACCAGGCAAGCUAGUGCUCUAAUUGACAGGCCUGCCCCACACUUCGAGCGUACAGCAAGUAAACGGGCGUCCCGGAGCCUCGAUGGAGCAGCAGCUGUCGAUUCGGCAGACCGAAGUCCUCGGCCCACUUCUGCACCUGCCAUUACUCAGGGUCAGGUUGCAGAAGGUGGCGUCCUAGAUGCCUCUGCUAAAAAAACAGUGGUCCCUAAAGCACAGAAGGAAACAGUGAAGGCUGAAGUGAAAAAGGAAGACGAGCCACCUGAGCAAGCUGAGCCAGAGCCCACAGAAGCAUGGAAGGUGGAAAAAACCCACAUCGAGGUGACAGUACCCACCUCAAAUGGUGACCAAACACAGAAGCUUGCAGAAAAAACUGAAGAUCUGAUAAGAAUGAGGAAGAAAAAGAGAGAAAGACUAGAUGGUGAAAACAUUUAUAUCAGACAUAGCAAUUUAAUGUUGGAGGAUUUAGACAAGAGUCAAGAGGAGAUCAAAAAACAUCAUGCCAGCAUCAGUGAGCUGAAAAAGAACUUCAUGGAGUCUGUACCAGAACCACGGCCUAGUGAAUGGGAUAAACGCUUAUCCACUCACUCACCCUUCCGAACUCUUAACAUCAAUGGGCAAAUCCCCACAGGAGAAGGAGUGAAGAAAACUUCUGUCCUACCCUCGGAAAGAAAGGUUGGUGGGCCAGAGACACAGGAACGUGCUCUGUUAGUACAGGAUGAAGAGAAAAUUAAAAGGCAAGAAAGAUCUACUGAAAGAGCCUUGCCCCAGCAAGAAAAUGAAGAAAUUCUUCCCAAGGUUUCUAUUCCAAUCCCUGAGGAUCACAAGUCUCUCAAAAAGUGCCACCUCUACUUUAGUACUUUUCCAUCUCCUCGUAUUCCUUUCAUGAUGUCUUUUCUCGUGAUCCUUGUGUUGGCUGUUUGGUGGUUGGUCUUUCUGUGAUCAGAAAACAGGGUGCUCAUCUGAAAUGUCAAGACCAUUGAACUUCUGUCCUUGGCUUCAACUGUGUUAUUGCUGUAUGAUGCCCUCUGAUCUUGAUAGUUCACUAUCCUAGGGGAGCUCUUGUGAUCAUUUUUCUGUCAAAUGUUACUCUUUGUAGAGUAUGUAUUGUGGGGUACAAAGGAGUAGCAAUGGACUGCCCAAAGCCAGCUUUUCUGCAUUGAAGUUUAACAAAUUUAAACAAAUCAGAAUUAAGCAUAUGGCAGGUUGGUAAUCUUCCCAAAAGCUUUAACUCUUUUAUCCUGCAUGUUUACUGUUUACUAUUGUUAUGUCUUCCUAUCCAAUAUCUCACACAAACCAGGAUACUCUCUAGAUACAUUUGAUGGAAUAUUUUCCUAAUCCUCUAUAGUCAUUUGUUUGGCAUGGGCUUCAUAGUUUAAGAAAAAAUUUCAACUCGCUAACCUUUCAGAAGCCUUAAAAUGAUAACGUUUUAAUCUACAAAUCCAUAACCACUCCUUUUCUUAGGAUAUCAAACCAGUAUAAACAAAAGUCUUUUCUGGAAAAGGGCUUUUGACUUCUGUGGCCUUUUUAUGAGUAUUUCUGAGCUGUACAGGGACAGACAACUUUUUCCUGCCUGGUGUAUAGAAGAGAUCUUCAAAGAUUAAAUGCCAUCUUUUCACAAGUAGAGUGUUGAUAUGGUUUAAGGAAAAUGGUGCUGGUGCCCCUUAGCCUCCAGCCAGGACUGAAAUUCUCAGACUACUCUACCUAUCCUUAAAAGUCUGGAACACAGAUUUACUCAAGAUCUGUACAUAAACCCUUCUCUGAAUUAAGAUACUGUGUUACUUCUUUAUGGCUUUACUAAUUAUAUUGCUAGCAGCAAUAGUUAGCCAUUGCUAAGCUUAAAAUAUAUAUUGAUAUACUUUGUUUUCCUGAUAUACUUCAGACCUGUUUGUUCGUGUACUUGUGUUGAAAUCAAUUGUUUUUAAUCAAUGGCUUUGUGACCUCAAGUUCACUUGUGACAAGUAUGUGUCCUCUGUUUGCAUGUUGACUUCUAAGACUUACCUGAAGUAAAUGUGGGCACUCUCUCUCUCUUCAGGACAACUCACAUGCCUAACCUGUUAUUUUUUACCUCAAUAUUGAAGAAACCUUGCAUGUAGCUUGCUUUUUAUGGCACUUGAAUGUACCAAUAUGGAUGAUUUGGUUAAUGUCUCAAAUAUUUGUUUUGAAAUCUGAGUUUAUAGGGUUAUCAAACUAAGAUUAUUAUACUUUGUUUUACUUCUCAAUGCUUUUCAGUUGAUGAAACUUCUAAACAAGACUUUUUGUUUUUGAGAAGAUGGCCUCUUAGAGCAAAAAAAGAGAACAGUAAAGACAAGAAUCUUUUGUCCUUCAACAUCUACCAAUAUUGUUCUCUUGUCUCUGGAGACAUGUAGAAAUAAUUAUCUGUUAUUUCCUGAAAACUGCUACGCUGUCAUUAUAGGCUUUCCCAAGAAAUGGAAAAAGAAGCAAGGACCAGGUUAAAAUUUAAAAUUUGGUGUGCGUAUAUAUCUUUUAUGUCACAGGCUAUGUCUAUUUAUAAUAUAUAUUUUGUAAAUAAGUAUAUUUAUUGAUUCACUCAUAAUAAGAGGGACCUGAAAUAUUACAAAGCUGUUCUCUACCACAGAAAGUAAUAAUCAUGAGUACUCUCUUUUAUCUGGGAAAUAAAGAUACAAGAGUUUCCCUUAAUGAAAUAACAAAUUGGACUAUAGAAUUGGUUAGAUUAUUUUAAAUCUUUUUUUAAGGAAUUAAAAGGAAAUAAUCAGAACUUUAUUUAUACUUUUAUAACUGUUUCAGAUUAUAAUUCCUGAAUUUCCAGUUUUCAUCCUUAUACACAGCUUUUUAUUAAUUACUAUUGUAAACUUCACCCUGAAUUUUAUUUCUCUUUGUAUUGGAGUUAUUCCAAGUCCAUUAAAAGUCUAAGCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1260.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1350.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 1555.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..(((((((((((.(((.((.((.....)).)).))).))))))).((((((.(((.................))).))).)))((((((((((...)))...))))))).((.((((..(((((.((.((((((((((((((((.((......))))))))))))))...))))))))))).)))).))........((.((((..(((((((....(((..(((.(((.((........)).)))))).)))(.((((((..((((.(.((((((((....(((.(((((......(((((((((((....))))...........)))).)))......))))).)))..(((((((...)))))))...((((...))))......(((((((((((.(((..(((((..(((((((.(((......(((((...............))))).((((((....(((((........)).))).))))))((((((((((.((((((((((..(((((((...(((((((((((((..(((((........((((..((......(((((.....))))).....))..))))(((.((.(((......))).)))))..........))))).))))))).)))))).(((((.((.........)))))))(((....((.(((((((((.((((((((((.....((((((.(((((((.((((((((((.(((.....((((((((.......(((((((((.......((((................))))..((.((((...(((...((((.((((((.(((...)))..)))))).))))...)))....)))).))...((((((((((....(((((((((.((...((..((((((..........))))))..))..((((....)))).(((((((((((((..((((((((((((..((((((((((......((((.((...))))))............)).))))).)))..))))).(((((((((((((...)))))))))))))(((((((...(((............((((((((((...........)))))))))).(((((((((((.((.(((.((((((((((((((.(((......)))......(((((....(((......))).....((((((..((((...(((((..(((........)))))))).....((((((........))))))))))..))))))((((((((((.(((....(((((((((.(((...........))).))))))))).((((....)))).))).))))))))))..))))).(((((((((.((((((...(((..((((((((....(((..((.((.(((.((((((((((((......))))))))))))(((((..((((((((((......)))))).))))....))))))))...)).))....))))))))))).)))....)))))))))))))))......((.(((((((((.((((..(((..((((....))))....(((........)))......(((.((.(((..((((((.((((..((((((..(((...(((..(........)..)))..))))))))).....(((.....((((.....))))....))))))))))))).....))).))))).)))..))))...)))))).((((..(((((((.((((..(((((((((...((((...((.....))))))....)))).....)).))))))))))))))..))))..))).)))))))))....)))))..))..)))..))..))))))....(((.((.((((.((((...((((((((((......(((.(((.........))).))).(((....(((.........((((....))))..)))....)))..)))..)))))))..)))).)))).)).)))......))))).))).))))))).............((((((........))))))))))))))))))))..((((..(((.(((......)))))).))))........(((((......((((((......((((((.......))))))....((((((((((((....((..((((((.....((((((((......(((((((.....((((((((.((((.(((((((((((...((((.((((..(.((((..(((((.(((((((((.........((((((....)))))).((((((.((((((((((..............((((......))))..((.(.((((..((((....))))..)))).))))))).)))...))).)))))).(((((.(((......))))))))....((((((((.(.((((((......(((((.(((((...(((.((..(((.(((((....))))).....(((((...)))))....((........))......(((((((.....))).))))((((((((.............))))))))....))).)))))...)))))....))))))))))).).)))).))))..))))))..)))..))))).((((((....)))))).((((.......))))........)))))..)))).))))....)))))))..))))......)))))))))))).....)))))))(((((....)))))........))))))))......))))))..)).....((((((....)))))).....(((((((((..((((((((((...(((....((((.(((((((((((((.(((...((((((.....)))))).))))))))..))))...))))...))))......))).....)))...))))))))))))))))...............))))))))))))...(((((..................))))))))))).............((((....))))...))))).))))))..)).)))))))))((((((.((((....((((...)))).....))))........))))))((((((((....))))))))........))))))).)))((((......)))).......((((.....((....)).....))))...))))))))).)))))))))))))))))..)))).)))))....(((((((((.(((...........))))))..))))))((((....))))((((((........))))))......((((((((......(((((..(((..((.((.((....)))).))..)))..)))))...((((.....))))..)))))))))).))))))))))))))))..((((((((.....)))))))).........))))))))).))......)))......)))))))))))))))))...((((((...(((((((((........))))))..)))...))))))..........))))))))))((((......))))..)))..)))))))...))))).)))...))))..)))))))....)))))))).).))))....))).))).)((((......)))))))))))..)))).))(((((............)))))..(((((((...((.((........))))...)))))))))))..)))................((((..(((....)))..)))).((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((((.((((...(((((((.........(((((...((((((......((((((((((((.(((((....)).))).))))...((((((((........))))).))).(((..(((((((....)))))))..)))..)))))))))))))).))))).((((((((((((..(((((((...)))))))................)))))))))))).......)))))))(((.((((((...(((((((((((((......((((..(((.........)))(((((........)))))....))))...((((((((.........))))))))(((((((.........)))).))).(((...)))(((((((((........)))))))))(((..(((....)))..))).((((.(((((((((((((..((((((....((((........))))...)))))).))).).)).)))))))))))..(((((((............)))))))..............((((.(((((......))))).))))..(((((.(((((....))))).)))))))))))))).))))...)))))).)))..(((((((((...))).))))))...........))))...)))))).....................((((....))))..........(((......))).....)))))))...)))).))))))))).))))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{(({,{((,(((((((.(((.((.((.....)).)).))).))))))).||((((,(((.............||,.))}.}})).||((((((({({...}}}.,.))))))}.((,((((..(((((.({{((((((((((((((((,({......)}))))))))))))...))))))))))).)))}.}}..,,},..,.,{{{,,,{(,{{{({,{{{{{..({{,,{({{(..{{,,,,|,.,,}},,,..,.,,.,((({(((({((((..(((,,....(((,((({(,,{,,.(((({{{.,||}}..))))}|......,,,}}}}||||,,....|}}|}.}}}..(((((((...)))))))...((((...))))..{{{{(,,,,(((({{.,{({..,,(((((,,(((({,,{.{((((((((((..,{{,,,{{.,{{((((,,{{{{{{....(((((........)).))),)))))},,|||,,,||,|{{{{{{{{,..,{{{{{,...(((((({(((((({.{{((..,,.,...((((,.{{.{,{{((((((,,,,,||,,,.....||..,,,,{{{.((.(((......))).)))}}....|..|,,..,,},)}))}||.|||}}}.{((((.((...,,,,|,|}||}}|,{{|||||..(((((((((.((((((((({....,(((((({(((((((,{((({{,{{{|(({.....,,{{{{{{...,,,.{{.,{{{{{.......,,((,,,,............||||,{(,...,{,,{,(({..((((,(((({(.(({.,,}|}..}})))}.||||,{,|((((((,,,...,..}}}}||{{({,....},,,((((((((((.(({{(((((....{{{.,{{||}}))}}}}..{{{{{{{{..|||||,{,.,,|||||{{({(({{{((({,..,,{|,,||||.....,||||}||,..},}))),,,........,))}))))}.,,|.})))))}|||{{{(((((((...)))))))))}}},|||||{{,..{|{||,,........((((((((((...........)))))))))).{({{{(((((({,,,(({{(((({,,{{||||{||||||||,{||,{{,{,{||.,,.|,}|||||,,.,.||.{{{{(({{{,.||{((.,.(((({.|{|{,.......}))})))).....((((((........)))))).|{(((((.|||((((((((((.(((....(((((((({.(((.,{.....,}.))).})))))))).((((....)))).))).)))))))))).,.,{{..{((((((((.((((((.,,(((..((((((({...,(((..((.((.(({.((((((((((((......)))))))))))){((((..((((((((((......)))))).))))....)))))}}),..)),)}....))))))))))).))).,,.)))))))))))))))}}}}..}))}}}((((((.((((..(((..((((....))))....(((........)))......(((.((.(((..((((((.((((..(((((({,(((...(({..{........)..))}..))))))))).....{{(.....((((.....))))....))})))))))))).....))).))))).)))..))))...)))))).((((..(((((({{((((.{(((((((((,..{{{(,..((.....))}}))....)))}....,)).))))))))))))))..))))}}}}}}|||||||,||||,,,,.}}}||{,.((((((((((((((.........)).))))}}))))))),,||{(({...|}}|||.|||,,.......}})|}}|,,||..,||,|||||}},..{|||},,{|||||,||,....|||{{{{{,{{|||||}{,||,|{|||||||{{,|.,{{{{|{|||,|||{||||||,......}|||...((((((........))))))...}}|||.|||||||{|||,.|||,(((......}}}}}}.|||}...,|,,{(((({.{,...,(((((,,,{,{{((((((({,,..|,|||,.,{{,{{{{({{{{,,...,||||{{{{{{,...{((,.{{||}..{{(((((({......,,{{.{({((((,,,,,.,,}}}|,...,,..((((((.,..(((((((,{,..((((({((({((({.,,((((((....)))))).,}))}|.,,{{((((({..............((((......)))).,((,|.((((,,{{{{....)))),.)))).}},)))))}.}..}))),}))))}.(((((.(((......))))))))...))))))}||}|}|,,,.........((((((...,.(((......}}}..))))))...}}},},....(((((...}))))....||}}}},...,,......{((((({.....))).)))}{(((((((.............))))))))...)))))))}}..,,}))))))},.})))))))))))}.))))})))))})))),})))),,))}))}|||||{....}}}},..,|||}}..}}.}}}|,...,{|{|},,}.}))}}}))})))},}}||}}||||},|||,.,,))),}}.}}}.)},.}}})}},.,(({{{,||.}}))}.,,)}|}}})),}},,}}},.,.,||||(((((((((.,.(((..{.(((((((,{.,(((((((((..{((({((((({{(((,,{{{{,...({{{((({(((((.(((...((((((.....)))))).))))))))..})))...}))),|,||||........))},..|},...}},}}},,,,}}}})}.}}|,...||...}})))))))}.,,}}..}}},}..,,....,)).,,,,..}.)))))))}.))).))))))))}||||....}}}},..,||||.,,,,{{{.,|||,}))}||{((((((.,(({{...((,.....,,,...,,,,}),.......))))))|(((((((....))))))),........,,,,,......((((......)))).......{{{{.....,({{{{||{{{{,,,,,.}})))))))))},))))}))))})))}}}.{{{{.{{||||...((((((({((.(((.........,.))))))..))))))).|}}}}},)))}.|||,...,.|||||,||..,||..||,||||},.}}..|||||,.|||,.|},|{,(({||.||,},,,.})},}})))}}||.((((.....)))).}},,))),))).))))))))))))))))..((((((((.....)))))))).........)))))))))....,,,..,,},,,,..}))))}||||||}}}||...,,{((((({,,,||||||}|},}}},)},))},,)}}...},||||,....}}}},})))))))))||||......})))..})},,})))},)},|}}||,||||,,,,},}||},})}},.,},)),,)))).)))))))...))))))},}}|||.,...,,))))))))))),}))))),.}}}}}....,,,.,,||))))..}}|}|||}..}))).)}}}))))|||,.,,{||||||||||..|||{|..,{{{{,.,,,,,....}}}||,,.{{{{{{,|||{((,((((,,...,||}|,,,{{{{|.,((((,{{,{,,,{,||||}..||,||(({{{......,|}}|}(((((.((((({{{....}}}.))))}.})))}......,,,,|||{,..((((((({.....,,,}}}}},))),,,,,.||||{||...,|||||||||||||}}.,,,,|}}}}}))|}}}},.{((((((((((({,(((((((...))))))).}}.............))))))))))))|{||.,,}))})}},,,((((((((.....)))))))).,.......}})))|,||||.....,))){((((........)))))..,.,)))}))((((((((.........})))))))(((((((.........)))).)))}|||.}|}},(((((((((........))))))))).{{{|,{{{{{{,,|{{,,..{{{{.(((((((((((((..((((((....((((........))))...)))))).))).).)).)))))))})}}..|||{|||,,,..,,,..,,)))))))...,|||,,,....{{((.{((((......))))}.}}}}.,{{{{{,{{{{{....}}|||,}}},,(((({((((((.((({.,{{|,,{,,....,)))}..),}}}.))))))..}))))....,}))))))})).}))}},..,,}}))},,,,.....{(((....)))}..||||,,,)}}},}},.,})))})}})),||||{.,|.,}}})),)))},.,,,,},...,,}...
Back