Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376023.1
Sequence Length
4546 nt
GC Content
0.4026
GUCAGUGCAGGUGGAGGCCCCGGCGGGGCAAAGUGGCAGGAACCUCUUAAAGGGCGAGAGCGGCGCGGAGCCAGAACGCGGUCGGCCCGGUCCCCGCCGCACCCAGCCCAGAGAAGAGUUUAGUGACUGAGGCCGAAAAUUCACAGCACCAACAGAAGGAAGAGGGUGAGGAAGCCAUAAACUCAGGCCAACAAGAACCUCAGCAGGAGGAAUCUUGUCAAACAGCAGCUGAAGGAGAUAAUUGGUGUGAACAGAAGCUGAAAGCUUCUAAUGGAGACACUCCUACACAUGAAGACUUGACCAAGAACAAGGAGCGGACAUCAGAAAGCAGAGGACUUUCACGACUAUUCUCCUCGUUUCUCAAAAGGCCCAAAUCUCAGGUGUCCGAGGAAGAAGGCAAAGAAGUAGAGUCAGAUAAAGAAAAAGGUGAAGGAGGUCAGAAAGAGAUAGAAUUUGGAACCAGUCUUGAUGAAGAGAUCAUUUUAAAGGCCCCAAUUGCAGCUCCUGAACCGGAACUCAAAACAGACCCAUCUUUGGAUCUUCAUUCAUUAAGCAGUGCAGAAACACAGCCUGCUCAGGAAGAACUCAGAGAAGAUCCAGAUUUUGAAAUUAAGGAAGGAGAAGGACUUGAAGAGUGCUCCAAAAUAGAAGUAAAAGAAGAAAGCCCUCAAUCAAAAGCAGAAACAGAAUUAAAAGCUUCCCAAAAACCAAUCAGAAAACACAGGAACAUGCACUGCAAGGUUUCUUUGUUGGAUGACACAGUUUAUGAAUGUGUUGUGGAGAAACAUGCUAAGGGACAAGAUUUGCUUAAACGAGUAUGUGAGCAUCUCAAUCUUUUGGAAGAAGACUAUUUUGGUCUAGCCAUUUGGGAUAACGCAACCUCUAAGACAUGGCUGGAUUCCGCCAAAGAAAUAAAAAAGCAGGUUCGUGGUGUCCCUUGGAAUUUUACAUUUAAUGUAAAGUUUUAUCCACCUGACCCAGCACAGUUAACAGAAGACAUAACAAGAUAUUAUUUAUGUCUUCAGCUUCGGCAGGACAUAGUUGCAGGACGUCUGCCCUGUUCCUUUGCAACCUUAGCAUUAUUAGGUUCUUACACCAUCCAGUCUGAACUGGGAGACUACGACCCAGAACUCCAUGGCGUGGAUUAUGUUAGUGAUUUUAAACUGGCCCCGAAUCAGACCAAGGAACUUGAAGAGAAGGUCAUGGAACUGCAUAAGUCAUACAGGUCCAUGACUCCAGCUCAGGCUGACUUGGAGUUUCUUGAGAAUGCCAAAAAGUUGUCUAUGUAUGGAGUUGAUCUUCAUAAAGCAAAGGACUUGGAAGGAGUAGAUAUCAUCCUAGGUGUCUGCUCUAGUGGCCUUCUGGUUUACAAAGAUAAGCUGAGAAUUAACCGCUUCCCUUGGCCCAAAGUGCUGAAGAUUUCUUAUAAACGUAGUAGCUUUUUCAUCAAGAUUCGGCCUGGAGAGCAAGAGCAGUAUGAAAGUACCAUCGGAUUCAAACUUCCCAGUUACCGAGCAGCUAAGAAAUUAUGGAAAGUCUGUGUAGAACAUCACACGUUUUUCAGAUUGACAUCUACAGACACCAUUCCCAAAAGCAAAUUUCUUGCGCUAGGAUCCAAAUUUCGAUACAGUGGCCGGACUCAAGCUCAGACCAGGCAAGCUAGUGCUCUAAUUGACAGGCCUGCCCCACACUUCGAGCGUACAGCAAGUAAACGGGCGUCCCGGAGCCUCGAUGGAGCAGCAGCUGUCGAUUCGGCAGACCGAAGUCCUCGGCCCACUUCUGCACCUGCCAUUACUCAGGGUCAGGUUGCAGAAGGUGGCGUCCUAGAUGCCUCUGCUAAAAAAACAGUGGUCCCUAAAGCACAGAAGGAAACAGUGAAGGCUGAAGUGAAAAAGGAAGACGAGCCACCUGAGCAAGCUGAGCCAGAGCCCACAGAAGCAUGGAAGGUGGAAAAAACCCACAUCGAGGUGACAGUACCCACCUCAAAUGGUGACCAAACACAGAAGCUUGCAGAAAAAACUGAAGAUCUGAUAAGAAUGAGGAAGAAAAAGAGAGAAAGACUAGAUGGUGAAAACAUUUAUAUCAGACAUAGCAAUUUAAUGUUGGAGGAUUUAGACAAGAGUCAAGAGGAGAUCAAAAAACAUCAUGCCAGCAUCAGUGAGCUGAAAAAGAACUUCAUGGAGUCUGUACCAGAACCACGGCCUAGUGAAUGGGAUAAACGCUUAUCCACUCACUCACCCUUCCGAACUCUUAACAUCAAUGGGCAAAUCCCCACAGGAGAAGGAGUGAAGAAAACUUCUGUCCUACCCUCGGAAAGAAAGGUUGGUGGGCCAGAGACACAGGAACGUGCUCUGUUAGUACAGGAUGAAGAGAAAAUUAAAAGGCAAGAAAGAUCUACUGAAAGAGCCUUGCCCCAGCAAGAAAAUGAAGAAAUUCUUCCCAAGGUUUCUAUUCCAAUCCCUGAGGAUCACAAGUCUCUCAAAAAGUGCCACCUCUACUUUAGUACUUUUCCAUCUCCUCGUAUUCCUUUCAUGAUGUCUUUUCUCGUGAUCCUUGUGUUGGCUGUUUGGUGGUUGGUCUUUCUGUGAUCAGAAAACAGGGUGCUCAUCUGAAAUGUCAAGACCAUUGAACUUCUGUCCUUGGCUUCAACUGUGUUAUUGCUGUAUGAUGCCCUCUGAUCUUGAUAGUUCACUAUCCUAGGGGAGCUCUUGUGAUCAUUUUUCUGUCAAAUGUUACUCUUUGUAGAGUAUGUAUUGUGGGGUACAAAGGAGUAGCAAUGGACUGCCCAAAGCCAGCUUUUCUGCAUUGAAGUUUAACAAAUUUAAACAAAUCAGAAUUAAGCAUAUGGCAGGUUGGUAAUCUUCCCAAAAGCUUUAACUCUUUUAUCCUGCAUGUUUACUGUUUACUAUUGUUAUGUCUUCCUAUCCAAUAUCUCACACAAACCAGGAUACUCUCUAGAUACAUUUGAUGGAAUAUUUUCCUAAUCCUCUAUAGUCAUUUGUUUGGCAUGGGCUUCAUAGUUUAAGAAAAAAUUUCAACUCGCUAACCUUUCAGAAGCCUUAAAAUGAUAACGUUUUAAUCUACAAAUCCAUAACCACUCCUUUUCUUAGGAUAUCAAACCAGUAUAAACAAAAGUCUUUUCUGGAAAAGGGCUUUUGACUUCUGUGGCCUUUUUAUGAGUAUUUCUGAGCUGUACAGGGACAGACAACUUUUUCCUGCCUGGUGUAUAGAAGAGAUCUUCAAAGAUUAAAUGCCAUCUUUUCACAAGUAGAGUGUUGAUAUGGUUUAAGGAAAAUGGUGCUGGUGCCCCUUAGCCUCCAGCCAGGACUGAAAUUCUCAGACUACUCUACCUAUCCUUAAAAGUCUGGAACACAGAUUUACUCAAGAUCUGUACAUAAACCCUUCUCUGAAUUAAGAUACUGUGUUACUUCUUUAUGGCUUUACUAAUUAUAUUGCUAGCAGCAAUAGUUAGCCAUUGCUAAGCUUAAAAUAUAUAUUGAUAUACUUUGUUUUCCUGAUAUACUUCAGACCUGUUUGUUCGUGUACUUGUGUUGAAAUCAAUUGUUUUUAAUCAAUGGCUUUGUGACCUCAAGUUCACUUGUGACAAGUAUGUGUCCUCUGUUUGCAUGUUGACUUCUAAGACUUACCUGAAGUAAAUGUGGGCACUCUCUCUCUCUUCAGGACAACUCACAUGCCUAACCUGUUAUUUUUUACCUCAAUAUUGAAGAAACCUUGCAUGUAGCUUGCUUUUUAUGGCACUUGAAUGUACCAAUAUGGAUGAUUUGGUUAAUGUCUCAAAUAUUUGUUUUGAAAUCUGAGUUUAUAGGGUUAUCAAACUAAGAUUAUUAUACUUUGUUUUACUUCUCAAUGCUUUUCAGUUGAUGAAACUUCUAAACAAGACUUUUUGUUUUUGAGAAGAUGGCCUCUUAGAGCAAAAAAAGAGAACAGUAAAGACAAGAAUCUUUUGUCCUUCAACAUCUACCAAUAUUGUUCUCUUGUCUCUGGAGACAUGUAGAAAUAAUUAUCUGUUAUUUCCUGAAAACUGCUACGCUGUCAUUAUAGGCUUUCCCAAGAAAUGGAAAAAGAAGCAAGGACCAGGUUAAAAUUUAAAAUUUGGUGUGCGUAUAUAUCUUUUAUGUCACAGGCUAUGUCUAUUUAUAAUAUAUAUUUUGUAAAUAAGUAUAUUUAUUGAUUCACUCAUAAUAAGAGGGACCUGAAAUAUUACAAAGCUGUUCUCUACCACAGAAAGUAAUAAUCAUGAGUACUCUCUUUUAUCUGGGAAAUAAAGAUACAAGAGUUUCCCUUAAUGAAAUAACAAAUUGGACUAUAGAAUUGGUUAGAUUAUUUUAAAUCUUUUUUUAAGGAAUUAAAAGGAAAUAAUCAGAACUUUAUUUAUACUUUUAUAACUGUUUCAGAUUAUAAUUCCUGAAUUUCCAGUUUUCAUCCUUAUACACAGCUUUUUAUUAAUUACUAUUGUAAACUUCACCCUGAAUUUUAUUUCUCUUUGUAUUGGAGUUAUUCCAAGUCCAUUAAAAGUCUAAGCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1204.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1293.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 1448.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((....((((((((((((...))))).(((.((......)).)))...((((....((((((.((.(((.(..((....))..).))).)))))))).....))))...((((((((..(((..(((((..(((((((.................((((((((.((((..(((......(((.(((((......(((((((((((....))))...........)))).)))......))))).)))..(((((((...)))))))...((((...))))..(((((....((((.(..(((....(((((..(((((....(((((((((((..((((((......((((((..........(((((........)).))))))))).((((((((((.((((((((((..(((((((...(((((((((((((..(((((........((((..((......(((((.....))))).....))..))))(((.((.(((......))).)))))..........))))).))))))).)))))).(((((.((.........)))))))(((....((.(((((((((.((((((((((.....((((((.(((((((.((((((((((.(((.....((((((((.......(((((((((.......((((................))))..((.((((...(((...((((.((((((.(((...)))..)))))).))))...)))....)))).))...((((((((((....(((((((((.((...((..((((((..........))))))..))..((((....)))).(((((((((((((..((((((((((((..((((((((((......((((.((...))))))............)).))))).)))..))))).(((((((((((((...)))))))))))))(((((((...(((............((((((((((...........)))))))))).(((((((((((.((.(((.((((((((((((((.(((......)))......(((((....(((......))).....((((((..((((...(((((..(((........)))))))).....((((((........))))))))))..))))))((((((((((.(((....(((((((((.(((...........))).))))))))).((((....)))).))).))))))))))..))))).(((((((((.((((((...(((..((((((((....(((..((.((.(((.((((((((((((......))))))))))))(((((..((((((((((......)))))).))))....))))))))...)).))....))))))))))).)))....)))))))))))))))......((.(((((((((.((((..(((..((((....))))....(((........)))......(((.((.(((..((((((.((((..((((((..(((...(((..(........)..)))..))))))))).....(((.....((((.....))))....))))))))))))).....))).))))).)))..))))...)))))).((((..(((((((.((((..(((((((((...((((...((.....))))))....)))).....)).))))))))))))))..))))..))).)))))))))....)))))..))..)))..))..))))))....(((.((.((((.((((...((((((((((......(((.(((.........))).))).(((....(((.........((((....))))..)))....)))..)))..)))))))..)))).)))).)).)))......))))).))).))))))).............((((((........))))))))))))))))))))..((((..(((.(((......)))))).))))........(((((......((((((......((((((.......))))))....((((((((((((....((..((((((.....((((((((......(((((((.....((((((((.((((.(((((((((((...((((.((((..(.((((..(((((.(((((((((.........((((((....)))))).((((((.((((((((((..............((((......))))..((.(.((((..((((....))))..)))).))))))).)))...))).)))))).(((((.(((......))))))))....((((((((.(.((((((......(((((.(((((...(((.((..(((.(((((....))))).....(((((...)))))....((........))......(((((((.....))).))))((((((((.............))))))))....))).)))))...)))))....))))))))))).).)))).))))..))))))..)))..))))).((((((....)))))).((((.......))))........)))))..)))).))))....)))))))..))))......)))))))))))).....)))))))(((((....)))))........))))))))......))))))..)).....((((((....)))))).....(((((((((..((((((((((...(((....((((.(((((((((((((.(((...((((((.....)))))).))))))))..))))...))))...))))......))).....)))...))))))))))))))))...............))))))))))))...(((((..................))))))))))).............((((....))))...))))).))))))..)).)))))))))((((((.((((....((((...)))).....))))........))))))((((((((....))))))))........))))))).)))((((......)))).......((((.....((....)).....))))...))))))))).)))))))))))))))))..)))).)))))....(((((((((.(((...........))))))..))))))((((....))))((((((........))))))......((((((((......(((((..(((..((.((.((....)))).))..)))..)))))...((((.....))))..)))))))))).))))))))))))))))..((((((((.....)))))))).........))))))))).))......)))......)))))))))))))))))...((((((...(((((((((........))))))..)))...))))))..........))))))))))((((......))))............(((.(((((.(((.(((.(.((((........)))).).)))..)))..))))).))))))))).........)))))))))))..)))))..)))))....)))...).))))..))))))))..)))).)))))))).(((.(((((((((((((..((((((.((((((.((......(((..((((((((((((((((((((((((....(((....((((..(((((..........)))))..)).))(((((.......)))))(((((.((((((((....))).))))).)))))................((((((((....(((((.....))))).....(((((((....)))))))))))))))...)))....)))))))...((((((((((((..(((((((...)))))))................))))))))))))((((....)))).....((((((((.....)))))))).........)))))).)).))....))).)))).))).....)))))))).))).)))((((((((.........))))))))(((((((.........)))).))))))).)))).(((((((((........))))))))).((((.((((((..((((...((((.(((((((((((((..((((((....((((........))))...)))))).))).).)).))))))))))).)))).)))))).))))..))))))))....................(((((......)))))(((((......)))))........((((.....(((((((((((.(((...((.(((((....))))).)).))).))))))..)))))....)))))))))))..)))))..))))))))))).....((((....)))).)))))))))))...........((((....((((.((.....)).))))...))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((,...(((((...))))),((((((((((,,.(((((...((((..{.((((((.((.(((.(..{(....)),,).))),)})))))).,...))))....))))),|,.(((.{((,((........}}.}}))}}.........((((((((.((((..(((......(((.(((((..,...(((((((.{||,,..}))}||....,.,,.)))),,))......})))).)))..(((((((...)))))))...((((...))))..(((((....((((.{..(((....(((((..(((((..,.{((((((((((..,{{{{{{{.,{{((((,,{{{{{{....(((((........)).))),)))))},,|||,,,||,|||||||||,..,,,,,,...,((((((,(((((((.((((..,,.,,..((((,.{{.{,((((((((,{{,{||,,,.....||..,,,.{((.((.(((......))).)))}}....|.,|,...,,},)}))}||.|||}}},||(((,((,..,,,,{,|}|||}|{{{||||{..(((((((((.((((((((({....,(((((({(((((((,(((({{,{{{|(((.....,,{{{{{{...,,,.{{.,{{{{|.......,,((,,,,............||||,{(,...,{,,{,(({..((((,((((((.(({...)}}..}))))}.|}||,{,|((((((,,,...,..}|}|||{{({,....},,,((((((((((.(({{(((((....{{{.,{{||}}))}}}}..{{{{{{{{..|||||,{,.,,||||{{{({(({{{((({,..,,|,,,||||.....,||||}||,..},}))),,,........,))}))))}.,,,.})))))}|||{{{(((((((...))))))))))}},|||||{{,..||{||,,........((((((((((...........)))))))))).{{{{{(((((({,,,(({{(((({,,{|||||{||||||||,{||,{{,{,{||,,,.|,}|}||||,.,.||.{{{,(({{{,.|{(((.,.(((({.|{|{,.......}))})))).....((((((........)))))).|{(((((.|||((((((((((.(((....(((((((({.(((.,{.....,}.))).})))))))).((((....)))).))).)))))))))).,.,{{..{((((((((.((((((.,,(((..((((((({...,(((..((.((.(({.((((((((((((......)))))))))))){((((..((((((((((......)))))).))))....)))))}}),..)),)}....))))))))))).))).,,.)))))))))))))))}}}}..}))}}}((((((.((((..(((..((((....))))....(((........)))......(((.((.(((..((((((.((((..(((((({,(((...(({..{........)..))}..))))))))).....{{(.....((((.....))))....))})))))))))).....))).))))).)))..))))...)))))).((((..(((((({{((((.{(((((((((,..{{((,..((.....))}}))....)))}....,)).))))))))))))))..))))}}}}}}|||||||,||||,,},.}}}||{,.((((((((((((((.........)).))))}}))))))),,||{(({...}}}|||.|||,,.......}})|}}|,,||..,|{,|||,|}},..{|||},,{|||||,||,....|||{{{{{,{{{{{||,|,||||{|||{|||{{,|.,{{{{{{|||,{||{||||||,......}|||...((((((........))))))...}}|||.|||||||{|||,.{{{,(((......}}}}}}.|||}...,|,,{(((({.{,...,(((((,,,{,{((((((({{,,..|,|||,.,{{,{{{{({{{{,,...,||||{{{{{{,...{((,.{{|||..{{(((((({,.....,,{{.{({((((,,,,,.{,}|||,...,,..((((((.,..(((((((,{,..((((((((({((({.,,((((((....)))))).,}))}|.,,{{((((({..............((((......)))).,((,|.((((,,{{{{....)))),.)))).}},)))))}.}..}))),}))))}.(((((.(((......))))))))...))))))}||}|}|,,,.........((((((...,.(((......}}}..))))))...}}},}.....(((((...}))))....||}}}},...,,......{((((({.....))).)))}{(((((((.............))))))))...)))))))}}..,,}))))))},.})))))))))))}.))))})))))))))),})))),,))}))}|||||{....}}}},..,|||}}..}}.}}}|,...,{|{|},}}.}))}}}))})))},}}||}}|||}},|||,.,,))),}}.}}}.)},.}}))}},.,(({{{,||.})))}.,,)}|}}})),}},,}}},.,.,||||(((((((((.,.(((..{.(((((((,{.,(((((((((..{((({((((({{(((,,{{{{,...({{{((({(((((.(((...((((((.....)))))).))))))))..})))...}))),|,||||........))},..|},...}},}}},,,,}}}})}.}}|,...||...}})))))))},,}}}..}}},}..,,....,)).,,,...}.)))))))}.))).))))))))}||||....}}}},..}||||.,,.,{{{.,|||,)))}||{((((((.,(({{...((,.....,,,...,,,,}),.......))))))|(((((((....))))))),........,,,,,......((((......)))).......,{{{.....,({{{{||{{{{,,,,,.}})))))))))},))))}))))})))}}}.{{{{.{{||||...((((((((((.(((.........,.))))))..))))))).}}}}}},)))}.|||,...,.|||||,||..,||..||,||||},.}}..|||||,.|||,.||,{{,(({{{.||,},,,.})},}})))}}||.((((.....)))).}},,))),))).))))))))))))))))..((((((((.....)))))))).........)))))))))....,,,...,},,},..}}}}},||||||,,|||,....{((((({...})))))}}},}}},)}.)}},,)},...,,||||{....}}}},,}))))))))||||......})))..}}},,}))),,}|}|||||,{||{,,,.|,||||,}}},,,,),))..}))).)))))}),,,)})))}},})}}},,,..,,))))))))))),.)))))..)))))....))}...}.))))..))))))))..)))).))))))))(((.((.......)))))..))))))))))),..,}|{,....})}.,..}})}}))))...((((((((((.((((.(((((((((..(((((((((({((.{(((...,,,{{(({{{.......|}}||(((((.((((({{{,,..}}}.})))}.})))}......||{{{{{{,..((((((({.......,}}}}},))),,.,,.|||||||..,,|||||||||||||}},,,.,|||}}||||}}}},,(((((((((((({,(((((((...))))))).}}.............))))))))))))|,||,||}))|}||{(({(((((({..,,,||||||||,,.......{||,,|,||||...,.,)))(((((........))))}..},}))},}}((((((((.........))))))))(((((((.,.......)))).)))|{{{,.,|}}(((((((((........))))))))),{{|,,{{{{{{||,....,.{{{{.(((((((((((((..((((((....((((........))))...)))))).))).).)).)))))))}}}}..(((((((............)))))))..,,|||,,.....{(((.(((((......))))}.}}}}..{((((.{{{{{....))))}.}}}}}|||||||||{|,||{,.||||||,|},...,}}||.,|,}}},)}))))..,}})),,,.,,)))),,,)))))).........,,,,........{{{{....)))}..{{{|...})}}.,,,,.,,,..,,,)))))))...)))),,)))))))).)))))}..))))...
Back