Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377193.1
Sequence Length
2615 nt
GC Content
0.5916
GGGAGAGUCUGCAGGGGCAGCCCCUGGGUGAGCAGGCCCAGUGCGGCCUCUCCCUGAAGGGACUUUCGGGCCCUCCCGGGUCGGGGCUUCACCGGUAGCAGGCAGGGCUUUGAUAUUAAUGCUUAAAGGGAAAGCAGAGCUGAGCUGUCAGGACGUUGGUUAGCUACAAACCCUACUCUUGUUAAAAGAGAAAUGGGGUCGGGGAAGGGGUUCUCCAGCCCUGAACUUCCCGGGCCGGGCAGGACGCGGUCCCUCCAGGAGUCGGGGCUCCCCCGCCUGGGGACGCACUGGGGCAGGCGCGCUUCUCCUCUCGGGGUCCCAUGUGCCGCCGGCUCUCGGACGUAAGACUUUGACCCCGACGCAGGCUUCAGUGAUUGCCGCGGAUCAGAAGCCUGAGCACUUUGGCUCGAGACAAUUAAGGACGUGGGAUGAGGCUCCGAGACAGGACGCGGUUCUGCCUGGGGAUCCUGAAGAUAAAAAGCUUUGAAAAGUCGAAUUCAUGGUCGUGGAAGCUGAGCCCAUAUUAAGAGAUGUCAGGCGUCCGACCUCCGAUCAUGAACGGGCCCCUGCACCCGCGGCCCCUGGUGGCAUUGCUGGAUGGCCGGGACUGCACAGUGGAGAUGCCCAUCCUGAAGGACGUGGCCACUGUGGCCUUCUGCGACGCGCAGUCCACGCAGGAGAUCCAUGAGAAGGUCCUGAACGAGGCUGUGGGGGCCCUGAUGUACCACACCAUCACUCUCACCAGGGAGGACCUGGAGAAGUUCAAAGCCCUCCGCAUCAUCGUCCGGAUUGGCAGUGGUUUUGACAACAUCGACAUCAAGUCGGCCGGGGAUUUAGGCAUUGCCGUCUGCAACGUGCCCGCGGCGUCUGUGGAGGAGACGGCCGACUCGACGCUGUGCCACAUCCUGAACCUGUACCGGCGGGCCACCUGGCUGCACCAGGCGCUGCGGGAGGGCACACGAGUCCAGAGCGUCGAGCAGAUCCGCGAGGUGGCGUCCGGCGCUGCCAGGAUCCGCGGGGAGACCUUGGGCAUCAUCGGACUUGGUCGCGUGGGGCAGGCAGUGGCGCUGCGGGCCAAGGCCUUCGGCUUCAACGUGCUCUUCUACGACCCUUACUUGUCGGAUGGCGUGGAGCGGGCGCUGGGGCUGCAGCGUGUCAGCACCCUGCAGGACCUGCUCUUCCACAGCGACUGCGUGACCCUGCACUGCGGCCUCAACGAGCACAACCACCACCUCAUCAACGACUUCACCGUCAAGCAGAUGAGACAAGGGGCCUUCCUGGUGAACACAGCCCGGGGUGGCCUGGUGGAUGAGAAGGCGCUGGCCCAGGCCCUGAAGGAGGGCCGGAUCCGCGGCGCGGCCCUGGAUGUGCACGAGUCGGAACCCUUCAGCUUUAGCCAGGGCCCUCUGAAGGAUGCACCCAACCUCAUCUGCACCCCCCAUGCUGCAUGGUACAGCGAGCAGGCAUCCAUCGAGAUGCGAGAGGAGGCGGCACGGGAGAUCCGCAGAGCCAUCACAGGCCGGAUCCCAGACAGCCUGAAGAACUGUGUCAACAAGGACCAUCUGACAGCCGCCACCCACUGGGCCAGCAUGGACCCCGCCGUCGUGCACCCUGAGCUCAAUGGGGCUGCCUAUAGGUACCCUCCGGGCGUGGUGGGCGUGGCCCCCACUGGCAUCCCAGCUGCUGUGGAAGGUAUCGUCCCCAGCGCCAUGUCCCUGUCCCACGGCCUGCCCCCUGUGGCCCACCCGCCCCACGCCCCUUCUCCUGGCCAAACCGUCAAGCCCGAGGCGGAUAGAGACCACGCCAGUGACCAGUUGUAGCCCGGGAGGAGCUCUCCAGCCUCGGCGCCUGGGCAGAGGGCCCGGAAACCCUCGGACCAGAGUGUGUGGAGGAGGCAUCUGUGUGGUGGCCCUGGCACUGCAGAGACUGGUCCGGGCUGUCAGGAGGCGGGAGGGGGCAGCGCUGGGCCUCGUGUCGCUUGUCGUCGUCCGUCCUGUGGGCGCUCUGCCCUGUGUCCUUCGCGUUCCUCGUUAAGCAGAAGAAGUCAGUAGUUAUUCUCCCAUGAACGUUCUUGUCUGUGUACAGUUUUUAGAACAUUACAAAGGAUCUGUUUGCUUAGCUGUCAACAAAAAGAAAACCUGAAGGAGCAUUUGGAAGUCAAUUUGAGGUUUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUGUAUGUUGGAACGUGCCCCAGAAUGAGGCAGUUGGCAAACUUCUCAGGACAAUGAAUCCUUCCCGUUUUUCUUUUUAUGCCACACAGUGCAUUGUUUUUUCUACCUGCUUGUCUUAUUUUUAGAAUAAUUUAGAAAAACAAAACAAAGGCUGUUUUUCCUAAUUUUGGCAUGAACCCCCCCUUGUUCCAAAUGAAGACGGCAUCACGAAGCAGCUCCAAAAGGAAAAGCUUGGGCGGUGCCCAGCGUGCCCGCUGCCCAUCGACGUCUGUCCUGGGGACGUGGAGGGUGGCAGCGUCCCCGCCUGCACCAGUGCCGUCCUGCUGAUGUGGUAGGCUAGCAAUAUUUUGGUUAAAAUCAUGUUUGUGACUGUAACCAUUUGUAUGAAUUAUUUUAAAGAAAUAAAAAUCCUGGAAAGAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1068.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1116.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 750.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((((((....)))((((((......))))))))))).)))))))....((((((.((..((((.((((((((((((((......(((((((.(((.(.(((((((.....((((............)))).....))))))).).))).)).)))))..(((((((((((.....)))))...)))))).((((((....))))))))))))))....))))))..))))..))...))))))((((((((.(((((...))))).))((((((((.((.(((((((..(((.(((..((((((((((((((((.((......(((((..(((..(.........)..)))((((((((..(((((......)))))))))))))(((......)))))))).......))))))))).....)))))))))..))).)))..))))))).))....((((((((((.((((...((((((.(((.((((((((((.((..(....(((.(((((....)))))..)))...)..))..)))))))))).(((((...((....)))))))((((((((((....(((.((.(((((..((((((.((((((((((((...((.(((((.(((((...)))))....((((((((((((((...(((((...((.......)))))))...).)))))).(((((((.((((........))))(((.((.(((((.....))))).)))))(((((((((((((.(((........)))))).)).)))))))).....(((((.....)))))(((.((((((.((((.(((((..(((....(((((((((.((((((......((((..(((((((....((((((.(.(((((..((((...((((.((....)).))))...)))).....))))))))))))))))))..)..))))..))))))))))).)))))))..))))).)))).)))))).)))...((((..(..(......)..)..)))).(((((((((((..(((((((((.((((..(((((...)))))....(((((((((((((.((.((........)).))))))))).)))))).((..((((((.(((....))).))))))..))(((.(((((((((((.((((((((..((((...))))..)).)))..(((..(((((((((((((...(((......))).....)))))).....(((((.((((((.(.......))))))).)))))((((.((((...((((((((((((((((((.....))))))(.((((.(((.(.((((((((....((..(((........)))..)).....))))))))).)))..)))).)......((((..((((.((..(((((...)))))....).).))))(((((......)))))..)))).((((((...((.((((((....(((......)))))))))))..((((.........))))((((............)))).))))))......)))))))))..((...))))).)))).))))....((((...((((.((((....))))))))..)))))))))))..)))(((......)))....))).))))))))))))))..)))).)))))))))...)))))))))))(((((((((((((((..(....)..))))..(((.(((((((((..........((((((.((((...........))))...((((((((((((.(((((.(((....)))..((((.((((((((...(((((........)))))...))))...)))).)))).(.((((.....)))).))))))..)))))...)))))))))))))))))))))).)))))))))))).)).)))))))))))))).......))))).))..))))))).))).))))))))....((((((((.(((...((((((((((.(((((((.....(((..((((.(((((...(((....))).....))))).)).))..))).......)))..)))).)((((((((((((((((.(((..((........))...))).))).))))))))))))).....))))))))))))..)))))))).........((((.((((....))))))))((((.......))))))))).)).)))....))))))).)))....))).)))))).....))))...))))))))))...((((..((((((((..........))))))))..))))..((((((........(((..........)))..((((((.(.((((...(((....)))...)))).)..))))))...)))))).(((((((.((.((((((.......)))))).))))))))).))))))))((((((((((((........))))..)).)))))).....((((..((((((...((((....))))...))))))...))))...(((((((...)))))))....))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.((((((((....)))((((((......))))))))))).)))))))...,(({.,(((({(((((({((({(((((((({.,,{.(({,(({{{(,(((({,{{{{..,..((((({,.{{{{|,||,{((((((.,..}}}}{{.{{{|{,,||||....{((((((((((.....)))))...)))))}{((((,.{{,..,,))).,)))))..(((((((((((((((..(({{,(((....(((((((..(((((,{(((,....)))),.,,,..((((((((((((.{(((..((((((((((((((((.((.,,,{.{{{((|.||,......,,},..}}}}.,{(((((((..(((((......))))))))))))|(((......)))))}},.......)))))))))}....})))))))).})))}))((,{((.((((.((((((((...........,|{(((...{{{{{.{(((((((((.((..{,.{{(((.(((((....)))))..))).}}},.}}..)))))))))}.((((((((((({(({(((((,((((({....,||}}}..}}}||((({{{((((((((..(((.((........)).)))..))))))))||{{{{{{{{|{..,}}))),.,}|||||}..{,.......}))))}}..}).)).))))))))))){((((........))))},{,({.(((((.....))))),)).|,{((((((((((((.{{{..,.....)))))).)).)))))))).....))))}.}}}|((((((((....(((.,(((.((((((..(({...}))..)))))),,)}}.}}}....))))))))|((((((({(({{.{.(({((..((({..,{,{{|{{,,.,||||}},..})))).,}},))))})))}})}.,,,,.,,.}))))))}{{{{..{{{,{,,{,,,},}}))),,)))))))))))).)))).))))).,{{,{,.,,..,|,,.,}})}.(((((((((((..(((((((((.((((..{((((...))))}....(((((((((((((.((.({.......,)}.))))))))).)))))).((..((((((.(((....))).))))))..)){((.(((((((((((.(((.(((.{(,(({,{.(((((((({..{{{(.{{.{{,{{..((((((..,(((......)))..,..)))))).....(((((.((((((,{.......})))))).)))))||||,{{{{...((((((((((((((((((.....))))))(.((((.(((.(.((((((((..,.((..(((........)))..)).....))))))))).)))..)))).)......{(((..((((.,...{{(((,,,}}}}}....},}.))))(((((......))))),.)}||.((((((...((.((((((....(((......))))))))))).,{{{(..,......}}}}(((,.....},,..,,)},}.))))))..,...)))))))))..{{...}}))),)})),))}}..,.||||..}}))))}||{,..|||,.,||}..)))}((((.((((...)))))))).}))}},.))).)))))))))))))}..)))),)))))))))...)))))))))))))))))))).}}}|{|,,....))}.,,.)))))..)))))))....))))))..))))).((((,........,.))))..............))))))))))})))..)))))}))|{{||},|||,,{||}|||||}},.}}||((((((((..(.((((((((.(.((((.....)))).))))..,.))))).)..))))))))||{{.,(((({{(((((.{({(((({((({({{{.,||{}.}|},||||,||.|}}||||||.|||},}}}|}}}}.}}}}}}|},||,||||.|,|}}}|||,,{||,|}|||,,({,{{{{({{..{{,,.(((((.,,(((,,,.}}|.....})))).,},)}..))},..{{{{|||,{||{{{{((((((((((((((((.(((..((........))...))).))))))))))))))))).....,|||,,.{{{{{{.,,,)))))}...}}}}.},)))))}}))))))),||{||||||,,,{,.......,,{{{{{{|{,{({((((({.{{{||}|}|{((({{{{({{..,|,||{({(,..,,..}}|,|||.,}}||||||||..,,,...|,)))}}}},.......|||}}}||}.......,}}},}.,}}.}},)))))}}...|}|||{,,,{{{.,,,))),,,))}}|}}|||{|}}|||||}}},)||||{{|.{{.{{{{{|,|,,,},)))))),))))))))).,},,)))}))))}}}}}.}}|{.}}|||{{{,...,))}))),,.}},{{{,..((((((...((((....))))...))))))...})}}...{((((({...})))))}....}))}},,)}}})).
Back