Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378097.2
Sequence Length
4600 nt
GC Content
0.5357
GGCGUCCAAGUUCCUGACCAGGCGCGGGCCGGCCCGCGGGACCAGCAGCCGGGUGGCGGCGCGAUCGGCCCCGAGAGGCUCAGGCGCCCCCCGCAUCGAGCGCGCGGGCCGGGCGGGCCAGGGCGGCGGGCGGAGCGGGAGGCGGCCACGUCCCCGGCGGGCCUGGGCGCGGGGAGGCCCGGCCCCCUGCGAGCGCGCCGCGAACGCUGCGGUCUCCGCCCGCAGAGGCCGCCGGGGCCGUGGAUGGGGAGGGCGCGCCGCCCGGCGGUCCCAGCGCACAGGCGGCCACGAUGAGGGUCAACGAGAAGUACUCGACGCUCCCGGCCGAGGACCGCAGCGUCCACAUCAUCAACAUCUGCGCCAUCGAGGACAUCGGCUACCUGCCGUCCGAGGGCACGCUGCUGAACUCCUUAUCUGUGGACCCUGAUGCCGAGUGCAAGUAUGGCCUGUACUUCAGGGACGGCCGGCGCAAGGUGGACUACAUCCUGGUGUACCAUCACAAGAGGCCCUCGGGCAACCGGACCCUGGUCAGGAGGGUGCAGCACAGCGACACCCCCUCUGGGGCUCGCAGCGUCAAGCAGGACCACCCCCUGCCGGGCAAGGGGGCGUCGCUGGAUGCAGGCUCGGGGGAGCCCCCGAUGGACUACCACGAGGAUGACAAGCGCUUCCGCAGGGAGGAGUACGAGGGCAACCUCCUGGAGGCGGGCCUGGAGCUGGAGCGGGACGAGGACAUGUACCACAUUAAUGAGACCCGUGGCCUCCUGAAAAAAAUCAACUCUGUGCUCCAGAAAAUCACAGAUCCCAUCCAGCCCAAAGUGGCUGAGCACAGGCCCCAGACCAUGAAGAGACUCUCCUAUCCCUUCUCCCGGGAGAAGCAGCAUCUAUUUGACUUGUCUGAUAAGGAUUCCUUUUUCGACAGCAAAACCCGGAGCACGAUUGUCUAUGAGAUCUUGAAGAGAACGACGUGUACAAAGGCCAAGUACAGCAUGGGCAUCACGAGCCUGCUGGCCAAUGGUGUGUACGCGGCUGCAUACCCACUGCACGAUGGAGACUACAACGGUGAAAACGUCGAGUUCAACGACAGAAAACUCCUGUACGAAGAGUGGGCACGCUAUGGAGUUUUCUAUAAGUACCAGCCCAUCGACCUGGUCAGGAAGUAUUUUGGGGAGAAGAUCGGCCUGUACUUCGCCUGGCUGGGCGUGUACACCCAGAUGCUCAUCCCUGCCUCCAUCGUGGGAAUCAUUGUCUUCCUGUACGGAUGCGCCACCAUGGAUGAAAACAUCCCCAGCAUGGAGAUGUGUGACCAGAGACACAAUAUCACCAUGUGCCCGCUUUGCGACAAGACCUGCAGCUACUGGAAGAUGAGCUCAGCCUGCGCCACGGCCCGCGCCAGCCACCUCUUCGACAACCCCGCCACGGUCUUCUUCUCUGUCUUCAUGGCCCUCUGGGCUGCCACCUUCAUGGAGCACUGGAAGCGGAAACAGAUGCGACUCAACUACCGCUGGGACCUCACGGGCUUUGAAGAGGAAGAGGAGGCUGUCAAGGAUCAUCCUAGAGCUGAAUACGAAGCCAGAGUCUUGGAGAAGUCUCUGAAGAAAGAGUCCAGAAACAAAGAGACUGACAAAGUGAAGCUGACAUGGAGAGAUCGGUUCCCAGCCUACCUCACUAACUUGGUCUCCAUCAUCUUCAUGAUUGCAGUGACGUUUGCCAUCGUCCUCGGCGUCAUCAUCUACAGAAUCUCCAUGGCCGCCGCCUUGGCCAUGAACUCCUCCCCCUCCGUGCGGUCCAACAUCCGGGUCACAGUCACAGCCACCGCAGUCAUCAUCAACCUAGUGGUCAUCAUCCUCCUGGACGAGGUGUAUGGCUGCAUAGCCCGAUGGCUCACCAAGAUCGAGGUCCCAAAGACGGAGAAAAGCUUUGAGGAGAGGCUGAUCUUCAAGGCUUUCCUGCUGAAGUUUGUGAAUUCCUACACCCCCAUCUUUUACGUGGCGUUCUUCAAAGGCCGGUUUGUUGGACGCCCGGGCGACUACGUGUACAUUUUCCGUUCCUUCCGAAUGGAAGAGUGUGCGCCAGGGGGCUGCCUGAUGGAGCUAUGCAUCCAGCUCAGCAUCAUCAUGCUGGGGAAACAGCUGAUCCAGAACAACCUGUUCGAGAUCGGCAUCCCGAAGAUGAAGAAGCUCAUCCGCUACCUGAAGCUGAAGCAGCAGAGCCCCCCUGACCACGAGGAGUGUGUGAAGAGGAAACAGCGGUACGAGGUGGAUUACAACCUGGAGCCCUUCGCGGGCCUCACCCCAGAGUACAUGGAAAUGAUCAUCCAGUUUGGCUUCGUCACCCUGUUUGUCGCCUCCUUCCCCCUGGCCCCACUGUUUGCGCUGCUGAACAACAUCAUCGAGAUCCGCCUGGACGCCAAAAAGUUUGUCACUGAGCUCCGAAGGCCGGUAGCUGUCAGAGCCAAAGACAUCGGAAUCUGGUACAAUAUCCUCAGAGGCAUUGGGAAGCUUGCUGUCAUCAUCAAUGCCUUCGUGAUCUCCUUCACGUCUGACUUCAUCCCGCGCCUGGUGUACCUCUACAUGUACAGUAAGAACGGGACCAUGCACGGCUUCGUCAACCACACCCUCUCCUCCUUCAACGUCAGUGACUUCCAGAACGGCACGGCCCCCAAUGACCCCCUGGACCUGGGCUACGAGGUGCAGAUCUGCAGGUAUAAAGACUACCGAGAGCCGCCGUGGUCGGAAAACAAGUACGACAUCUCCAAGGACUUCUGGGCCGUCCUGGCAGCCCGGCUGGCGUUUGUCAUCGUCUUCCAGAACCUGGUCAUGUUCAUGAGCGACUUUGUGGACUGGGUCAUCCCGGACAUCCCCAAGGACAUCAGCCAGCAGAUCCACAAGGAGAAGGUGCUCAUGGUGGAGCUGUUCAUGCGGGAGGAGCAAGACAAGCAGCAGCUGCUGGAAACCUGGAUGGAGAAGGAGCGGCAGAAGGACGAGCCGCCGUGCAACCACCACAACACCAAAGCCUGCCCAGACAGCCUCGGCAGCCCAGCCCCCAGCCAUGCCUACCACGGGGGCGUCCUGUAGCUAUGCCAGCGGGGCUGGGCAGGCCAGCCGGGCAUCCUGACCGAUGGGCACCCUCUCCCAGGGCAGGCGGCUUCCCGCUCCCACCAGGGCCCGGUGGGUCCUGGGUUUUCUGCAAACAUGGAGGACCACUUUCUGAUAGGACAUUUUCCUUUCUUCUUUCUGUUUUCUUUCCCUUGUUUUUGCACAAAGCCAUUAUGCAGGGAAUAUUUUUUAAUCUGUAGUAUUCAAGAUGAAUCAAAAUGAUGGCUGGUAAUACGGCAAUAAGGUAGCAAAGGCAGGUGCUUUGCAGAAAGAAUGCUUGGAAACUUGAGUCUCCCUAGAGGUGAAAAGUGAGCAGAGGCCCGUAGAAACCCUCCUCUGAAUCCUCCUAAUUCCUUAAGAUAGAUGCAAAAUGGUAAGCCGAGGCAUCGCGCAAAAGCUGGUGCGAUGCUUCAGGGAAAAUGGAAAACCCACGCAAGAAUAAUGAUUGAUUCCGGUUCCAAAAGGUGUCACCUACCUGUUUCAGAAAAGUUAGACUUUCCAUCGCCUUUUCCUUCCAUCAGUUGAGUGGCUGAGAGAGAAGUGCCUCAUCCCUGAGCCACACAGGGGGCGUGGGAGCAUCCCAGUUAUCCCUGGAAAGCUAGAAGGGGACAGAGGUGUCCCUGAUUAAGCAGGAAACAGCACCCUUGGCGUCCCCAGCAGGCUCCCCACUGUCAGCCACACACCUGCCCCCAUCACACCAAGCCGACCUCAGAGUUGUUCAUCUUCCUUAUGGGACAAAACCGGUUGACCAGAAAAUGGGCAGAGAGAGAUGACCUCGGAAGCAUUUCCACAGAUGGUGUCAGGGUUUCAAGAAGUCUUAGGGCUUCCAGGGGUCCCCUGGAAGCUUUAGAAUAUUUAUGGGUUUUUUUUCAAAUAUCAAUUAUAUGGUAGAUUGAGGAUUUUUUUUCUGUAGCUCAAAGGUGGAGGGAGUUUAUUAGUUAACCAAAUAUCGUUGAGAGGAAUUUAAAAUACUGUUACUACCAAAGAUUUUUAUUAAUAAAGGCUUAUAUUUUGGUAACACUUCUCUAUAUUUUUACUCACAGGAAUGUCACUGUUGGACAAUUAUUUUAAAAGUGUAUAAAACCAAGUCUCAUAAAUGAUAUGAGUGAUCUAAAUUUGCAGCAAUGAUACUAAACAACUCUCUGAAAUUUCUCAAGCACCAAGAGAAACAUCAUUUUAGCAAAGGCCAGGAGGAAAAAUAGAAAUAAAUUUGUCUUGAAGAUCUCAUUGAUGUGAUGUUACAUUCCCUUUAAUCUGCCAACUGUGGUCAAAGUUCAUAGGUGUCGUACAUUUCCAUUAUUUGCUAAAAUCAUGCAAUCUGAUGCUUCUCUUUUCUCUUGUACAGUAAGUAGUUUGAAGUGGGUUUUGUAUAUAAAUACUGUAUUAAAAAUUAGGCAAUUACCAAAAAUCCUUUUAUGGAAACCAUUUUUUUAAAAAGUGAAUGUACACAAAUCCACAGAGGACUGUGGCUGGACAUUCAUCUAAAUAAAUUUGAAUAUACGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1656.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1742.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 958.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((((((((..(((((((.(((((((((((....(((((((((((.(((......(((((((...)))...((((.(((((.((..((.(((.(.((((.....)).)).).))).)).))))))).)))).(((((.(((((((((.(((((((.((((....)))))))).(((((.(((.((((((.....))))))...))).))))))))))))))))).)))))..))))...)))))))))))))))))))).)))....))))))).))..(((((((..((((.....))))..((..(((((((.((((......))))............((((((.....(((((..(((((..(.((((.......)))).)..)))))..)))))...))))))((((((.....((((((.((...)).)))))))))))).))))))).))..((((.((((.....)))).)))).........)))))))((....))....)))))))))))(((((..((...))..)))))......((((((((((((.(((((((...........((((((.(((((((((.((((((((((((((((.(((.((((((((((((.........((((..((((..(((((.((((((((((((..((((((((..(((((((((((((..(((.((((((..((((.((((.((((.....((....)).....)))).)))).(((......)))..((((((...........)))))))))).))))))))).....((((.((...((((.........((((.((........)).))))..(((((....((((((......)).))((((.((.((((...)))).)).))))))....))))).(((((.((((((..............)).))))))))).....))))..)).))))(((((((((....(((....)))...(((.(((((((((..((((.......))))((((((.(.((.....((((.....((((.......))))((((((((((.........((((....))))..)))))))))).....))))))))))))).((((((((((((((((...(((..((...))..)))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))).....))))....))))))))(((((..((((((((.....(((((....))))).(((((((((((((((.((((((.............((((((((.((((((((..((((((((((((((.(((((.((((((....((..((((........))))..))...)))..........((...(((((((((((.(((.((((((.(((((((((((((.(((......)))))).)))))(((((.....((......)).....)))))..........))))).))))))))).)))))))))))...))))).))).)))))))..........))).))))))..).(((((((.....................)))))))..)))))))..))..)))))).(((...((((...))))...)))......))))))..)).)))))))))).))).((.((((........)))))).)))).))))...)))))......((((((((......)))))))).))))))))).((((((..((.((...(((..(((...((((((.((....((((((((((((.(((....)))..((.(((....))).)))))).))))))))...))..).))))).)))..)))...)).)).....)))))).(((((((((((((........)))))))))))))..))).)))))))))....))))......))))).....((.(((((((..((((......))))..))))))))).........(((((((((((((((((.....)))))).)))))))))))..))))))).))...).))))).)))))))))).((((((....))))))((((....(((((((..(((((...)))))..))))))).))))...(((((......))))).(((..(((..((....))..)))))).((.((.(((((.....))).))..)).))((((((.((((((((((......(((.(((((((((.....))))(((......)))..(((....)))....))))).)))))))))).)))))))))).)))))))))...))))))....)))))))))))))(((......)))..))).))))).))))))))........((((....(((((((.....))).))))((((((((((..((........))))))............((((((((((((.((.....))..)).))))))))))(((((......)))))))))))....(((((..(.((.(((((........))))).)).)..)))))...((((((((((((((........((.(((((.(((((...((((.(..((((((.(((((..(((.............(((.((((.(....).)))).))).(((.(.((((.......)))))))))))))))).((((...........))))..(((((.((((.........))))))).))..((((((..(((((((....((((((.((((........)))).(((....(((((.((((((((....)))))...))).)))))...)))((.(((((.(((((...(((......)))...))))).)))))...)).))))))....)))))))..)))))))))))).))))).))))).))))).))......))))))..))))))))................(((((((.(((...(((.((((.(((((((((((.(.((((.((((.(((....)))...)))).)))).).).))))))))))......)))))))...)))...(((((((((.(((((.(((((..(((((....)))))))).(((((((((...)))))))))...((((.((....)).))))((((((.(((((.(((((((((((((..((((((((((.........(((((((((((((..((((((((((((((.............))))).(.(((((...))))))...))))))))).................)).)))))))))))......)))))))))).(((((.....(((.((((..((.((((.....((.(((((((((...((....))...))))))....)))))....)))).))..)))).))).....))))).((((((((((((........))))))))))))))))))))))...((((....(((.........))).....)))).....(((((.....)))))......((((((...((.......))..))))))..))))))))..)))))).)).)))))..))))).)))).((.(((....((((((...(((((...)))))....))))))....)))))..((((((((.(((((.((((......)))).....)))))))....)))))).))))))).......((((((((((..(((((.(((.((.((((.((((((((......((((((............))))))....))))).(((.....)))(((((((((((.(((.((.(((((.....(((.....))).....)))))..)).)))(((((((((((((((...)))))))))))))))................(((((((.(((((......)))))..))))))).))))))))))).)))....))))))))).))................((((((((....(((((((......((((((((...(((.((((((....)))))))))......))))))))......((((((((((((.((((........)))).))..........))))))))))...........((((((.....)))))).....)))))))....)))))))).(((((.(((..(((........((((....(((((((.(((((((((((((((((((((((.(((.............))).))))).((((......((((((....)))))).......)))))))..((((((.......))))))((((...))))........))))))))))..........))))).)))))))....))))..)))..))).)))))..(((((((((((((((...((((...(((((((...((...((.(((.(((....))).))))).))...)))))))..)))).))))))).))))))))..)))..))))))).)))(((((............)))))....))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((..((((((((((.....(((((({,(((((((((((....(((((((((({{(((..,{..(((((((...)))...((((.(((((.((,.((.(((.(,((,{...,,)).)},).))).}),)}))))).)))).(((((.((((((((({(((((((.((((....)))))))).(((((.(((.((((((.....))))))...))).))))))))))))))))).)))))..))))..,)))))))))))))))))))).)))....))))))).)).....))))).((((.....))))..(((((.((((..((((......))))..........((((((((((...(((((..(((((..(.((((.......)))).)..)))))..)))))....((.(.((((((.....((((((.({...)).)))))))))))).).)).))))),,)))).....((((((.(((({(((((....,.,((({{({{||..,{{{,((((||..,,{}||||({,{(.{{||{{|,|||||||||}||,|},,,|{(((..(({{(,,..,,,|||||..,)).)))))).))))))}},))).,})}|}|}|}.,})},.)))))..}),})).)))))).....(((((((...((((((.{{......)}..))))))))))))))))).))))).))))).))))((((..((((({((((((((((((({((.((((((.((((((........(((((((((..(((((.,,...,,..((((({((((......)))|(((((((({....,,,(((((({((((((((....,({({{{{{..||))}},{((.(((({.{(((.{{{(((.((.((((...)))).}),))))))))}..{{{{....,,.(((((((((((.....((((((((((((,{{,.....(((...{.,,,{..,((({,....(((((((((((((((.(((((((..((((((((...,,,..,.((((((((((,{,...,{{,|.....}||,|.,,....}},|((((.(((((((..({..{.((((((..((((((((....)))))},))....))))))}....))..))))},)).))))|(((({{,,(((((..(((((..(((((....))))).))))).)).))).,)}.)))),..))))))))))})..,{.(((((((((((((.((((((.((((((((((((....))))}...((((((.((((((((........)))},)))).))))))...(((((...((((.((((...{(.,.((((((((((({{.(((((.{,,,,,,|||,,(((((((((........,......(((,,,|||({{(((({{..{(((({(,((((({{{(((((.(({......}))})},}|})}{((((....,{,,,....}}.....}))}|{{{,..,{,|}|||,,||||||||}}||||.(((({({.((((,..,|||{{|||{....,,,,|||,.,{((({((({(({((({((({.{{.,,,{{{{{{{......({{(((({,..,{((((({((.,{((({(({,{,{{|{..,||,....,,,,,,...}})))))),{{{{{,...)))))..((((((((,{{.....(((((..((((...,,.......{.,{{{{((((((({......}))))))).(((((((..,.{(((.(({{(((((((.((((,(,.........(((((.((((((((((((.(((....)))..{(.(((....))).)})))).))))))))..,((({{{{||,,..}},..,}}}.))}.....{{.{((,(.{((((((((((((........)))))))))))))})),)}}..,,,|(((........}},..,..,},},...)))))..........),))))..)))))))))).)))).}.....(((((((((((((((((.....))))))))))))))))))(((((((((((.((((((.(((..((.....))..))).)))))).)){.((((....(((((((..(((({...}))))..))))))).)))).,.(((((......))))).,,...{{{..((,,..}),,))})))))))))).....)))))))(((((((.((,((((((.((((((((((.{,...,,{.(((((((((.....)))),|{...|||),}..,.{{{,..,,....))))).)),))))))).)))))))))...(((...........)))..,.)).))))))).{.{({......})}.,))))).)))).))))).....,,,..))))))))(((((((.....))).))))((({{{||{,..||,....,..))))),,,....,,.,,,|(((((((((((.((.....)}..)).)))))))))}(((((......)))))}}}))),,,.(((((..(.((.(((((........))))).)).)..)))))))),)..})))))))}.........,})))})},,)))},.})),)})},}|||,}.,{||{,,(((,,.,.........(((.((((.(....).)))).))).,||.,.((({.......))))}})}),,)))))}|||}}..........})}}.}}}}},}))))})))))),,))}}))))}))).)))))))))..}...)))))))))))...)})))).))))...))))).((((({((((((((,..,||}||...}}},),,)),....,,}}||{,..|||}}}}))}.....}}}}}))))))).)).)))).)))))))))),)))},......)))))))).(((((....((((((((.(((((((.........{((((((({((,..................,..(((((.,...(({{.(((.(((((((((((.(.((((.((((.,,({{..,,)})})))).)))).,.).))))))))))..))}.}}|)))),.{|||...|,||||,.,|||..,.})))))}))))))))})))))))..(((((((((...))))))))).(((((((.(((((.(((((..((((((.{(,.,{{{{{{((((({,..((((((((((.......,{((((((((((({{..((((((((((((((,{{.....,},..))))),,.(((({...})))),...})))))))).,,...,|..,......)).))))))))))).,....)))))))))).(((((.....(((.((((..((.((((.....((.(((((((((...((....))...))))))....)))))....)))).))..)))).))).....))))).((((((((((((........))))))))))))}))))))}}|,....,,....{,,.........,}}.,}},}}))})}.))))))...))).)))))))))))))).......))))))))....))))){(((..,....,.((((((.((.(({,.,...,)}.)).)).)))))).((((((...(((((...)))))....))))))....(((.{,.(((((((....)))))))..}}.))).))}}}),})))).))))}....,)))))))))),,,,,|||,.},,,,,,..,||}}}........,...)}}.......,.))))))).))))))))))}))))))..})))||{.(({.....))),))}.{,({{.....)))((((....))))..))))).))}.)))))}}}.,,..}|||{(((((((((((((...))))))))))))))}....})))))),,,..{((((((.(((((......)))))..))))))).......})))).)))),..)))))((((((((..(((({........,(((((((....(((((((...,,,{,,,..((((((((.({{{{,....,}))}},,,...,}}))))){{{{({....{{{,,{,,.((.((((........)))).))..,..,,,...,.)))))).......,,.,,({{{{{...,,)}))))}}...)))))))....))))))))))))..))))))))|,..}))))..)))))..})))........))))))...)))))).),||,.,{((........}))).)}},...,.)))))))))))))..),}))))..)))}......)))..((((((.......)))))).{((((((.{{{{.(((((.((((.........))))..}))))..............{({.((((..,((((((...(((((((((((((((...((((...{((((((...((...{{.(((.{({....})}.)))}}.))...)))))))..)))).))))))).))))))))...))))))}.)))).}))||||............,)))}.))))))}
Back