Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378484.1
Sequence Length
2675 nt
GC Content
0.5989
CUUCCCCAUUCCCUCCAGCACGGGCGGGGGGAGGGGACGCUGAGCGGAUGAAUUUAUAGACACCAUCCCCCUCGCCUUGGCAUGAAAAGCGGCAAUGGGGUGGACAGCGUCAAUGUCUAACAGGGCUCCAGCGUGACAUGGCUGAAGCGCACCAGGCCGUGGGCUUCCGACCCUCGCUGACCUCGGACGGGGCUGAAGUGGAACUCAGUGCCCCUGUGCUGCAGGAGAUCUACCUCUCUGGCCUGCGCUCCUGGAAAAGGCAUCUCUCACGUUUCUGGAAUGACUUUCUCACCGGUGUGUUUCCUGCCAGCCCCCUCAGUUGGCUUUUCCUCUUCAGUGCCAUCCAGCUUGCCUGGUUCCUCCAGCUGGAUCCUUCCUUAGGACUGAUGGAGAAGAUCAAAGAGUUGCUGCCUGACUGGGGUGGACAACACCACGGGCUCCGGGGGGUCCUGGCAGCCGCGCUGUUUGCCUCGUGUUUGUGGGGAGCCCUGAUCUUCACACUGCACGUGGCCCUGAGGCUGCUUCUGUCCUACCACGGCUGGCUUCUUGAGCCCCACGGAGCCAUGUCCUCCCCCACCAAGACCUGGCUGGCCCUGGUCCGCAUCUUCUCUGGCCGCCACCCGAUGCUGUUCAGUUACCAGCGCUCCCUGCCACGCCAGCCCGUGCCCUCUGUGCAGGACACCGUGCGCAAGUACCUGGAGUCGGUCCGGCCCAUCCUCUCCGACGAGGACUUCGACUGGACCGCGGUCCUGGCGCAGGAAUUCCUGAGGCUGCAGGCGUCGCUGCUGCAGUGGUACCUGCGGCUCAAGUCCUGGUGGGCGUCCAAUUAUGUCAGUGACUGGUGGGAGGAAUUUGUGUACCUGCGCUCCCGAAAUCCGCUGAUGGUGAACAGCAACUAUUACAUGAUGGACUUCCUGUAUGUCACACCCACGCCUCUGCAGGCAGCUCGCGCUGGGAAUGCCGUCCAUGCCCUCCUCCUGUACCGCCACCGCCUGAACCGCCAGGAGAUACCCCCGACUUUGCUGAUGGGAAUGCGCCCCUUAUGCUCUGCCCAGUACGAGAAGAUCUUCAACACCACGCGGAUUCCAGGGGUCCAAAAAGACUACAUCCGCCACCUCCAUGACAGCCAACACGUGGCUGUCUUCCACCGGGGCCGAUUCUUCCGCAUGGGGACCCACUCCCGAAACAGCCUGCUUUCCCCGAGAGCCCUGGAGCAGCAGUUUCAGAGAAUCCUGGAUGAUCCCUCACCGGCCUGCCCCCACGAGGAACAUCUGGCAGCUCUGACAGCUGCUCCCAGGGGCACGUGGGCCCAGGUGCGGACAUCCCUGAAGACCCAGGCAGCGGAGGCCCUGGAGGCGGUGGAAGGGGCCGCUUUCUUUGUGUCACUGGAUGCUGAGCCCGCGGGGCUCACCAGGGAGGACCCGGCAGCGUCGUUGGAUGCCUACGCCCAUGCUCUGCUGGCCGGCCGGGGCCAUGAUCGCUGGUUUGACAAAUCCUUCACCCUAAUCGUCUUCUCUAACGGGAAGCUGGGCCUCAGCGUGGAGCACUCCUGGGCCGACUGCCCCAUCUCAGGACACAUGUGGGAGUUCACUCUGGCUACAGAAUGCUUUCAGCUGGGCUACUCAACAGACGGCCACUGCAAGGGGCACCCGGACCCCACACUACCCCAGCCCCAGCGGCUGCAAUGGGACCUUCCAGACCAGAUCCACUCCUCCAUCUCUCUAGCCCUGAGGGGAGCCAAGAUCUUGUCUGAAAAUGUCGACUGCCAUGUCGUUCCAUUCUCCCUAUUUGGCAAGAGCUUCAUCCGACGCUGCCACCUCUCUUCAGACAGCUUCAUCCAGAUCGCCUUGCAACUGGCCCACUUCCGGGACAGGGGUCAAUUCUGCCUGACUUAUGAGUCGGCCAUGACUCGCUUAUUCCUGGAAGGCCGGACGGAGACGGUGCGGUCUUGCACGAGGGAGGCCUGCAACUUUGUCAGGGCCAUGGAGGACAAAGAGAAGACGGACCCACAGUGCCUCGCCCUGUUCCGCGUGGCAGUGGACAAGCACCAGGCUCUGCUGAAGGCAGCCAUGAGCGGGCAGGGAGUUGACCGCCACCUGUUUGCGCUGUACAUCGUGUCCCGAUUCCUCCACCUGCAGUCGCCCUUCCUGACCCAGGUCCAUUCGGAGCAGUGGCAGCUGUCCACCAGCCAGAUCCCUGUUCAGCAAAUGCAUCUGUUUGACGUCCACAAUUACCCGGACUAUGUUUCCUCAGGCGGUGGAUUCGGGCCUGCUGAUGACCAUGGUUAUGGUGUUUCUUAUAUCUUCAUGGGGGAUGGCAUGAUCACCUUCCACAUCUCCAGCAAAAAAUCAAGCACAAAAACGGAUUCCCACAGGCUGGGGCAGCACAUUGAGGACGCACUGCUGGAUGUGGCCUCCCUGUUCCAGGCGGGACAGCAUUUUAAGCGCCGGUUCAGAGGGUCAGGGAAGGAGAACUCCAGGCACAGGUGUGGAUUUCUCUCCCGCCAGACUGGGGCCUCCAAGGCCUCAAUGACAUCCACCGACUUCUGACUCCUUCCAGCAGGCAGCUGGCCUCUCCAAGGAAUAAGGGUGAAAUUGCCACAGCUGGCUGACACAGGACAGGGGCAACUGGUUUGGCAACCCCACAUCCAGGCCAAUAAAGAUGUGUGAGCUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1060.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1106.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((.((((..(((((((((((.((..(((...)))................)).)))))).)))))..)).))...)).)).))))))).)).((((.(((((((((.....((((.(((((.(....(((.(((((.(((......))).))))).).))).))))).....(((.((((.....((.((((.((((((((((((.(((((((((......))).)))((((...((...))...))))............(((((..(((((((((.((((((((((((((((((......(((..(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.....)))))))))).........))))))).))))))).)))).)))..((((((((..((((((((((((((..((((((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))....((((.......).)))...)))))))))).)).)).)))).))))))).))).....(((((((.(((.(((((((..((((.(.(((((.....(((...)))...))))).).))))...)))))((.....))..(((((....((((....((((((.(....).)))))).))))..(((.((((((((((...(((((......)))))....).)))))))).).))))))))((((....)))).(((((((((..((((((...))))))..))))))))))).))).))))))).(((((.(((((((((((.....((((((.................)))))).....)))))(((((........))))).)))))))))))....))).)))).))))).))......)))))))).......((((((.((((.((((((.((((((.......(((((((((((.......(((((((..((((.(......).)))).....((((((((((..((((((((((.(((.............(((((((((...((((((((......)))..(.((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......(((((((((...(((((((.(((.(((((.(((..........((((((...)))))).((((.(.(((((((((((((....(((((((.(((.((...((......))...))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))...))))))))..))))))).)))((((......)))).......))))))))))).)))))).)((((((((((((((((....(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((((..(((.((((.......((((((..(((........))).((((...(.((((((....)))))))))))..)))))).(((....))).((((((..((((((....(((....((..(((((((....((((....))))..)))))))..))((((..((....)).)))).)))...))))))..))).))).......)))).))))))))))..)).)))))......(((((.(((((.....((((.((((.........))))))))....))))).)))))..((((.((((......))))...))))...((.....))..)).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))....((((.((..((((((.(((((((((.((((((((.....(((.((((....)))))))..)))))).))...)))))))))....(((((((....(((((((((.(....).)))))).))).))))))).)))))))))))))))))))).)).))).)))...........))))).)))))))))..(((......)))....))))))))..))))).)))))).))))(((((.(((...(((((.((((.((((........)))).((((.......(((((..((((.......)))).)))))....))))))))))))).((((.....))))))).)))))(((.((((........)))).)))((((..........))))..))))))))))))))))))..((((.....))))..(((((....))))).................)))))).))))))...................((..........))......))))))))))(((((..(((((..((((((.((.(.....).)).))))))))))))))))....))))))).))).......))))))))..)))))))))((((..(((((.((((.((....)).)))).))))))))).))))).((((((((...))))))))........((((.....((...(((((..((.((((.....))))))..)))))...)))))).....((((....)))).....))).)))))))).)))))))).))..))))...))).)))).....)))))).)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((.((((..(((((((((((,((..{{(,,.}}}............,...)).)))))).)))))..)).))...)).)).))))))).)).((((.(((((((((.....((((.(((((.{....(((.(((((.(((......))).))))).).))}.))))).....(((.((((.,...((.((((.((((((((((((.(((((((((......})),}}}(({{...|{|{{|{{..|({|......,..,,,{{(((,.(((((((((.(((((((({{{{{{((((,((,..{{,.,{{(((((((((...(((((.{,((((((({....{((.....)))))))))),,,.....,))))))).))))))).))),.|}|,.((((((((.,{(((((((((({{{..{{,(((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))....((({.,,....),))}...)))))))))),)}.)).)))).))))))).})}.....(((((((.(((.(((((((,.{(((.,.(({({.....(((..,))}...)}))).}.})))...}))))|{..,..)),,{(((({.{{(({{,,,.((((((.(....).)))))).},,,..||,,,(((((((({...(((((......)))))....).))))))))})},,)}))))|{{|....}}}|.(((((((((.,((((((...)))))),.))))))))))).))).))))))).((((,,(((((((((((..,..((((((..............,,,)))))).....)))))(((((........))))}.}))))))))))....})).)))).))))).}|,,,..,))))))))..||,|{((((((.((((.({((((.{{{{(({(..{{{(((((((((({......,(((((((.....,..{(((((((.((((.,,.((((((((((..((((({{(({.(((.....,||,....(((((((((...((((((((......)))....((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......((((((,,,...(((((((.(((.(((((.{({..........((((((...))))))(((((((((((.{,.((((((...,({(((((.(,((((...((......))...))))}.)))))))...)))))),.))))))))})))))...))))))))..)))))))..||((((......))))..,.,,,))))))))))).)))))).|((((((((((((((((,,..(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.(({,...(((((((.(((((((..(((.((((..,,,..,{{{((..{({........}}},{{,...,{.((((((....))))))||}||..,})))},(({....}}},((((((..((((((.,..{{(....{{.,(((((((....((((....))))..))))))),,))((({..{{....)}.)))).)})...))))))..))).))),......)))).))))))))))..))},))))......(((((.(((((.....((((.{(((.........))))))))....))))).)))))..{(((.((((......))))...)))}...{{.....))..}).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))...,((((.({..((((((.(((((((((.((((((((....,({(,((((....))))))},})))))).))...))))))))),,,.{{(({{(..,,(((((((((.(....).)))))).))}.))))))).))))))}},)))))))))))))).))).)))...........))))).)))))))))..{(({{...,|.,...,))))))))..))))).)))))).)))),((,..,...}}((((||((({.((((,,,.....}}|}.((((.......(((((..((({.......}))).)))))....))))})))))))).((((.....))))}}..))))...)))))))}.,|........},.((((..........))))..))))))))))))))))))...))),..{{|{{{,{{,,,({{,,|||||{{,,,..||,,,..,},)))))),)})))),.,,.........,,..,,||..........}}......})))))))))|{{||,.|||{{.,{((({{,((,,.,,..,.)).)})))))))))}}))}..,.))))))),}))},.....))))))))..))))))))}((({.{(((((.((((.((....)).)))).))))))))),)))),.((((((((...))))))))..,...,.|,..},,..,,,..,||||}}|||||||,}},})}}},}|,,})))....)))}},....{{{{....)))).....))).))))))))},))))))).))..))))...))).)))).....)))))).)))))))..
Back