Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378485.1
Sequence Length
2669 nt
GC Content
0.5995
ACCUGGGGUGGGCUGCGACCUCCCAGCUGAGCCUUGUUCCUCGAAGAGACAGGAGACUAAGAGACAAUGAGCUGAGUGAGGAGCCCAGGAACCCGGGUUCCGAACAGCUGCGUAGAAUGCGAGCGGCCAAAUGGUGGAGAAUCUGGCCGGGGCUCCAGCGUGACAUGGCUGAAGCGCACCAGGCCGUGGGCUUCCGACCCUCGCUGACCUCGGACGGGGCUGAAGUGGAACUCAGUGCCCCUGUGCUGCAGGAGAUCUACCUCUCUGGCCUGCGCUCCUGGAAAAGGCAUCUCUCACGUUUCUGGAAUGACUUUCUCACCGGUGUGUUUCCUGCCAGCCCCCUCAGUUGGCUUUUCCUCUUCAGUGCCAUCCAGCUUGCCUGGUUCCUCCAGCUGGAUCCUUCCUUAGGACUGAUGGAGAAGAUCAAAGAGUUGCUGCCUGACUGGGGUGGACAACACCACGGGCUCCGGGGGGUCCUGGCAGCCGCGCUGUUUGCCUCGUGUUUGUGGGGAGCCCUGAUCUUCACACUGCACGUGGCCCUGAGGCUGCUUCUGUCCUACCACGGCUGGCUUCUUGAGCCCCACGGAGCCAUGUCCUCCCCCACCAAGACCUGGCUGGCCCUGGUCCGCAUCUUCUCUGGCCGCCACCCGAUGCUGUUCAGUUACCAGCGCUCCCUGCCACGCCAGCCCGUGCCCUCUGUGCAGGACACCGUGCGCAAGUACCUGGAGUCGGUCCGGCCCAUCCUCUCCGACGAGGACUUCGACUGGACCGCGGUCCUGGCGCAGGAAUUCCUGAGGCUGCAGGCGUCGCUGCUGCAGUGGUACCUGCGGCUCAAGUCCUGGUGGGCGUCCAAUUAUGUCAGUGACUGGUGGGAGGAAUUUGUGUACCUGCGCUCCCGAAAUCCGCUGAUGGUGAACAGCAACUAUUACAUGAUGGCAGCUCGCGCUGGGAAUGCCGUCCAUGCCCUCCUCCUGUACCGCCACCGCCUGAACCGCCAGGAGAUACCCCCGACUUUGCUGAUGGGAAUGCGCCCCUUAUGCUCUGCCCAGUACGAGAAGAUCUUCAACACCACGCGGAUUCCAGGGGUCCAAAAAGACUACAUCCGCCACCUCCAUGACAGCCAACACGUGGCUGUCUUCCACCGGGGCCGAUUCUUCCGCAUGGGGACCCACUCCCGAAACAGCCUGCUUUCCCCGAGAGCCCUGGAGCAGCAGUUUCAGAGAAUCCUGGAUGAUCCCUCACCGGCCUGCCCCCACGAGGAACAUCUGGCAGCUCUGACAGCUGCUCCCAGGGGCACGUGGGCCCAGGUGCGGACAUCCCUGAAGACCCAGGCAGCGGAGGCCCUGGAGGCGGUGGAAGGGGCCGCUUUCUUUGUGUCACUGGAUGCUGAGCCCGCGGGGCUCACCAGGGAGGACCCGGCAGCGUCGUUGGAUGCCUACGCCCAUGCUCUGCUGGCCGGCCGGGGCCAUGAUCGCUGGUUUGACAAAUCCUUCACCCUAAUCGUCUUCUCUAACGGGAAGCUGGGCCUCAGCGUGGAGCACUCCUGGGCCGACUGCCCCAUCUCAGGACACAUGUGGGAGUUCACUCUGGCUACAGAAUGCUUUCAGCUGGGCUACUCAACAGACGGCCACUGCAAGGGGCACCCGGACCCCACACUACCCCAGCCCCAGCGGCUGCAAUGGGACCUUCCAGACCAGAUCCACUCCUCCAUCUCUCUAGCCCUGAGGGGAGCCAAGAUCUUGUCUGAAAAUGUCGACUGCCAUGUCGUUCCAUUCUCCCUAUUUGGCAAGAGCUUCAUCCGACGCUGCCACCUCUCUUCAGACAGCUUCAUCCAGAUCGCCUUGCAACUGGCCCACUUCCGGGACAGGGGUCAAUUCUGCCUGACUUAUGAGUCGGCCAUGACUCGCUUAUUCCUGGAAGGCCGGACGGAGACGGUGCGGUCUUGCACGAGGGAGGCCUGCAACUUUGUCAGGGCCAUGGAGGACAAAGAGAAGACGGACCCACAGUGCCUCGCCCUGUUCCGCGUGGCAGUGGACAAGCACCAGGCUCUGCUGAAGGCAGCCAUGAGCGGGCAGGGAGUUGACCGCCACCUGUUUGCGCUGUACAUCGUGUCCCGAUUCCUCCACCUGCAGUCGCCCUUCCUGACCCAGGUCCAUUCGGAGCAGUGGCAGCUGUCCACCAGCCAGAUCCCUGUUCAGCAAAUGCAUCUGUUUGACGUCCACAAUUACCCGGACUAUGUUUCCUCAGGCGGUGGAUUCGGGCCUGCUGAUGACCAUGGUUAUGGUGUUUCUUAUAUCUUCAUGGGGGAUGGCAUGAUCACCUUCCACAUCUCCAGCAAAAAAUCAAGCACAAAAACGGAUUCCCACAGGCUGGGGCAGCACAUUGAGGACGCACUGCUGGAUGUGGCCUCCCUGUUCCAGGCGGGACAGCAUUUUAAGCGCCGGUUCAGAGGGUCAGGGAAGGAGAACUCCAGGCACAGGUGUGGAUUUCUCUCCCGCCAGACUGGGGCCUCCAAGGCCUCAAUGACAUCCACCGACUUCUGACUCCUUCCAGCAGGCAGCUGGCCUCUCCAAGGAAUAAGGGUGAAAUUGCCACAGCUGGCUGACACAGGACAGGGGCAACUGGUUUGGCAACCCCACAUCCAGGCCAAUAAAGAUGUGUGAGCUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1060.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1108.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.(....).)))))((((((((((((((((.((...)).)))))).................((((.(((((((((((.((...)))))))))((((((((((((...))))).(((((((...((.(((((..(.((((((((((((((.((.....(((.((((((((((.(((..((((.(((((..((((((((....))).)))))......)))))))))..)))...((((.((.(((((......))))).))..))))(((.(((((.(..........).))))))))..............))))))))))..)))(((...(((..(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.....)))))))))).........))))))).))))))).)))).)))..)))..((...(((((.(((((........(((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))....((((.......).)))...)))))))))).)).)).)))).))))))).)))))..)))))...))))))))..)))))))))).)..))))))))))))))........)))))))..))))))))))))..(((((.((((((((.((...(((((((((((...(.(((((.((.(((....(.(((((((((...(((((......)))))....).)))))))))))).)).))))).)...))))).(((((((((..((((((...))))))..))))))))).(((((..((((((.(((...((((....))))(((((((((((((.((...((((((.(((.......(((.(((((..((((((((..(((((....)))))..))).(((((.(((((((.((((.((((.....((((.....(((((((((((.......(((((((..((((.(......).)))).....((((((((((..((((((((((.(((.............(((((((((...((((((((......)))..(.((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......(((((((((...(((((((.(((.(((((.(((..........((((((...)))))).((((.(.(((((((((((((....(((((((.(((.((...((......))...))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))...))))))))..))))))).)))((((......)))).......))))))))))).)))))).)((((((((((((((((....(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((((..(((.((((.......((((((..(((........))).((((...(.((((((....)))))))))))..)))))).(((....))).((((((..((((((....(((....((..(((((((....((((....))))..)))))))..))((((..((....)).)))).)))...))))))..))).))).......)))).))))))))))..)).)))))......(((((.(((((.....((((.((((.........))))))))....))))).)))))..((((.((((......))))...))))...((.....))..)).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))....((((.((..((((((.(((((((((.((((((((.....(((.((((....)))))))..)))))).))...)))))))))....(((((((....(((((((((.(....).)))))).))).))))))).)))))))))))))))))))).)).))).)))...........))))).)))))))))..(((......)))....))))))))..))))).)))))).))))(((((.(((...(((((.((((.((((........)))).((((.......(((((..((((.......)))).)))))....))))))))))))).((((.....))))))).)))))(((.((((........)))).)))((((..........))))..))))))))))))))))))...))))..(((((..((...((((((((.((((((((((......)))))))))).)))))))).........))..)))))...................(((.....(((((..(((((..((((((.((.(.....).)).))))))))))))))))))).)))))))).))))))).)))))..)))))....)))))))).(((....))).))).))))))..)).))).))))))))))..((((((((...))))))))..))).)))))))))))(((........)))(((.((((((.(((.....)))......(((......))).)))))).))).)))))).)).))))...)))).)))))....((((((............))))))..)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(((((,(,,,.}.}}}}|(((((({({((((((((((....,.},}}))}}.,.,,}.,......,((((.{({{(((((((.{{...)})))))))(((((((,((((...})))|.(((((((...{(.(((((..{.((((((((((((((.((....,(((.((((((((((.(((.,{(((.{((({,|{{{{{{{{....))).)||}|,,,..|}}}})))))..))).,.((((.((.(((((......))))).))..)))),{{,(({{{,(,,,,.,,...,.,}}}}))},||,,,,,.}},..))))))))))..)))|((...(((..(((((((((((...(((((.{{((((((({....{((.....)))))))))),,,.....,))))))).))))))).)))}.)))..}}},.{{,..{((((.(((((........(((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))....((({.,,....),))}...)))))))))),)}.)).)))).))))))).))))).,)))}}.,.,}})))))..)))))))))).}..))))),))))))))........)))))))..}}}})}))}}}}..(((((.((((({{{.(({(({{((({(((((..,(.(((((.{{.{((.,,.{.(((((((({...(((((......)))))....).))))))))})}).)}.)))))|)...))))).(((((((((.,((((((...)))))),.))))))))).{((((..((((((.(((......,..,.|||.(((((((((((((.{{.,,((((((.((((((...{(((.(((({,,{,..,{((..(((({....)))))..}}|.(((((.{((((((.((((.((((.....((((..,,,(((((((((({......,(((((((.....{..{(((((((.((((.,,.((((((((((..((((({{(({.(((.....,||,....(((((((((...((((((((......)))....((((((.(((((..((((((((.....)))))))).......((((((,,,...(((((((.(((.(((((.{({..........((((((...))))))(((((((((((.{,.((((((...,({(((((.(,((((...((......))...))))}.)))))))...)))))),.))))))))})))))...))))))))..)))))))..||((((......))))..,.,,,))))))))))).)))))).|((((((((((((((((,,..(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.(({,...(((((((.(((((((..(((.((((..,,,..,{{{((..{({........}}},{{,...,{.((((((....))))))||}||..,})))},(({....}}},((((((..((((((.,..{{(....{{.,(((((((....((((....))))..))))))),,))((({..{{....)}.)))).)})...))))))..))).))),......)))).))))))))))..))},))))......(((((.(((((.....((((.{(((.........))))))))....))))).)))))..{(((.((((......))))...)))}...{{.....))..}).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))...,((((.({..((((((.(((((((((.((((((((....,({(,((((....))))))},})))))).))...))))))))),,,.{{(({{(..,,(((((((((.(....).)))))).))}.))))))).))))))}},)))))))))))))).))).)))...........))))).)))))))))..{(({,...,|.,...,))))))))..))))).)))))).)))),((,..,...},((((||((({,{(((,{,.....}}}}.((((.......(((((..((({.......}))).)))))....))))})))))))).((((.....))))}}..))))...)))))))}.,|........},.((((..........))))..))))))))))))))))))...)))}..((((({,({...((({{{{(,(((((({{{(,.....}))))))))).)))))})),,..,,.,,))..))))}...................(({...,,(((((..(((((..((((((.((.,.....,.)).))))))))))))))))}}}.)))))))).))))))}.))))),}}})))).)))),.)))}.(((....))).,)).)))))),})).))).))))))))))..((((((((...))))))))..))).))))))))))}{{|..,,,..,|||({(,(({{{{|{{{||,..,}),....})||,....,))).,,)))),)}),}}}))}.)),))))..})))).)))))..,|((((((.,..........)))))).}}))))).
Back