Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378496.1
Sequence Length
4053 nt
GC Content
0.5112
GCUCCCAGGUCUGGCUGGCUGGAGGAGUCUCAGCUCUCAGCCGCUCGCCCGCCCCCGCUCCGGGCCCUCCCCUAGUCGCCGCUGUGGGGCAGCGCCUGGCGGGCGGCCCGCGGGCGGGUCGCCUCCCCUCCUGUAGCCCACACCCUUCUUAAAGCGGCGGCGGGAAGAUGAGGCUUCGGGAGCCGCUCCUGAGCGGCAGCGCCGCGAUGCCAGGCGCGUCCCUACAGCGGGCCUGCCGCCUGCUCGUGGCCGUCUGCGCUCUGCACCUUGGCGUCACCCUCGUUUACUACCUGGCUGGCCGCGACCUGAGCCGCCUGCCCCAACUGGUCGGAGUCUCCACACCGCUGCAGGGCGGCUCGAACAGUGCCGCCGCCAUCGGGCAGUCCUCCGGGGAGCUCCGGACCGGAGGGGCCCGGCCGCCGCCUCCUCUAGGCGCCUCCUCCCAGCCGCGCCCGGGUGGCGACUCCAGCCCAGUCGUGGAUUCUGGCCCUGGCCCCGCUAGCAACUUGACCUCGGUCCCAGUGCCCCACACCACCGCACUGUCGCUGCCCGCCUGCCCUGAGGAGUCCCCGCUGCUUGUGGGCCCCAUGCUGAUUGAGUUUAACAUGCCUGUGGACCUGGAGCUCGUGGCAAAGCAGAACCCAAAUGUGAAGAUGGGCGGCCGCUAUGCCCCCAGGGACUGCGUCUCUCCUCACAAGGUGGCCAUCAUCAUUCCAUUCCGCAACCGGCAGGAGCACCUCAAGUACUGGCUAUAUUAUUUGCACCCAGUCCUGCAGCGCCAGCAGCUGGACUAUGGCAUCUAUGUUAUCAACCAGGCGGGAGACACUAUAUUCAAUCGUGCUAAGCUCCUCAAUGUUGGCUUUCAAGAAGCCUUGAAGGACUAUGACUACACCUGCUUUGUGUUUAGUGACGUGGACCUCAUUCCAAUGAAUGACCAUAAUGCGUACAGGUGUUUUUCACAGCCACGGCACAUUUCCGUUGCAAUGGAUAAGUUUGGAUUCAGAUUAGUUUUUAGAGGCAUGUCUAUAUCUCGCCCAAAUGCUGUGGUCGGGAGGUGUCGCAUGAUCCGCCACUCAAGAGACAAGAAAAAUGAACCCAAUCCUCAGAGGUUUGACCGAAUUGCACACACAAAGGAGACAAUGCUCUCUGAUGGUUUGAACUCACUCACCUACCAGGUGCUGGAUGUACAGAGAUACCCAUUGUAUACCCAAAUCACAGUGGACAUCGGGACACCGAGCUAGCGUUUUGGUACACGGAUAAGAGACCUGAAAUUAGCCAGGGACCUCUGCUGUGUGUCUCUGCCAAUCUGCUGGGCUGGUCCCUCUCAUUUUUACCAGUCUGAGUGACAGGUCCCCUUCGCUCAUCAUUCAGAUGGCUUUCCAGAUGACCAGGACGAGUGGGAUAUUUUGCCCCCAACUUGGCUCGGCAUGUGAAUUCUUAGCUCUGCAAGGUGUUUAUGCCUUUGCGGGUUUCUUGAUGUGUUCGCAGUGUCACCCCAGAGUCAGAACUGUACACAUCCCAAAAUUUGGUGGCCGUGGAACACAUUCCCGGUGAUAGAAUUGCUAAAUUGUCGUGAAAUAGGUUAGAAUUUUUCUUUAAAUUAUGGUUUUCUUAUUCGUGAAAAUUCGGAGAGUGCUGCUAAAAUUGGAUUGGUGUGAUCUUUUUGGUAGUUGUAAUUUAACAGAAAAACACAAAAUUUCAACCAUUCUUAAUGUUACGUCCUCCCCCCACCCCCUUCUUUCAGUGGUAUGCAACCACUGCAAUCACUGUGCAUAUGUCUUUUCUUAGCAAAAGGAUUUUAAAACUUGAGCCCUGGACCUUUUGUCCUAUGUGUGUGGAUUCCAGGGCAACUCUAGCAUCAGAGCAAAAGCCUUGGGUUUCUCGCAUUCAGUGGCCUAUCUCCAGAUUGUCUGAUUUCUGAAUGUAAAGUUGUUGUGUUUUUUUUUAAAUAGUAGUUUGUAGUAUUUUAAAGAAAGAACAGAUCGAGUUCUAAUUAUGAUCUAGCUUGAUUUUGUGUUGAUCCAAAUUUGCAUAGCUGUUUAAUGUUAAGUCAUGACAAUUUAUUUUUCUUGGCAUGCUAUGUAAACUUGAAUUUCCUAUGUAUUUUUAUUGUGGUGUUUUAAAUAUGGGGAGGGGUAUUGAGCAUUUUUUAGGGAGAAAAAUAAAUAUAUGCUGUAGUGGCCACAAAUAGGCCUAUGAUUUAGCUGGCAGGCCAGGUUUUCUCAAGAGCAAAAUCACCCUCUGGCCCCUUGGCAGGUAAGGCCUCCCGGUCAGCAUUAUCCUGCCAGACCUCGGGGAGGAUACCUGGGAGACAGAAGCCUCUGCACCUACUGUGCAGAACUCUCCACUUCCCCAACCCUCCCCAGGUGGGCAGGGCGGAGGGAGCCUCAGCCUCCUUAGACUGACCCCUCAGGCCCCUAGGCUGGGGGGUUGUAAAUAACAGCAGUCAGGUUGUUUACCAGCCCUUUGCACCUCCCCAGGCAGAGGGAGCCUCUGUUCUGGUGGGGGCCACCUCCCUCAGAGGCUCUGCUAGCCACACUCCGUGGCCCACCCUUUGUUACCAGUUCUUCCUCCUUCCUCUUUUCCCCUGCCUUUCUCAUUCCUUCCUUCGUCUCCCUUUUUGUUCCUUUGCCUCUUGCCUGUCCCCUAAAACUUGACUGUGGCACUCAGGGUCAAACAGACUAUCCAUUCCCCAGCAUGAAUGUGCCUUUUAAUUAGUGAUCUAGAAAGAAGUUCAGCCGAACCCACACCCCAACUCCCUCCCAAGAACUUCGGUGCCUAAAGCCUCCUGUUCCACCUCAGGUUUUCACAGGUGCUCCCACCCCAGUUGAGGCUCCCACCCACAGGGCUGUCUGUCACAAACCCACCUCUGUUGGGAGCUAUUGAGCCACCUGGGAUGAGAUGACACAAGGCACUCCUACCACUGAGCGCCUUUGCCAGGUCCAGCCUGGGCUCAGGUUCCAAGACUCAGCUGCCUAAUCCCAGGGUUGAGCCUUGUGCUCGUGGCGGACCCCAAACCACUGCCCUCCUGGGUACCAGCCCUCAGUGUGGAGGCUGAGCUGGUGCCUGGCCCCAGUCUUAUCUGUGCCUUUACUGCUUUGCGCAUCUCAGAUGCUAACUUGGUUCUUUUUCCAGAAGCCUUUGUAUUGGUUAAAAAUUAUUUUCCAUUGCAGAAGCAGCUGGACUAUGCAAAAAGUAUUUCUCUGUCAGUUCCCCACUCUAUACCAAGGAUAUUAUUAAAACUAGAAAUGACUGCAUUGAGAGGGAGUUGUGGGAAAUAAGAAGAAUGAAAGCCUCUCUUUCUGUCCGCAGAUCCUGACUUUUCCAAAGUGCCUUAAAAGAAAUCAGACAAAUGCCCUGAGUGGUAACUUCUGUGUUAUUUUACUCUUAAAACCAAACUCUACCUUUUCUUGUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGGUUACCUUCUCAUUCAUGUCAAGUAUGUGGUUCAUUCUUAGAACCAAGGGAAAUACUGCUCCCCCCAUUUGCUGACGUAGUGCUCUCAUGGGCUCACCUGGGCCCAAGGCACAGCCAGGGCACAGUUAGGCCUGGAUGUUUGCCUGGUCCGUGAGAUGCCGCGGGUCCUGUUUCCUUACUGGGGAUUUCAGGGCUGGGGGUUCAGGGAGCAUUUCCUUUUCCUGGGAGUUAUGACCGCGAAGUUGUCAUGUGCCGUGCCCUUUUCUGUUUCUGUGUAUCCUAUUGCUGGUGACUCUGUGUGAACUGGCCUUUGGGAAAGAUCAGAGAGGGCAGAGGUGGCACAGGACAGUAAAGGAGAUGCUGUGCUGGCCUUCAGCCUGGACAGGGUCUCUGCUGACUGCCAGGGGCGGGGGCUCUGCAUAGCCAGGAUGACGGCUUUCAUGUCCCAGAGACCUGUUGUGCUGUGUAUUUUGAUUUCCUGUGUAUGCAAAUGUGUGUAUUUACCAUUGUGUAGGGGGCUGUGUCUGAUCUUGGUGUUCAAAACAGAACUGUAUUUUUGCCUUUAAAAUUAAAUAAUAUAACGUGAAUAAAUGACCCUAUCUUUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1411.22 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1480.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 993.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((((((((((((((....(((((((.((((((((..((((((((..(((((.((((((((((....)))).)))).)).)))))))))).)))..)))))))).).(((((..(((((((.((((..............).))).))))).))..)))))...)))))).))))))(((.((..((((((.(.(((..((((((...(((((((((((.....))))))).)))).....))))))..))).).))))))..))))).........))))))))))).)))))(((((.((((((((..(((((((((((((((.....(((((..((((((.(.....).))))))........))))).....))))).)))).)))))).((((.(((.((((((((.(((...(((((............))))).))).))))....((((..((((.((((.((((((((.(((...((..(((..((((.(((((((.((((((...........)))))).....((((((..((..((.((....))))..))..))))))........))))))).))))..)))..))((((((((.(((...)))...((((..(((...........((((.(((......)))))))))).))))(((((((.((.(.(((((((((................((((.((..(((((((((........((((...(((...(((((.(((((.((.((....)).)).)))))((((((....))))))......((.(((((.............(((.(((.((((.((.......((((((...)))))).....((.((.(((..(((((((...((((((.......((((...((((((....))))))))))))))))..)))))))...))).))))..(((((((((..((((.((((((((.(((((((((((....(((((.((..((((((((........((...(((.((((.((((((((((((..((((..((((((..((((((((...((((((((...(((.(((((((((((((.((...(((......))).))...))).)).)))))).)).)))........(((((...)))))(((......))).(((..(((((((...........)))))))..)))((((..(((..((((((..((((((((((.(..((((.((((........))))...))))..).)))))....)))))..))))))..)))))))..)))))))).(((.(((((((((..(((.......)))..)))))))))))).....((.(((.((.((.((((((((..........))).))))).)).))))).))...........((((((((.((....))))))))))))))))))((((((..(((((...((......))....))))))))))).........)))))).))))..)))).)))))))).)))).)))))(((((((((((((....((((.((((((((((((((((((((((((((........)))))))........((((((((((..(((((.....))))))))))))))).))))))))).)))))))........)))))))...((((((((((........................(((((((.....)))))))....(((((((((.((......((...(((((((((((.((((((((((((((((((......((((.........))))))))))))..((((......))))...(((((...)))))...((((((((.(((..(((....))).)))......))))))))........(.((((((((((((((((.((.....)).)))))..))))))))))).))))))))....))).))))).......))))))...)).....)).))))))).))..)))))))))))))))))))))))........)))))))).)).))))))))))).((...(((....)))...)).((((((.....(((((.(((((..(((((......(((((((.............((((((..((((.......))))..))...)))).((((((..(((.......((((((........((((((.((..(((((((((((((((....))))....))).))))))))((((.(((((((......(((((...((....(((((((.....)))))))....))...)))))....)))))))))))(((.(((((((((((.....((((((.....((((((((((((((.((....)))))))))))(((.....))).)))))))))))........)))))))).))).))).))))))))(((((((((....(((((...))))).....))))))))).....(((((.....)))))................)))))).......))).......))))))...................)))))))...........)).))).))))).)))))))))))((((((.((.....)).)))))).)))))))))))))...))))..))))))))).......(((....)))...)).)))).)))))).............))))).))..........))))).))))))).((((........)))).......)))))))))..))...)))).((((((((...((((((.((...((.....)).)).))))))))))))))..)).))))))).))).)))).)))..(((((.(((........))).)))))..)))))))).))).)))).)))).)))).))))..))))(((......)))...((((.....))))))))))).))))..(((.((((((((((((((((((((..(((((......)))))))))))))).(((..(((......))).)))..((((..((((((((((...)))))...............(((((..((.((((((.(((..((......))..))).)))))).))..)))))....))))).))))((((((.((((((((..(((....((((((((((((.((..((((.(((((.(...((((((((((((..(((((((....((((.((.........))))))....)))))))...((((.((((...(((...)))...)))).))))...........((((((((((......)))))..)))))....(((((((...........................................))))))).))))))))..((((.(((.(.(((((((.((((((((....((((((((...((((((((((((..((.........))....)))))(((((..(((((..(((((((.(((((.(.......).))))).)))..))))))))))))))..(((.(.(((((((.(((((....)))))...))))))).).)))...)))))))))))))))..))))))))...))))))).).))).))))....)))).).)))))))))..))))))))).....))))).....))).))))))))....))))))...))).)))))))).)))......((.((((...((((((.((((.(.(((.....))).).)))).))))))....)))))).)))))))))))))((((((..(((((..(((((...((.(((.....))).))....)))))...........)))))..))))))((((.(((....))))))).....)))))).......(((...(((((((......))))((((((.((.............)).)))))).(((......))))))..))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((((((((((((({....({{{{{|,((((((((,.(((((((({{(((((.((((((((((....}))).)))).)).))))))}})),))}..)))))))),}.(((((..(((((((.((({..............}.))).)))))},)..)))))..,|||||}.})))))||(((({,({((({|(,,({|((((({(.{{(|||||||||,..|,|)))))))})))),,}.}}))))}}.||....,}))}}...,,.,|,......,}}))))))))),))})}(((((,(({(((((..(((((((((({((((.....(((((..((((((.(.....}.)))))),||....,))))).....)))))}))))}}))))).||||}{{|||{((((((.{{{..,((||{,,||,,..}}..)}))),|||,||||,,..{{((..{(({,((({.,{{((({(,(({.((({..{((..{{|{.{{|||{{,|||{||,..........)))))),,|},|||||{..((.,{{,(|||..|||}|.,)..))))))..{,.{,,|}}}}}}.)))},,)))..)}))||||||||{,..,|||{,.((((..(((...........((((.(((......)))))))))).))))(((((((.((.{.((((((({,.,..............((((.((..(((((((((........((((...,{{...{{{{{.(((((.((.((....)).)).))))),{((((,,..,|||}}......((.(((((.............(((.(((.((((,{{{,,....((((((,,,|}}}}))))},||.({.(((..(((((((.,.((((((.......((((...((((((....)))))))))))))))).,)))))))...))).))}}..(((((((((..((((.(((((((,{(((((((((((....(((((.{{..((((((((........{{...,,..{{((,{{((((((((((..((((..({((((.,{(((((((...((((((((...(((.(((((((((({((.((...,((....,,}},.))...))}.)).)))))).)).)))........(((((...))))){((......))).(((..((((((({,......,,.)))))))..)))((((,.({,{{((((((..((((((((((,,..((((.((((........))))...)))).,),)))},....)))))..)))))),})))))))..)))))))).(({,(((((((((..(((.......)))..)))))))))))).....((.(((.((.((.((((((((..........))),})))).)).))))).))........,,.((((((((,{{....)))))))))))))))))|{(((((..(((((.,,,{......}}..,.))))))))))),........}))))),)))),.)))).)))))))).))}),}}}},{((((((((((((....((((.((((((((((((((((((({((((((........)))))},,.......((((((((((..(((((.....))))))))))))))),))))))))).)))))}}.....,,,))}))))..,({{(({{({{.,......................(((((((.....))))))).}},||{{{((({.,,{{{{{{{....,,||||||}|.,,,.,,{{{{{((((((((......((((......,,.))))))))))||..(({(.,,.,,||||.....|||}|||||},,.,{{||{|||.}}}..,.,..{{||...})})...,))))))))..|}||,.{.((((((((((((((((.((.....)).))))).,))))))))))),||||||||........|||{.,||,,,,}},,}},,.}}},...}},})))))).,}..))))))))))))))))))))))).....,..)))))))).)}.))))))))))).{(,,,(((....))}.,,)).((((((.....(((((.(((((..(((((......(((((((.............((((,,,,((((.......)))).,),...)))).((..((((((({{{,,...,,|},,,,.......,}))))),}{((((((((((((((....))))....))).))))))))((((.(((((((......(((((..,({,{..(((((((.....))))))).,},),..,)))))....)))))))))))((((((((.((((((((,,{((((((.....{,((((((((((||,({....)))))))))||{((,,,,{{{..|,,.,.|))))}},},,}}))||||||.|,,....,}))})))|(((((((((....(({((...})))).....))))))))),....(((((.....)))))........,,......,..,...,,,}}})),......)))))))}..................)))))))...,},,,...))}})).))))).)))))))))))((((((.((,...,)).)))))).)))))))))))))...))))..)))))))))..,...,{{{....})),..}},}))).)))))).............))))).))...,},,...))))),,}})))).((((........)))).......)))))))))..}},..)))).((((((((...((((((.((...{,.....},.)).))))))))))))))..)),))))))),})).)))).)))..(((((.(((........))).)))))}}}|||||}},))),)))),)))).}}}},|}|},,|||}(((......}})}},((((|,,..))}}))))))).)))}..(((.((((((((((((((((((((..(((((......)))))))))))))).(((..(((......))).)))..((((..((((((((((...)))))...............(((((..((.((((((.(((..((......})..))).)))))).))..)))))....))))).))))((((((.((((((((..(((....((((((((((({,{{..((((.(((((.{,,.((({((((((((,.{((((((....(((({((.........)}))))....))))))}.,.,,.(((({...}}}}}{((..((((((((..{({.,,.......((((((((((......)))))..}))))..,{{{,.,{{{.............)}})))),......,,.,,,..})))))))..)))..))))))))..((((.(((.(.(((((((.((((((((....((((((((...((((((((((((..((.........))....)))))(((((..(((((..(((((((.(((((.(.......).))))).)),.,))))))))))))))..(((.(.(((((((.{((((....)))))...))))))).).)))...)))))))))))))))..))))))))...))))))).).))).)))),},.))}}.,.)))))))))..)}))))))).....))))).....))).))))))))....))))))...))).)))))))).))){{{,,,(,.((((,..{(((((.((((.(.(((.....))).).)))).)))))))))),))))).)))))))))))))((((((..(((((..(((((...((.(((.....))).))....)))))...........)))))..))))))((((.(((....))))))).....)))))).,.,||,{|,.,,{{,({{{......)))),{{{,,,||},...........,,.,,,}},.,{{......},}},,..,,,.......
Back