Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378497.1
Sequence Length
1520 nt
GC Content
0.6132
GCUCCCAGGUCUGGCUGGCUGGAGGAGUCUCAGCUCUCAGCCGCUCGCCCGCCCCCGCUCCGGGCCCUCCCCUAGUCGCCGCUGUGGGGCAGCGCCUGGCGGGCGGCCCGCGGGCGGGUCGCCUCCCCUCCUGUAGCCCACACCCUUCUUAAAGCGGCGGCGGGAAGAUGAGGCUUCGGGAGCCGCUCCUGAGCGGCAGCGCCGCGAUGCCAGGCGCGUCCCUACAGCGGGCCUGCCGCCUGCUCGUGGCCGUCUGCGCUCUGCACCUUGGCGUCACCCUCGUUUACUACCUGGCUGGCCGCGACCUGAGCCGCCUGCCCCAACUGGUCGGAGUCUCCACACCGCUGCAGGGCGGCUCGAACAGUGCCGCCGCCAUCGGGCAGUCCUCCGGGGAGCUCCGGACCGGAGGGGCCCGGCCGCCGCCUCCUCUAGGCGCCUCCUCCCAGCCGCGCCCGGGUGGCGACUCCAGCCCAGUCGUGGAUUCUGGCCCUGGCCCCGCUAGCAACUUGACCUCGGUCCCAGUGCCCCACACCACCGCACUGUCGCUGCCCGCCUGCCCUGAGGAGUCCCCGCUGCUUGUGGGCCCCAUGCUGAUUGAGUUUAACAUGCCUGUGGACCUGGAGCUCGUGGCAAAGCAGAACCCAAAUGUGAAGAUGGGCGGCCGCUAUGCCCCCAGGGACUGCGUCUCUCCUCACAAGGUGGCCAUCAUCAUUCCAUUCCGCAACCGGCAGGAGCACCUCAAGUACUGGCUAUAUUAUUUGCACCCAGUCCUGCAGCGCCAGCAGCUGGACUAUGGCAUCUAUGUUAUCAACCAGUAUGAAAAAAUAAGAAGACUCCUGUGGUGAAGGCUUCGCCUGGUCUGUUCUGCUCUGGAGGUGGCAGCGCAUGGUGGUUAGUCCCAGCAUCUUCCUGGAGAUUUGAGCGUGAGACGUGCUGGCUGUGUGGGCUGUGCCACCUGAGGAGGAUUGGCCAGUCAUAAGGACUCAGCCUGGUUGCUGAAUCCAGCUGGGGACCUUGACCCCAGUGACUGGCUUUUCAGCGGCUACCUGUUCUCGAGACAAAUGCUGUCCUCCCCUAAGGAGUCUGGGCUGUGGCAAAGCUAUGACAUAGGUACAACCGUCCUUUUGCCAGGUGGGGCUUAGGUGGAGAAGUUGAAGCCUGGACUCAGUCAAGAUCUCAGGACUGGGAGCAAGGAGCCUCUUACUCCCAGGGUGCCCACUUGGUUCCCACUGACUGUUGGUGGAAACUAGGGGCUGAGCUGGAGGCUUUUUAGAGGAAGAAAUGACAAGCUGGGGGCUGGAUUAUCCCUGGGGGUGAAAAUGGAGUCAGCUAGAUAGGUUAUGUCUUGAAGGAGAGGAGGGUCCCCUGGUGUCAGGAAGCAGAGCCUGAACUCCAUGUUAGACCCUGGAUUGGAGAGUGGGCAGGACACUUGGGAGAGACAGGACUUGGUACUGGCGAGGGUACUACCACACCCAUUCUGGGAGUGGACUAUAGAGAAAUAAAUCCUAAAAGUGGACCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-653.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -678.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((((..(((((....)))))))))))...))).((((.(((((((((((((((((.(((..(((((((((((..(((((((((((((((((((....))))))))))..((((......(((.(.(((((....))).))..).))).....))))..(((((((...)))))))(((((...)))))...)))))))))..))))))))))).((((((..((..(((.(((..(((((..((((((((..((.(..((((((.....(((.(((((((((..((......(((.((.(((((..(((((((((((((((.....(((((..((((((.(.....).))))))........))))).....))))).)))).)))))).)))))((((((.((((.(((((((((.((((((..(((((((((((((((.(((..((....(((((((.((((((.((((...((((..(((..((((((...(((.(.((....((((((((((((((...((.(((((((.((((.((...((((((((((((.....)))))...(((((((.((((...(((((((((.(((.....((.((((.((.(...((.((......(((.((((((((..(((((((.((.....((((((...)))))).....)).))))))).))))).)))))))).))....).)).)))).)).....))).))).........(((.(..(((((.((.((....)).)).)))))..))))...)))))))))).)))))))............)))))))((((...(((((......)))))...))))...))))))))))))))))))))))..(((((((.......)))).)))(((.(((.((((((((.((.((((((.((((.((((((((.(((..((..((((((((....(((.(((((......))))).))).(((((((.......)))))))))))))))..)).(((((....((((.....))))...))))).((((.....))))))).))..)))))).))))...)))))).))))..))).))).)))))))))))))...))).))))))))).)))..)).))..)))).)))).)).)))))))....))..))).......))).))))))...(((((((.(((((((...))))))).)))))))))))).)..))))))..)))))))))...........)).)).)))))).........)).))).....))..))))))))).)))......((((....)))).)))))))))..)))).))))..))))))))))).(((((..((((...))))..)))))))..))))))..))).))).)))...)).)))))....)))).))))....((((.((((...)))).))))(((.(((.((......)))))..))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{{((((((((({((((({,{{{({....))))}))))))}|.|||{(({({((((((((((({(((((,(({{{({((({{{{||}.|||{||||{|||{||||||.}}}))))}}|||{{.,{((((({.((({..............}.))).)))))},)..))))),{(((({(...))))}})|||({,,,|||||,,.|}}||||||{.|||}}}}}}))}{{{|||||||},||}}|||.,{||||,{((((({{(,,((,(,,((((((.({,.(({.(((((((((..((......(((.((.(((((..(((((((((({((((.....(((((..((((((.(.....}.)))))),|,....,))))).....)))))}))))}}))))).)))))((((((.(((({(((((((((.((((((..(((((((((((((((.((,{.(({{..(((((((.((((((.((((..,((((..(((..((((((...(((.(.((.,,.((((((((((((((...((.((((((({((((((((,(((.(((....})).)))}.)))).{{{((((,..(((((((..{{.,{{.,,)).,.,.))))}))}))}}.((((((((({,((((.((((((((..(((((((.((.....((((((...)))))).....)).))))))).))))).))))))).....,{{|{(((((({..{(...(((((((..(((.{(,.(((.,..(((((.((.((....)).)).)))))..})))...))).))}...))))))).........,}..).)))))))|||{,({{{,,,))))))...)))))))).,),)))))))))))))))))))).{(((((((.......}}}|,|}}|{{.(((.{{{{{{|{,((,((((((.((((,{(((((((.,{{|||{.,|||||(((.,..{{{.{||||.,{{{{|||||,,||{(((((((.......))))))},,)))),,.}))}|||||},..{|||},...)}}}..,))))),||||....,))}},}}}))},)|||||,|}}}..,|}}}}|,}},.,,)))),)),))))),))))))),,.))).))))))))).)))..)).},,,)))).)))).)).)))))))....,)}}),}.,...,.))).))))))...(((((((.(((((({...})))))).)))))))))))).)..))))))..))))))))).}.........)).)).)))))).........)),))).....,}..))))))))).}}}......,|||..,}}))).)))))).,}..))))}))))..)))))))},,,.(((((..((((...))))..))))).)})))),)).,})),)))}),,..,||.}}|||,,{,}},}.}))),,,,((((.((({...)))).)))){{{.(((.({......))))}..}}}))}))).
Back