Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378513.1
Sequence Length
3601 nt
GC Content
0.4388
AGACCAGCACGGCCUCGCGGAGCCGGCCCGGCGGACCGUGACGGGUCCCCUCACCUCCUCUUCUCUCCCCUCCCCGCCCGCCCUCUCUCCCUCCCUUCCUCCCUCCCGCUCGCUUCUUCUCACGCCGGGAGCAGGCUCCCGCCUCGCACCGCUGCCCCGCGAGCAGCUCCUCUUCUCCCGAGGCGCGCGGGGCGCCCCCGCGAGCCCCGCGGCUGAGACCCCGCAGCCUGGAGGAGGGCUGUCCGGGGCUUUGGUGUGGCCGUGGCUGACACUAAAGACUUUGUAGCCAUCAACCCGAGUGCAGUUUCGAUGGAAAAUGAAGGUUGCACGUUUUCAAAAAAUACCUAAUGGUGAAAAUGAGACAAUGAUUCCUGUAUUGACAUCAAAAAAAGCAAGUGAAUUACCAGUCAGUGAAGUUGCAAGCAUUCUCCAAGCUGAUCUUCAGAAUGGUCUAAACAAAUGUGAAGUUAGUCAUAGGCGAGCCUUUCAUGGCUGGAAUGAGUUUGAUAUUAGUGAAGAUGAGCCACUGUGGAAGAAGUAUAUUUCUCAGUUUAAAAAUCCCCUUAUUAUGCUGCUUCUGGCUUCUGCAGUCAUCAGUGUUUUAAUGCAUCAGUUUGAUGAUGCCGUCAGUAUCACUGUGGCAAUACUUAUCGUUGUUACAGUUGCCUUUGUUCAGGAAUAUCGUUCAGAAAAAUCUCUUGAAGAAUUGAGUAAACUUGUGCCACCAGAAUGCCAUUGUGUGCGUGAAGGAAAAUUGGAGCAUACACUUGCCCGAGACUUGGUUCCAGGUGAUACAGUUUGCCUUUCUGUUGGGGAUAGAGUUCCUGCUGACUUACGCUUGUUUGAGGCUGUGGAUCUUUCCAUUGAUGAGUCCAGCUUGACAGGUGAGACAACGCCUUGUUCUAAGGUGACAGCUCCUCAGCCAGCUGCAACUAAUGGAGAUCUUGCAUCGAGAAGUAACAUUGCCUUUAUGGGAACACUGGUCAGAUGUGGCAAAGCAAAGGGUGUUGUCAUUGGAACAGGAGAAAAUUCUGAAUUUGGGGAGGUUUUUAAAAUGAUGCAAGCAGAAGAGGCACCAAAAACCCCUCUGCAGAAGAGCAUGGACCUCUUAGGAAAACAACUUUCCUUUUACUCCUUUGGUAUAAUAGGAAUCAUCAUGUUGGUUGGCUGGUUACUGGGAAAAGAUAUCCUGGAAAUGUUUACUAUUAGUGUAAGUUUGGCUGUAGCAGCAAUUCCUGAAGGUCUCCCCAUUGUGGUCACAGUGACGCUAGCUCUUGGUGUUAUGAGAAUGGUGAAGAAAAGGGCCAUUGUGAAAAAGCUGCCUAUUGUUGAAACUCUGGGCUGCUGUAAUGUGAUUUGUUCAGAUAAAACUGGAACACUGACGAAGAAUGAAAUGACUGUUACUCACAUAUUUACUUCAGAUGGUCUGCAUGCUGAGGUUACUGGAGUUGGCUAUAAUCAAUUUGGGGAAGUGAUUGUUGAUGGUGAUGUUGUUCAUGGAUUCUAUAACCCAGCUGUUAGCAGAAUUGUUGAGGCGGGCUGUGUGUGCAAUGAUGCUGUAAUUAGAAACAAUACUCUAAUGGGGAAGCCAACAGAAGGGGCCUUAAUUGCUCUUGCAAUGAAGAUGGGUCUUGAUGGACUUCAACAAGACUACAUCAGAAAAGCUGAAUACCCUUUUAGCUCUGAGCAAAAGUGGAUGGCUGUUAAGUGUGUACACCGAACACAGCAGGACAGACCAGAGAUUUGUUUUAUGAAAGGUGCUUACGAACAAGUAAUUAAGUACUGUACUACAUACCAGAGCAAAGGGCAGACCUUGACACUUACUCAGCAGCAGAGAGAUGUGUACCAACAAGAGAAGGCACGCAUGGGCUCAGCGGGACUCAGAGUUCUUGCUUUGGCUUCUGGUCCUGAACUGGGACAGCUGACAUUUCUUGGCUUGGUGGGAAUCAUUGAUCCACCUAGAACUGGUGUGAAAGAAGCUGUUACAACACUCAUUGCCUCAGGAGUAUCAAUAAAAAUGAUUACUGGAGAUUCACAGGAGACUGCAGUUGCAAUCGCCAGUCGUCUGGGAUUGUAUUCCAAAACUUCCCAGUCAGUCUCAGGAGAAGAAAUAGAUGCAAUGGAUGUUCAGCAGCUUUCACAAAUAGUACCAAAGGUUGCAGUAUUUUACAGAGCUAGCCCAAGGCACAAGAUGAAAAUUAUUAAGUCGCUACAGAAGAACGGUUCAGUUGUAGCCAUGACAGGAGAUGGAGUAAAUGAUGCAGUUGCUCUGAAGGCUGCAGACAUUGGAGUUGCGAUGGGCCAGACUGGUACAGAUGUUUGCAAAGAGGCAGCAGACAUGAUCCUAGUGGAUGAUGAUUUUCAAACCAUAAUGUCUGCAAUCGAAGAGGGUAAAGGGAUUUAUAAUAACAUUAAAAAUUUCGUUAGAUUCCAGCUGAGCACGAGUAUAGCAGCAUUAACUUUAAUCUCAUUGGCUACAUUAAUGAACUUUCCUAAUCCUCUCAAUGCCAUGCAGAUUUUGUGGAUCAAUAUUAUUAUGGAUGGACCCCCAGCUCAGAGCCUUGGAGUAGAACCAGUGGAUAAAGAUGUCAUUCGUAAACCUCCUCGCAACUGGAAAGACAGCAUUUUGACUAAAAACUUGAUACUUAAAAUACUUGUUUCAUCAAUAAUCAUUGUUUGUGGGACUUUGUUUGUCUUCUGGCGUGAGCUACGAGACAAUGUGAUUACACCUCGAGACACAACAAUGACCUUCACAUGCUUUGUGUUUUUUGACAUGUUCAAUGCACUAAGUUCCAGAUCCCAGACCAAGUCUGUGUUUGAGAUUGGACUCUGCAGUAAUAGAAUGUUUUGCUAUGCAGUUCUUGGAUCCAUCAUGGGACAAUUACUAGUUAUUUACUUUCCUCCGCUUCAGAAGGUUUUUCAGACUGAGAGCCUAAGCAUACUGGAUCUGUUGUUUCUUUUGGGUCUCACCUCAUCAGUGUGCAUAGUGGCAGAAAUUAUAAAGAAGGUUGAAAGGAGCAGGGAAAAGAUCCAGAAGCAUGUCUGGCUCUGGGAGAGGAGUGGACAGCAGCUGGUUGAGAUACAUCCCCAUCUGGAGACAGGACUGCCACUGACAGAAGAUGUGAGCUGUGUCUAAGUCCAGUCUUGUGCCCAGCCGUGUCUGCGCCUUCACUCUUUGGAACUCUGCAUACAACAUCUUAGCACCAUCUUCCUGCAGCUCUUCCUUACCUAAAUAAAGAAACAGCCCAAGGGCAGUAUUUCUAAAAGCACUGUAACAGCUUUUCAUUUUCUCCACAUAUACUACAAAUUCUAUAAAGAAAGAAAUUAAUUUAAAAAAACUAAGAUGUUUUUCUCUUCUGGCUUCAUAAAUGCCUUGCUGUAUAAAUUGAAAUAUUGAUACUGAACUGUCUUUUUAAUGAUGACCUAACUUUAUUCAACCCAUCGGAAUUUACUUUUUCCCUGAAAUAAGAUCUUUUCCACUGGUCUACUACCUGACCAUAAACAUGUCUGCAUUUGAAUUCUCUAAACCCUAAAUCUGUGUCUAUGAAAAAUACAAAUGACUAUUAAAUAUUAUUCUCUUUACUGUUCUCUUUCACCGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1035.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1108.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1230.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((..((((.((((.(((.((.(((((......)))))))(((((((..(.((.((((((.........(((..((((............((((.....(((((..((((((((((((((((((((....))))(((((((..((((((.((.((((.((((((((....((((..(((((((.(..(((((.....)))))..).).)))))).))))))))))))))))))))))))..)))))))..(((.((((..((((........(((((((((((((...(((((.(((((........)))))..)))))((((((.......(((....)))))))))..((((((((((((((((((.((..............)).)))((((((..((((((.((((..(((((......(((.(((((((.....(((.((((...(((((......)))))..(.((((......)))).).....))))))).....))))))).))).((((.((((........)))).))))(((((((((((((......(((((...........)))))..((((.(((((...((((((......)))))).(((((....(((((((((((.......)))))))))))..........(((((((.((.....))...((((((...((((..(.(((((((.(((.((((.....((((.(((((((.(.((......)).).)))))))(((....)))...))))....)))).))))))))))).))))...))))))...))))))))))))...((((((((..((((((((((....))))..........)))))))))))))).........(((((((((..((((((((((((..((..((((((.((.((..((...((.(((.(((..(((....)))))).))).))...)).)).)).))))))...))..)))).)))))))))))))))))..))))).))))....)))).)))))))))...)))))..))))((((((..(((.......((((.....))))..))).))))))((((((.....))))))))))))...))))))..)))))))))))..)))))))))).)))))))((((...((((.((..((((.((((..((((.(((.........))))))).)))).)))).))..)))).))))...))))..)))).)))...)))))))))))...))))).))))).....))))....(((((...(((.(((((..((....))..))))).)))(((((((.((((((((((......)).)))))..............))).)).)))))))))).....((((((((((.....))).)))))))....))))..)))............)))).)).))..)..)).)))))......(((..((((((.((((......))))..))))))..)))))).)))).)))).))..)).)))))..((((((........))))))(((((((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((((.((.....)).))))))).)))).....(((((((......)))))))(((((...(((((..((((((((...(((((.......)))))....))))).)))......(((((((((...(((((((((......)))....))))))......))))...)))))((((.....))))..))))).)))))..((((((((((((((.((..........)).))))))(((((.(((((((.(((((((....))))))).)))).(((((.....))))).((((.((.((.((((((.(((((...........))))).)).((((.((((((((..((((....((((.(((((((.((.((((((.((((......(((.(((((.(((((((((....)))....)).)))).))))).)))....))))))))))....((((((...........)).)))).....)).))))))).))))))))..))))))))..)))).)))).)).))))))..........))))))))..(((((..(((((...)))))..)).)))......(((.((((((..((((((((......((((((((((...((((((..(((((((...((.(((((((((((..(((....((.((((...)))).)).((((((((.........)))))))).((((....))))((......)).)))..))))))))))).))....))))))).((((((((.....................)))))))).((((.((....)).)))).))))))))))).)))))..))))))))....)))))))))......)))))..))).(((((((((((((((.(((.........(((........)))(((...)))...((((((((.((((((((.(((((((((((.(((...............(((((((((((.(((((((...............)))))))....(((((((.(((((...))))).))))))).....(((((((.((((....)))).))))))).(((....)))...(((((((((..(((.......)))...)))))))))((((.(((((..(((((...(((((((((...(((((...(.(((.((.((((((((((((..(((((..((..((.((((((...(((((.((((..((((....((((((((((((.(((.((((((((.((((...(((((((((((((......))))))))..((.(.((((((((.(((((((((((((.(.((..........(.(((......))).).........)).).))))))))))))).)....)))))))).))...))))).....)))).)))))))).))))).)))))).......))))....))))..)))))))))....).))))).)).)).))))).....)))))))))))).)).))).)..)))))...........))))))))).)))))..))))).))))........((((...(((.(((.(((......))).)))..)))...))))(((((((((.((((((.........)))))).............(((((..(((.........(((((((((...((((..........))))...))))).))))(((.........))))))..)))))....)))))))))........)))))))))))))))))))....................((((........))))((......)))))))))))))))))))))).))))))))))))...)))))))).......................(((((.........)))))....................)))))).)))))..))))).))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,(((({(((((.,((({(((({({,.(({(({{{,.,,.,||}}}},...,....,{,,{,..,,|,||{|||||,|||..,...............,,((,,,{,{{(({..{{{,{{{||||||||,,|||},,,))},{((((((..((((((.({,((((.((((((((....((((..(((((((.,..(((((.....)))))..|.).)))))).))))))))))))))))))))))))..)))))))}}|||,{|||.,(({,..,,,,..(((((((((((((.,.(((((.(((({.,......))))).}))))){{(((({.....{(((....)))),,,.))}|||,(((((((((((.{(,,,..,,..........,}.},,((((((..((((((.{(((..(({({,,.,..(((.(((((((.....(((.((((...{((((......))))}..(.((((......)))).).....)))))))..,..))))))).))).{{{{.||{(,,,.....}))).}}}|(((((((((((({,{..{(((((,..{{{{{....})}},,,,||||||..|,..((((((......)))))).{{{{({,..(((((((((((.......))))))))))).,{,,.....,|||{,,.,,.,,,,||,..,{((({||.{(({..{.(((((({,(((.((((.{,,.(({{.(((((((.(.((......)).).))))))).,,}},,|}....}}))},..)))).))))))))))}.)))),..|||||}...,}))))})))))...((((((((..{((((({(((,,..||,,..,,.,},}})))))})))))))).{,,,,{{{(((((((({.{{({{((((({{{..{{.,||||{{.||,{||,,,.{{(({,..}}}}}.,|..,,||,{{,...,)}},.,,,},}},}}.})))))...))..)))),))))))}}}}}}}))))|}}...}}))}},,..)))),)))))))))...)))))..}}}|((((((..{{{.....,.{||{,,...}}})..})).))))))((((((.....))))))}))))}...})))))..)))))))))))..}}}})))))).))))))){(((...((((.{{..((((.((((..((({,(((.........))))))).)))).)))).},..)))).)))}..,}}}},,}}))}}}}}..}}},||||||....|||||{|||||{{{..,}}|....{{(({...(((.(((((..((....))..))))).))){{{((((.({{(((((((......))}})})},{.,,..,,....,}}}.}}.))))}))))).....((((((((((.....))).)))))))..{{.((((((|......})))))).))|}||{||{.,((((((((.{,{{{,{{{({{({{.,,,||||...|,,,|||||||||||,,|}}}}}|||||,||{,,{,...{,|||||,,((((((........))))))||||{{{{{{{.||{|{({|.{(,.(((((....))))).,}|{(((((((((.((,...,)).))))))).))||{{....{|||{,..,,|||}},|||(((((...(((((..((((((((...(((((.......)))))....))))).)))....||(({{{((((...(((((((((......}},...,}))))),,..,.)))}.,}))))}|{((,....)))}..}}}}}.}}}}}.}}}.|||||{{((({.((..{....|..)).)}))}|{,,|||((((((((,{{{||||},,}}},})))))))}||||||..,,)))})|{|{{,,.,,|,}}}|||.((((({..,,...,,)))))).,}.((((.(((((({(.,((((,,..((((.(((((((.((.{{(((({((,,.....}|||.{||{{|{,(((,{,,||{,|||,,,,||{||||.||||,..,)))}}))))))}}}}....{{{{{{.|..,,,}}}.}).)))}.....)).))))))).))))}))),,))))))))..)))).||...}}}}}))))}}},,,}}.,}}}})))}.,(((({..(((({...,}}}}..}|,|||,.,{,,({{.((((((.,((((((((.....,((((((((({.,,((((((,,{(((({{,,,((,(((((((({(({.((({.{,((.((({...}))}.||,{,(((({(..,,,,||.||||||||,((((....)))),|||....,,.,,||{|||}|||||||.}}..,,|||||,,.((((((({................,,,,,||}}}}||,({((.({..,,}}.}}}).}}}))})))),.,}))),,)))}}}}}.,,,))))}}})),,.,,}})))}.,},..{|||||||{||||||.{{{..,....},|{{.{((....))}(({...}}}...((((((({{({((((((.{(({(({({{,{{{,.....{{{.......,|||{((((((.{{((({{...............}}}}}}}....(((((({.((({,...}))}}.))))))}...,,(((((((.((((....)))).))))))}.(({....)}}...(((((((((..{((.......)))...})))))))}.|||,||{||..||{||,..{{|{(((({,{.(((((,..|.|||.||,||((((((((((.,(((((..{,..((.((((({,,{((((({({((..((((..,{((({{{(({((({(((.((((((({.((((,{,{{,{.{(({{{{{|...,}}||||||},,((,{.((((((((.{(((((((((({{.{,{{..........(.(((......))).}.........}},},)}))))))))))}.,...})))))))..}|.,,}.,)))))}.))}).)))))))).,}}})}))))}}.,.....}}))}},.))))..))))))))}.|.,).))))).}).),.)))))}....)))))))))))).)).))),)},)))))}},,,....,,))))))))),))}}}..,,))),,}}}}.,},...,|}}}},|||,||}.,,,........,{|{|{,.(((....))),||.||}}},{{|||,,,,,,...}}}}}),,.}},}},,,..,,,,,..,,..{{{{....||||||||,.........,{{{{{......)))))),}.}}}}(((.........))).,},,))}},...,}},,}}}}},}})}}..)))))))}},,.,||||}}................,,,,((((........)))).}}}},..},))))))))))))||||}}}}.}},)))))}}}}...))))))}},,|},,},}},,....,....,,,),))))}}}},..,,}}},}}.}}}}}}},..}}}}}}})))))})))))))),,,)}))},..
Back