Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001379164.1
Sequence Length
1969 nt
GC Content
0.5023
ACUCAGAAGCGGGAGUCUCCGAGAGAAGAAAAGCAGGUGGAAGGAGAGGAAGCGGAUGCCGUGGGGUUUACAGCAGGAAAAUCCGUGGAGACAGCAGAUCCGAGAAGCGGCGAUGUUUGCGUAGAACCCUGUACGUGCUUCCUUCGGCCUGUCGCUCUUCCCUUCUCUCUGACCAGCACCAUGCUUCUCCUGGUGACAAGCCUUCUGCUCUGUGAGUUACCACACCCAGCAUUCCUCCUGAUCCCAGAGAAAUCGGAUCUGCGAACAGUGGCACCAGCCUCUAGUCUCAAUGUGAGGUUUGACUCCAGGACGAUGAAUUUAAGCUGGGACUGCCAAGAAAACACAACCUUCAGCAAGUGUUUCUUAACUGACAAGAAGAACAGAGUCGUGGAACCCAGGCUCAGUAACAACGAAUGUUCGUGCACAUUUCGUGAAAUUUGUCUGCAUGAAGGAGUCACAUUUGAGGUUCACGUGAAUACUAGUCAAAGAGGAUUUCAACAGAAACUGCUUUAUCCAAAUUCAGGAAGGGAGGGUACCGCUGCUCAGAAUUUCUCCUGUUUCAUCUACAAUGCGGAUUUAAUGAACUGUACCUGGGCGAGGGGUCCGACGGCCCCCCGUGACGUCCAGUAUUUUUUGUACAUACGAAACUCAAAGAGAAGGAGGGAGAUCCGGUGUCCUUAUUACAUACAAGACUCAGGAACCCAUGUGGGAUGUCACCUGGAUAACCUGUCAGGAUUAACGUCUCGCAAUUACUUUCUGGUUAACGGAACCAGCCGAGAAAUUGGCAUCCAAUUCUUUGAUUCACUUUUGGACACAAAGAAAAUAGAACGAUUCAACCCUCCCAGCAAUGUCACCGUACGUUGCAACACGACGCACUGCCUCGUACGGUGGAAACAGCCCAGGACCUAUCAGAAGCUGUCGUACCUGGACUUUCAGUACCAGCUGGACGUCCACAGAAAGAAUACCCAGCCUGGCACGGAAAACCUACUGAUUAAUGUUUCUGGUGAUUUGGAAAAUAGAUACAACUUUCCAAGCUCUGAGCCCAGAGCAAAACACAGUGUGAAGAUCAGAGCUGCAGACGUCCGCAUCUUGAAUUGGAGCUCCUGGAGUGAAGCCAUUGAAUUUGGUUCUGACGACGGGAACCUCGGCUCUGUGUACAUUUAUGUGCUCCUAAUCGUGGGAACCCUUGUCUGUGGCAUCGUCCUCGGCUUCCUCUUUAAAAGGUUCCUUAGGAUACAGCGGCUGUUCCCGCCAGUUCCACAGAUCAAAGACAAACUGAAUGAUAACCAUGAGGUGGAAGACGAGGUAGCUCUCCAGAGAAAGACCCUGUAAGUAUCUUUUUCUUUCUCAAUGACAUCCUGUGAUUGGGCCAUGAGUCACCUCCAAGUUCAGUGCUCAUUUCAUGGAACUGUUUAGCUGUGGGGCCCCACUGAACCCUUUGUGGUCACGCGGCAGCUCUCGGAGGAGCCACGGUUCUCCUGAACGCCCCUGGCUCAGCUACUCAACAAUCACACAAUGGACAGAGCGACGUCCUUCCUCCAAAGCUGCCCACUGAGAGAUUUUCAGGUCAAAAAUUGUAGUGCGUUGAACAGUGACCCUUAACAUUUAUGUCCACGUUAACCUCAGAAUGGGACAUUAUUUCAAAAUAAGGUCUUUGCAGAUGUGAUGAAGGAAAGAAUCUGAAGAUUGGCCGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGACAGGCAGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUGACACGGUGAAACCUCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCGGGCGCCUGUGGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACCGCACUCCAGCCUGAGCGACAGAGCGAGAUUCCGUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-644.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -682.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 275.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..((((((((.((((((((..(((..(((((.(((.(((((((((..(((...(((((((...(((((.....(((((((.........))).....)))).....)))))...))))))))))..)))))))))...))).))))))))..))))))))...((.(...(((((((((((((.(....(((((((((....((((((((((.(.(((.((.(((((.(((....)))....((((.(((((((((.((.(((....))).)).((((((.(.(((((((.(((....((((.((((((..((((((((((((((((((((.(((............))))))))).((.((((((....(((((((((.((....(((((..(((....((((((((......))).)))))...))).)))))..(((((.(((..(..(((((((((...(((.......)))....)))))))))..)..))).)))))(((((.(((((((.((((.(.....((.((((.((.((((.(((((...........(((((.((....)).)))))(((((((..((((((....)))))).((((..((.(((......))).)).))))...(((...)))..((((((.((((.(((.((((.................)))))))..((((((((((..(((((........)))))....)))))))))).........(((((.....)))))(((((....)))))......(((((((.((((....))))..)))))))........))))...))))))........((((((((((..(((...........)))..)))))))))).....)))))))...((((((((((.........(((..((((.((.((((((((...((........))....)))).)))).)).))))..))).........))))))))))..(((((((...........)))))))((((((....)))))).....)))).).)))).)).)))).))...).))).).))))))))))))..(((((..((.((((((.......))))).).))..))))).)).)))))))))(((((....)))))(((((....)))))...)))))).))))))..)))).))))))......((((.(((((....((.....((((......))))..(((((((((............(((((((....(((((((((((((...(((((.((((...(((((((((..((...))..)))))))))..((((((.(((...))).))))))....)))).)))))....)))......))))))))))...))))))))))))))))))....))))).)))).((((((..(((((((...((((((((((.(((((....)))).)...))))))......................((((........))))...))))..)))))))..((((((...)))))).((((.............))))...))))))......))))))))))..)))))))))).).))))))...................))))))))).))))..)))))..((((....)))).)).))).).))))))))))((((((..((((((....)))))).......)))))).((((....))))(((...(((..((((((((((((((...(((((....)))))....................))))))))).)))))..)))...)))(((((....))))).)))))))))..).)))))))..))))))...).)).((((((((..(((.(((.((((....)).))))).)))))))).)))..((......))))))))))..)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,.,(,,((((((((.((((((((..(((..(((((.(((.(((((((((..(((...(((((((((.(((((.....(((((((.........))).....)))).....)))))))}))))))))))..))))))))),..))).})))))))..))))))))...{{.,...(((((((((((((.(..{.(((((((((....((((((((((.(.(((.((.,(({({(((....}}}.,..((((.(((((((((.((.(((....))).)).((((((.(.(((((({{(((....((((,{(((((..((((((((((((((((((((((((............))))))))).((.((((((....(((((((((.((....(((((..{{{....((((((((......)))})))))...,}}.))))).,(((((.(((..{..(((((((((.,.(((.......)))..,.)))))))))..}..))).)))))|(({{{(((((((.((((.(.,.{.((.((((.((.((((.(((((...........(((((.{{....)).))))}((((((({.((((((....)))))).|{{,.{((.,,({,,...,|)})).,)))..,{((...}}}..((((((.((((.(({,((({............},...}))}}}}..((((((((((..(((((........)))))....))))))))))......|||((|{{..,}})),,,(((((....)))))......(((((((.,((,,...,)))..)))))))........))))...))))))......,,{(((((((((..(((...........)))..)))))))))}.....)))))))...((((((((((.,{,{{...,((..((((.((.((((((((...((........)}....)))),,))).)).)))}.})}}..}},....))))))))))..(((((((...........)))))))((((((....)))))).....)))).).)))).)).)))).)).},).))).).)))))))))))}..(((((..((.((((((.......))))).).))..))))).)).)))))))))(((((....)))))(((((....)))))...)))))).))))))..)))).)))))}........,{,({{((....({.....((((......))))..(((((((((............(((((({....(((((((((((,.,,,(((((.((((...(((((((((..((...})..)))))))))..((((((.(({...})).))))))....)))).)))))...,}},....,,))))))))))...}))))))))))))))),}|,,.)}}}}.}},|.(((((({.(((((((.,.((((((((((.(((((....)))}.,,..))))},......................((((........)))).,}))))..))))))),.((((({...}))))),,{{,....,,....,,,,}},,}.))))))......))))))))))..)))))))))).).)))))).,{{{,....,}}},....})))))))).))))..,}}},..{{||....))}).)).))).).))))))))))((((((..((((({....}))))).......)))))).{{{(.,..||||,{{.,.,|{.,|{(({(((((((((...(((((....)))))....................))))))))).)))||{{|||{.{||,,,|||}}}.))))).)))))))))}.).)))))))..))))))...,.}),{(((((((..(((.(((.((((....)).))))).)))))))),)))..((......)))))))))),,}),
Back