Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001379311.1
Sequence Length
1093 nt
GC Content
0.3715
CAGUUAGUACACUGAAAUUCAAAGUCAUGCUCAUAACUGUUAAUGAAAGCAGAUUCAAAGCAACACCACCACCACUGAAGUAUUUUUAGUUAUAUAAGAUUGGAACUACCAAGCAUGUGGCUCCUGGUCAGUGUAAUUCUAAUCUCACGGAUAUCCUCUGUUGGGGGAGAAGCAACAUUUUGUGAUUUUCCAAAAAUAAACCAUGGAAUUCUAUAUGAUGAAGAAAAAUAUAAGCCAUUUUCCCAGGUUCCUACAGGGGAAGUUUUCUAUUACUCCUGUGAAUAUAAUUUUGUGUCUCCUUCAAAAUCAUUUUGGACUCGCAUAACAUGCACAGAAGAAGGAUGGUCACCAACACCAAAGUGUCUCAUACAAAAUGCUCAUAUACUGUCGAGACAGAUGAGUAAAUAUCCAUCUGGUGAGAGAGUACGUUAUGAAUGUAGGAGCCCUUAUGAAAUGUUUGGGGAUGAAGAAGUGAUGUGUUUAAAUGGAAACUGGACAGAACCACCUCAAUGCAAAGAUUCUACGGGAAAAUGUGGGCCCCCUCCACCUAUUGACAAUGGGGACAUUACUUCAUUCCCGUUGUCAGUAUAUGCUCCAGCUUCAUCAGUUGAGUACCAAUGCCAGAACUUGUAUCAACUUGAGGGUAACAAGCGAAUAACAUGUAGAAAUGGACAAUGGUCAGAACCACCAAAAUGCUUACAUCCGUGUGUAAUAUCCCGAGAAAUUAUGGAAAAUUAUAACAUAGCAUUAAGGUGGACAGCCAAACAGAAGCUUUAUUUGAGAACAGGUGAAUCAGCUGAAUUUGUGUGUAAACGGGGAUAUCGUCUUUCAUCACGUUCUCACACAUUGCGAACAACAUGUUGGGAUGGGAAACUGGAGUAUCCAACUUGUGCAAAAAGAUAGAAUCAAUCAUAAAAUGCACACCUUUAUUCAGAACUUUAGUAUUAAAUCAGUUCUUAAUUUCAUUUUUAAGUAUUGUUUUACUCCUUUUUAUUCAUACGUAAAAUUUUGGAUUAAUUUGUGAAAAUGUAAUUAUAAGCUGAGACCGGUGGCUCUCUUCUUAAAAGCACCAUAUUAAAACUUGGAAAACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-250.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -275.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 361.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((............((((.....(((((......)))))......))))...(((...((((((..(((.((((((((......)))))))).)))....)).))))....)))))))))))...)))))..........((((((((.(((((((((((..((((.((((...(((((...........)))))...)))).)))).............))..))))))).....)).))))))))(((((((((......(((((..........((((..(((..............)))..)))).......)))))(((((((..(((((((.((((....)))).........((((((....((((.((....((((((.(.......)))))))....)).)))).(((.((((((.(((..((((............)))).....(((((..(.((((....(((...(((.......((((((.(((((.....((((.(((((....(((((.....))))).(((((((((((((((..........)))))))))))))))...(((..(.(((((..((((((.(((..............)))))))))))))).)....))).........(((....(((....((((....)))))))...)))((((((....))))))..)))))))))..((((...........))))))))).)))))).)))))))))).).)))))...(((((((.((((((..((.(((((((.(((....))).)))).))).))))))))..)))))))..((((.(.((((...))))).))))(((.((....)).)))....((((((....(((.......)))......))))))))).)))))).)))...))))))...((((((..(((((.((((((((...((((.((((.....((((((......))))))...)))).))))...)))))))).)))))..))))))....))))))).)))))))....................)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((({{(((((((,........{{..((((...,,(((((......))))).},...))))..,{{{,,,((((((..(((.((((((((......)))))))).)))....}}.)))).,..)))))))))))...}}}}|{{,,,,{,..((((((({,(((((((({,({{{,...})),.}))))).......{(((.,(({{..{{{{{{..,........}}}},.,.....))))..)))}))|)))))))}((({{{{{{,,.|,.|||||..........((((,.{{{,,,,,......,,,)))..}))),,...|||,,,,(((((((,.(((((((.{({{....))||{{{,..,....{{{{{{{..,((,(,...,||||||,|}.....,,)))))),},,)).)}||{({,{((((((.((({{{{{..,....,||||||}|{{(({{({{(({.(,(((({....,....,{{{.|....((((((.{((((.....((((.(((((....(((((.....})))).(((((((((((((((..........)))))))))))))))..{(((,,({((((,..((((({,{{{,,.,,......{|||||||}}}}}}}}),}..,,))},.....{{,{,,....||{.,..{(({....,}}}||,...|||({(({{..,,}}))}|..})))))))}..{(((......,,,..))))))))).))))))...|}}}.,}}...}}}}|.,,(((((((.{(({{{..{{,|{{({((.(((,...}}|.}}}}.}}}.}}}))))).,)))))))|,||{(.(,{{{{...})))},})}},,,..|||||}},)}},...((((((....{((.......}))......)))))),}),}})})},,))}}}}))..,,,,{(((({|,((({,.{{{{{|||}}.||||.||||}}}},,,,|||}}},}}))),,}...}}}},||}|,{,|||}}}}}.,}))),,))})))..,.))))))).}))))))....},,.............)))))))))..
Back