Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382538.1
Sequence Length
3409 nt
GC Content
0.4902
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAGCUUGAGAGCCGCGCGCUAGAGCGACCCGGCGAGGGAUGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCUCCUGCUUCUGCUGCUGGUGGGGCUCACGGCGCCUGCCUUGGCGCUGGCCGGCUACAUCGAGGCUCUUGCAGCCAAUGCCGGAACAGGAUUUGCUGUUGCUGAGCCUCAAAUCGCAAUGUUUUGUGGGAAGUUAAAUAUGCAUGUGAACAUUCAGACUGGGAAAUGGGAACCUGAUCCAACAGGCACCAAGAGCUGCUUUGAAACAAAAGAAGAAGUUCUUCAGUACUGUCAGGAGAUGUAUCCAGAGCUACAGAUCACAAAUGUGAUGGAGGCAAACCAGCGGACAAAGAUUAUUGGAUCUGUGUCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGACUAUGAUGUUUAUAAAAGUGAAUUUCCUACUGAAGCAGAUCUGGAAGACUUCACAGAAGCAGCUGUGGAUGAGGAUGAUGAGGAUGAGGAAGAAGGGGAGGAAGUGGUGGAGGACCGAGAUUACUACUAUGACACCUUCAAAGGAGAUGACUACAAUGAGGAGAAUCCUACUGAACCCGGCAGCGACGGCACCAUGUCAGACAAGGAAAUUACUCAUGAUGUCAAAGCUGUCUGCUCCCAGGAGGCGAUGACGGGGCCCUGCCGGGCCGUGAUGCCUCGUUGGUACUUCGACCUCUCCAAGGGAAAGUGCGUGCGCUUUAUAUAUGGUGGCUGCGGCGGCAACAGGAACAAUUUUGAGUCUGAGGAUUAUUGUAUGGCUGUGUGUAAAGCGAUGAUUCCUCCAACUCCUCUGCCAACCAAUGAUGUUGAUGUGUAUUUCGAGACCUCUGCAGAUGAUAAUGAGCAUGCUCGCUUCCAGAAGGCUAAGGAGCAGCUGGAGAUUCGGCACCGCAACCGAAUGGACAGGGUAAAGAAGGAAUGGGAAGAGGCAGAGCUUCAAGCUAAGAACCUCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACUCUGAUUCAGCACUUCCAAGCCAUGGUUAAAGCUUUAGAGAAGGAAGCAGCCAGUGAGAAGCAGCAGCUGGUGGAGACCCACCUGGCCCGAGUGGAAGCUAUGCUGAAUGACCGCCGUCGGAUGGCUCUGGAGAACUACCUGGCUGCCUUGCAGUCUGACCCGCCACGGCCUCAUCGCAUUCUCCAGGCCUUACGGCGUUAUGUCCGUGCUGAGAACAAAGAUCGCUUACAUACCAUCCGUCAUUACCAGCAUGUGUUGGCUGUUGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGAUGAAAUCCCAGGUGAUGACACAUCUCCACGUGAUUGAAGAAAGGAGGAACCAAAGCCUCUCUCUGCUCUACAAAGUACCUUAUGUAGCCCAAGAAAUUCAAGAGGAAAUUGAUGAGCUCCUUCAGGAGCAGCGUGCAGAUAUGGACCAGUUCACUGCCUCAAUCUCAGAGACCCCUGUGGACGUCCGGGUGAGCUCUGAGGAGAGUGAGGAGAUCCCACCGUUCCACCCCUUCCACCCCUUCCCAGCCCUACCUGAGAACGAAGGAUCUGGAGUGGGAGAGCAGGAUGGGGGACUGAUCGGUGCCGAAGAGAAAGUGAUUAACAGUAAGAAUAAAGUGGAUGAAAACAUGGUCAUUGACGAGACUCUGGAUGUUAAGGAAAUGAUUUUCAAUGCCGAGAGAGUUGGAGGCCUCGAGGAAGAGCGGGAAUCCGUGGGCCCACUGCGGGAGGACUUCAGUCUGAGUAGCAGUGCUCUCAUUGGCCUGCUGGUCAUCGCAGUGGCCAUUGCCACGGUCAUCGUCAUCAGCCUGGUGAUGCUGAGGAAGAGGCAGUAUGGCACCAUCAGCCACGGGAUCGUGGAGGUUGAUCCAAUGCUCACCCCAGAAGAGCGUCACCUGAACAAGAUGCAGAACCAUGGCUAUGAGAACCCCACCUACAAAUACCUGGAGCAGAUGCAGAUUUAGGUGGCAGGGAGCGCGGCAGCCCUGGCGGAGGGAUGCAGGUGGGCCGGAAGAUCCCACGAUUCCGAUCGACUGCCAAGCAGCAGCCGCUGCCAGGGGCUGCGUCUGACAUCCUGACCUCCUGGACUGUAGGACUAUAUAAAGUACUACUGUAGAACUGCAAUUUCCAUUCUUUUAAAUGGGUGAAAAAUGGUAAUAUAACAAUAUAUGAUAUAUAAACCUUAAAUGAAAAAAAUGAUCUAUUGCAGAUAUUUGAUGUAGUUUUCUUUUUUAAAUUAAUCAGAAACCCCACUUCCAUUGUAUUGUCUGACACAUGCUCUCAAUAUAUAAUAAAUGGGAAAUGUCGAUUUUCAAUAAUAGACUUAUAUGCAGGCUGUCGUUCCGGUUAUGUUGUGUAAGUCAACUCUUCAGCCUCAUUCACUGUCCUGGCUUUUAUUUAAAGAAAAAAAAGGCAGUAUUCCCUUUUUAAAUGAGCUUUCAGGAAGUUGCUGAGAAAUGGGGUGGAAUAGGGAACUGUAAUGGCCACUGAAGCACGUGAGAGACCCUCGCAAAAUGAUGUGAAAGGACCAGUUUCUUGAAGUCCAGUGUUUCCACGGCUGGAUACCUGUGUGUCUCCAUAAAAGUCCUGUCACCAAGGACGUUAAAGGCAUUUUAUUCCAGCGUCUUCUAGAGAGCUUAGUGUAUACAGAUGAGGGUGUCCGCUGCUGCUUUCCUUCGGAAUCCAGUGCUUCCACAGAGAUUAGCCUGUAGCUUAUAUUUGACAUUCUUCACUGUCUGUUGUUUACCUACCGUAGCUUUUUACCGUUCACUUCCCCUUCCAACUAUGUCCAGAUGUGCAGGCUCCUCCUCUCUGGACUUUCUCCAAAGGCACUGACCCUCGGCCUCUACUUUGUCCCCUCACCUCCACCCCCUCCUGUCACCGGCCUUGUGACAUUCACUCAGAGAAGACCACACCAAGGAGGCGGCCGCUGGCCCAGGAGAGAACACGGGGAGGUUUGUUUGUGUGAAAGGAAAGUAGUCCAGGCUGUCCCUGAAACUGAGUCUGUGGACACUGUGGAAAGCUUUGAACAAUUGUGUUUUCGUCACAGGAGUCUUUGUAAUGCUUGUACAGUUGAUGUCGAUGCUCACUGCUUCUGCUUUUUCUUUCUUUUUAUUUUAAAUCUGAAGGUUCUGGUAACCUGUGGUGUAUUUUUAUUUUCCUGUGACUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUCCUUUUUCCUCCCCUUUGACCCUAUUCAUGUCUCUACCCACUAUGCACAGAUUAAACUUCACCUACAAACUCCUUAAUAUGAUCUGUGGAGAAUGUACACAGUUUAAACACAUCAAUAAAUACUUUAACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1118.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1178.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).))).....((((((....)).))))..((((((((((...((((((....))))))..))))).)))))((((..(((((((......)))))))...)))).))))(((((((..((((((((..((......))..)))..))))).)))))))....(((((....)))))(((((((((((((((.((((.((((((...(((((...((((.((....(((.((((.....(((((((.((((.........)))).))))))).....))))..)))...)).))))...)).)))(((((....)))))(((((((........((((.(((((....))))).)))).((((..((((((((((((((.(((.(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......(((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.(..(((..(((((....(((((.((((..((((.(((((..(((((((((........)).)))))))....)))))........((((....(((((.....((((.((((....((..((....)).))...))))...)))).....)))))...)))).(((.....))).((((((((((....((.(((((....))))).)).)))))).))))..))))..))))(((...))).....(((.(((((((((((((((.(.(((((...(..((((..((....))..))))..)....)))))).))))))))))))))))))..)))))....)))))......)))..).))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(((((....))..))))))))))))))))))))(((((((((((((((...((((..((((((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..(((.(((((..(((((((((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).))))((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))))........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))...((((((((....(((.(((((....))))).)))....))))))))........))))..))))))).))).))))))))))..........))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).))).....)))))).))))))))..))))...........)))))))........(.(((((((((.........................))))))))).))))))).))))))................))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(({(((((((((((({{{{{((,..{{,.{{..{|{{(((,,,,,.|||}}.,)})))))))))...))))))))).))),,,|{((((((..,,,,.})),}}|||||(((((,{.((((((....)))))}.,))))).||||}{(({..{((((((......)))))))},,)))).))))(((((((..((((({((..((......))..))),,))}}}.)))))))....(((((....)))))(((((((((((({{{.((((.((((((.,,,((((...,(({..((((......))))..)){((((((.((((.........)))).))))))}..||,|||{{.(((......))).},,,||},|(((((....))))}(((((({.....,.,({{{.(((({....}}))),}|||,((((..((((((((((((((,(((,(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......{((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.,..(((.,({(((.,..(((((.((((..((((,(((((..(((((((,,........,}.)))))))..,.)))))..,{.{,.((((....(((((.....((((.((({.,..((..((....)).))..,))))...)))).....)))))...)))}.,{{.,,},})).((({(((((,,{.,({.(((((....))))),),})))))).))))..))))..))))|||..,}||..,,.(((.(((((((((((((((.(.(((((.,,(..((((..({....})..))))..).,,.)))))).)))))))))))))))))).})))))...,)))))..})}.)))..,.))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(({((....))..}))))))))))))))))))}(((((((((((((((...((((.,((((((((((.{((,(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.(((((((((((((..{(({(((((..((((({(((......))).)...)))))...))))).))).)))).)).}))|((.((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))))),,,.....))).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...{{(((..((((.(.((((((.{{.......)).).))))).).))))..||}||{{.((((((((,...(((.(((({....})))).)))....))))))))...}),,.))),.,})))))),))),)))))))))),...,,,...))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).)))},,,.}})))))))))))))..))))}}},...,}}.}))))}}.,}),...{.(((((((((.........................))))))))).})))))).))))}}................,},.)))))))))).
Back