Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382539.1
Sequence Length
3391 nt
GC Content
0.4886
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAGCUUGAGAGCCGCGCGCUAGAGCGACCCGGCGAGGGAUGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCUCCUGCUUCUGCUGCUGGUGGGGCUCACGGCGCCUGCCUUGGCGCUGGCCGGCUACAUCGAGAUGUAUCCAGAGCUACAGAUCACAAAUGUGAUGGAGGCAAACCAGCGGGUUAGUAUUGACAACUGGUGCCGGAGGGACAAAAAGCAAUGCAAGAGUCGCUUUGUUACACCUUUCAAGUGUCUCGUGGGUGAAUUUGUAAGUGAUGUCCUGCUAGUUCCAGAAAAGUGCCAGUUUUUCCACAAAGAGCGGAUGGAGGUGUGUGAGAAUCACCAGCACUGGCACACGGUAGUCAAAGAGGCAUGUCUGACUCAGGGAAUGACCUUAUAUAGCUACGGCAUGCUGCUCCCAUGUGGGGUAGACCAGUUCCAUGGCACUGAAUAUGUGUGCUGCCCUCAGACAAAGAUUAUUGGAUCUGUGUCAAAAGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAUGAAGAGGAAGACUAUGAUGUUUAUAAAAGUGAAUUUCCUACUGAAGCAGAUCUGGAAGACUUCACAGAAGCAGCUGUGGAUGAGGAUGAUGAGGAUGAGGAAGAAGGGGAGGAAGUGGUGGAGGACCGAGAUUACUACUAUGACACCUUCAAAGGAGAUGACUACAAUGAGGAGAAUCCUACUGAACCCGGCAGCGACGGCACCAUGUCAGACAAGGAAAUUACUCAUGAUGUCAAAGUUCCUCCAACUCCUCUGCCAACCAAUGAUGUUGAUGUGUAUUUCGAGACCUCUGCAGAUGAUAAUGAGCAUGCUCGCUUCCAGAAGGCUAAGGAGCAGCUGGAGAUUCGGCACCGCAACCGAAUGGACAGGGUAAAGAAGGAAUGGGAAGAGGCAGAGCUUCAAGCUAAGAACCUCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACUCUGAUUCAGCACUUCCAAGCCAUGGUUAAAGCUUUAGAGAAGGAAGCAGCCAGUGAGAAGCAGCAGCUGGUGGAGACCCACCUGGCCCGAGUGGAAGCUAUGCUGAAUGACCGCCGUCGGAUGGCUCUGGAGAACUACCUGGCUGCCUUGCAGUCUGACCCGCCACGGCCUCAUCGCAUUCUCCAGGCCUUACGGCGUUAUGUCCGUGCUGAGAACAAAGAUCGCUUACAUACCAUCCGUCAUUACCAGCAUGUGUUGGCUGUUGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGAUGAAAUCCCAGGUGAUGACACAUCUCCACGUGAUUGAAGAAAGGAGGAACCAAAGCCUCUCUCUGCUCUACAAAGUACCUUAUGUAGCCCAAGAAAUUCAAGAGGAAAUUGAUGAGCUCCUUCAGGAGCAGCGUGCAGAUAUGGACCAGUUCACUGCCUCAAUCUCAGAGACCCCUGUGGACGUCCGGGUGAGCUCUGAGGAGAGUGAGGAGAUCCCACCGUUCCACCCCUUCCACCCCUUCCCAGCCCUACCUGAGAACGAAGACACUCAGCCGGAGUUGUACCACCCAAUGAAAAAAGGAUCUGGAGUGGGAGAGCAGGAUGGGGGACUGAUCGGUGCCGAAGAGAAAGUGAUUAACAGUAAGAAUAAAGUGGAUGAAAACAUGGUCAUUGACGAGACUCUGGAUGUUAAGGAAAUGAUUUUCAAUGCCGAGAGAGUUGGAGGCCUCGAGGAAGAGCGGGAAUCCGUGGGCCCACUGCGGGAGGACUUCAGUCUGAGUAGCAGUGCUCUCAUUGGCCUGCUGGUCAUCGCAGUGGCCAUUGCCACGGUCAUCGUCAUCAGCCUGGUGAUGCUGAGGAAGAGGCAGUAUGGCACCAUCAGCCACGGGAUCGUGGAGGUUGAUCCAAUGCUCACCCCAGAAGAGCGUCACCUGAACAAGAUGCAGAACCAUGGCUAUGAGAACCCCACCUACAAAUACCUGGAGCAGAUGCAGAUUUAGGUGGCAGGGAGCGCGGCAGCCCUGGCGGAGGGAUGCAGGUGGGCCGGAAGAUCCCACGAUUCCGAUCGACUGCCAAGCAGCAGCCGCUGCCAGGGGCUGCGUCUGACAUCCUGACCUCCUGGACUGUAGGACUAUAUAAAGUACUACUGUAGAACUGCAAUUUCCAUUCUUUUAAAUGGGUGAAAAAUGGUAAUAUAACAAUAUAUGAUAUAUAAACCUUAAAUGAAAAAAAUGAUCUAUUGCAGAUAUUUGAUGUAGUUUUCUUUUUUAAAUUAAUCAGAAACCCCACUUCCAUUGUAUUGUCUGACACAUGCUCUCAAUAUAUAAUAAAUGGGAAAUGUCGAUUUUCAAUAAUAGACUUAUAUGCAGGCUGUCGUUCCGGUUAUGUUGUGUAAGUCAACUCUUCAGCCUCAUUCACUGUCCUGGCUUUUAUUUAAAGAAAAAAAAGGCAGUAUUCCCUUUUUAAAUGAGCUUUCAGGAAGUUGCUGAGAAAUGGGGUGGAAUAGGGAACUGUAAUGGCCACUGAAGCACGUGAGAGACCCUCGCAAAAUGAUGUGAAAGGACCAGUUUCUUGAAGUCCAGUGUUUCCACGGCUGGAUACCUGUGUGUCUCCAUAAAAGUCCUGUCACCAAGGACGUUAAAGGCAUUUUAUUCCAGCGUCUUCUAGAGAGCUUAGUGUAUACAGAUGAGGGUGUCCGCUGCUGCUUUCCUUCGGAAUCCAGUGCUUCCACAGAGAUUAGCCUGUAGCUUAUAUUUGACAUUCUUCACUGUCUGUUGUUUACCUACCGUAGCUUUUUACCGUUCACUUCCCCUUCCAACUAUGUCCAGAUGUGCAGGCUCCUCCUCUCUGGACUUUCUCCAAAGGCACUGACCCUCGGCCUCUACUUUGUCCCCUCACCUCCACCCCCUCCUGUCACCGGCCUUGUGACAUUCACUCAGAGAAGACCACACCAAGGAGGCGGCCGCUGGCCCAGGAGAGAACACGGGGAGGUUUGUUUGUGUGAAAGGAAAGUAGUCCAGGCUGUCCCUGAAACUGAGUCUGUGGACACUGUGGAAAGCUUUGAACAAUUGUGUUUUCGUCACAGGAGUCUUUGUAAUGCUUGUACAGUUGAUGUCGAUGCUCACUGCUUCUGCUUUUUCUUUCUUUUUAUUUUAAAUCUGAAGGUUCUGGUAACCUGUGGUGUAUUUUUAUUUUCCUGUGACUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUCCUUUUUCCUCCCCUUUGACCCUAUUCAUGUCUCUACCCACUAUGCACAGAUUAAACUUCACCUACAAACUCCUUAAUAUGAUCUGUGGAGAAUGUACACAGUUUAAACACAUCAAUAAAUACUUUAACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1092.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1150.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 640.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).)))((.((((((((..((....)).))))))))...))...(((((....)))))((((.((((((((((((((.(((((((......)))))))...((.(((((....))))).)).)))).....(((((....)))))(((((((.....(.((((.(((((..(((.((((.((.((.((((((....((..((((((..((((((((..((((.......))))..)).)))))).)))))).))..)))))).)).)).))))...((((((((((((((((((..(((((((((...((((((.((...........)).)))))).(((((....(((((((.((((...))))..))).)))).....)))))..))).))))))...))))))).))))........))))))).....)))))))))))).).((((.(((((....))))).)))).((((..((((((((((((((.(((.(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......(((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.(..(((.((.(.(.((.(((...((((((((((((..(..(((((((............))))))).)..).)))))........((((....(((((.....((((.((((....((..((....)).))...))))...)))).....)))))...))))...))))))...))).))).))).)))..).))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(((((....))..))))))))))))))))))))(((((((((((((((...((((..((((((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.((((((.((((.((..(.(((((((.((.(((((((((...(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))).((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))..........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))...((((((((....(((.(((((....))))).)))....))))))))........))))..))))))).))).))))))))))..........))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).))).....)))))).))))))))..))))...........))))))).))))))).)))))))(((((((.....((((..((((..............))))..))))...)))))))...))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((,,,{(((({{(((((((((,..((.,(({,(({,((({{{{{.|||,,..)})))))))))...)))}}|)}}.|,|||.,(((((((.,{{....}).)))))))|,,{||.,||||{|,,,,)))))|(((.{(((((((((((((,(((((((......))))))},,.((.(((((....))))).)).)})),,,..(((((....))))|{{{((({.,{{{{.{{((({....,}}}..||||,||}((,((((({...,((..{(({,,..{{|||||{..{{{|,,,,,..}))),.)},}))))}.)))))).)),,}))))),)),)).})))....((((((((,,,((({(.....}.}),}}}}{{((,(({{...}))))}.))))))))).,.(((((....(((((((.((({...}}))..})).)))).....)))))|}}}}}||||,|||..,,|||||||,,{{......}||{{|,......},)})))}}},.,.((((.(((((....))))).}|||.{(((..((((((((((((((,(((,(((((.((..(.(((((((((((((...((((......)))).......{((((((((.......((((((((.((((....((((..((((.{..(((.((.(,{.{{.(((,,.((((({((((({..{..((((((({..........,))))))).)..}.)))))........((((....(((((.....((((.((((.,..((..((....)).))..,))))...)))).....)))))...))))...))))))...})),))}.))).)))..}.))))..))))..)))).)))..)))))...........(((.(((((.(({((....))..}))))))))))))))))))}(((((((((((((((...((((.,((((((((((.{((,(((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.({((((.((({(({..(.(((((((,({.((((((({(,..(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))),((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))).,........})).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...{{(((..((((.(.((((((.{{.......)).).))))).).))))..||}||{{.((((((((,...(((.(((({....})))).)))....))))))))...}),,.))),.,})))))),))),)))))))))),...,,,...))))...)))).)))....)))))))).))))))))))))).)..)).))))).)))},,,.}})))))))))))))..))))})),,....,.})))))),)))))}}.}}}}}|,(((((((.....((((..((((..,........,,.))))..))))...)))))))...))))....................
Back