Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382546.1
Sequence Length
3046 nt
GC Content
0.4908
AGAUGCUUCUGGGUCGCGGUGUGCUAAGCGAGGAGUCCGAGUGUGUGAGCUUGAGAGCCGCGCGCUAGAGCGACCCGGCGAGGGAUGGCGGCCACCGGGACCGCGGCCGCCGCAGCCACGGGCAGGCUCCUGCUUCUGCUGCUGGUGGGGCUCACGGCGCCUGCCUUGGCGCUGGCCGGCUACAUCGAGGCUCUUGCAGCCAAUGCCGGAACAGGAUUUGCUGUUGCUGAGCCUCAAAUCGCAAUGUUUUGUGGGAAGUUAAAUAUGCAUGUGAACAUUCAGACUGGGAAAUGGGAACCUGAUCCAACAGGCACCAAGAGCUGCUUUGAAACAAAAGAAGAAGUUCUUCAGUACUGUCAGGAGAUGUAUCCAGAGCUACAGAUCACAAAUGUGAUGGAGGCAAACCAGCGGGUUAGUAUUGACAACUGGUGCCGGAGGGACAAAAAGCAAUGCAAGAGUCGCUUUGUUACACCUUUCAAGUGUCUCGUUCCUCCAACUCCUCUGCCAACCAAUGAUGUUGAUGUGUAUUUCGAGACCUCUGCAGAUGAUAAUGAGCAUGCUCGCUUCCAGAAGGCUAAGGAGCAGCUGGAGAUUCGGCACCGCAACCGAAUGGACAGGGUAAAGAAGGAAUGGGAAGAGGCAGAGCUUCAAGCUAAGAACCUCCCCAAAGCAGAGAGGCAGACUCUGAUUCAGCACUUCCAAGCCAUGGUUAAAGCUUUAGAGAAGGAAGCAGCCAGUGAGAAGCAGCAGCUGGUGGAGACCCACCUGGCCCGAGUGGAAGCUAUGCUGAAUGACCGCCGUCGGAUGGCUCUGGAGAACUACCUGGCUGCCUUGCAGUCUGACCCGCCACGGCCUCAUCGCAUUCUCCAGGCCUUACGGCGUUAUGUCCGUGCUGAGAACAAAGAUCGCUUACAUACCAUCCGUCAUUACCAGCAUGUGUUGGCUGUUGACCCAGAAAAGGCGGCCCAGAUGAAAUCCCAGGUGAUGACACAUCUCCACGUGAUUGAAGAAAGGAGGAACCAAAGCCUCUCUCUGCUCUACAAAGUACCUUAUGUAGCCCAAGAAAUUCAAGAGGAAAUUGAUGAGCUCCUUCAGGAGCAGCGUGCAGAUAUGGACCAGUUCACUGCCUCAAUCUCAGAGACCCCUGUGGACGUCCGGGUGAGCUCUGAGGAGAGUGAGGAGAUCCCACCGUUCCACCCCUUCCACCCCUUCCCAGCCCUACCUGAGAACGAAGACACUCAGCCGGAGUUGUACCACCCAAUGAAAAAAGGAUCUGGAGUGGGAGAGCAGGAUGGGGGACUGAUCGGUGCCGAAGAGAAAGUGAUUAACAGUAAGAAUAAAGUGGAUGAAAACAUGGUCAUUGACGAGACUCUGGAUGUUAAGGAAAUGAUUUUCAAUGCCGAGAGAGUUGGAGGCCUCGAGGAAGAGCGGGAAUCCGUGGGCCCACUGCGGGAGGACUUCAGUCUGAGUAGCAGUGCUCUCAUUGGCCUGCUGGUCAUCGCAGUGGCCAUUGCCACGGUCAUCGUCAUCAGCCUGGUGAUGCUGAGGAAGAGGCAGUAUGGCACCAUCAGCCACGGGAUCGUGGAGGUUGAUCCAAUGCUCACCCCAGAAGAGCGUCACCUGAACAAGAUGCAGAACCAUGGCUAUGAGAACCCCACCUACAAAUACCUGGAGCAGAUGCAGAUUUAGGUGGCAGGGAGCGCGGCAGCCCUGGCGGAGGGAUGCAGGUGGGCCGGAAGAUCCCACGAUUCCGAUCGACUGCCAAGCAGCAGCCGCUGCCAGGGGCUGCGUCUGACAUCCUGACCUCCUGGACUGUAGGACUAUAUAAAGUACUACUGUAGAACUGCAAUUUCCAUUCUUUUAAAUGGGUGAAAAAUGGUAAUAUAACAAUAUAUGAUAUAUAAACCUUAAAUGAAAAAAAUGAUCUAUUGCAGAUAUUUGAUGUAGUUUUCUUUUUUAAAUUAAUCAGAAACCCCACUUCCAUUGUAUUGUCUGACACAUGCUCUCAAUAUAUAAUAAAUGGGAAAUGUCGAUUUUCAAUAAUAGACUUAUAUGCAGGCUGUCGUUCCGGUUAUGUUGUGUAAGUCAACUCUUCAGCCUCAUUCACUGUCCUGGCUUUUAUUUAAAGAAAAAAAAGGCAGUAUUCCCUUUUUAAAUGAGCUUUCAGGAAGUUGCUGAGAAAUGGGGUGGAAUAGGGAACUGUAAUGGCCACUGAAGCACGUGAGAGACCCUCGCAAAAUGAUGUGAAAGGACCAGUUUCUUGAAGUCCAGUGUUUCCACGGCUGGAUACCUGUGUGUCUCCAUAAAAGUCCUGUCACCAAGGACGUUAAAGGCAUUUUAUUCCAGCGUCUUCUAGAGAGCUUAGUGUAUACAGAUGAGGGUGUCCGCUGCUGCUUUCCUUCGGAAUCCAGUGCUUCCACAGAGAUUAGCCUGUAGCUUAUAUUUGACAUUCUUCACUGUCUGUUGUUUACCUACCGUAGCUUUUUACCGUUCACUUCCCCUUCCAACUAUGUCCAGAUGUGCAGGCUCCUCCUCUCUGGACUUUCUCCAAAGGCACUGACCCUCGGCCUCUACUUUGUCCCCUCACCUCCACCCCCUCCUGUCACCGGCCUUGUGACAUUCACUCAGAGAAGACCACACCAAGGAGGCGGCCGCUGGCCCAGGAGAGAACACGGGGAGGUUUGUUUGUGUGAAAGGAAAGUAGUCCAGGCUGUCCCUGAAACUGAGUCUGUGGACACUGUGGAAAGCUUUGAACAAUUGUGUUUUCGUCACAGGAGUCUUUGUAAUGCUUGUACAGUUGAUGUCGAUGCUCACUGCUUCUGCUUUUUCUUUCUUUUUAUUUUAAAUCUGAAGGUUCUGGUAACCUGUGGUGUAUUUUUAUUUUCCUGUGACUGUUUUUGUUUUGUUUUUUUCCUUUUUCCUCCCCUUUGACCCUAUUCAUGUCUCUACCCACUAUGCACAGAUUAAACUUCACCUACAAACUCCUUAAUAUGAUCUGUGGAGAAUGUACACAGUUUAAACACAUCAAUAAAUACUUUAACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1042.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 528.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((..(.((.....)).)..)).((((((((.(((....)))))))))))...))))))))).))).....((((((....)).))))..((((((((((...((((((....))))))..))))).)))))((((..(((((((......)))))))...)))).))))(((((((..((((((((..((......))..)))..))))).)))))))....(((((....)))))(((((((((((((((.((((.((((((....((((.....(((......)))....(((((((((((((.((((.........)))).))))))((((((((.((.(((......))).))(((....(((((....)))))...))).((((....))))))))))))....)))))))((((((((.....((...))..(((.(((((.(..........)))))).)))))))))))...((.(((((........(.(.((((........)))).).)...))))).)).....(((.(((((.(((((....))..)))))))))))((((((((((........))))(((((.(((((((((.(((((.(((((((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...))))))))...((((((.....(((.((((((((......((((((...))))))(((.(((...)))..))).....)))))))))))..))))))....((((((((((...........((((............(((((((((..(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).((((......(..(((((....(((((........))))).(((...((((((((...))).)))))....)))..)))))..)......)))).(((((....)))))))))..))).))))))))))....)))))))....((((((..(((((........)))).)..))))))((((.((((((.((((((.((((.((..(.(((((((.((.(((((((((...(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))).((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....)))).....(.((((((..((((.((((.((((.(..(((((..((((((..(((((((((..((((....))))((.((((((.(((......))))))))).)).)))))))))......))))))(((.((((((((...)))))))).)))......((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((........((.........))..........(((((((..(((..(((.(.....).)))))))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).((..((((((.((...)).))))))..))....)))))..))))).)((.((((.(((......))).)))).))....(((((((...((((.((((....((((.....(((...(((((....)))))..)))....))))......)))).))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.((((....(((.((((.....(((((............)))))..)))))))...))))....((((((((((((.((((......))))..)).))))))))))......(((((..(.(((.(((....(((((..(((((((.......((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))).))))))((((..(((((.((.(((((.....(((((.((((.(((((..(((((......)))))..(((((((....)))..))))...)))))))))((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....))))))).))))((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((........))))..)).))..)))..)))))........)))))))))....))))))....))))))....)))))))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))..)))))))..)))))).)))))))))....))))))))...))))..........))).)))))))))).....(((((((((.(((((.((((...(((.......)))...))))((.....)).))))).))))..))))).......))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))(((((....)))))..((((((((((.......(((((...(((((........((.((.....)).))((((....(((((................)))))....))))..)))))..)))))......)))))))))).......)))))))))))))))...)))))...)))).))))).))))))))))).))))...(.(((((((((.........................))))))))).))))))).))))))................))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((,(((((((((((({{{{{((,..{{,.{{..{|{{(((,,,,,.|||}}.,)})))))))))...))))))))).))),,,|{((((((..,,,,.,)),}}|||||(((((,{.((((((....)))))}.,))))).||||}{(({..{((((((......))))))),,,)))).))))(((((((..((((({((..((......))..))),,))}}}.)))))))....(((((....)))))((((((((((,{({{{(((,,{{{{{({,..{(({,...{(({......,}}....(((((((((((((.((((.........)))).))))))((((((((,{{.(((......))).}}(((.,..(((((....))))).,.))).,(((....))))))))))))....)))))))((((((((.....((...}}..{{{.{{{{||{..,.......,})))).)))))))))))...}}}},|||,,.....,},||||{||||||,,....,.,,{({((({{{{.{{{.,,(((.(((((.(({((....))..})))))))))}((((((((((........))))(((((.(((((((((.(((((.(((((((((((((((((((.((...((((((((((........(((((((...(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.......))))))))))......(((....)))(((((....))))))))).....))))))...)))))))),,.((((((..,,.(((.((((((((......((((((...)))))){{{.{{(...})),.}},.....))))))))))),,)))))),},,((((((((((...........{{{{............(((((((((.,(((.((..(((((((...........))))))))).)))........))))))))).,{(({,(,,.{..,,,.,,...(((((........))))).{{({..((((({((...})).)))))..},})}...|||,..}},..,,))}}.(((((....)))))}))),.))).))))))))))....)))))))...,((((((..(((((.{,....})))).)..))))))((((.((((((.({((((.((({(({..(.(((((((,({.((((((({(,..(((((..........)))))..)).))))..................)))...)).))))))).)..))))))))),((((((((((((...((((((((..((((((...(((.....((.(((((........))))).)).....)))...)))))).((((....))))....{(.((((((..((({{((((.((({,(..(((((..(((((((,(((((((({..{(((....)))|((.((((((.(((......))))))))).)),})))))))),,....))))))(((.((((((((...}))))))).)))....,.((((((.((((.......))))(((((((((((.((((..(((...(((((((........((((..((((.......,{{,....,,},,,..,.......(((((({..{({..(((.(.....).)))})))))))))))))..)))).(((.((((.....)))).))).))))))).))).)))))))))))))))....)))))).,(,.((((((.({...}).)))))).,})....)))))..))))).){(.((((.{((......))}.)))).))....(((((((...((((.((((,...((((.....{({,,.(((({....)))))..)}}....))))....,,))),.))))....)))))))(((((((((((((((((((..((......))..))))((((((.(((.{((({{{{({,.({{{.....{{{||.|,,........))))}.,}}}}}}}...)}}}....((((((((((((,((((......)))),.))},)))))))))......(((((..{.(((.(((....(((({.,((((({,.....,{((((........))))))))))))))))..)))))))..)))))))}.))))))((((..(((((.((.(((((.....({{({.((((.(((((,{(((((......))))}..((((,,|....,)}..)))).),))))))))}((((((.......((((((...(((..(((((.......))))).))).)))))).....)))))),.,,,,((((((((((((.(((.(((((((((((((((.(((((.(((.((((..((((......,.))))..}),)}..)))..)))))........))))))))),...)))))).,..})}}))....)))))))))))))))).))))).))))))))))))},))))))..)))))))..))))))})))))))))....))))))))...)))).,........})).)))))))))).....(((((((((.(((((.{(((...(((.......)))...)))}((.....)).))))).)))}.,))))).}.....))))))))))....)).))))...(((((..((((.(.((((((.((.......)).).))))).).))))..)))))(((((....)))))..((((((((((.......(((((...{((({.....,,.{{.((..,,.}}.}}((((....(((((..,{,.....,}}...)))))....))))..}}))),,)))))......)))))))))).......)))))))))))))))...)))))...)))),})))).)))))}))))}..........,,.|{{,,,...............,,,}.,,.}}).)))))))))).,}}}.,.,,}},,..,,}}}},,,,,..,..)))))))))).
Back