Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382711.1
Sequence Length
2222 nt
GC Content
0.6296
GUCUCCCCUCGCCGCAUCCACUCUCCGGCCGGCCGCCUGCCCGCCGCCUCCUCCGUGCGCCCGCCAGCCUCGCCCGCGCCGUCACCAUGAGCCAGGCCUACUCGUCCAGCCAGCGCGUGUCCUCCUACCGCCGCACCUUCGGCGGGGCCCCGGGCUUCCCACUCGGCUCCCCGCUGAGUUCGCCCGUGUUCCCGCGGGCGGGUUUCGGCUCUAAGGGCUCCUCCAGCUCGGUGACGUCCCGCGUGUACCAGGUGUCGCGCACGUCGGGCGGGGCCGGGGGCCUGGGGUCGCUGCGGGCCAGCCGGCUGGGGACCACCCGCACGCCCUCCUCCUACGGCGCAGGCGAGCUGCUGGACUUCUCACUGGCCGACGCGGUGAACCAGGAGUUUCUGACCACGCGCACCAACGAGAAGGUGGAGCUGCAGGAGCUCAAUGACCGCUUCGCCAACUACAUCGAGAAGGUGCGCUUCCUGGAGCAGCAGAACGCGGCGCUCGCCGCCGAAGUGAACCGGCUCAAGGGCCGCGAGCCGACGCGAGUGGCCGAGCUCUACGAGGAGGAGCUGCGGGAGCUGCGGCGCCAGGUGGAGGUGCUCACUAACCAGCGCGCGCGCGUCGACGUCGAGCGCGACAACCUGCUCGACGACCUGCAGCGGCUCAAGGCCAAGCUGCAGGAGGAGAUUCAGUUGAAGGAAGAAGCAGAGAACAAUUUGGCUGCCUUCCGAGCGGACGUGGAUGCAGCUACUCUAGCUCGCAUUGACCUGGAGCGCAGAAUUGAAUCUCUCAACGAGGAGAUCGCGUUCCUUAAGAAAGUGCAUGAAGAGGAGAUCCGUGAGUUGCAGGCUCAGCUUCAGGAACAGCAGGUCCAGGUGGAGAUGGACAUGUCUAAGCCAGACCUCACUGCCGCCCUCAGGGACAUCCGGGCUCAGUAUGAGACCAUCGCGGCUAAGAACAUUUCUGAAGCUGAGGAGUGGUACAAGUCGAAGGUGUCAGACCUGACCCAGGCAGCCAACAAGAACAACGACGCCCUGCGCCAGGCCAAGCAGGAGAUGAUGGAAUACCGACACCAGAUCCAGUCCUACACCUGCGAGAUUGACGCCCUGAAGGGCACUAUGCGGGAAUUGGAGGACCGAUUUGCCAGUGAGGCCAGUGGCUACCAGGACAACAUUGCGCGCCUGGAGGAGGAAAUCCGGCACCUCAAGGAUGAGAUGGCCCGCCAUCUGCGCGAGUACCAGGACCUGCUCAACGUGAAGAUGGCCCUGGAUGUGGAGAUUGCCACCUACCGGAAGCUGCUGGAGGGAGAGGAGAGCCGGAUCAAUCUCCCCAUCCAGACCUACUCUGCCCUCAACUUCCGAGAAACCAGCCCUGAGCAAAGGGGUUCUGAGGUCCAUACCAAGAAGACGGUGAUGAUCAAGACCAUCGAGACACGGGAUGGGGAGGUCGUCAGUGAGGCCACACAGCAGCAGCAUGAAGUGCUCUAAAGACAGAGACCCUCUGCCACCAGAGACCGUCCUCACCCCUGUCCUCACUGCUCCCUGAAGCCAGCCUUCUUCCAUCCCAGGACACCACACCCAGCCUCAGUCCUCCCCUCACAGCCUCUGACCCCUCCUCACUGGCCAUCCCUCGUGGUCCCCAACAGCGACAUAGCCCAUCCCUGCCUGGUCACAGGGCAUGCCCCGGCCACCUCUGCGGACCCCAGCUGUGAGCCUUGGCUGUUGGCAGUGAGUGAGCCUGGCUCUUGUGCUGGAUGGAGCCCAGGCGGGAGCGGUGGCCCUGUCCCUCCCACCUCUGUGACCUCAGGCACUAGCCUUUGGCUCUGGAGACAGCCCCAGAGCAGGGUGUUGGGAUACUGCAGGGCCAGGACUGAGCCCCGCAGACCUCCCCAGCCCCUAGCCCAGGAGAGAGAAAGCCAGGCAGGUAGCCAGGGGGACUAGCCCCUGUGGAGACUGGGGGGCUUGAAAUUGUCCCCGUGGUCUCUUACUUUCCUUUCCCCAGCCCAGGGUGGACUUAGAAAGCAGGGGCUACAAGAGGGAAUCCCCGAAGGUGCUGGAGGUGGGAGCAGGAGAUUGAGAAGGAGAGAAAGUGGGUGAGAUGCUGGAGAAGAGAGGAGAGGAGAGAGGCAGAGAGCGGUCUCAGGCUGGUGGGAGGGGCGCCCACCUCCCCACGCCCUCCCCUCCCCUGCUGCAGGGGCUCUGGAGAGAAACAAUAAAGAGAUUCACACACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-971.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1003.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((((((.....((((((((((((.(...((((((.((..((.(((.((.((((...((((((((((((.(((((((..((((((((((..........((..(((.(((......)))))).))...((((((((((..(((((.......)))))..))))))))))..((((((((....))))))))))))).)))))...(((((.....))))))))))))....((((((((...))).))))).)).)))))))))))))).)).)))))..)).))))))).))))))))))))...((((((.(((((((((((.((((...(((((((.((((..((((((..((((.((.(((((.(.....(((((((((..((.((.((((........))))..)))))))))))))..).))))).))))))........)))))).(((((((....)))).))).....))))))))))))))).))......(((((...((((((..((....))..)))))))))))....))))))).))))))))...)))))))..)))..((((((((......((((.((((((((((((.(((((((((........))))))))).((((((((((((...))))..)))))))).......((.(((.........))).)).......(((((((((((((....))).((.((((((((((...))))).))))).))..(((((((.((......(((((......))))))))))))))...................(((..(((.((((..((.(((...(((........)))(((((..(((..(((((....)))))..))).)))))....))))).)))).)))..)))(((.((((..(((.(((....(((((.....(((((((.......))))))).....)))))..))).)))...))))))))))))))))).........))))))((((.((((((((..((.((...((.(((....))).)).((((((..(((((.((((((((((......((((....)))).)).))))))...)).))))).)))))))).))..))))..))))...))))........)))))))))).(((.....)))))))))))..(((((((..(((..(((((((.((((((((........)))))...))).))))))).(((((((.((((((((((.(((.((((......)))))))....((....))))..)))))))).))))))).........)))))))...))).....(((((((.((.(((.((((..((((.((((((((((........)))(((((((....(((((.........)))))...))))))).))).))))....((.((((........)))))).....))))..)))).)))))...((((((((.(((..((((.(((((..(.(((.((....(((((..((((((......))).....((((((...((..((((...((((..(((.(((..(((((((((((((((((.....)))))..((((((((..((..((.(((..(((...((((.(((((...((....))...)))))..)))).)))..))).))..))))))))))))))))).))((((((((((..........)))).)))))))))..))).)))((((...((((((((((((..((((.((((....))))...(((((((........)))))))((((.((((((...((((.((((((....)).)))).)))).....))))))))))(((((.((((((.(((((...(((.....)))(((((......)))))..(((((((.((((((........))))))..)))))))..)))))))))))(((.(....).))).............)))))......(((....)))..))))..))))))))))))))))....)))).))))..))...))))))))).)))))...)).))).)))))).)).))..))).)))))))).)))))))((((((((...)).))))))......((((...((((((...))))))....))))............)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((((((((((.....((((((((((((.{...((((((.((..((.(((.({,((({,,.((((((((((((.(((((((..((((({((({..........||,.((({(,(,......))))),))...{(((((((((..(((((.......)))))..)))))))))}..((((((((....))))))))))}}}.)))))...(((((.....))))))))))))....((((({((...))).))))).)).))))))))))}))),))})))))..)).))))))}.))))))))))))...((((((.(((((((((,(,{(((...(((((((.((((..((((((..((({,((.(((((.,.....(((((((((.,,,.((.((((........))))..)),))))))))))..}.))))).))))))........)))))).(((((((....)))).))).....)))))))))))||||.,,.....,|||{{...((((((..((....))..)))))))}))).,,.))))))).)))))))).,.)))))))..))).}|||(((((,.....((((.((((((((((((.(((((((((.,......))))))))).((((((((((((...))))..))))))))......,((.{((.........,}}.,,.......{(((((((((,{{,,,,|||.((,({{{{{{|||,,,)}))),|||||.}}..(((((((.,,...,.,(((((......)))))))))))))).......,,}}}.......(((..(((.((((..((.(((...(((........)))(((((..(((..(((({....}))))..))).)))))....))))).)))).)))..)))(((.((((..(((.(((....(((((.....(((((((.......))))))).....)))))..))).)))...))))))))))))))))}.........))))))((((.((((((((..((.((...{{.(((....))}.},.((((((..(((({.((((((((,,......((((....)))).}}.))))))...)).})))).)))))))).))..))))..))))...))))........)))))))))).(((.....)))|||}}|||,.{,.||||..{||,.(((((((.((((((((........))))}..}))).))))))).(((((((.((((((((((.(((.((((......))))}))....((....))))..)))))))).))))))).....,,,,}}}|||,...}|},||...,,{(((((,,{{{.,|||{{{{({{(((({{((((........)))}|}).....)))).))},}},..((({,(((((((,(((..({(.{{,,,|,{.,{{,.,,|.},..}))||||.....,}|}|.{{{|(||(((((,((((((((.(((..((((.(((((.,(.(((.((....(((((..((((((......))).....((((((...((..((((...((((..{((,(({.{(((((({(((((({{{(,,,,,|||||{,(({{{{((..,,..{|.{{,.{(((,,,((({,((((({.,(({..{||{{,|,|||{.|||,.|||{,}}}.))..))))))))}))))})}),),|||{((((((,,,.,,,,..})}),))))))))),}))).)))|||||..((((((({{{{|,,{{({,((((....))))...(((((((.,......)))))))((((.((((((,..((((.((((((....)).)))).))))...,.)))))))))),{{{{.{{{{{{.{{{{|,,,|||,,,..}}|(((((......)))))|.(((((((,((((((........)))))).,)))))))..}}}}}}}}}}}(({.{....),))).....,.,,}..})))))},..},|||,...))),.,)))}..)))))}))}})})))....)))).))))..))...))))))))).)))))...)).))).}))))).)).))..))).)))))))).}}.))))|||})}}}.,.,,,)))))},)}},))))))},}))|}|,}.))))))},,,))})}}..........}}),,..........
Back