Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382737.1
Sequence Length
2346 nt
GC Content
0.4160
AUUCCAGCGCCUGACAGCCAGGACCCCAGGCAGCAGCGAGUGACAGGACGUCUGGACCGGCGCGCCGCUAGCAGCUCUGCCGGGCCGCGGCGGUGAUCGAUGGGGAGCGGCUGGAGCGGACCCAGCGAGUGAGGGCGCACAGCCGGGACGCCGAGGCGGCGGGCGGGAGACCCGCACCAGCGCAGCCGGCCCUCGGCGGGACGUGACGCAGCGCCCGGGGCGCGGGUGAGUCCGCGCGGACCGCCAGGUUUGAUAUUUGACAAAUUGAUCUAAAAUGGCUGGGUUUUUAUCUGAAUAACUCACUGAUGCCAUCCCAGAAAGUCGGCACCAGGUGUAUUUGAUAUAGUGUUUGCAACAAAUUCGACCCAGGUGAUCAAAAUGAUUCUCAACUCUUCUACUGAAGAUGGUAUUAAAAGAAUCCAAGAUGAUUGUCCCAAAGCUGGAAGGCAUAAUUACAUAUUUGUCAUGAUUCCUACUUUAUACAGUAUCAUCUUUGUGGUGGGAAUAUUUGGAAACAGCUUGGUGGUGAUAGUCAUUUACUUUUAUAUGAAGCUGAAGACUGUGGCCAGUGUUUUUCUUUUGAAUUUAGCACUGGCUGACUUAUGCUUUUUACUGACUUUGCCACUAUGGGCUGUCUACACAGCUAUGGAAUACCGCUGGCCCUUUGGCAAUUACCUAUGUAAGAUUGCUUCAGCCAGCGUCAGUUUCAACCUGUACGCUAGUGUGUUUCUACUCACGUGUCUCAGCAUUGAUCGAUACCUGGCUAUUGUUCACCCAAUGAAGUCCCGCCUUCGACGCACAAUGCUUGUAGCCAAAGUCACCUGCAUCAUCAUUUGGCUGCUGGCAGGCUUGGCCAGUUUGCCAGCUAUAAUCCAUCGAAAUGUAUUUUUCAUUGAGAACACCAAUAUUACAGUUUGUGCUUUCCAUUAUGAGUCCCAAAAUUCAACCCUCCCGAUAGGGCUGGGCCUGACCAAAAAUAUACUGGGUUUCCUGUUUCCUUUUCUGAUCAUUCUUACAAGUUAUACUCUUAUUUGGAAGGCCCUAAAGAAGGCUUAUGAAAUUCAGAAGAACAAACCAAGAAAUGAUGAUAUUUUUAAGAUAAUUAUGGCAAUUGUGCUUUUCUUUUUCUUUUCCUGGAUUCCCCACCAAAUAUUCACUUUUCUGGAUGUAUUGAUUCAACUAGGCAUCAUACGUGACUGUAGAAUUGCAGAUAUUGUGGACACGGCCAUGCCUAUCACCAUUUGUAUAGCUUAUUUUAACAAUUGCCUGAAUCCUCUUUUUUAUGGCUUUCUGGGGAAAAAAUUUAAAAGAUAUUUUCUCCAGCUUCUAAAAUAUAUUCCCCCAAAAGCCAAAUCCCACUCAAACCUUUCAACAAAAAUGAGCACGCUUUCCUACCGCCCCUCAGAUAAUGUAAGCUCAUCCACCAAGAAGCCUGCACCAUGUUUUGAGGUUGAGUGACAUGUUCGAAACCUGUCCAUAAAGUAAUUUUGUGAAAGAAGGAGCAAGAGAACAUUCCUCUGCAGCACUUCACUACCAAAUGAGCAUUAGCUACUUUUCAGAAUUGAAGGAGAAAAUGCAUUAUGUGGACUGAACCGACUUUUCUAAAGCUCUGAACAAAAGCUUUUCUUUCCUUUUGCAACAAGACAAAGCAAAGCCACAUUUUGCAUUAGACAGAUGACGGCUGCUCGAAGAACAAUGUCAGAAACUCGAUGAAUGUGUUGAUUUGAGAAAUUUUACUGACAGAAAUGCAAUCUCCCUAGCCUGCUUUUGUCCUGUUAUUUUUUAUUUCCACAUAAAGGUAUUUAGAAUAUAUUAAAUCGUUAGAGGAGCAACAGGAGAUGAGAGUUCCAGAUUGUUCUGUCCAGUUUCCAAAGGGCAGUAAAGUUUUCGUGCCGGUUUUCAGCUAUUAGCAACUGUGCUACACUUGCACCUGGUACUGCACAUUUUGUACAAAGAUAUGCUAAGCAGUAGUCGUCAAGUUGCAGAUCUUUUUGUGAAAUUCAACCUGUGUCUUAUAGGUUUCCACUGCCAAAACAAUGCCCGUAAGAUGGCUUAUUUGUAUAAUGGUGUUACUAAAGUCACAUAUAAAAGUUAAACUACUUGUAAAGGUGCUGCACUGGUCCCAAGUAGUAGUGUCUUCCUAGUAUAUUAGUUUGAUUUAAUAUCUGAGAAGUGUAUAUAGUUUGUGGUAAAAAGAUUAUAUAUCAUAAAGUAUGCCUUCCUGUUUAAAAAAAGUAUAUAUUCUACACAUAUAUGUAUAUGUAUAUCUAUAUCUCUAAACUGCUGUUAAUUGAUUAAAAUCUGGCAAAGUUAUAUUUACUUUAAAAUAAAAUAAUUUUAUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-640.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -688.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 605.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((((..(((.(((.(..((((.(((.((.(((.........((((((...((((((((((.((....((((.((.((((((((((.((..((....))..)).)))...)))).))).)))))).)))))))...)))))..(((((((((((((((((((...))))).))......))))..))))))))))))))..))).))))).))))..).)))..))).)))))))..(((((((((((((((.(((((((((((.........(((((....(((((((.....)))..))))....)))))......(((((.((((..((((.(((....(((((((((.....(((((((((((((((...)))).......(((((....)))))(((.(((.....))))))((((((((((((((((((((...((((............))))...(((((((((....((((........))))))))))))).........))))))..))).)))))))))))............((((((((((((.((((((((((.(((....)))...)))))))))).......((.....(((....(((((.((.((((((((....)))))..((((((..(((((((.....(((((((..........)))))))...)))))))...))))))......((((....)))).....((((...(((...(((((.(((((...(((((.(((((((.......((((......))))...(((...)))..((((((...((((.((((.....(((((((..(((((((((((.....))))))))))).........(((((((((..........((((.(((.(((......))).))).)))).....(((((......))))).(((.(((....)))..))).......((((((((.(...(((((..((((..((((((((((((.((..(((((.........)))))..))(((........)))..))))...))))))))..))))...)))))...)))))))))((((..(((..(((((((((...................(((.....))).((((((((((......))))))).))).......(((((((....((((.(((((....)))))..........))))...)))))))........................)))))))))..)))..)))).....(((((((..((((((...((((...(((..............))).))))...))))))..))))))).....(((((((.((((..((((....((((...((.........))..)))).....((((.(((..((......))))).))))...))))..))))))))))))))).)))))........((((((.....))))))...((((..((.((((.......))))...)).))))....)))))))(((....)))..((((((....))))))....((((((..((((((.................((((((.(.....).)))))).......((((((...........))))))))))))..)))))).).))).)))))))))).....))))))))))))....))))).)))))...))).)))).......(((((((((...(((((((....(((...(((.(.(((((((.(((((((.............(((((...)))))..........)))))))..))))))).).))).)))..)))))))))))).))))..))).)))))))...)))......))))))))))))))..(((((....)))))......)))))))((((((......(((......)))......))))))))))....))))))))).....))).))))...)))))))))...((((....((((((.........(((........))).((((((.....((((((......((.(((......((((......))))......)))))))))))....))))))))))))....))))....))))))))).)).))))))...((((.((((((..(((((((((...........))))))))))))))))))).............((((((((..((((......)))).))))))))....(((....(((....)))....)))..)))))))))((((((((.((((........)))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.(({(,,(,,.{{{|||.,,{(,((({(({({{,,.{{{{{{({{{{,(..((((((((((.({..,.((((.((.((((((({{(,((..((....}},.}).))),..)))).))).)))))),,})))))...)))))..)((((((((((((((((((...))))).))......)))).,))))))){||||}}..,||,|||||,||}|{{|{||,...})}))))}|||,|{(((((((((,{{((,((({{..{{(({...,{{{((((({,..({{{.{|,.,,})))..},})}},,,,}}},..|,,(({({{(((({,{{{{.{{{.{{.(((((((((.....((((((((((({{({...,||||,,,...(((((....))))){{{.,,,...,}}}})},((((((((((((((((((((...((((.,,,.....,,,))))...(((((((((...,((((........})))))))))))).........))))))..))).)))))))))))............((((((((((((,((((((((((.(((....)))...)))))))))),.,....{{.,,,{((((,({((({{.{{.{{{(((((....)))))}.|(({{{..(((((((.....((((((({{....}},.}))))))...))))))).,,|}}}}}..,,|.{(((..{{|}||....,|{||,,.|((.,,(((((.(((((...(((((.(((((((.......((((......))))}..(({...}))..((((((...((((.(((,.,,.{(((((((..(((((((((((.....))))))))))).........,,((((,,....}}}},,,({((.(((.(((......))).))).}))}.....{((({......}}}}}.(((.(((....)))..))).......{{{{{{{{.,..,(((((.{((((..(((((((({{{{.{,..(((({.........)))))..||(((........)))}}})))...))))))))..)))),,.)))))...}))))))}}{(((..(((..(((((((((,,,.........,......{((.....}},.{{,(((((((......))))))).,}|,,.,...,{({({|....{(((,(((((.{{.||,,|{{{.,{{{{.,,,}.},)))}}))}}..}}.,},}}}}),,,,.....)))))))))..)))..)))}.....(((((((..((((((...{(((...(({............,,),).))}}...))))))..))))))).....(((((({{((((..((((....((((...((.........}}..}}}}.....{(({.(({,.{.......)}))).)))}...))))..)))))))))))|||.{{|,,.,}}.}}}.((((((,...,))))))...((((,.((,{(((.......))))))..,.))))....))))))){((....))}.{((((({....})))))}}..((((((..((((((.,,,....,.....,,.{(((((.{.....,.)))))}.,.....,{((({.....,..,,,))))))))))))..)))))).}.))).)))))))))).....))))))))))))....))))).)))))...))}.)))),......(((((((((...(((((((....{({.,.(((.(.(((((((.(((((({...,....,.,..(,(({,,..,,,,.,}},,,,.,))))))),.))))))).).)))}))}..))))))))))))},)))..}))}))}})))}}}))}....,,},))))))))))))..{((((....)))))....,,)))))))((((((.,,{,{{,,....,}},,}},...))))))))))....))))))))))..}}))).)))),)})))))}}}|{,,,.(((.......}}}........|||.|||||,||||||,,.,|||,..,,|||,,}}...,}}}}}||,|..{(((,,,,{{|}}|{,,.,||}||}||,|{.}}}}}.,,,.,}}}}},||||.|{{,|||{|||,,,,,,))}))))})).||||.((((((,.(((((((((...........)))))))))}))))))}))}}}||........((((((((..((((......)))).)))))))}.,..........,)}}})))),,.,,,,..,,,))))))(((((,,,.,,,}}},,..{{|||||,,,))))},},,..
Back