Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382808.1
Sequence Length
920 nt
GC Content
0.7033
AAGAAUUUGCGGUGCAGGGGCCGCGGCCACCGCCUUCUGUCCGCAGGUGCUGCGAGCCGUAAGCGCCCCCCACCCGCGCUAUGGGCUCGGACGCCUGGGUGGGCCUUUGGCGGCCACACCGGCCCCGCGGCCCCAUCGCGGCGCACUACGGAGGCCCCGGGCCCAAAUACAAGCUGCCGCCCAACACCGGCUACGCCCUGCAUGACCCGUCGCGGCCGCGCGCCCCCGCCUUCACCUUCGGCGCGCGCUUCCCCACGCAGCAGACGACGUGCGGCCCCGGGCCAGGCCACCUGGUGCCCGCUCGCAUGACCGUGCGCGGCACCGACGGCGCCCCCGCCUACUCCAUCUACGGCCGCCCACGCCGCUCAGCGCCCUUCCUCACUCCGGGACCUGGCAGGUACUUCCCGGAGCGAGCGGGGAACGCGACGUACCCCAGUGCGCCUCGGCACACCAUUGCUCCCCGAAACUGGGGUGUCCAGGCGGAACAGCAGAGCCCAGGUCCCGCGGCCUAUACGGUGCCCUCGCUCUUGGGUCCGCGCGUCAUCGGCAAAGUCUCCGCCCCAACUUGCUCCAUCUACGGCCGCAGAGCGGCUGGCAGUUUCUUCGAGGACCUCAGCAAGACCCCGGGCCCCUGCGCCUAUCAGGUCGUGAGUCCAGGGGUCUACAAGUCCCGGGCCCCCCAGUUCACGAUUCUGGCGCGGACUUCGCUCCCCCAAGACAACACUCGGAAGCCAGGGCCCGCGGCCUACAACGUGGAUCAGGUGGCCUGGAGCCCAGGGUCAAGGCACCGGAAGCCCCGCGGCUGGAGUUUCGGGAUCCGGCACUCGGACUACCUGGCCCCGCUGGUGACCGACGCGGACAACUGACCCGCCAGGCGGGAGCGGCCCCACACGUGUUUGCUUAAAGUCUGCGAGUCCGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-420.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -434.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 281.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((.((.(((((((((((....)))...(((((((.(((..(.((((((...(((((.........)))))...)))))).)((((..((((((((..(((.((((.....))))))).)).))))))..))))((((((((.(((((((((((.........((.((((........))))...))...(((((...((((((.((((((((((...............)))))))).........)).)).)))).)))))(((((.(((((((((((((((((((((((.((......)).))).))))))...((((....))))...(((((....(((((((((.(((((((.(((((((..(((.(((((((((((...)))....)))))))).))).))))..)))(((..((((((((.((....((((......))))...))..)))))))))))..((((((...((...(((...(.(.(((((((((...((((....))))..)))).))))).).)...)))...)).))))))......(((.((......))..))))))))))))).....((((((((...))).).))))....(((((((((((((.....(((((((((....(((((((.........)))))))....)))))))))..))))))).....(((.((...((......)).)).)))..))))))))))))......)))))..))))))))))..)))).)))))..))).)))).((((....)))).((((.((((...)))).))))((....)).))))))).))))))))...))))))).....(((((...))))).))))))))........((((.........)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{((((.({.(((((((((((....|||...{(((((((((((.(.((((((...(((((.........)))))...)))))).)))))),((((((((..{{{.((((.....))))))),))))))}}}{(((,|((((({((.((((({(((((,........({.((((........))))...}}...(((((...((((((.((((((((((...............)))))))).........)).)).)))).)))))||(((.((((((((((((({(((({{{((.(({.....,),)}),)))))}...((((....))))...,{,{{....(((((((({.(((((((.(((((((..(((.(((((((((((...))),...}))))))).))).))))..}}}{{{,,{(((((((.{{....((({......})))...}}..))))))))))}..((((({.,.((...(((..,(.{.(((((((({...|{,|,...,)))},)))),))))).|,|.,,)))...}}.})))))...,,.,((.,,......||,|||.}})))))))),.|,,{{,,|{{|,,.}}}.,.,|||,,,,(((((((((((((....,|(((((((|,,..(((((({.........}))))))...,|))))))}}..))))))).....(((.{,,..{(......}).)).)))..)))))))))))).....,))))),.})))))))))}.}))).)))}}..||}.||||.,{{(,,{.|||}.{{||,,|||}.})))).,))}||,,..)),)))}}}),))))),))).}))))))}...,.{{{{|..,))))).))))))))....,}},||||.....,,,,)))}}}))))}
Back