Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384158.1
Sequence Length
2748 nt
GC Content
0.5171
GCCUUCUGCCCGGGCGCUCGCAGCCGAGCGCGGCCGGGGAAGGGCUCUCCUCCCAGCGCCGAGCACUGGGCCCUGGCAGACGCCCCAAGAUUGUUGUGAGGAGUCUAGCCAGUUGGUGAGCGCUGUAAUCUGAACCAGCUGUGUCCAGACUGAGGCCCCAUUUGCAUUGUUUAACAUACUUAGAAAAUGAAGUGUUCAUUUUUAACAUUCCUCCUCCAAUUGGUUUAAUGCUGAAUUACUGAAGAGGGCUAAGCAAAACCAGGUGCUUGCGCUGAGGGCUCUGCAGUGGCUGGGAGGACCCCGGCGCUCUCCCCGUGUCCUCUCCACGACUCGCUCGGCCCCUCUGGAAUAAAACACCCGCGAGCCCCGAGGGCCCAGAGGAGGCCGACGUGCCCGAGCUCCUCCGGGGGUCCCGCCCGCGAGCUUUCUUCUCGCCUUCGCAUCUCCUCCUCGCGCGUCUUGGACAUGCCAGGAAUAAAAAGGAUACUCACUGUUACCAUUCUGGCUCUCUGUCUUCCAAGCCCUGGGAAUGCACAGGCACAGUGCACGAAUGGCUUUGACCUGGAUCGCCAGUCAGGACAGUGUUUAGAUGGAGUUUCCCUCUCGUCGCCUAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCAAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGAAUUACAGAUAUUGAUGAAUGCCGAACCAUCCCCGAGGCCUGCCGAGGAGACAUGAUGUGUGUUAACCAAAAUGGCGGGUAUUUAUGCAUUCCCCGGACAAACCCUGUGUAUCGAGGGCCCUACUCGAACCCCUACUCGACCCCCUACUCAGGUCCGUACCCAGCAGCUGCCCCACCACUCUCAGCUCCAAACUAUCCCACGAUCUCCAGGCCUCUUAUAUGCCGCUUUGGAUACCAGAUGGAUGAAAGCAACCAAUGUGUGGAUGUGGACGAGUGUGCAACAGAUUCCCACCAGUGCAACCCCACCCAGAUCUGCAUCAAUACUGAAGGCGGGUACACCUGCUCCUGCACCGACGGAUAUUGGCUUCUGGAAGGCCAGUGCUUAGACAUUGAUGAAUGUCGCUAUGGUUACUGCCAGCAGCUCUGUGCGAAUGUUCCUGGAUCCUAUUCUUGUACAUGCAACCCUGGUUUUACCCUCAAUGAGGAUGGAAGGUCUUGCCAAGAUGUGAACGAGUGUGCCACCGAGAACCCCUGCGUGCAAACCUGCGUCAACACCUACGGCUCUUUCAUCUGCCGCUGUGACCCAGGAUAUGAACUUGAGGAAGAUGGCGUUCAUUGCAGUGAUAUGGACGAGUGCAGCUUCUCUGAGUUCCUCUGCCAACAUGAGUGUGUGAACCAGCCCGGCACAUACUUCUGCUCCUGCCCUCCAGGCUACAUCCUGCUGGAUGACAACCGAAGCUGCCAAGACAUCAACGAAUGUGAGCACAGGAACCACACGUGCAACCUGCAGCAGACGUGCUACAAUUUACAAGGGGGCUUCAAAUGCAUUGACCCCAUCCGCUGUGAGGAGCCUUAUCUGAGGAUCAGUGAUAACCGCUGUAUGUGUCCUGCUGAGAACCCUGGCUGCAGAGACCAGCCCUUUACCAUCUUGUACCGGGACAUGGACGUGGUGUCAGGACGCUCCGUUCCCGCUGACAUCUUCCAAAUGCAAGCCACGACCCGCUACCCUGGGGCCUAUUACAUUUUCCAGAUCAAAUCUGGGAAUGAGGGCAGAGAAUUUUACAUGCGGCAAACGGGCCCCAUCAGUGCCACCCUGGUGAUGACACGCCCCAUCAAAGGGCCCCGGGAAAUCCAGCUGGACUUGGAAAUGAUCACUGUCAACACUGUCAUCAACUUCAGAGGCAGCUCCGUGAUCCGACUGCGGAUAUAUGUGUCGCAGUACCCAUUCUGAGCCUCGGGCUGGAGCCUCCGACGCUGCCUCUCAUUGGCACCAAGGGACAGGAGAAGAGAGGAAAUAACAGAGAGAAUGAGAGCGACACAGACGUUAGGCAUUUCCUGCUGAACGUUUCCCCGAAGAGUCAGCCCCGACUUCCUGACUCUCACCUGUACUAUUGCAGACCUGUCACCCUGCAGGACUUGCCACCCCCAGUUCCUAUGACACAGUUAUCAAAAAGUAUUAUCAUUGCUCCCCUGAUAGAAGAUUGUUGGUGAAUUUUCAAGGCCUUCAGUUUAUUUCCACUAUUUUCAAAGAAAAUAGAUUAGGUUUGCGGGGGUCUGAGUCUAUGUUCAAAGACUGUGAACAGCUUGCUGUCACUUCUUCACCUCUUCCACUCCUUCUCUCACUGUGUUACUGCUUUGCAAAGACCCGGGAGCUGGCGGGGAACCCUGGGAGUAGCUAGUUUGCUUUUUGCGUACACAGAGAAGGCUAUGUAAACAAACCACAGCAGGAUCGAAGGGUUUUUAGAGAAUGUGUUUCAAAACCAUGCCUGGUAUUUUCAACCAUAAAAGAAGUUUCAGUUGUCCUUAAAUUUGUAUAACGGUUUAAUUCUGUCUUGUUCAUUUUGAGUAUUUUUAAAAAAUAUGUCGUAGAAUUCCUUCGAAAGGCCUUCAGACACAUGCUAUGUUCUGUCUUCCCAAACCCAGUCUCCUCUCCAUUUUAGCCCAGUGUUUUCUUUGAGGACCCCUUAAUCUUGCUUUCUUUAGAAUUUUUACCCAAUUGGAUUGGAAUGCAGAGGUCUCCAAACUGAUUAAAUAUUUGAAGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-883.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -931.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 702.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(.((((((((((((....)))))))..))))).))))))..(((((..((....(((((((((((.(((((((((.((((((.....))).).)).)))).)))))((((((.(((((((((...(..(((((((....))).))).)..)....)))))(((((((.(((.(((.(((((((((...)))))))))....(((((((((....(((((((....))))))).....(((((.(((....(((((((.(.((((((((((((....(((((.((((((.(((((..((.((((....((((.......))))...((((((((((((((((.........(((.((.....)).))).))))))).)))))).)))...)))).))((((((((.((((((.(((((.......)))))...((((((..(((((((.(((((((((....(((((((......((........)).......)))))))..(((((.(((((.((..(((((.......(((..((.(((.((((.((((.(((((((...((.((..(((.(((((....(((((((.....))).)))).....(((((((((((....))))..)).))))))))))...)))))))...))))))).)))).))))...)))))..))))))))....)))))))..)))))....((((..........)))).)))))))..)))))))))....)))))).............))))))...........))))))))....((((........))))......((((........))))...........)))))...)))))).))))).......))))))))((((...((((((((........(((.........)))(((((.(...((....)).).))))).......))).)))))))))...(((((((..(((......((((.(((..(.(((..(((.((((.(((....))).((((((....)))))).(((......))).(((((((((.....)))))))))....((((((....))))))....((((....)))))))).)))))).)..)))..)))).......))))))))))))))))))))))))))))))...))))).))))(((...))))))))))))))))..))))))))))....((((..((((...((((.((((.((....((((..........)))).)))))).))))..........((((..(((((((....((((((((((((...(((((.(((((.....((.(((((..(((....(((((((((..(((((...(((((..........((((((((((..((((.(((((....)))))......((((((.((...((((......))))..((((.(........)))))....((.((((....)))).))........)).))))))...((((((......((((.(.(((((....)))))..).))))(((((.....)))))...((((((((.(((((.....(((((.......)))))........)))))...))))))))(((...((((((((((((...))))....)))))))).))).))))))))))....((((......))))...........(((((((((...))))))))).)))))))).)).......(((.(((......))).)))..)))))...)))))....))))))....)))...)))...))))).)).))))).)))))...)).))))))).)))...)))))))..))))(((((((((..(((((((((....))))).)))).((((.((...(((.(((((...))))).)))...)).))))))))))))).....))))..))))...(((((.((((((.......(((.(((((..((((((.(((((.((((((((..((((((....((......)).((((((((..........))))))))...(((((....)))))............))))))..)))).((((((((((((.((((((((((((((...((((.......))))....)))))(((((.....((((((......((((((((.((..((((...((((((((...))))))))...))))..)))))))))).(((((........)))))((((.(((....)))))))...))))))))))).............))))))))).(((...))).......))))))))).)))(((((((..((...(((.(((((...((((((((..(......)..)))))))))))))...)))....))..)))))))...((((((..........((((....))))))))))((((.....(.((((((.((.....)).)))))).).....))))))))))))).)))))).(((((((....)))))))..(((((.((.(((..((((...))))..)))..)))))))....))))).))).......))...)))).)))))......))))))))))).))..)))))..............((((((((((((((......((((((.(((((..((....)).))))).)))))))))).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,{.((((((((((((....)))))))..))))).))))||{(((,.(((((.((...)).)))))..(((((((((.((((((.....))).).)).)))).))))),{{|,||{{({((,,....,..|||||{|....})).}}|{|{{{...{|||||,|||,,..,,......(((((((({...}))))))))..,,{(((...(((((((((..,{,....(((((.(((((((((((((({.(((((((((.(.((((((((((((....(((((.((((((.(((((..((.((((....((((.......))))...(({(((((((((((((.........{{{.{{.,,,,}}.))),))))))).)))))).)})...)))).))((((((((,((((((.(((((.......)))))...((((((..((((((({(,(((((((....(((((((.,.,..((,.......)).,,....)))))))..(((((.(((({,((.,(((((..{{..((((,.{(.{,,.((((.((((.(((((((...(,{((..(((.(((((....(((((((.....))).)))).....((((((({(((....}})),.)).))))))))))...)))))))...))))))).)))).))))...)))))..)),))))).)..)))))))..)))))....((((..........)))).))))))).})))))))))....)))))).,...........))))))...........,)))))))....((((........))))......((((........))))...........)))))...)))))).))))).......))))))))((((...((((((((,...{{{{(((..,......)|||}|||||}..,|,,.|||.|{...,)}.}},.,))).))))))))}...(((((((,.,((......((((.({(..,.{,,.{(((.((((.{({....}}}.((((((....)))))},{||,.....,}}.{((((((({.....})))))))}|...((((((....)))))),,..{(((....)))))))).))))}).)..}))..)))).....,.)}))))))))))))))))))))))..((((...))))(((((.((((((((.(((..(((({{{{(((,,.||,,,,,...(({({.((((...((((.((({,({....((((..........)))).}))))).)))).........,((((..(((((((....{((((((((({{...(((((.(((((,,...({,(((((,((((..(({(((((((((..((.....)})))))))),.,,{({((((((((.,((({.(((((....)))))......((((((.((...{{{{......})))..((((.{,.....,.}))))....{{.((((....)))).}}........}|,|}}}}}...{{{{{{,.,,,|{({{.,.|||{|},.{|||,,..}}))||(((((.....)))))...{(((((((.{((((.....(((((.......)))))........)))))...)))))))|(((...((((((((((((...)))),...}))))))).))).}})))}|}}}..,.{{{|,...,,|||||||,.......{((((((((...))))))))),)}))||}},},.......,||.|||,...{{|||{||{{{{.|||...}))))|{|{....,,..}})}...)))))),)))},.}}.))))).)))))...}},})))))),,},.,,}))))))..))))|((((((((..(({((((((....))))).}}}}.((((.{{...(((.(((((...})))).)))...)).))))))))))))}.....))))}.}))).,|(((({{((({(({,.....|{{{((({(((.((((({.,((((((,.((((..,,,||)}.,}})}}}....{.((((((((..........))))))))}..(((((....))))).,{{{|,.....))))||,,||,,{(((((,({.((({.,,.....{(((((...((((.......))))....)))))|,((((((..(((,,.....,...}))..)))))}.......((((((((...))))))))..})))...)}))))))}})||||,.{{{{{{.,,,,,,|}}}}||.,}))).))),})))),.,}}}))},.})}})))))}})))}}})))}..))}.))),})))).{((((((((.,(((((..{,(((,{{(((..((,(({...,,|}}.|,.,...(((((({.,,,.......{{......)).((((((((,((({{{{{{{{{,{{|,.,,,{{{{....})}}..,...,|||,....{{({,,,,,,({{{{.|,.,,,.,,}.}}}}}||.....}})),,..}}},,.,{{{{{{....}}}}}))}}}}},}}.})))).})))))))..))))))).,|,,,,.)))}),)))}},,)))))....)))).))))).))))},})))))),,.|,...,.{{{(({...))))}}....}},,))))))))))))}}}.)))))))))..)))))))))))))}}},,,.,,}.,......,}}}..))),
Back