Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384160.1
Sequence Length
2804 nt
GC Content
0.5150
GCCUUCUGCCCGGGCGCUCGCAGCCGAGCGCGGCCGGGGAAGGGCUCUCCUCCCAGCGCCGAGCACUGGGCCCUGGCAGACGCCCCAAGAUUGUUGUGAGGAGUCUAGCCAGUUGGUGAGCGCUGUAAUCUGAACCAGCUGUGUCCAGACUGAGGCCCCAUUUGCAUUGUUUAACAUACUUAGAAAAUGAAGUGUUCAUUUUUAACAUUCCUCCUCCAAUUGGUUUAAUGCUGAAUUACUGAAGAGGGCUAAGCAAAACCAGGUGCUUGCGCUGAGGGCUCUGCAGUGGCUGGGAGGACCCCGGCGCUCUCCCCGUGUCCUCUCCACGACUCGCUCGGCCCCUCUGGAAUAAAACACCCGCGAGCCCCGAGGGCCCAGAGGAGGCCGACGUGCCCGAGCUCCUCCGGGGGUCCCGCCCGCGAGCUUUCUUCUCGCCUUCGCAUCUCCUCCUCGCGCGUCUUGGACAUGCCAGGAAUAAAAAGGAUACUCACUGUUACCAUUCUGGCUCUCUGUCUUCCAAGCCCUGGGAAUGCACAGGCACAGUGCACGAAUGGCUUUGACCUGGAUCGCCAGUCAGGACAGUGUUUAGAUAUUGAUGAAUGCCGAACCAUCCCCGAGGCCUGCCGAGGAGACAUGAUGUGUGUUAACCAAAAUGGCGGGUAUUUAUGCAUUCCCCGGACAAACCCUGUGUAUCGAGGGCCCUACUCGAACCCCUACUCGACCCCCUACUCAGGUCCGUACCCAGCAGCUGCCCCACCACUCUCAGCUCCAAACUAUCCCACGAUCUCCAGGCCUCUUAUAUGCCGCUUUGGAUACCAGAUGGAUGAAAGCAACCAAUGUGUGGAUGUGGACGAGUGUGCAACAGAUUCCCACCAGUGCAACCCCACCCAGAUCUGCAUCAAUACUGAAGGCGGGUACACCUGCUCCUGCACCGACGGAUAUUGGCUUCUGGAAGGCCAGUGCUUAGACAUUGAUGAAUGUCGCUAUGGUUACUGCCAGCAGCUCUGUGCGAAUGUUCCUGGAUCCUAUUCUUGUACAUGCAACCCUGGUUUUACCCUCAAUGAGGAUGGAAGGUCUUGCCAAGAUGUGAACGAGUGUGCCACCGAGAACCCCUGCGUGCAAACCUGCGUCAACACCUACGGCUCUUUCAUCUGCCGCUGUGACCCAGGAUAUGAACUUGAGGAAGAUGGCGUUCAUUGCAGUGAUAUGGACGAGUGCAGCUUCUCUGAGUUCCUCUGCCAACAUGAGUGUGUGAACCAGCCCGGCACAUACUUCUGCUCCUGCCCUCCAGGCUACAUCCUGCUGGAUGACAACCGAAGCUGCCAAGACAUCAACGAAUGUGAGCACAGGAACCACACGUGCAACCUGCAGCAGACGUGCUACAAUUUACAAGGGGGCUUCAAAUGCAUUGACCCCAUCCGCUGUGAGGAGCCUUAUCUGAGGAUCAGUGAUAACCGCUGUAUGUGUCCUGCUGAGAACCCUGGCUGCAGAGACCAGCCCUUUACCAUCUUGUACCGGGACAUGGACGUGGUGUCAGGACGCUCCGUUCCCGCUGACAUCUUCCAAAUGCAAGCCACGACCCGCUACCCUGGGGCCUAUUACAUUUUCCAGAUCAAAUCUGGGAAUGAGGGCAGAGAAUUUUACAUGCGGCGUGCAUUCAGCACCACUGCAUAUGAGGCUUCAAGUCAGGCACUGAGCGUUGAGAAACAAACAGGAUGUGGUCUCUGCCCUGGAGGAACCCACACACACCUUAGCGGAGAGGGGGAAAACAACCUAGCAAACACAACACAAAGUGGCGAUUCUCAAGUCAAGUCAAGACCCAUGGGAUGCAAACGGGCCCCAUCAGUGCCACCCUGGUGAUGACACGCCCCAUCAAAGGGCCCCGGGAAAUCCAGCUGGACUUGGAAAUGAUCACUGUCAACACUGUCAUCAACUUCAGAGGCAGCUCCGUGAUCCGACUGCGGAUAUAUGUGUCGCAGUACCCAUUCUGAGCCUCGGGCUGGAGCCUCCGACGCUGCCUCUCAUUGGCACCAAGGGACAGGAGAAGAGAGGAAAUAACAGAGAGAAUGAGAGCGACACAGACGUUAGGCAUUUCCUGCUGAACGUUUCCCCGAAGAGUCAGCCCCGACUUCCUGACUCUCACCUGUACUAUUGCAGACCUGUCACCCUGCAGGACUUGCCACCCCCAGUUCCUAUGACACAGUUAUCAAAAAGUAUUAUCAUUGCUCCCCUGAUAGAAGAUUGUUGGUGAAUUUUCAAGGCCUUCAGUUUAUUUCCACUAUUUUCAAAGAAAAUAGAUUAGGUUUGCGGGGGUCUGAGUCUAUGUUCAAAGACUGUGAACAGCUUGCUGUCACUUCUUCACCUCUUCCACUCCUUCUCUCACUGUGUUACUGCUUUGCAAAGACCCGGGAGCUGGCGGGGAACCCUGGGAGUAGCUAGUUUGCUUUUUGCGUACACAGAGAAGGCUAUGUAAACAAACCACAGCAGGAUCGAAGGGUUUUUAGAGAAUGUGUUUCAAAACCAUGCCUGGUAUUUUCAACCAUAAAAGAAGUUUCAGUUGUCCUUAAAUUUGUAUAACGGUUUAAUUCUGUCUUGUUCAUUUUGAGUAUUUUUAAAAAAUAUGUCGUAGAAUUCCUUCGAAAGGCCUUCAGACACAUGCUAUGUUCUGUCUUCCCAAACCCAGUCUCCUCUCCAUUUUAGCCCAGUGUUUUCUUUGAGGACCCCUUAAUCUUGCUUUCUUUAGAAUUUUUACCCAAUUGGAUUGGAAUGCAGAGGUCUCCAAACUGAUUAAAUAUUUGAAGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-890.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 686.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(.((((((((((((....)))))))..))))).))))))..(((((..((....(((((((((((.(((((((((.((((((.....))).).)).)))).)))))((((((.(((((((((...(..(((((((....))).))).)..)....)))))(((((((.(((.(((.(((((((((...)))))))))....(((((((((....(((((((....))))))).....(((((.(((....(((((((.(.((((((((((((....(((((.((((((.(((((..((.((((....((((.......))))...((((((((((((((((.........(((.((.....)).))).))))))).)))))).)))...)))).))((((((((.((((((.(((((.......)))))...((((((..(((((((.(((((((((..(((...((.........(((((((((((((.((((((..((.((.((((((((........)))......))))).)).))..))))))..(((((.(((....)))))))))))))))...)).))))........))....)))..)))))))..)))))))))....)))))).............))))))...........))))))))....((((........))))......((((........))))...........)))))...)))))).))))).......))))))))((((...((((((((........(((.........)))(((((.(...((....)).).))))).......))).)))))))))...(((((((..(((......((((.(((..(.(((..(((.((((.(((....))).((((((....)))))).(((......))).(((((((((.....)))))))))....((((((....))))))....((((....)))))))).)))))).)..)))..)))).......))))))))))))))))))))))))))))))...))))).))))(((...))))))))))))))))..))))))))))....((((..((((...((((.((((.((....((((..........)))).)))))).))))..........((((..(((((((....((((((((((((...(((((.(((((((((.......((((((........(((((((...(((...((((........)))).))).((((((((...(((((....)))))......((((((.((...((((......))))..((((.(........)))))....((.((((....)))).))........)).))))))....(((..((((.(((((.((((..((((((((((.((.....(((((......((((((((((((((((.......(.((((((((........(((..(((......)))..)))...((((...((((((((((((...))))....)))))))).))))..))).))))).).((((......)))).(((....(((((.((((((...)))))))))))))))))).))....))))))))))((((.....))))))))))).))))))))))..).)))((.....))(((........))).))))).))))..)))))))))))....)))))))......))))))(((..(....)..)))......(((........)))(((..(((((.(((.......)))...))))))))....((((((.(((((.......)))))((((........))))...)))))).)))).....))))).)))))...)).))))))).)))...)))))))..))))(((((((((..(((((((((....))))).)))).((((.((...(((.(((((...))))).)))...)).))))))))))))).....))))..))))...(((((.((((((.......(((.(((((..((((((.(((((.((((((((..((((((....((......)).((((((((..........))))))))...(((((....)))))............))))))..)))).((((((((((((.((((((((((((((...((((.......))))....)))))(((((.....((((((......((((((((.((..((((...((((((((...))))))))...))))..)))))))))).(((((........)))))((((.(((....)))))))...))))))))))).............))))))))).(((...))).......))))))))).)))(((((((..((...(((.(((((...((((((((..(......)..)))))))))))))...)))....))..)))))))...((((((..........((((....))))))))))((((.....(.((((((.((.....)).)))))).).....))))))))))))).)))))).(((((((....)))))))..(((((.((.(((..((((...))))..)))..)))))))....))))).))).......))...)))).)))))......))))))))))).))..)))))..............((((((((((((((......((((((.(((((..((....)).))))).)))))))))).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,{.((((((((((((....)))))))..))))).))))||{(((,.(((((.((...)).)))))..(((((((((.((((((.....))).).)).)))).))))),{{|,||{{({((,,....,..{||||{|....})).}}|{|{{{...{|||||,{||,,..,,......(((((((({...}))))))))..,,{(((...(((((((((..,{,....(((((.(((((((((((((({.(((((((((.(.((((((((((((....(((((.((((((.(((((..((.((((....((((.......))))...(({(((((((((((((.........{{{.{{.,,,,}}.))),))))))).)))))).)})...)))).))((((((((,((((((.(((((.......)))))...((((((..((((((({(,(((((((..(((...((.........{{(({{(((((({.(({{{(,{((.{(,(((((({{{..,,.,.}},.,|,||}}},,.}),)),.)))))),,{(((,,(((....)))))))))))))))...)}.)}))........))....)))..))))))).})))))))))....)))))).,...........))))))...........,)))))))....((((........))))......((((........))))...........)))))...)))))).))))).......))))))))((((...((((((((,...{{{{(((..,......)|||}|||||}..,|,,.|||.|{...,)}.}},.,))).)))))))))...(((((((,.,((......((((.({(..,.{,,.{(((.((((.{({....}}}.((((((....)))))},{||,.....,}}.{((((((({.....})))))))}|...((((((....)))))),,..{(((....)))))))).))))}).)..}))..)))).......)}))))))))))))))))))))))..((((...))))(((((.((((((((.(((..((((,{{{(((...,,,,,.....(({({.((((...((((.((({,({....((((..........)))).)))))).)))).........{((((..(((((((....{{(((((((({{...(((((.((((({{,{.,....{(((({(.....,(,(((((((...({(...((((........)))).}}).((((((((,{,(((((,,.,|}}|}.,,,,,{{(({(,((..,((,{......,}}),.((((.{......,.}))))....{(.((((....)))).)}..,,,,,.||,||}}||,,..{{,,,||{|,|{{||.,|||},((((((((((.((.....(((((......(((((((((((((((({......,,((((((((.....,,{(((..(((......)))..))).,.{(((...((((((((((({...))))}...}))))))).))},..))),,)))}.,.(((,......,)))|{{,....(({(((((((((...))))))))))),}))))).))....))))))))))((((.....))))))))))).))))))))))..}}),)||,}}..),|||}..,..),..)})))))}))}}..}}}))))))))....,,)))))}},}},)}))))|||{{,.......))}......(((........))){{(..(((((.(((.......)))...)))))}})....((((((,,{{{{.{,,...})))){(((........))))...)))))),)||}...,,))))).)))))...}},})))))),}}}...}))))))..))))|((((((((..(((((((((....))))).}}}}.((((.{(...(((.(((((...})))).)))...)).))))))))))))}.....))))},})))..,((((({((({(({,.....,((((((((((.(((((,.,((((((,.((((..,,,|||}.,}}}}},....{.((((((((..........))))))))}..(((((....)))))..{{{{......))))||{{||,,{(((((,({.((((........{(((((...((((.......))))....)))))|.((((((..(((,,.........)))..)))))}.......((((((((...))))))))..))))...)})))))),})}))},.{(((({.......)))))},.}}))).))).))))),.,}}}))},.})}})))))}))))}},))))..))).))}}})))).(((((((((..(((((..{,(((,(((((..((.(({....,})}.},.....(((((((.,,........{{......)).((((((((.(((({{{{{{{{,{{{,.,,,{(({....}))}..,...,|||,....{{((,,,,.,({{{{.{,.,,,..,}.}}}}}|}.....}})),,..}}},,.,{{{{{{....}}}}}))}}}}},}}.})))).})))))))..))))))).,,,,...)}))).}))}},.)))))....)))).))))).))))},}}})))),,.|,...,.{{{(({...))))}}....}},,))))))))))))}}}.)))))))))..))))))}})})))}}),,,.,,}.,......,}}},.))),
Back